| 研究課題/領域番号 |
23K11306
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 審査区分 |
小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
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| 研究機関 | 鳥取大学 |
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研究代表者 |
藤原 伸一 鳥取大学, 医学部, 准教授 (00362880)
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| 研究期間 (年度) |
2023-04-01 – 2026-03-31
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| 研究課題ステータス |
交付 (2023年度)
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| 配分額 *注記 |
4,030千円 (直接経費: 3,100千円、間接経費: 930千円)
2025年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2024年度: 2,600千円 (直接経費: 2,000千円、間接経費: 600千円)
2023年度: 520千円 (直接経費: 400千円、間接経費: 120千円)
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| キーワード | 分子シミュレーション / 結合自由エネルギー / 分子動力学 / pH依存性 |
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| 研究開始時の研究の概要 |
タンパク質-リガンド複合体の形成を考える上で結合親和性は極めて重要であり、その結合親和性は溶液のpHにより異なりうる。本研究では、このpH依存的な結合親和性(結合自由エネルギー)を分子シミュレーションにより求める方法の確立を目指す。分子シミュレーションには、様々なpH条件下での立体配座を効率的に発生させることのできるレプリカ交換分子動力学シミュレーション(pH-REMD法)を用いる。本研究で提案する結合自由エネルギー計算法の有用性と限界を、複数のpHで結合親和性(実験値)が報告されているモデル複合体(barnase-barstarシステム)を用いて検証する。
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