化学反応によるR-loopの核内検出方法の確立

• 研究課題/領域番号: 23K13843
• 研究種目: 若手研究
• 配分区分: 基金
• 審査区分: 小区分37010:生体関連化学
• 研究機関: 大阪大学
• 研究代表者: 村上 英太郎 大阪大学, 産業科学研究所, 特任研究員(常勤) (60963048)
• 研究期間 (年度): 2023-04-01 – 2026-03-31
• 研究課題ステータス: 交付 (2023年度)
• 配分額: 4,810千円 (直接経費: 3,700千円、間接経費: 1,110千円); 2025年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円); 2024年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円); 2023年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
• キーワード: R-loop / 次世代シーケンシング / 塩基修飾 / 核酸化学

研究開始時の研究の概要

R-loopは、二本鎖DNAとRNAとの複合体構造である。R-loopはさまざまな生体内機能を担うことや異常形成により疾患発症を誘導することが知られている。これまでにゲノム上のR-loop形成箇所が調べられているが、マッピングデータの不明瞭さがR-loopに関する研究を進める上で課題となっている。本研究では、抗体や酵素の認識に依存しない核酸塩基に対する化学反応による高解像度なR-loopの検出技術の開発を提案する。「化学反応によるR-loopの核内検出方法の確立」を目的とし、1. R-loop検出手法の確立、2. R-loop形成情報の獲得を実施することで、R-loop形成領域の高解像度ゲノムマッピングを目指す。