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微生物由来メチル基転移酵素阻害剤の生合成機構解明と物質生産への応用

研究課題

研究課題/領域番号 23K13847
研究種目

若手研究

配分区分基金
審査区分 小区分37020:生物分子化学関連
研究機関東京大学

研究代表者

牛丸 理一郎  東京大学, 大学院薬学系研究科(薬学部), 助教 (10873648)

研究期間 (年度) 2023-04-01 – 2025-03-31
研究課題ステータス 交付 (2023年度)
配分額 *注記
4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
2024年度: 2,340千円 (直接経費: 1,800千円、間接経費: 540千円)
2023年度: 2,340千円 (直接経費: 1,800千円、間接経費: 540千円)
キーワード天然物生合成 / メチル基転移酵素 / 生合成遺伝子クラスター / 天然物化学
研究開始時の研究の概要

微生物由来のヌクレオシド二次代謝産物は構造的多様性に富み、抗菌、抗がん、抗ウイルス活性など様々な生物活性を示すため、医薬品開発における応用が期待されている。一部のヌクレオシド天然物はメチル基転移酵素を強力に阻害するものの、創薬分野へ応用を見据えた場合には、特定の酵素に対する選択性が低く、多くの望まないオフターゲットに作用してしまうことが問題となるため、迅速な誘導体の供給法が求められる。そこで本研究では微生物由来メチル基転移酵素阻害剤の生合成を明らかにし、精密機能解析に基づく生合成酵素の合理的改変による化学構造多様化法を開発する。

研究実績の概要

本研究では、メチル基転移酵素阻害活性天然物の生合成を明らかにし、合成生物学的手法を用いることで構造的多様性に富む非天然型生物活性化合物の効率的生産を可能にする生体触媒を創出することを目的とした。
本年度は天然物の生合成に関与する生合成遺伝子クラスターの同定を行なった。まず生産菌である放線菌のゲノムシーケンスを行い、先行研究の結果と予想生合成経路に基づき詳細な配列解析を行なったところ、8個の遺伝子からなる候補遺伝子クラスターを特定した。さらに、配列解析を行なったところ、この二次代謝生合成遺伝子クラスターは放線菌のみならず、a-プロテオバクテリアなど様々な細菌ゲノムに含まれていることが明らかとなった。同様の遺伝子クラスターを有する放線菌株を培養し代謝物を解析したところ、対応する代謝物が得られたことから、この生合成遺伝子クラスターの機能を同定した。今後は精製酵素を用いたin vitro解析により、生合成経路の詳細を明らかにする。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

当初予定していた通り、生合成遺伝子クラスターの同定を完了したため、概ね順調に進展していると評価した。

今後の研究の推進方策

本年度はメチル基転移酵素阻害活性天然物の生合成遺伝子クラスターの同定を行なった。より詳細な生合成経路の明らかにする。具体的には、遺伝子破壊実験、異種宿主を用いた遺伝子発現実験、精製酵素を用いたin vitro解析を行う。また、生合成における重要な反応を触媒する酵素についてはより詳細な反応解析と構造解析を行う。

報告書

(1件)
  • 2023 実施状況報告書
  • 研究成果

    (25件)

すべて 2024 2023 その他

すべて 雑誌論文 (10件) (うち国際共著 4件、 査読あり 8件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (13件) (うち国際学会 3件、 招待講演 1件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Unusual Enzymatic C–C Bond Formation and Cleavage Reactions during Natural Product Biosynthesis2024

    • 著者名/発表者名
      Ushimaru Richiro
    • 雑誌名

      CHEMICAL & PHARMACEUTICAL BULLETIN

      巻: 72 号: 3 ページ: 241-247

    • DOI

      10.1248/cpb.c23-00889

    • ISSN
      0009-2363, 1347-5223
    • 年月日
      2024-03-01
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Photoinduced Reductive Dehalogenation of Phenacyl Bromides with Pyridoxal 5′-Phosphate2023

    • 著者名/発表者名
      Ueno Koki、Ushimaru Richiro、Abe Ikuro
    • 雑誌名

      CHEMICAL & PHARMACEUTICAL BULLETIN

      巻: 71 号: 9 ページ: 675-677

    • DOI

      10.1248/cpb.c23-00434

    • ISSN
      0009-2363, 1347-5223
    • 年月日
      2023-09-01
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [雑誌論文] C?N and C?S bond formation by cytochrome P450 enzymes2023

    • 著者名/発表者名
      Ushimaru Richiro、Abe Ikuro
    • 雑誌名

      Trends in Chemistry

      巻: 5 号: 7 ページ: 526-536

    • DOI

      10.1016/j.trechm.2023.04.008

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structure-based engineering of α-ketoglutarate dependent oxygenases in fungal meroterpenoid biosynthesis2023

    • 著者名/発表者名
      Awakawa Takayoshi、Mori Takahiro、Ushimaru Richiro、Abe Ikuro
    • 雑誌名

      Natural Product Reports

      巻: 40 号: 1 ページ: 46-61

    • DOI

      10.1039/d2np00014h

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Multiple C-C Bond Cleavage Reactions Catalyzed by Tolyporphin Tetrapyrrole Biosynthetic Enzymes2023

    • 著者名/発表者名
      Richiro Ushimaru, Jiaqi Lyu, Meiqi Ling, Ikuro Abe
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 145 号: 17 ページ: 9834-9839

