データ駆動型育種を促進するカンキツの祖先品種ゲノムにおける構造多型の網羅的検出

• 研究課題/領域番号: 23K19300
• 研究種目: 研究活動スタート支援
• 配分区分: 基金
• 審査区分: 0602:生産環境農学およびその関連分野
• 研究機関: 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構
• 研究代表者: 渡邊 知輝 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 果樹茶業研究部門, 研究員 (70984566)
• 研究期間 (年度): 2023-08-31 – 2025-03-31
• 研究課題ステータス: 交付 (2023年度)
• 配分額: 2,860千円 (直接経費: 2,200千円、間接経費: 660千円); 2024年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円); 2023年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
• キーワード: データ駆動型育種 / カンキツ祖先品種 / 構造多型 / InDelマーカー

研究開始時の研究の概要

ゲノムの大きな構造変異は従来のショートリードのNGSデータでは検出が難しく、データ駆動型育種をはじめとして、その利用は困難なままであった。しかし、近年ロングリードのNGSによるデータが集積し始めたことにより、その検出が容易になりつつある。カンキツは少数の祖先品種のゲノムが複雑に組み合わさり、その後代の品種に受け継がれているため、ゲノムの構造変異の利用価値が高く、また、変異のパターンも比較的限られていると考えられる。このことから、カンキツの祖先品種ゲノムにおいて大きな挿入・欠失変異を網羅的に検出し、育種等に利用可能なDNAマーカー作成の情報基盤を整備することを本研究の目的とした。