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遺伝子発現デバイスによる細胞内転写制御

研究課題

研究課題/領域番号 23K17867
研究種目

挑戦的研究(萌芽)

配分区分基金
審査区分 中区分28:ナノマイクロ科学およびその関連分野
研究機関関西大学

研究代表者

遠藤 政幸  関西大学, 研究推進部, 特別任命教授 (70335389)

研究期間 (年度) 2023-06-30 – 2026-03-31
研究課題ステータス 交付 (2023年度)
配分額 *注記
6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円)
2025年度: 2,600千円 (直接経費: 2,000千円、間接経費: 600千円)
2024年度: 2,600千円 (直接経費: 2,000千円、間接経費: 600千円)
2023年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
キーワードDNAナノ構造 / 転写制御 / 遺伝子発現デバイス / 分子ロボット / DNAオリガミ
研究開始時の研究の概要

本研究では、細胞内の任意の場所で転写を行える「遺伝子発現デバイス」を構築する。このデバイスは中空の3次元DNAオリガミ構造体を筐体として転写に必要な分子を集積し作成する。また、細胞内の特定の場所に局在化させるための標的分子をデバイス表面に結合する。これにより、細胞内の特異的な場所での転写や細胞の形態変化の誘導などを積極的に行える分子デバイスを創生する。

研究実績の概要

遺伝子からRNAやタンパクを合成する転写翻訳の自由な制御は分子テクノロジーの重要なテーマであり、細胞や生体の操作にも応用できる。本研究では、DNAナノ構造上で転写の制御を行う遺伝子制御システムを導入した「遺伝子発現デバイス」を構築する。これにより、細胞内で時空間を制御して転写を行う分子システムを開発する。本年度は、制御可能な転写系の構築と発光性RNAアプタマーSpinachとBroccoliを使用した発現の確認系の構築を行った。T7プロモーターの一部位を欠損したDNA鎖を用い、欠損部位と相補鎖DNAを制御分子として転写を行った。その結果、制御DNA鎖の欠損によって転写が大幅に抑制されたのに対して、制御DNAの添加によって、通常通りの転写が行われた。これによって、有効なON/OFFスイッチングが得られた。また、リポソームを使用して、その内部に転写系を構築した。転写系は界面通過法によりリポソーム内に封入した。共焦点蛍光顕微鏡観察の結果、制御DNA鎖の添加により、Broccoli アプタマーの生成が確認され、リポソーム内でのRNA合成が確認された。作成するRNAとして新規なRNAオリガミ構造体を設計し、転写後の構造体生成の確認と1次元と2次元集合体へのアセンブルを原子間力顕微鏡(AFM)により確認した。今後これらのRNAオリガミをリポソーム内で転写することにより、リポソームの動態の変化を観察する。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

本年度は、制御可能な転写系の構築と発光性RNAアプタマーSpinachとBroccoliを使用した発現の確認系の構築を行った。T7プロモーターの一部位を欠損したDNA鎖を用い、欠損部位と相補鎖DNAを制御分子として転写を行った。その結果、有効なON/OFFスイッチングが得られた。また、リポソームを使用して、その内部に転写系を構築した。転写系は界面通過法によりリポソーム内に封入した。共焦点蛍光顕微鏡観察の結果、制御DNA鎖の添加によるRNAの生成が確認された。作成するRNAとしてRNAオリガミ構造体を設計し、転写後の構造体生成の確認と1次元と2次元集合体へのアセンブルをAFMにより確認した。

今後の研究の推進方策

現在までの結果を踏まえ、以下の4項目について研究を進める。
(1)転写活性化を制御するプロモーター部位への分子スイッチの作成を行う。
(2)外部からのスイッチング制御システムとして、光ケージ分子を導入し光照射による転写の開始系を構築する。酵素とプロモーター間の距離を光ケージ分子で制御する。
(3)リポソームへの導入内へ作成した遺伝子発現制御系を界面通過法で封入し、光照射による転写活性のレベルを共焦点顕微鏡によりタイムラプスで検討する。
(4)RNAオリガミ構造体のリポソーム内部への封入とその集合体形成の動態を共焦点顕微鏡により観察する。

報告書

(1件)
  • 2023 実施状況報告書
  • 研究成果

    (5件)

すべて 2023

すべて 雑誌論文 (5件) (うち国際共著 1件、 査読あり 5件、 オープンアクセス 2件)

  • [雑誌論文] Isothermal self-assembly of multicomponent and evolutive DNA nanostructures2023

    • 著者名/発表者名
      Rossi-Gendron Caroline、El Fakih Farah、Bourdon Laura、Nakazawa Koyomi、Finkel Julie、Triomphe Nicolas、Chocron Lea、Endo Masayuki、Sugiyama Hiroshi、Bellot Ga?tan、Morel Mathieu、Rudiuk Sergii、Baigl Damien
    • 雑誌名

      Nature Nanotechnology

      巻: 18 号: 11 ページ: 1311-1318

    • DOI

      10.1038/s41565-023-01468-2

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Structural Expansion of Catalytic RNA Nanostructures through Oligomerization of a Cyclic Trimer of Engineered Ribozymes2023

    • 著者名/発表者名
      Siddika Mst. Ayesha、Oi Hiroki、Hidaka Kumi、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki、Matsumura Shigeyoshi、Ikawa Yoshiya
    • 雑誌名

      Molecules

      巻: 28 号: 18 ページ: 6465-6465

    • DOI

      10.3390/molecules28186465

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Photocontrolled DNA nanotubes as stiffness tunable matrices for controlling cellular behavior2023

    • 著者名/発表者名
      Sethi Soumya、Emura Tomoko、Hidaka Kumi、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki
    • 雑誌名

      Nanoscale

      巻: 15 号: 6 ページ: 2904-2910

    • DOI

      10.1039/d2nr05202d

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Single-Molecule Visualization of B-Z Transition in DNA Origami Using High-Speed AFM2023

    • 著者名/発表者名
      Endo Masayuki、Sugiyama Hiroshi
    • 雑誌名

      Methods in Molecular Biology

      巻: 2651 ページ: 241-250

    • DOI

      10.1007/978-1-0716-3084-6_17

    • ISBN
      9781071630839, 9781071630846
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Two-Dimensional DNA Origami Lattices Assembled on Lipid Bilayer Membranes2023

    • 著者名/発表者名
      Suzuki Yuki、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki
    • 雑誌名

      Methods in Molecular Biology

      巻: 2639 ページ: 83-90

    • DOI

      10.1007/978-1-0716-3028-0_5

    • ISBN
      9781071630273, 9781071630280
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり

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公開日: 2023-07-04   更新日: 2024-12-25  

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