• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 前のページに戻る

最小自己複製RNAの構築

研究課題

研究課題/領域番号 23K14153
研究種目

若手研究

配分区分基金
審査区分 小区分43040:生物物理学関連
研究機関早稲田大学

研究代表者

水内 良  早稲田大学, 理工学術院, 専任講師 (60845535)

研究期間 (年度) 2023-04-01 – 2025-03-31
研究課題ステータス 交付 (2023年度)
配分額 *注記
4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円)
2024年度: 2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円)
2023年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
キーワードRNA / 自己複製 / 生命の起源 / 前生物化学 / 自己触媒 / 進化
研究開始時の研究の概要

原始地球で誕生した最初の自己複製体は短い単純なRNAであったと考えられているが、実験的な証拠がない。本研究では、鋳型依存連結反応によって再帰的に自己複製する最小のRNAを構築することで、原始的な自己複製RNAの存在可能性を支持する一つの直接的証拠を提示し、またその進化を探究するための新たな実験モデルを創出する。

研究実績の概要

本研究では、鋳型依存連結反応によって再帰的に自己複製する最小のRNAを構築することで、原始的な自己複製RNAの存在可能性を支持する一つの直接的証拠の提示を目指す。鋳型依存連結反応では、鋳型となるRNAが基質 (2種類の短いRNA) の連結を触媒して自身を合成することで、自己複製する。本年度はまず、鋳型依存連結反応で自己複製しうる20塩基程度のRNAとその基質 (2種類の10塩基程度のRNA) のセットを複数設計し、自己複製能力 (自己複製の強さと再帰的複製の可能性) を生化学実験と自己複製方程式を用いて調べた。このとき、連結反応を促進するために、片方の基質RNAの末端には2',3'-環状リン酸を付与して活性化した。同修飾は原始地球に有りえたもっともらしいRNAの活性化機構である。検証の結果、十分に自己複製の程度が高く、かつ再帰的複製の可能性を示す自己複製RNAと基質のセットを一つ見出した。特に、連結反応によって非天然の2'-5'ホスホジエステル結合が生じ、鋳型と連結産物の複合体形成を不安定化させることを見出した。2'-5'ホスホジエステル結合も原始地球のRNAに広く見られたと考えられている。また鋳型に2'-5'ホスホジエステル結合が含まれていても同様に連結反応の触媒と非天然結合の形成が起きたため、完全な自己複製が実現された。このRNAはこれまでに知られていた最小の自己複製RNAの1/3 以下の長さである。一方で、再帰的複製は部分的であり、持続的な複製はまだ達成されていない。様々な実験から、特に基質RNA同士の結合と2',3'-環状リン酸の加水分解が問題であることが示唆された。そこで今後は、上記の自己複製RNAを基にさらに配列構造の改変を行い、また環境条件を最適化することで、鋳型依存連結反応によって持続的に自己複製する最小RNAの開発を試みる。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

当初の予定であった最小の自己複製RNAが得られたため。

今後の研究の推進方策

本年度に見つかった最小自己複製RNAを基に、持続的に複製が可能な配列構造と環境条件を探索する。その後、多様な基質RNAを用いて、自己複製RNAが進化していく可能性も検証する。

報告書

(1件)
  • 2023 実施状況報告書
  • 研究成果

    (17件)

すべて 2024 2023

すべて 雑誌論文 (5件) (うち査読あり 5件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (12件) (うち国際学会 5件、 招待講演 9件)

  • [雑誌論文] Constraint on an RNA world on montmorillonite clay2024

    • 著者名/発表者名
      Mizuuchi Ryo
    • 雑誌名

      Biophysical Journal

      巻: 123 号: 4 ページ: 421-423

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2024.01.020

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] How prebiotic complexity increases through Darwinian evolution2023

    • 著者名/発表者名
      Yukawa Kohtoh、Mizuuchi Ryo、Ichihashi Norikazu
    • 雑誌名

      Current Opinion in Systems Biology

      巻: 34 ページ: 100456-100456

    • DOI

      10.1016/j.coisb.2023.100456

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Minimal RNA self-reproduction discovered from a random pool of oligomers2023

    • 著者名/発表者名
      Mizuuchi Ryo、Ichihashi Norikazu
    • 雑誌名

      Chemical Science

      巻: 14 号: 28 ページ: 7656-7664

    • DOI

      10.1039/d3sc01940c

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Emergence of linkage between cooperative RNA replicators encoding replication and metabolic enzymes through experimental evolution2023

    • 著者名/発表者名
      Ueda Kensuke、Mizuuchi Ryo、Ichihashi Norikazu
    • 雑誌名

      PLOS Genetics

      巻: 19 号: 8 ページ: e1010471-e1010471

    • DOI

      10.1371/journal.pgen.1010471

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Cell-free expression of RuBisCO for ATP production in the synthetic cells2023

    • 著者名/発表者名
      Sugii Shugo、Hagino Katsumi、Mizuuchi Ryo、Ichihashi Norikazu
    • 雑誌名

      Synthetic Biology

      巻: 8 号: 1

    • DOI

      10.1093/synbio/ysad016

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 生命の起源を追体験する2024

    • 著者名/発表者名
      水内良
    • 学会等名
      定量生物学の会 第十一回年会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 原始的なRNA 集団と自己複製体の探究2024

    • 著者名/発表者名
      水内良、柿崎二郎、佐藤颯、市橋伯一
    • 学会等名
      第48回 生命の起原および進化学会学術講演会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 再構成実験で探る生命の起源:原始生命モデルと実験室内進化2023

    • 著者名/発表者名
      水内良
    • 学会等名
      CHEMINAS 47
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 分子から生命が生まれる道筋を解き明かすために2023

    • 著者名/発表者名
      水内良
    • 学会等名
      生命の分子システムの理解に向けて何を創れば良いか?
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Minimal RNA self-reproduction discovered from a random pool of oligomers2023

    • 著者名/発表者名
      Ryo Mizuuchi, Norikazu Ichihashi
    • 学会等名
      Molecular Origins of Life
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] RNA replication systems and evolution: for understanding the origins of life2023

    • 著者名/発表者名
      Ryo Mizuuchi
    • 学会等名
      SPEED × Bottom-up Biotech × ELSI joint workshop
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Evolution of complexity in an artificial RNA replication system2023

    • 著者名/発表者名
      Ryo Mizuuchi
    • 学会等名
      STATPHYS28 Satellite Meeting, Statistical Physics and Information-Processing in Living Systems
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Emergence and evolution of host-parasite ecosystems in a molecular replication system2023

    • 著者名/発表者名
      Ryo Mizuuchi
    • 学会等名
      Confect Symposium 2023 “Marine Microbial Virus Ecology and Evolution”
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 原始生命モデルの実験進化で観測不能な生命の起源に迫る2023

    • 著者名/発表者名
      水内良
    • 学会等名
      日本進化学会第25回大会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 原始的なRNA集団の調査から見つかった自己複製する最小のRNA2023

    • 著者名/発表者名
      水内良、市橋伯一
    • 学会等名
      「細胞を創る」研究会 16.0
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] Minimal RNA self-reproduction discovered from a random pool of oligomers2023

    • 著者名/発表者名
      Ryo Mizuuchi
    • 学会等名
      第61回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Experimental evolution of artificial RNA replication systems: for understanding the origins of life2023

    • 著者名/発表者名
      Ryo Mizuuchi
    • 学会等名
      International Workshop for Bridging Synthetic, Computational & Evolutionary Biology
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演

URL: 

公開日: 2023-04-13   更新日: 2024-12-25  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi