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Society5.0にむけた環境指標生物における化学物質影響評価基盤の構築

研究課題

研究課題/領域番号 23K21753
補助金の研究課題番号 21H03602 (2021-2023)
研究種目

基盤研究(B)

配分区分基金 (2024)
補助金 (2021-2023)
応募区分一般
審査区分 小区分63030:化学物質影響関連
研究機関大阪大学

研究代表者

渡辺 肇  大阪大学, 大学院工学研究科, 教授 (80212322)

研究期間 (年度) 2021-04-01 – 2026-03-31
研究課題ステータス 交付 (2024年度)
配分額 *注記
17,160千円 (直接経費: 13,200千円、間接経費: 3,960千円)
2025年度: 3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
2024年度: 3,380千円 (直接経費: 2,600千円、間接経費: 780千円)
2023年度: 3,120千円 (直接経費: 2,400千円、間接経費: 720千円)
2022年度: 3,380千円 (直接経費: 2,600千円、間接経費: 780千円)
2021年度: 4,030千円 (直接経費: 3,100千円、間接経費: 930千円)
キーワードミジンコ / 機械学習 / 画像処理 / 遺伝子編集 / 化学物質影響 / 環境影響
研究開始時の研究の概要

従来の化学物質影響評価法の効率化を目指して①機械学習を導入した画像解析による化学物質影響評価法の確立と②CIRSPRによる遺伝子編集技術を用いた作用メカニズムへのアプローチ法を確立し、相互に利用することでより的確な化学物質影響評価系の構築を目指す。社会全体がSociety5.0へ向かっていく中で、化学物質影響評価においても積極的にAIによる機械学習などを取り入れた試験法の確立を目指す。

研究実績の概要

本研究では従来の化学物質影響評価法を脱却し時代に即した評価法を確立するために、近年急速に進展している2つの技術、機械学習による画像処理と遺伝子編集技術を環境指標生物であるミジンコに利用した化学物質影響評価法の基盤構築をすすめている。
ミジンコは研究室で長年維持しているDaphnia magnaを用いている。この系統は国立環境研究所で維持されていたNIESクローン由来であり、ゲノム情報も取得済みである。飼育条件は基本的にOECDテストガイドライン202の「ミジンコ急性遊泳阻害試験」に準拠して行い、必要に応じて餌として用いているクロレラの量を変化させ、意図的に大きさの異なるミジンコを作製した。チャンバー内で遊泳するミジンコの画像をカメラでそのままライブイメージとして取得し画像解析を行うことで成長速度、生存率、産仔数、脱皮間隔行動解析の評価項目についての情報を抽出した。特に重要なアプローチとして,あらかじめサイズを測定したミジンコをチャンバー内で遊泳させ,イメージを取得した。サイズをすでに測定したミジンコを遊泳させ教師データとして用いることにより,ライブイメージング画像からのミジンコのサイズを推定した。サイズ測定にあたっては、ミジンコの形状を学習させる必要があるが、この学習方法(ミジンコの画像のポイントの指定方法)などについても検討を加え、効率的な学習が可能な手法を見出した。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

実験材料となるミジンコの生育不良に起因して、一時期遅れが生じていたが、その後は予定通りに進捗している。

今後の研究の推進方策

画像処理によるサイズ推定は計画どおり進んでいることから、重要なパラメータの1つである脱皮間隔についてのアプローチも進める。脱皮間隔については、ミジンコの遊泳のパワースペクトルが通常ピンクノイズを示すことを利用し、経時的なパワースペクトル解析を行う。脱皮時に通常の遊泳ができなくなり変化するパワースペクトルを検出するための手法の開発も進め、適宜遺伝子編集ミジンコを利用する。

報告書

(2件)
  • 2022 実績報告書
  • 2021 実績報告書
  • 研究成果

    (14件)

すべて 2023 2022

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (9件) (うち国際学会 2件、 招待講演 3件) 図書 (2件)

  • [雑誌論文] Neonatal administration of synthetic estrogen, diethylstilbestrol to mice up-regulates inflammatory Cxclchemokines located in the 5qE1 region in the vaginal epithelium2023

