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腫瘍微小環境における多因子間相互作用ネットワーク定量的検出への挑戦

研究課題

研究課題/領域番号 23K18240
研究種目

挑戦的研究(萌芽)

配分区分基金
審査区分 中区分50:腫瘍学およびその関連分野
研究機関大阪大学

研究代表者

二村 圭祐  大阪大学, 大学院医学系研究科, 准教授 (00462713)

研究分担者 波多野 浩士  大阪大学, 大学院医学系研究科, 講師 (60762234)
研究期間 (年度) 2023-06-30 – 2026-03-31
研究課題ステータス 交付 (2023年度)
配分額 *注記
6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円)
2025年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
2024年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
2023年度: 2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円)
キーワード多因子間相互作用 / 腫瘍微小環境
研究開始時の研究の概要

腫瘍微小環境は癌細胞、免疫細胞、線維芽細胞、血管内皮細胞などの多様な細胞によって構築される。患者の腫瘍組織において、細胞間で生じる受容体とリガンド間の相互作用、各細胞内でのシグナル伝達経路に関わるタンパク質間の相互作用は腫瘍免疫や腫瘍の進展を理解する上で重要である。本研究は、腫瘍微小環境における多因子間相互作用をネットワーク構造として定量的かつ空間的に分解して検出することに挑戦する。

研究実績の概要

本研究は、申請者が開発したInteraction Between Molecules(IBM)seq法を用いて腫瘍微小環境における細胞間・細胞内で生じる多因子間相互作用をネットワーク構造として解析する方法を確立する。腫瘍微小環境は癌細胞、免疫細胞、線維芽細胞、血管内皮細胞などの多様な細胞によって構築される。患者の腫瘍組織において、細胞間で生じる受容体とリガンド間の相互作用、各細胞内でのシグナル伝達経路に関わるタンパク質間の相互作用は腫瘍免疫や腫瘍の進展を理解する上で重要である。腫瘍微小環境を解析する手法として、空間的トランスクリプトーム、多重免疫染色による顕微鏡観察が用いられている。しかし、いずれの方法も多因子間にわたる複雑な分子間相互作用を直接解析することはできない。本研究は、微量な腫瘍組織を用いて、腫瘍微小環境における多因子間相互作用をネットワーク構造として定量的かつ空間的に分解して検出することに挑戦する。そのため、本研究において腫瘍組織での複雑な多因子間相互作用を解析する方法を確立すれば、腫瘍微小環境を評価する革新的な手法となる。昨年度は、B細胞をモデルにIBMseq法の改良を進めた。IBMseq法に用いるプライマー配列や修飾の最適化を行った。またPCR条件についても最適化を図った。さらに、DNAバーコード付加抗体を用いた免疫染色法についても様々な条件を検討し、DNAバーコードを付加していない抗体と同様の染色結果が得られる条件を同定した。その結果、実際の分子量を反映する条件の候補を見つけることができた。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

微量な検体から細胞間・細胞内で生じる多因子間相互作用をネットワーク構造として解析する方法としてIBMseq法の開発を進めている。昨年度の研究で、IBMseq法の条件の最適化を行った。その結果、実際の分子量を反映する条件の候補を見つけることができた。また、腎癌検体の収集も進め20例ほどの検体を保管することができた。

今後の研究の推進方策

これまでに収集した腎癌検体を用いて、IBMseqを実施するための条件検討を行っていく。まず、腎癌検体に用いる抗体にDNAバーコードを付加し、未付加の抗体と同様の染色像が得られる条件を設定する。その後、同一ブロックの複数箇所を用いてIBMseqを行い、同様の結果が得られるか検証する。次に、複数の抗体を用いてIBMseqを行い、同一ブロックの複数箇所で同様の結果が得られるか検証する。これにより、臨床検体においても再現性を持って相互作用情報を検出できるか検証する。また、B細胞のシークエンシングデータを用いて、解析のパイプラインをさらに改善し、B細胞におけるIBMseqデータの解析を進め、論文として発表できるように研究を進めていく。

報告書

(1件)
  • 2023 実施状況報告書
  • 研究成果

    (7件)

すべて 2024 2023

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 3件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (3件) (うち招待講演 2件)

  • [雑誌論文] Distinct Transcriptional Profiles in the Different Phenotypes of Neurofibroma from the Same Subject with Neurofibromatosis 12024

    • 著者名/発表者名
      Wang Wei-Ning、Koguchi-Yoshioka Hanako、Nimura Keisuke、Watanabe Rei、Tanemura Atsushi、Fujimoto Manabu、Wataya-Kaneda Mari
    • 雑誌名

      Journal of Investigative Dermatology

      巻: 144 号: 1 ページ: 133-141.e4

    • DOI

      10.1016/j.jid.2023.03.1688

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] B細胞における転写制御機構2024

    • 著者名/発表者名
      二村圭祐
    • 雑誌名

      臨床免疫・アレルギー科

      巻: 81 ページ: 116-121

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [雑誌論文] GREB1 isoform 4 is specifically transcribed by MITF and required for melanoma proliferation2023

    • 著者名/発表者名
      Shinzawa Koei、Matsumoto Shinji、Sada Ryota、Harada Akikazu、Saitoh Kaori、Kato Keiko、Ikeda Satsuki、Hirayama Akiyoshi、Yokoi Kazunori、Tanemura Atsushi、Nimura Keisuke、Ikawa Masahito、Soga Tomoyoshi、Kikuchi Akira
    • 雑誌名

      Oncogene

      巻: 42 号: 42 ページ: 3142-3156

    • DOI

      10.1038/s41388-023-02803-6

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Design and synthesis of 4-acetoxypentanamide derivatives of spliceostatin A and their biological evaluation towards prostate cancer treatment2023

    • 著者名/発表者名
      Hirabayashi Satoru、Tsuyuguchi Yuko、Li Yue、Ohta Noriko、Yoshikawa Yusuke、Lin Bangzhong、Fumimoto Megumi、Nunomura Kazuto、Suzuki Takeyuki、Haruta Junichi、Nimura Keisuke、Arisawa Mitsuhiro
    • 雑誌名

      Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters

      巻: 91 ページ: 129333-129333

    • DOI

      10.1016/j.bmcl.2023.129333

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 腫瘍の制御を目指した遺伝子発現制御機構の解明2023

    • 著者名/発表者名
      二村圭祐
    • 学会等名
      第73回日本電気泳動学会シンポジウム
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 多因子間相互作用による遺伝子発現制御機構の解明2023

    • 著者名/発表者名
      二村圭祐
    • 学会等名
      第96回日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] RNAスプライシング因子が誘発する転写異常による腫瘍増悪化機序2023

    • 著者名/発表者名
      二村圭祐
    • 学会等名
      第82回日本癌学会学術総会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書

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公開日: 2023-07-04   更新日: 2024-12-25  

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