| 研究課題/領域番号 |
23K14607
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| 研究種目 |
若手研究
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| 配分区分 | 基金 |
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| 審査区分 |
小区分50010:腫瘍生物学関連
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| 研究機関 | 公益財団法人がん研究会 |
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研究代表者 |
福岡 聖大 公益財団法人がん研究会, 有明病院 消化器化学療法科, 副医長 (30799565)
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| 研究期間 (年度) |
2023-04-01 – 2025-03-31
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| 研究課題ステータス |
交付 (2023年度)
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| 配分額 *注記 |
4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
2024年度: 3,120千円 (直接経費: 2,400千円、間接経費: 720千円)
2023年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
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| キーワード | 腫瘍内細菌 / 免疫チェックポイント阻害薬 / がん免疫応答 |
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| 研究開始時の研究の概要 |
シークエンス技術の発展により、難培養性の細菌を含む網羅的な腸内細菌叢解析が可能となり、免疫チェックポイント阻害薬のバイオマーカーとして腸内細菌叢が注目されており、がん免疫応答への関与が明らかになりつつある。さらに腫瘍内にも細菌叢が存在するという報告がなされているものの、その意義や役割は明らかではない。本研究はMONSTAR-SCREEN研究における免疫チェックポイント阻害剤治療を受けた患者の腫瘍検体を用いて腫瘍内細菌叢を詳細に解析し、腸内細菌叢やがん遺伝子変異との関連を明らかにすることにより、がん免疫応答における腫瘍内細菌の意義を検証することを目的とする。
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| 研究実績の概要 |
本研究はMONSTAR-SCREEN研究における免疫チェックポイント阻害剤治療を受けた患者の腫瘍検体を用いて腫瘍内細菌叢を詳細に解析することにより、がん免疫応答における腫瘍内細菌の意義を検証することを目的とする。存在する菌量が豊富である腸内細菌叢解析とは異なり、腫瘍内細菌叢における菌量は非常に微量であること、常に汚染（コンタミネーション）の可能性を念頭に置く必要がある。そのため、腫瘍内細菌叢の検出の最適化を行う。具体的には2つの方法を検証する。１つ目は既存の腫瘍サンプルの遺伝子解析データから腫瘍内細菌叢をの検出した報告を参照し、過去に遺伝子解析を行ったデータベースから生物配列のフィルタリング、正規化、同定を試みる。2つ目の方法として、FFPE検体から無菌操作でマクロダイセクションを行った後に、DNA抽出を行う。プライマーの検証も並行して行い、最適なプライマーを選択した後に、PCRによる増幅を行い、得られた増幅産物のクローニングした後に次世代シーケンサーにより遺伝子配列を決定し、細菌叢を同定する。
2023年度は一つ目のデータベースから解析するパイプラインを構築し、実際に腫瘍内細菌の同定に成功した。今年度保存検体からの腫瘍内細菌を検出する実験系を確立し、いずれの方法が最適か検討する予定である。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
3: やや遅れている
理由
保存検体から腫瘍内細菌を検出する実験の条件検討に想定以上に時間を要しており、実際の症例を用いた解析の検体収集に遅れが生じている。検討は終了し、検体の選別の段階にあり今年度中に解析まで終了する予定である。
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| 今後の研究の推進方策 |
データベースから同定した腫瘍内細菌に関しては、別のコホートでのvalidationを行う。並行して保存検体から腫瘍内細菌を同定し統合解析を行う予定である。
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