Pore-Cデータを活用した多倍体ゲノムアセンブル手法の開発

• 研究課題/領域番号: 23K18093
• 研究種目: 挑戦的研究(萌芽)
• 配分区分: 基金
• 審査区分: 中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野
• 研究機関: 東京工業大学
• 研究代表者: 伊藤 武彦 東京工業大学, 生命理工学院, 教授 (90501106)
• 研究期間 (年度): 2023-06-30 – 2025-03-31
• 研究課題ステータス: 交付 (2023年度)
• 配分額: 6,370千円 (直接経費: 4,900千円、間接経費: 1,470千円); 2024年度: 2,860千円 (直接経費: 2,200千円、間接経費: 660千円); 2023年度: 3,510千円 (直接経費: 2,700千円、間接経費: 810千円)
• キーワード: ゲノムアセンブル / 多倍体ゲノム

研究開始時の研究の概要

本研究課題では、塩基レベルの精度を持つde bruijnグラフアルゴリズムを高精度HiFiロングリードに適用し、アレル毎のcontigを極力出力する機能の開発、およびPore-Cデータを活用したphasing / scaffolding機能の開発により、多倍体サンプル由来リードのみから全染色体を個別に分けた配列の構築を行うアセンブルプログラムの完成を目指す。
また、植物などを対象とし実データからゲノム配列の構築を行い、本手法の有効性を示すとともに、アレル間の差に着目した解析を通じ、新たな生物学的知見の獲得を目指す。