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転写と共役したヌクレオソーム再構築の分子メカニズムの解明

研究課題

研究課題/領域番号 23K20300
補助金の研究課題番号 20H03201 (2020-2023)
研究種目

基盤研究(B)

配分区分基金 (2024)
補助金 (2020-2023)
応募区分一般
審査区分 小区分43020:構造生物化学関連
研究機関国立研究開発法人理化学研究所

研究代表者

江原 晴彦  国立研究開発法人理化学研究所, 生命機能科学研究センター, 上級研究員 (80634766)

研究分担者 鯨井 智也  東京大学, 定量生命科学研究所, 助教 (70823566)
研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2025-03-31
研究課題ステータス 交付 (2024年度)
配分額 *注記
17,550千円 (直接経費: 13,500千円、間接経費: 4,050千円)
2024年度: 3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
2023年度: 3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
2022年度: 3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
2021年度: 3,640千円 (直接経費: 2,800千円、間接経費: 840千円)
2020年度: 4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
キーワード転写 / クロマチン / Cryo-EM / 構造生物学
研究開始時の研究の概要

ヒトを含む真核生物のDNAは、クロマチンと呼ばれる固く折りたたまれた構造をとることで、小さな細胞の中に格納されている。一方で、DNA上の遺伝子から情報を読み取る際には、巻き取られたDNAを緩めたり、また格納したり、といった作業が必要になる。そのような作業は、RNAポリメラーゼという酵素と様々な転写伸長因子が結合して作られる、タンパク質複合体によって行われている。本研究は、そのようなタンパク質複合体を試験管の中で再現し、それが、どのようにクロマチンDNAに対して働くのかを、クライオ電子顕微鏡法などを用いて分子レベルで解明することを、その目的とするものである。

研究実績の概要

ヒトを始めとする真核生物のDNAは、細胞の核内に高度に折りたたまれて格納されている(クロマチン構造)。クロマチン構造の最小単位として知られるのは、ヌクレオソームと呼ばれる円盤状の構造である。安定なクロマチン構造の存在は、正常な遺伝子発現制御のために欠かせないものであり、その破綻は、ガンなどの多様な疾患の原因となることが知られている。その一方、ゲノムDNAに書き込まれた情報が機能する際には、転写というプロセスが必要であり、RNAポリメラーゼ(RNAP)という酵素がDNAの情報を読み取る必要がある。しかしながら、その際には、RNAPがヌクレオソームにぶつかることになるため、転写の過程においてクロマチン構造を大きく破壊することなく、DNAの情報を読み取ることができるのがなぜなのか、その分子メカニズムは、大きな謎であった。

2022年度までの研究で、ヒストンシャペロンや転写伸長因子群の協調的な働きにより、転写中のヌクレオソームがRNAPの前方から後方に転移されるメカニズムの概要について、その一連の分子構造を明らかにすることができた。2023年度は、試料調製や構造解析手法の最適化を進めることにより、分子構造の精度を改善し、より細かくて正確なメカニズムの議論が可能となった。それと共に、ヌクレオソームを乗り越えた転写と共役して起こる高次機能の解明を目指し、数種類のヒストン修飾酵素等について、新たに高純度での試料調製などに取り組んだ。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

2023年度については、当初の計画通り、順調に進展しているものと考えている。

今後の研究の推進方策

ヌクレオソーム転写と関連した様々な生命現象を解明するため、例えばヒストン修飾に関わるものを中心に、転写伸長複合体に結合すると予想される、様々なタンパク質について、その調製系の確立等を継続的に行う。それと同時に、複合体の構造解析や、機能解析などを進め、ヌクレオソーム転写の分子メカニズムの全容解明を目指す。

報告書

(4件)
  • 2023 実績報告書
  • 2022 実績報告書
  • 2021 実績報告書
  • 2020 実績報告書
  • 研究成果

    (13件)

すべて 2023 2022 その他

すべて 雑誌論文 (7件) (うち査読あり 7件、 オープンアクセス 7件) 学会発表 (5件) (うち国際学会 1件、 招待講演 3件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Cryo-EM structures of RNA polymerase II-nucleosome complexes rewrapping transcribed DNA2023

    • 著者名/発表者名
      Akatsu Munetaka、Ehara Haruhiko、Kujirai Tomoya、Fujita Risa、Ito Tomoko、Osumi Ken、Ogasawara Mitsuo、Takizawa Yoshimasa、Sekine Shun-ichi、Kurumizaka Hitoshi
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry

