| 研究課題/領域番号 |
23K17514
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| 研究種目 |
挑戦的研究(萌芽)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 審査区分 |
中区分3:歴史学、考古学、博物館学およびその関連分野
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| 研究機関 | 総合研究大学院大学 |
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研究代表者 |
澤藤 りかい 総合研究大学院大学, 統合進化科学研究センター, 日本学術振興会特別研究員(CPD) (50814612)
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| 研究期間 (年度) |
2023-06-30 – 2025-03-31
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| 研究課題ステータス |
交付 (2023年度)
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| 配分額 *注記 |
6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円)
2024年度: 3,510千円 (直接経費: 2,700千円、間接経費: 810千円)
2023年度: 2,990千円 (直接経費: 2,300千円、間接経費: 690千円)
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| キーワード | 古代DNA / メタゲノム / 歯石 / 土壌 / 文化財 |
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| 研究開始時の研究の概要 |
本研究では、古代のメタゲノムサンプル（歯石・土壌など様々な生物のゲノムを含む試料）から動植物の分類群の確実な同定を行う。特に動植物に関しては、食物や環境など得られる情報が多い一方で、確実な分類群の同定は現段階で難しい側面がある。DNAの濃縮を組み合わせ、古代DNAの特徴（デアミネーション）を確認することで、動物・植物の確実な同定を行い、花粉分析や炭化物の種同定と同程度の信頼性を持つ種同定を目指す。また、この手法を様々な試料に応用することで、食物や古環境のより詳細な復元が可能になり、考古学や文化財科学、人類学などの分野に貢献できると考えられる。
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| 研究実績の概要 |
本研究の目的は、古代のメタゲノムサンプル(歯石・土壌など様々な生物のゲノムを含む試料)から動植物の分類群の確実な同定を行うことである。特に動植物に関しては、食物や環境など得られる情報が多い一方で、確実な分類群の同定は現段階で難しい側面がある。DNAの濃縮を組み合わせ、動物・植物の確実な同定を行い、かつ古代DNAの特徴(デアミネーション)を確認することで、より精度の高い情報が得られる。また、この手法を様々な試料に応用することで、考古学や文化財科学、人類学などの分野に貢献できると考えられる。
本年度は特に歯石・土壌のメタゲノムサンプルの古代DNAに関して、主にショットガンデータの動植物同定のパイプラインの検討を行った。refseqなどのミトコンドリア・葉緑体ゲノムのデータベースを用い、同時にバクテリアのデータベース(GTDBなど)も用い、全てまとめた一つのデータベースを作成し、その配列データベースをインデックス化しbowtie2でアライメントを行った。このような操作を行うことで、バクテリアなど動植物以外の誤同定を防ぎ、偽陽性を減らすことができた。またkrakenなどk-merベースの生物種同定法は偽陽性が高く、あまり信頼性が高い結果が得られないことも分かった。今後はデータベースを核ゲノムへと広げ、またターゲットキャプチャを用いることで、より効率的かつ網羅性の高い動植物同定法を作成していく。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
おおむね予定通りの進行であり、解析手法も問題なく施行できている。
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| 今後の研究の推進方策 |
今後は動植物のターゲットキャプチャの解析を進めていく予定である。
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