| 研究課題/領域番号 |
23K14600
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| 研究種目 |
若手研究
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| 配分区分 | 基金 |
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| 審査区分 |
小区分50010:腫瘍生物学関連
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| 研究機関 | 横浜市立大学 |
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研究代表者 |
押 正徳 横浜市立大学, 附属病院, 助教 (70967398)
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| 研究期間 (年度) |
2023-04-01 – 2026-03-31
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| 研究課題ステータス |
交付 (2024年度)
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| 配分額 *注記 |
4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円)
2025年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
2024年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2023年度: 2,990千円 (直接経費: 2,300千円、間接経費: 690千円)
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| キーワード | バイオマーカー / TNBC / 遺伝子発現 / 3-gene / 化学療法 / 効果予測 / 予後予測 / 乳癌 / トランスクリプトーム |
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| 研究開始時の研究の概要 |
申請者はすでに今回使用するScoreがTNBC患者において治療予測，更には予後予測バイオマーカーとして有用であることを，欧米人を対象とした次世代シーケンサーによる網羅的データを用いて示してきた．本研究ではこのscoreを国内で臨床応用可能となることを明らかにすることが目的である．申請者の関連施設における乳癌患者検体からqPCRを用いて各3-gene score値を算出し，日本人に適切なCut-off値を導き出し感度特異度を算出することで，人種間による遺伝学的背景の違いによる影響を受けず，より高い精度のバイオマーカーが作成可能となると考える．
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| 研究実績の概要 |
現在、本研究の目的である3-gene scoreの日本人TNBC患者における臨床応用に向けて、自施設に保存されたFFPE検体を用いた解析を鋭意進めている。腫瘍組織からのRNA純度と特異性を担保するため、熟練した病理医の監修のもとでマイクロダイセクションを実施し、腫瘍部位の精密な切り出しを行った上で、感度の高いデジタルPCR（dPCR）により、3つの標的遺伝子の発現量を定量している。これらの遺伝子はもともと乳癌組織中での発現が非常に低く、FFPE検体由来のRNAの断片化とあいまって、定量には高度な技術的困難が伴ったが、試薬条件およびPCRプロトコルの最適化を重ねることで、安定した定量データを取得可能な体制が整ってきた。
現時点では一部症例（約20例）において3-gene scoreの算出を完了しており、中間解析の結果、周術期化学療法後のpCRとの相関解析において、ROC曲線のAUC値は0.68を示しており、申請者らが欧米人患者を対象に報告した既存データと同程度の予測精度が得られている。
今後は、解析対象となる症例数をさらに拡充し、スコアと予後との関連性の検討に加え、最適なcut-off値の設定、多変量解析による独立予測因子としての有用性の統計的検証を進めていく予定である。これにより、本スコアが日本人TNBC患者における術前化学療法の適応判断を支援する有力なバイオマーカーとして、実臨床において機能し得ることを明らかにしたいと考えている。
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| 現在までの達成度 |
現在までの達成度
3: やや遅れている
理由
本研究における進行の遅れは、対象とする3遺伝子がいずれも乳癌組織において発現量が極めて低く、RNAの定量に適した検出系の確立に想定以上の時間を要したことに起因する。当初は定量手法としてqPCRを予定していたが、FFPE検体由来RNAの断片化と低発現レベルの影響により、再現性あるデータ取得が困難であった。これを受け、企業との技術的検討を重ねた結果、感度の高いデジタルPCR（dPCR）を導入することで、限られたRNA量からでも安定した定量が可能となり、ようやくスコア算出に向けた解析が実行可能な段階に至った。
これらの技術的課題を克服したことで、現在は測定系が確立し、解析手順の標準化も達成されつつある。今後は症例ごとの定量が迅速に行える見通しが立っており、当初の予定に沿って症例数を着実に増加させていけると考えている。
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| 今後の研究の推進方策 |
本研究の主目的である3-gene scoreの日本人TNBC患者における治療予測ツールとしての有用性の検証に向けて、今後は確立された定量プロトコルを用いて症例数を着実に増加させ、信頼性の高い解析を推進していく計画である。現在、マイクロダイセクションおよびデジタルPCRによるRNA定量の手技が確立され、再現性のあるスコア算出が可能となったことから、複数の症例を並行して処理可能な実行体制が整いつつある。これにより、年度内に目標とする解析症例数の達成が見込まれる。
今後はまず、より多数の症例に対する3-gene scoreの算出を進め、pCRとの相関についてROC解析を行うとともに、治療効果予測バイオマーカーとしての感度・特異度の精緻な評価を行う。また、各症例の長期予後データと照合することで、予後予測因子としてのスコアの可能性についても解析を深める予定である。統計解析には多変量解析を導入し、臨床因子との独立性を検証することで、実臨床における汎用性と信頼性を確立する。
さらに、qPCRとデジタルPCRの定量結果の比較を行い、将来的な臨床導入に向けた測定手法の最適化と費用対効果の検討も併行して進める。免疫染色によるタンパク発現との相関評価も継続し、mRNAとタンパクレベルの整合性を確認することで、複数の検出手段を併用した精度向上の可能性を模索する。
本研究により確立される予測ツールは、術前治療を受けるTNBC患者に対して、より適切な治療選択を支援する手段となることが期待される。得られた成果は学会・論文発表に加えて、他施設との共同研究にも展開し、臨床応用の幅を広げていく方針である。また、バイオマーカーとしての応用性をさらに高めるため、今後は他の乳癌サブタイプや薬剤選択への応用可能性についても検討を進めていく。
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