      巻: 299 号: 12 ページ: 105477-105477

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2023.105477

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Cryo-EM and biochemical analyses of the nucleosome containing the human histone H3 variant H3.82023

    • 著者名/発表者名
      Hirai Seiya、Kujirai Tomoya、Akatsu Munetaka、Ogasawara Mitsuo、Ehara Haruhiko、Sekine Shun-ichi、Ohkawa Yasuyuki、Takizawa Yoshimasa、Kurumizaka Hitoshi
    • 雑誌名

      The Journal of Biochemistry

      巻: 174 号: 6 ページ: 549-559

    • DOI

      10.1093/jb/mvad069

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structural Basis of Damaged Nucleotide Recognition by Transcribing RNA Polymerase II in the Nucleosome2023

    • 著者名/発表者名
      Osumi Ken、Kujirai Tomoya、Ehara Haruhiko、Ogasawara Mitsuo、Kinoshita Chiaki、Saotome Mika、Kagawa Wataru、Sekine Shun-ichi、Takizawa Yoshimasa、Kurumizaka Hitoshi
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Biology

      巻: 435 号: 13 ページ: 168130-168130

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2023.168130

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Contributions of histone tail clipping and acetylation in nucleosome transcription by RNA polymerase II2023

    • 著者名/発表者名
      Oishi Takumi、Hatazawa Suguru、Kujirai Tomoya、Kato Junko、Kobayashi Yuki、Ogasawara Mitsuo、Akatsu Munetaka、Ehara Haruhiko、Sekine Shun-ichi、Hayashi Gosuke、Takizawa Yoshimasa、Kurumizaka Hitoshi
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 51 号: 19 ページ: 10364-10374

    • DOI

      10.1093/nar/gkad754

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structural basis of nucleosome disassembly and reassembly by RNAPII elongation complex with FACT2022

    • 著者名/発表者名
      Ehara Haruhiko、Kujirai Tomoya、Shirouzu Mikako、Kurumizaka Hitoshi、Sekine Shun-ichi
    • 雑誌名

      Science

      巻: 377 号: 6611

    • DOI

      10.1126/science.abp9466

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structural basis of RNA polymerase II transcription on the chromatosome containing linker histone H12022

    • 著者名/発表者名
      Hirano Rina、Ehara Haruhiko、Kujirai Tomoya、Uejima Tamami、Takizawa Yoshimasa、Sekine Shun-ichi、Kurumizaka Hitoshi
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 13 号: 1 ページ: 7287-7287

    • DOI

      10.1038/s41467-022-35003-z

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structural and biochemical analyses of the nucleosome containing Komagataella pastoris histones2022

    • 著者名/発表者名
      Fukushima Yutaro、Hatazawa Suguru、Hirai Seiya、Kujirai Tomoya、Ehara Haruhiko、Sekine Shun-ichi、Takizawa Yoshimasa、Kurumizaka Hitoshi
    • 雑誌名

      The Journal of Biochemistry

      巻: 172 号: 2 ページ: 79-88

    • DOI

      10.1093/jb/mvac043

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] クロマチン転写の構造生物学2023

    • 著者名/発表者名
      江原 晴彦
    • 学会等名
      第23回日本蛋白質科学会年会(名古屋)
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Cryo-EM analysis on the nucleosome disassembly and reassembly during transcription elongation2023

    • 著者名/発表者名
      Haruhiko Ehara
    • 学会等名
      2023 Cold Spring Harbor meeting: Mechanisms of Eukaryotic Transcription (New York)
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 転写伸長におけるヌクレオソーム構造のダイナミクス2023

    • 著者名/発表者名
      鯨井 智也
    • 学会等名
      筑波大学開学50周年記念TARAシンポジウム
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 転写におけるヌクレオソームの崩壊と再構築の構造解析2023

    • 著者名/発表者名
      鯨井 智也
    • 学会等名
      第16回日本エピジェネティクス研究会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 転写伸長に伴って起こるヌクレオソームの解体と再構築過程に関する構造生物学的探究2022

    • 著者名/発表者名
      Ehara Haruhiko
    • 学会等名
      第45回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [備考] 遺伝子の発現とクロマチン構造の維持を両立させる仕組み

    • URL

      https://www.riken.jp/press/2022/20220819_1/index.html

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書

URL: 

公開日: 2020-04-28   更新日: 2024-12-25  

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