研究課題/領域番号 |
23K10975
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研究種目 |
基盤研究(C)
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配分区分 | 基金 |
応募区分 | 一般 |
審査区分 |
小区分60010:情報学基礎論関連
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研究機関 | 東北大学 |
研究代表者 |
酒井 義文 東北大学, 農学研究科, 准教授 (10277361)
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研究期間 (年度) |
2023-04-01 – 2026-03-31
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研究課題ステータス |
交付 (2023年度)
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配分額 *注記 |
1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2025年度: 520千円 (直接経費: 400千円、間接経費: 120千円)
2024年度: 520千円 (直接経費: 400千円、間接経費: 120千円)
2023年度: 520千円 (直接経費: 400千円、間接経費: 120千円)
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キーワード | アルゴリズム / 列挙 / 文字列 / 共通部分列 |
研究開始時の研究の概要 |
文字列同士の比較は、研究や産業の分野を問わず様々な応用において現れる。互いに関係性の存在が想定されるような複数本の文字列において、各々のどの文字が対応し合うのかを求める多重アラインメント問題は、分子生物学においてモデル生物同士や近縁種同士の塩基配列やアミノ酸配列における類似構造を解析する際に重要な役割を果たす。多重アラインメントを求める一つのアプローチは、すべての文字に共通する非自明な部分列をガイドとして用いることである。本研究では、任意の本数の文字列に対して、非自明かつ有用な共通部分列の候補として極大共通部分列を考え、これを多項式時間遅延で列挙するアルゴリズムの開発を試みる。
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