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イネ大規模交雑集団からの高温登熟耐性系統の選抜と遺伝・形態・環境要因の解明

研究課題

研究課題/領域番号 23K21184
補助金の研究課題番号 21H02165 (2021-2023)
研究種目

基盤研究(B)

配分区分基金 (2024)
補助金 (2021-2023)
応募区分一般
審査区分 小区分39010:遺伝育種科学関連
研究機関新潟大学

研究代表者

山崎 将紀  新潟大学, 自然科学系, 教授 (00432550)

研究分担者 松葉 修一  国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 北海道農業研究センター, 上級研究員 (00370594)
研究期間 (年度) 2021-04-01 – 2025-03-31
研究課題ステータス 交付 (2024年度)
配分額 *注記
17,160千円 (直接経費: 13,200千円、間接経費: 3,960千円)
2024年度: 3,510千円 (直接経費: 2,700千円、間接経費: 810千円)
2023年度: 4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2022年度: 4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2021年度: 4,810千円 (直接経費: 3,700千円、間接経費: 1,110千円)
キーワードイネ / 高温登熟耐性と感受性 / 大規模交雑集団 / 遺伝・形態・環境要因 / 高温登熟性 / 気象条件 / 出穂期 / QTL / 品種や系統の選抜 / 品種選抜
研究開始時の研究の概要

日本全国で夏場の高温が続くため、イネの高温登熟に伴う白未熟粒発生要因の解明と対策が必要である。将来においてもコメの生産を大きく担う、北海道は高温登熟を警戒すべき時期が到来している。大規模な日本水稲交雑集団より高温登熟耐性系統を選抜して、4地点(北海道、新潟、福井、兵庫)で栽培して高温登熟性やイネの形態ならびに環境を複数年にわたって調査し、遺伝的要因も含めた特性を解明していく。また、これらの系統は高温登熟耐性育種への母本としての貢献が期待できる。その一方で、日本水稲における高温登熟性の遺伝様式を明らかにする。高温登熟耐性を付与するために、日本各地に最適なハプロタイプ組み合わせが提唱できる。

研究実績の概要

日本全国で夏場の高温が続くため、イネの高温登熟に伴う白未熟粒発生要因の解明と対策が必要である。将来においてもコメの生産を大きく担う、北海道は高温登熟を警戒すべき時期が到来している。大規模な日本水稲交雑集団より高温登熟耐性系統を選抜して、これまで4地点(北海道、新潟、福井、兵庫)で栽培して高温登熟性やイネの形態ならびに環境を複数年にわたって調査し、全ゲノム解読や遺伝子型決定によって遺伝的要因も含めた特性を解明していく。また、これらの系統は高温登熟耐性育種への母本としての貢献が期待できる。その一方で、日本水稲における高温登熟性の遺伝様式を明らかにするため、QTL解析を行う。高温登熟耐性を付与するために、日本各地に最適なハプロタイプ組み合わせが提唱できる。
本年度は新潟市、札幌市、福井市でRIL集団を栽培して、高温登熟に関する種子形質を調べ、整粒率が高い系統を高温登熟耐性候補系統として複数選出できた。2024年度はこの候補系統の栽培試験や生産力検定試験を実施していく。新たな高温登熟耐性指標で、出穂期が異なっていても品種間差を測定できる高温登熟耐性モデルを開発できた。各形質についてQTL解析を行い、出穂期の影響と登熟気温の影響を受けながらも複数QTLの関与が考えられた。
2023年度は全国的に猛暑となり、当初申請していた兵庫県加西市、新潟市、札幌市、福井市でこれまでに得られた形質データや環境データは貴重であり、引き続きデータの収集に努めていく。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

新潟市で栽培された組換え自殖系統(RIL)集団を、穀粒判別器(サタケRGQI20A)などを利用して測定したところ、各系統の出穂期や千粒重ならびに高温登熟耐性には年次間に正の相関関係が認められ、年次変動は確実に認められるものの、各系統の形質の傾向は同様であった。高温登熟耐性の指標としている整粒比と収量性との相関は高くなく、白未熟粒である乳白や基白の発生率と弱い相関がある環境で検出された。「コシヒカリ」/「きらら397」RILからは2系統が、早生で高い整粒率、収量性は「コシヒカリ」並を示す候補として選抜できた。またこの系統については、札幌市や福井市でも同様の結果が得られ、引き続き栽培試験を重ねていく。各RIL集団はGRAS-Di技術による遺伝子型が決定されて連鎖地図が作成され、各RILゲノムの概要が把握できたが、高温登熟耐性には複数のQTLの関与が示唆された。
「コシヒカリ」/「きらら397」RILのQTL解析を行ったところ、千粒重は染色体6に札幌と新潟で安定したQTLがあったが、整粒率はGhd7の影響が大きかった。染色体5の粒長QTLが札幌と新潟で安定していて候補遺伝子があった。
北海道での高温登熟耐性の指標となる品種群が選定できた。強-やや強-中-やや弱-弱の5段階で絞り込まれてきた。
福井では、予測モデルから出穂期による高温登熟性を考慮するために、一定の気温による推定整粒率を推定し、その検証を行った。早生、中生、晩生で分類し、それぞれ高温登熟耐性品種や系統が絞り込まれてきた。新たな指標となることがわかったので、2024年度も栽培試験を行い、成果を取りまとめる。

