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複雑修飾中分子の固相化学酵素合成

研究課題

研究課題/領域番号 23K17410
研究種目

挑戦的研究(開拓)

配分区分基金
審査区分 中区分47:薬学およびその関連分野
研究機関北海道大学

研究代表者

松田 研一  北海道大学, 薬学研究院, 講師 (50812301)

研究期間 (年度) 2023-06-30 – 2027-03-31
研究課題ステータス 交付 (2023年度)
配分額 *注記
25,740千円 (直接経費: 19,800千円、間接経費: 5,940千円)
2026年度: 6,370千円 (直接経費: 4,900千円、間接経費: 1,470千円)
2025年度: 6,370千円 (直接経費: 4,900千円、間接経費: 1,470千円)
2024年度: 6,370千円 (直接経費: 4,900千円、間接経費: 1,470千円)
2023年度: 6,630千円 (直接経費: 5,100千円、間接経費: 1,530千円)
キーワード生体触媒 / 中分子 / 天然物 / 生合成 / 化学酵素合成 / 固相合成 / ポリケチド / ペプチド
研究開始時の研究の概要

ポリケチドやポリケチド-ペプチドハイブリッド化合物は、医薬資源として重要な中分子群である一方で、非常に複雑な化学構造のため、これらを合成するための統一的な手法はありません。本研究では、高度な分子認識能をもつ生体触媒を活用し、これらの複雑中分子を固相上で構築するための汎用的な合成技術の開発を目指します。加えて、構築した炭素鎖の多様性をさらに拡張するための修飾技術の開発を目指します。

研究実績の概要

ポリケチドやポリケチド-ペプチドハイブリッド化合物は、医薬資源として重要な中分子群である一方で、非常に複雑な化学構造のため、これらを合成するための統一的な手法は確立されていない。本研究は、高度な分子認識能を有する生体触媒を活用し、ポリケチド骨格を固相上で合成する統一的な方法論を開発するとともに、合成したポリケチド鎖を天然物に匹敵する複雑さをもつハイブリッド中分子へと昇華するための多段階生体触媒フロー合成系の構築を目指す。本年度は主に、鎖状骨格構築後の構造多様化段階に関する検証を重点的に進めた。具体的には、酵素触媒の固定化法を検証し、新たな方法で固相に固定化した酵素触媒による分子変換が可能であることを示した。また多様化段階に用いる酵素触媒のレパートリーを拡充した。環化酵素についてはファミリー全体での網羅的な検証を進めており、詳細な検証を行ったものについては各々の基質選択性の差異が明らかになった。アルキル化酵素については、既存のものよりも基質選択性が大幅に寛容なものが複数得られた。今後、これらの選択性をさらに詳細に解析することで、基質毎に最適な酵素触媒を選択できる体制の構築を目指す。またポリケチドユニット合成にむけてC-C結合形成酵素触媒の開発を進める。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

本年度は、鎖状分子の効率的に構造多様化する生体触媒フロー合成法を開発するため、酵素触媒の固定化法を検討した。まず組換えタンパク質を発現後に直接固相へする方法を検討した。その結果、非共有結合性の相互作用により、組換え酵素を固相に位置選択的に固定化できることを確認した。次に固定化した酵素触媒が活性を示すか検証した。ペプチド環化酵素PBP-type TEを固相に担持し、脱離基を付与した直鎖ペプチド基質と混合したところ、環化反応が効率よく進行した。以上により簡便な固定化酵素触媒の調製法を確立した。
また、本年度は鎖状基質の構造多様化のための酵素触媒を探索した。具体的には、ペプチド環化酵素PBP-type TEと、ペプチドアルキル化酵素PTについて、それぞれのタンパク質ファミリー全体で系統解析を行い、これらを異なる基質特異性をもつと予想されるサブグループに分類した。環化酵素については、サブグループから代表的な配列を選抜し、組換え酵素の活性を簡便なin vitro試験によって評価した。その結果、複数の組換え酵素にて環化活性が確認された。今後より詳細な解析を進める予定である。ペプチドアルキル化酵素については、アルギニンビスプレニル化酵素のサブクレードに着目し、組換え酵素の調製と機能解析を進めた。その結果、既存のAgcFよりも基質選択性が大幅に寛容であり、様々な鎖状・環状ペプチドのビスブレにル化を触媒可能なものが複数得られた。

