研究課題/領域番号 |
23K14154
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研究種目 |
若手研究
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配分区分 | 基金 |
審査区分 |
小区分43040:生物物理学関連
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研究機関 | 東京工業大学 |
研究代表者 |
TRAN PHUOC・DUY 東京工業大学, 生命理工学院, 助教 (50848546)
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研究期間 (年度) |
2023-04-01 – 2025-03-31
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研究課題ステータス |
交付 (2023年度)
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配分額 *注記 |
4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
2024年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
2023年度: 2,730千円 (直接経費: 2,100千円、間接経費: 630千円)
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キーワード | PaCS-MD / Flagellar stator MotAB / Molecular dynamics |
研究開始時の研究の概要 |
We’ll construct full-length models of Aquifex and E. coli MotA/B as well as Vibrio PomA/B based on the recently determined structures of the transmembrane region of MotA/B and already known structure of the periplasmic domain of MotB together with all-atom molecular dynamics simulation. Using these models and PaCS-MD/MSM, we’ll simulate permeation of sodium ion and proton through the complex with and without peptidoglycan layer and also simulate the rotation of MotA or PomA around MotB or PomB. After that, we’ll compare the mechanisms of MotA/B and PomA/B.
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