    • DOI

      10.1021/jacs.3c01993

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Diverse enzymatic chemistry for propionate side chain cleavages in tetrapyrrole biosynthesis2023

    • 著者名/発表者名
      Ushimaru Richiro、Lyu Jiaqi、Abe Ikuro
    • 雑誌名

      Journal of Industrial Microbiology and Biotechnology

      巻: 50 号: 1

    • DOI

      10.1093/jimb/kuad016

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Assembling neuroactive alkaloids2023

    • 著者名/発表者名
      Ushimaru Richiro、Abe Ikuro
    • 雑誌名

      Nature Plants

      巻: 9 号: 12 ページ: 1946-1947

    • DOI

      10.1038/s41477-023-01586-8

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Back-to-back cycloadditions in nature2023

    • 著者名/発表者名
      Ushimaru Richiro、Abe Ikuro
    • 雑誌名

      Nature Chemistry

      巻: 15 号: 8 ページ: 1056-1057

    • DOI

      10.1038/s41557-023-01282-2

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Mechanistic Analysis of Stereodivergent Nitroalkane Cyclopropanation Catalyzed by Nonheme Iron Enzymes2023

    • 著者名/発表者名
      Ushimaru Richiro、Cha Lide、Shimo Shotaro、Li Xiaojun、Paris Jared C.、Mori Takahiro、Miyamoto Kazunori、Coffer Lindsay、Uchiyama Masanobu、Guo Yisong、Chang Wei-chen、Abe Ikuro
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 145 号: 44 ページ: 24210-24217

    • DOI

      10.1021/jacs.3c08413

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Structural and Mechanistic Insights into the C?C Bond-Forming Rearrangement Reaction Catalyzed by Heterodimeric Hinokiresinol Synthase2023

    • 著者名/発表者名
      Ushimaru Richiro、Ding Yiling、Mori Takahiro、Miyamoto Kazunori、Uchiyama Masanobu、Abe Ikuro
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 145 号: 40 ページ: 21966-21973

    • DOI

      10.1021/jacs.3c06762

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [学会発表] Structural and Mechanistic Insights into the C_C Bond Forming Rearrangement Catalyzed by Heterodimeric Hinokiresinol Synthase2024

    • 著者名/発表者名
      Richiro Ushimaru, Yiling Ding, Takahiro Mori, Ikuro Abe
    • 学会等名
      Enzyme Mechanisms Conference 2024
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 天然物生合成酵素の新規触媒機能の探索と反応機構解析2024

    • 著者名/発表者名
      牛丸理一郎
    • 学会等名
      日本薬学会第144年会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] ピリドキサール5'-リン酸を用いたフェナシルブロミドの光誘起還元的脱ハロゲン化反応2024

    • 著者名/発表者名
      上野幸輝、牛丸理一郎、阿部郁朗
    • 学会等名
      日本薬学会第144年会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 三員環形成を触媒する非ヘム鉄酵素の機能解析2023

    • 著者名/発表者名
      牛丸理一郎
    • 学会等名
      酵素応用シンポジウム
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 酵素機能発掘と合成生物学による次世代型物質生産系の構築2023

    • 著者名/発表者名
      牛丸理一郎
    • 学会等名
      予知生合成科学 第2回公開シンポジウム
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 三員環形成を触媒する非ヘム鉄酵素の機能解析2023

    • 著者名/発表者名
      牛丸理一郎
    • 学会等名
      第56回天然物化学談話会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] アルボマイシン生合成におけるATP 依存型異性化反応の反応機構解析2023

    • 著者名/発表者名
      牛丸理一郎、森貴裕、 Ziyang Zheng、 Hung-wen Liu、 阿部郁朗
    • 学会等名
      2023年度(第37回)日本放線菌学会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 天然物生合成におけるラジカル環化酵素の同定と触媒機構解明2023

    • 著者名/発表者名
      牛丸理一郎
    • 学会等名
      第69回 日本生薬学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] Cyclopropanation by Nonheme Iron Enzymes2023

    • 著者名/発表者名
      Richiro Ushimaru
    • 学会等名
      第73回 日本錯体化学会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] ヒノキレジノール合成酵素が触媒する転位反応の反応機構解析2023

    • 著者名/発表者名
      牛丸理一郎、丁伊玲、 森貴裕、 阿部郁朗
    • 学会等名
      第24回天然薬物の開発と応用シンポジウム
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] Mechanistic Insights into Rearrangement Reaction by Heterodimeric Hinokiresinol Synthase2023

    • 著者名/発表者名
      Richiro Ushimaru
    • 学会等名
      第59回 植物化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 立体分岐型シクロプロパン化反応を触媒する非ヘム鉄酵素群の同定と解析2023

    • 著者名/発表者名
      志茂 将太朗、 森 貴裕、牛丸 理一郎、 阿部 郁朗
    • 学会等名
      第22回東京大学生命科学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 藍藻由来薬剤耐性克服剤トリポルフィンの生合成研究2023

    • 著者名/発表者名
      Jiaqi Lyu、Richiro Ushimaru、Meiqi Ling、Ikuro Abe
    • 学会等名
      第24回天然薬物の開発と応用シンポジウム
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [備考] https://researchmap.jp/ushimarurichiro

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [備考] https://tennen.f.u-tokyo.ac.jp/head.htm

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書

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公開日: 2023-04-13   更新日: 2024-12-25  

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