今後の研究の推進方策

次年度以降は、未着手の生体触媒を用いたC-C結合形成反応の開発に着手する。これに向けてC-C結合形成反応を触媒するケトシンターゼやアルドラーゼ等の酵素ファミリーを対象に、配列探索と組換え酵素の機能解析を行う。また環化酵素については、各ホモログ酵素の機能解析を継続し、それぞれの基質選択性の差異を明らかにする。これにより、基質毎に最適な酵素触媒を選択できる体制の構築を目指す。

報告書

(2件)
  • 2023 審査結果の所見   実施状況報告書
  • 研究成果

    (27件)

すべて 2024 2023

すべて 雑誌論文 (7件) (うち国際共著 1件、 査読あり 5件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (20件) (うち国際学会 3件、 招待講演 3件)

  • [雑誌論文] Chemoenzymatic tandem cyclization for the facile synthesis of bicyclic peptides2024

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi Masakazu、Onozawa Naho、Matsuda Kenichi、Wakimoto Toshiyuki
    • 雑誌名

      Communications Chemistry

      巻: 7 号: 1 ページ: 67-67

    • DOI

      10.1038/s42004-024-01147-w

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Bacterial Hydrazine Biosynthetic Pathways Featuring Cupin/Methionyl tRNA Synthetase‐like Enzymes2024

    • 著者名/発表者名
      Matsuda Kenichi、Wakimoto Toshiyuki
    • 雑誌名

      ChemBioChem

      巻: - 号: 9

    • DOI

      10.1002/cbic.202300874

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Phylogeny‐guided Characterization of Bacterial Hydrazine Biosynthesis Mediated by Cupin/methionyl tRNA Synthetase‐like Enzymes2024

    • 著者名/発表者名
      Matsuda Kenichi、Nakahara Yuto、Choirunnisa Atina Rizkiya、Arima Kuga、Wakimoto Toshiyuki
    • 雑誌名

      ChemBioChem

      巻: 25 号: 7

    • DOI

      10.1002/cbic.202300838

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Actinobacterial chalkophores: the biosynthesis of hazimycins2024

    • 著者名/発表者名
      Matsuda Kenichi、Maruyama Hiroto、Imachi Kumiko、Ikeda Haruo、Wakimoto Toshiyuki
    • 雑誌名

      The Journal of Antibiotics

      巻: - 号: 4 ページ: 228-237

    • DOI

      10.1038/s41429-024-00706-6

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Carrier Protein Mediated Formation of the Dihydropyridazinone Ring in Actinopyridazinone Biosynthesis2023

    • 著者名/発表者名
      Arima Kuga、Akiyama Satoko、Shin‐ya Kazuo、Matsuda Kenichi、Wakimoto Toshiyuki
    • 雑誌名

      Angewandte Chemie International Edition

      巻: 62 号: 29

    • DOI

      10.1002/anie.202305155

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] ペニシリン結合タンパク質型チオエステラーゼを用いた環状ペプチドの効率的な化学-酵素合成2023

    • 著者名/発表者名
      松田研一、脇本敏幸
    • 雑誌名

      Peptide Newsletter Japan

      巻: 7

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [雑誌論文] 環状ペプチドの効率的な化学-酵素合成法2023

    • 著者名/発表者名
      松田研一、脇本敏幸
    • 雑誌名

      Bioscience & Industry

      巻: 81 ページ: 505-508

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] Exploration and biocatalytic application of enzymes in specialized metabolism2023

    • 著者名/発表者名
      Kenichi Matsuda
    • 学会等名
      日本薬学会第144年会(横浜) IS01 次世代薬学アジアシンポジウム ケミカルバイオロジー1
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] S19-3 天然物生合成酵素を活用した環状中分子の化学-酵素合成2023

    • 著者名/発表者名
      松田研一
    • 学会等名
      日本薬学会第144年会(横浜) S19 中分子創薬研究のフロンティア -中分子創薬に資する次世代分子技術-
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] シアノバクチン生合成におけるグアニジンビスプレニル化酵素の網羅的探索と機能解析2023

    • 著者名/発表者名
      藤田慧、山田惟人、松田研一、脇本敏幸
    • 学会等名
      日本薬学会第144年会(横浜)
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 二環性ペプチドの化学-酵素合成2023

    • 著者名/発表者名
      小野澤菜帆、小林 雅和、松田 研一、脇本 敏幸
    • 学会等名
      日本薬学会第144年会(横浜)
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 30-411-am04 非リボソームペプチド環化酵素を用いたラリアット型環状ペプチドの化学-酵素合成2023

