| 研究課題/領域番号 |
23K14115
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| 研究種目 |
若手研究
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| 配分区分 | 基金 |
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| 審査区分 |
小区分42040:実験動物学関連
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| 研究機関 | 慶應義塾大学 |
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研究代表者 |
足立 晴彦 慶應義塾大学, 政策・メディア研究科(藤沢), 特任助教 (90965443)
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| 研究期間 (年度) |
2023-04-01 – 2026-03-31
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| 研究課題ステータス |
交付 (2023年度)
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| 配分額 *注記 |
4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
2025年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2024年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2023年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
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| キーワード | ゲノムシークエンス / ミナミヌマエビ / ゲノム |
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| 研究開始時の研究の概要 |
本研究では、透明な小型淡水エビ(ミナミヌマエビ)について、新規実験動物として確立させるため、遺伝学的ツールの拡充を行う。申請者はミナミヌマエビにおいて蛍光試薬を用いたin vivoライブイメー ジング系を確立しつつある。一方で、ミナミヌマエビはいわゆる非モデル生物であり、遺伝学的なツールは揃っていない。そこで、本研究では、ミナミヌマエビの全ゲノムシーケンス及 びアセンブリを行い、それに基づいて、恒常的及び発生段階・組織特異的に機能するプロモーター、エンハンサーを同定することで、遺伝子発現制御が可能なツールの作製に繋げることを目的とする。
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| 研究実績の概要 |
本研究では、ライブイメージングをはじめとした、種々の細胞学的実験への応用が期待されている、カワリヌマエビにおいて、in vivo遺伝子発現系の確立を目指している。遺伝子発現系の確立に必要なゲノム情報を得るために、本年度は、ナノポアシークエンサーPromethION(Oxford Nanopore Technologies)を用いて、ロングリードシークエンスを行った。3回のシークエンスを行うことで、３０xに近いカバレッジのリードセットが得られ、それを用いてアセンブルを行うことで、ドラフトゲノムの獲得に成功した。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
1: 当初の計画以上に進展している
理由
今後の展開に重要なドラフトゲノムを獲得できたため。
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| 今後の研究の推進方策 |
今後は、これまで研究で獲得されたドラフトゲノム情報を用いて、特定の遺伝子の5'上流配列をクローニングし、蛍光レポーターとともにコンストラクトを作製、および個体への導入を行うことで、in vivo遺伝子発現系の確立を目指す。
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