今後の研究の推進方策

2023年度は全国的に猛暑となり、新潟市、兵庫県加西市、札幌市、福井市で得られた形質データや環境データは貴重であり、引き続きデータの収集に努めていき、4ヵ年のデータをまとめていく。各地域での高温登熟性と高温登熟耐性育種の研究を推進していく。

報告書

(3件)
  • 2023 実績報告書
  • 2022 実績報告書
  • 2021 実績報告書
  • 研究成果

    (24件)

すべて 2024 2023 2022 2021 その他

すべて 雑誌論文 (10件) (うち国際共著 1件、 査読あり 10件、 オープンアクセス 8件) 学会発表 (12件) (うち国際学会 1件、 招待講演 3件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Dual ensemble approach to predict rice heading date by integrating multiple rice phenology models and machine learning-based genetic parameter regression models2024

    • 著者名/発表者名
      Kawakita Satoshi、Yamasaki Masanori、Teratani Ryo、Yabe Shiori、Kajiya-Kanegae Hiromi、Yoshida Hiroe、Fushimi Erina、Nakagawa Hiroshi
    • 雑誌名

      Agricultural and Forest Meteorology

      巻: 344 ページ: 109821-109821

    • DOI

      10.1016/j.agrformet.2023.109821

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] 水稲高温登熟性標準品種を用いた玄米外観品質判定の器種比較2023

    • 著者名/発表者名
      村田和優・長岡令・小島洋一朗・山崎将紀
    • 雑誌名

      北陸作物・育種研究

      巻: 58 ページ: 13-19

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Integrated genome-wide differentiation and association analyses identify causal genes underlying breeding-selected grain quality traits in japonica rice2023

    • 著者名/発表者名
      Yoshida H, Wang F, Shiota S, Mori M, Kawamura M, Zhao X, Wang Y, Nishigaki N, Kobayashi A, Miura K, Yoshida S, Ikegami M, Ito A, Huang L, Caroline H, Yamagata Y, Morinaka Y, Yamasaki M, Kotake T, Yamamoto E, Sun J, Hirano K, Matsuoka M
    • 雑誌名

      Molecular Plant

      巻: 16 号: 9 ページ: 1460-1477

    • DOI

      10.1016/j.molp.2023.09.002

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] High-Density Linkage Maps from Japanese Rice japonica Recombinant Inbred Lines Using Genotyping by Random Amplicon Sequencing-Direct (GRAS-Di)2023

    • 著者名/発表者名
      Fekih Rym、Ishimaru Yohei、Okada Satoshi、Maeda Michihiro、Miyagi Ryutaro、Obana Takahiro、Suzuki Kazuyo、Inamori Minoru、Enoki Hiroyuki、Yamasaki Masanori
    • 雑誌名

      Plants

      巻: 12 号: 4 ページ: 929-929

    • DOI

      10.3390/plants12040929

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Identification of Novel Quantitative Trait Loci for Culm Thickness of Rice Derived from Strong-Culm Landrace in Japan, Omachi2023

    • 著者名/発表者名
      Chigira Koki、Yamasaki Masanori、Adachi Shunsuke、Nagano Atsushi J.、Ookawa Taiichiro
    • 雑誌名

      Rice

      巻: 16 号: 1 ページ: 4-4

    • DOI

      10.1186/s12284-023-00621-8

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] γ‐Oryzanol concentrations in various rice genotypes ripened under different air temperatures2022

    • 著者名/発表者名
      Nakano Hiroshi、Yoshida Hiroe、Yabe Shiori、Fushimi Erina、Tanaka Ryo、Yamasaki Masanori、Nakagawa Hiroshi
    • 雑誌名

      Cereal Chemistry

      巻: 99 号: 6 ページ: 1362-1372

    • DOI

      10.1002/cche.10597

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Identification of a unique allele in the quantitative trait locus for crown root number in <i>japonica</i> rice from Japan using genome-wide association studies2022

    • 著者名/発表者名
      Teramoto Shota、Yamasaki Masanori、Uga Yusaku
    • 雑誌名

      Breeding Science

      巻: 72 号: 3 ページ: 222-231

    • DOI

      10.1270/jsbbs.22010

    • ISSN
      1344-7610, 1347-3735
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Genetic Background Negates Improvements in Rice Flour Characteristics and Food Processing Properties Caused by a Mutant Allele of the PDIL1-1 Seed Storage Protein Gene2022