    • 著者名/発表者名
      小林 雅和、松田 研一、脇本 敏幸
    • 学会等名
      日本薬学会第144年会(横浜)
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 非リボソームペプチオ環化酵素を用いたhead-to-side chain型環状ペプチドの化学-酵素合成2023

    • 著者名/発表者名
      小林 雅和、松田 研一、脇本 敏幸
    • 学会等名
      日本農芸化学会2024年度大会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 有用な天然物生合成酵素の探索とその触媒利用2023

    • 著者名/発表者名
      松田研一
    • 学会等名
      9th BROGHT Symposium
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 二環性ペプチドの化学-酵素合成2023

    • 著者名/発表者名
      小野澤菜帆、小林 雅和、松田 研一、脇本 敏幸
    • 学会等名
      第24回天然薬物の開発と応用シンポジウム
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 抗結核菌活性環状ヘキサペプチド wollamide 生合成における環化酵素 WolJの機能解析2023

    • 著者名/発表者名
      市原 凜太郎、小林 雅和、藤田 慧、松田 研一、脇本 敏幸
    • 学会等名
      第24回天然薬物の開発と応用シンポジウム
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] アルギニン選択的環状ペプチドビスプレニル化酵素の網羅的探索と機能解析2023

    • 著者名/発表者名
      藤田慧、松田研一、脇本敏幸
    • 学会等名
      第24回天然薬物の開発と応用シンポジウム
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] A New Family of Peptide Cyclases Enabled Streamlined Chemoenzymatic Synthesis of Cyclic Peptide2023

    • 著者名/発表者名
      Kenichi Matsuda,Masakazu Kobayashi,Kei Fujita,Toshiyuki Wakimoto
    • 学会等名
      The 23rd Symposium of the Society of Biocatalysis Japan
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 非リボソームペプチド環化酵素を利用した環状ペプチドの効率的合成法の開発2023

    • 著者名/発表者名
      小林雅和、市原凛太朗、藤田慧、松田研一、脇本敏幸
    • 学会等名
      第65回天然有機化合物討論会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 非リボソームペプチド環化酵素 WolJ を用いた抗結核菌活性環状ペプチドの構造展開2023

    • 著者名/発表者名
      市原 凜太郎、小林 雅和、藤田 慧、松田 研一、脇本 敏幸
    • 学会等名
      日本生薬学会第69年会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 二環性ペプチドの化学-酵素合成2023

    • 著者名/発表者名
      小野澤菜帆、小林 雅和、松田 研一、脇本 敏幸
    • 学会等名
      日本生薬学会第69年会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] A New Family of Peptide Cyclases Enabled Streamlined Chemoenzymatic Synthesis of Cyclic Peptides2023

    • 著者名/発表者名
      Kenichi Matsuda,Masakazu Kobayashi,Kei Fujita,Toshiyuki Wakimoto
    • 学会等名
      3rd Japan-Switzerland-Germany Workshop on Biocatalysis and Bioprocess Development
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] アルギニンビスプレニル化酵素の探索と機能解析2023

    • 著者名/発表者名
      藤田慧、松田研一、脇本敏幸
    • 学会等名
      第55回若手ペプチド夏の勉強会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 非リボソームペプチド環化酵素WolJを用いた抗結核菌活性環状ペプチドWollamideの構造展開2023

    • 著者名/発表者名
      市原 凜太郎、小林 雅和、藤田 慧、松田 研一、脇本 敏幸
    • 学会等名
      第55回若手ペプチド夏の勉強会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] アルギニンビスプレニル化酵素の探索と機能解析2023

    • 著者名/発表者名
      藤田慧、松田研一、脇本敏幸
    • 学会等名
      第15回化学生態学研究会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 二環性ペプチドの化学-酵素合成2023

    • 著者名/発表者名
      小野澤菜帆、小林 雅和、松田 研一、脇本 敏幸
    • 学会等名
      第47回日本生薬学会北海道支部例会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] Streamlined chemoenzymatic synthesis of cyclic peptides by non-ribosomal peptide cyclases2023

    • 著者名/発表者名
      Kenichi Matsuda,Masakazu Kobayashi,Kei Fujita,Toshiyuki Wakimoto
    • 学会等名
      NextGenBiocat 2023
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会

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公開日: 2023-07-04   更新日: 2024-12-25  

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