| 研究課題/領域番号 |
23K06730
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 審査区分 |
小区分50020:腫瘍診断および治療学関連
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| 研究機関 | 公益財団法人がん研究会 |
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研究代表者 |
金安 智子 公益財団法人がん研究会, ゲノムセンター, その他 (20775944)
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| 研究分担者 |
森 誠一 公益財団法人がん研究会, がんプレシジョン医療研究センター 次世代がん研究シーズ育成プロジェクト, プロジェクトリーダー (10334814)
植木 有紗 公益財団法人がん研究会, 有明病院 臨床遺伝医療部, 部長 (60445319)
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| 研究期間 (年度) |
2023-04-01 – 2026-03-31
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| 研究課題ステータス |
交付 (2023年度)
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| 配分額 *注記 |
4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
2025年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2024年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2023年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
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| キーワード | 遺伝性腫瘍症候群 / 病原性分類 / ゲノム診断 |
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| 研究開始時の研究の概要 |
全ゲノム情報の医療への実装を目指し、全ゲノムシーケンス（WGS）解析が国内外で推進されている。本研究は、その過程で多数検出される非コード領域の生殖細胞系列バリアントについて、遺伝性腫瘍症候群の診断のための病原性分類を行うためのアルゴリズムを開発し、客観的並びに正確なゲノム診断を行う基盤を構築することを目的とする。
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| 研究実績の概要 |
全ゲノム情報の医療への実装を目指し、全ゲノムシーケンス（WGS）解析が国内外で推進されている。本研究は、その過程で多数検出される非コード領域の生殖細胞系列バリアントについて、遺伝性腫瘍症候群の診断のための病原性分類を行うためのアルゴリズムを開発し、客観的並びに正確なゲノム診断を行う基盤を構築することを目的とする。
がんの診療において WGS解析が導入されようとしているが、その結果、遺伝性腫瘍症候群の原因遺伝子の非コード領域に、大量の生殖細胞系列バリアントが検出されるようになっている。これらのバリアントの正確な病原性分類は困難であり、現状では病原性分類の対象領域から外されている。非コード領域のバリアントの病原性分類については希少疾患の診断用にGenomics England ガイドラインが提案されている（Ellingford 2022）ものの、遺伝性腫瘍症候群の遺伝子診断を行うためのアルゴリズムは現時点で存在していない。本研究では Genomics England ガイドラインに準拠したアルゴリズムを開発し、パイプラインとして実装することをゴールとしてる。
本年度はアルゴリズム開発の基盤となる、1. 対象遺伝子の選定、2. 対象トランスクリプトの選択、3. 対象領域の選定、4. 病原性コードの定義付け、5. データベース・解析ツールの導入を進めた。また、検出したバリアントに対して、病原性コードの付与付与などの一連の作業が自動的に行えるようパイプラインとしての整備を進めている。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
2023年度は以下の点で進捗があった。
アルゴリズム開発の基盤となる、1. 対象遺伝子の選定、2. 対象トランスクリプトの選択、3. 対象領域の選定、4. 病原性コードの定義付け、5. データベース・解析ツールの導入を進めた。また、検出したバリアントに対して、病原性コードの付与付与などの一連の作業が自動的に行えるようパイプラインとしての整備を進めている。
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| 今後の研究の推進方策 |
実際に検出したバリアントに対して、アルゴリズムを適用し病原性コードの割り当てを行う。割り当てられた病原性コードから病原性分類を行う。遺伝子座特異的データベースに当該バリアントが登録されている場合には、病原性分類が合致しているかどうか確認を行う。遺伝診療、バイオインフォマティクス、ゲノム医学、ゲノム診療の専門家で構成するエキスパートパネルで病原性分類の妥当性を議論し、妥当な分類であると考えられたバリアントについては最終的な分類結果とする。一連の分類作業が自動的に行えるようパイプラインとして整備する。
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