    • 著者名/発表者名
      Hori Kiyosumi、Okunishi Tomoya、Nakamura Kenji、Iijima Ken、Hagimoto Masahiro、Hayakawa Katsuyuki、Shu Koka、Ikka Takashi、Yamashita Hiroto、Yamasaki Masanori、Takeuchi Yoshinobu、Koyama Shota、Tsujii Yoshimasa、Kayano Toshiaki、Ishii Takuro、Kumamaru Toshihiro、Kawagoe Yasushi、Yamamoto Toshio
    • 雑誌名

      Rice

      巻: 15 号: 1 ページ: 13-13

    • DOI

      10.1186/s12284-022-00560-w

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Development of an Aus-Derived Nested Association Mapping (Aus-NAM) Population in Rice2021

    • 著者名/発表者名
      Kitony Justine K.、Sunohara Hidehiko、Tasaki Mikako、Mori Jun-Ichi、Shimazu Akihisa、Reyes Vincent P.、Yasui Hideshi、Yamagata Yoshiyuki、Yoshimura Atsushi、Yamasaki Masanori、Nishiuchi Shunsaku、Doi Kazuyuki
    • 雑誌名

      Plants

      巻: 10 号: 6 ページ: 1255-1255

    • DOI

      10.3390/plants10061255

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] 酒米品種「白鶴錦」の遺伝特性2021

    • 著者名/発表者名
      玉田佳大・窪寺隆文・広畑修二・山崎将紀
    • 雑誌名

      日本醸造協会誌

      巻: 116 ページ: 339-346

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 「コシヒカリ」と「アケボノ」の組換え自殖系統を用いた水稲の高温登熟性に関するQTL解析2024

    • 著者名/発表者名
      中岡史裕・小林麻子・茶谷弦輝・渡辺脩斗・佐藤信仁・山崎将紀
    • 学会等名
      第257回作物学会講演会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 日本水稲を使った遺伝育種学的研究2023

    • 著者名/発表者名
      山崎将紀
    • 学会等名
      第18回東北育種研究集会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 水稲品種「いちほまれ」より糊化開始温度が低い突然変異系統の特性2023

    • 著者名/発表者名
      中岡史裕・小林麻子・渡辺脩斗・両角悠作・町田芳恵・茶谷弦輝・三浦孝太郎・山崎 将紀
    • 学会等名
      第144回講演会日本育種学会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 大学発の日本酒開発プロジェクトと酒米研究2023

    • 著者名/発表者名
      山崎将紀
    • 学会等名
      第256回日本作物学会講演会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] イネ冠根数のゲノムワイド関連解析と関連する遺伝子領域2023

    • 著者名/発表者名
      寺本翔太・山崎将紀・宇賀優作
    • 学会等名
      第143回日本育種学会講演会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 水稲品種「亀治」/「中生新千本」組換え自殖系統群を用いた重要農業形質のQTL解析2023

    • 著者名/発表者名
      千装公樹・山崎将紀・安達俊輔・大川泰一郎
    • 学会等名
      第255回日本作物学会講演会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 日本水稲の遺伝解析集団の整備2023

    • 著者名/発表者名
      山崎将紀・鐘ケ江弘美・千装公樹・大川泰一郎・岩田洋佳・中川博視
    • 学会等名
      第255回日本作物学会講演会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 発育予測モデルを用いた水稲の出穂に関する環境応答QTLの検出法の開発2023

    • 著者名/発表者名
      矢部志央理・吉田ひろえ・澤田寛子・鐘ヶ江弘美・後藤明俊・山崎将紀・中川博視
    • 学会等名
      第255回日本作物学会講演会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] GRAS-Di技術を利用した日本水稲品種交雑集団の連鎖地図作成と遺伝解析2023

    • 著者名/発表者名
      山崎将紀・小野凌汰・Rym Fekih・岡田聡史・前田道弘・堀清純・宮城竜太郎・尾鼻孝浩・榎宏征
    • 学会等名
      第143回日本育種学会講演会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Useful QTLs that improve lodging resistance in temperate japonica rice from a landrace ‘Omachi’ in Japan2022

    • 著者名/発表者名
      Chigira K., M. Yamasaki, S. Adachi and T. Ookawa
    • 学会等名
      19th International Symposium on Rice Functional Genomics
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 知識注入型ニューラルネットワークによる水稲発育予測モデルの検証とチューニング法2022

    • 著者名/発表者名
      中川博視・寺谷諒・山崎将紀・矢部志央理・吉田ひろえ・伏見栄利奈
    • 学会等名
      第254回日本作物学会講演会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 日本の酒米を使った遺伝解析2022

    • 著者名/発表者名
      山崎将紀
    • 学会等名
      日本育種学会・日本作物学会 北海道談話会令和4年第1回例会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [備考] 山崎研究室ホームページ

    • URL

      http://www.agr.niigata-u.ac.jp/~crop_rice/

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書 2022 実績報告書
  • [備考] 山崎将紀クラウドファンデイング(READYFORサイト)

    • URL

      https://readyfor.jp/projects/rice-niigata

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書 2022 実績報告書

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公開日: 2021-04-28   更新日: 2024-12-25  

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