    • 著者名/発表者名
      Kitamura Ayaka、Jiayue Chen、Suwa Tomoya、Kato Yasuhiko、Wada Tadashi、Watanabe Hajime
    • 雑誌名

      PLOS ONE

      巻: 18 号: 3 ページ: e0280421-e0280421

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0280421

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書 2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Regulation of Doublesex1 Expression for Environmental Sex Determination in the Cladoceran Crustacean Daphnia2022

    • 著者名/発表者名
      Kato Yasuhiko、Watanabe Hajime
    • 雑誌名

      Frontiers in Cell and Developmental Biology

      巻: 10 ページ: 881255-881255

    • DOI

      10.3389/fcell.2022.881255

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書 2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] CELF1 represses Doublesex1 expression via its 5’ UTR in the crustacean Daphnia magna2022

    • 著者名/発表者名
      Tirta Yusrifar Kharisma、Adachi Shungo、Perez Christelle Alexa Garcia、Adhitama Nikko、Nong Quang Dang、Natsume Toru、Kato Yasuhiko、Watanabe Hajime
    • 雑誌名

      PLOS ONE

      巻: 17 号: 10 ページ: e0275526-e0275526

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0275526

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書 2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] ゲノム編集ミジンコの作出と環境依存型性決定機構の解析への応用2022

    • 著者名/発表者名
      加藤泰彦、渡邉肇
    • 学会等名
      日本ゲノム編集学会第7回大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書 2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ノックイン技術で迫るミジンコにおける環境依存的な性決定の仕組み2022

    • 著者名/発表者名
      加藤泰彦、渡邉肇
    • 学会等名
      日本動物学会 第93回早稲田大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書 2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ミジンコの環境依存型性決定における doublesex1 遺伝子の発現制御2022

    • 著者名/発表者名
      加藤泰彦、渡邉肇
    • 学会等名
      第8回生殖若手の会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書 2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] オオミジンコにおける有用タンパク質高発現ベクターの構築と利用2022

    • 著者名/発表者名
      柴田成樹、リー デイビッド、アディタマ ニッコ、加藤泰彦、渡邉肇
    • 学会等名
      第74回日本生物工学会大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書 2021 実績報告書
  • [学会発表] オオミジンコにおけるCRISPR/dCas9を利用した遺伝子発現活性化システムの開発2022

    • 著者名/発表者名
      原あや乃、アディタマ ニッコ、加藤泰彦、渡邉肇
    • 学会等名
      第74回日本生物工学会大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書 2021 実績報告書
  • [学会発表] Fluorescence live imaging of the apoptotic effects induced by a juvenile hormone analog, fenoxycarb, in the developing ovary of Daphnia magna2022

    • 著者名/発表者名
      Lichi Hsieh、Nikko Adhitama、Yasuhiko Kato、Hajime Watanabe
    • 学会等名
      第 45 回日本分子生物学会大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書 2021 実績報告書
  • [学会発表] 甲殻類オオミジンコにおけるサーチュイン1遺伝子の機能解析2022

    • 著者名/発表者名
      平野啓太、アディタマ ニッコ、加藤泰彦、渡邉肇
    • 学会等名
      第 45 回日本分子生物学会大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書 2021 実績報告書
  • [学会発表] Analysis of the transactivation region of the 5´ UTR overlapping lncRNA DAPALR in the crustacean Daphnia magna2022

    • 著者名/発表者名
      Yasuhiko Kato、Christelle Alexa G Perez、Hajime Watanabe
    • 学会等名
      Cold Spring Harbor Asia (CSHA) RNA Biology
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書 2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] The RNA binding protein CELF1 represses the male determining gene Doublesex1 via its 5_ UTR in the crustacean Daphnia magna2022

    • 著者名/発表者名
      Yusrifar K Tirta、Shungo Adachi、Christelle Alexa G Perez、Nikko Adhitama、Quang Dang Nong、Toru Natsume、Yasuhiko Kato、Hajime Watanabe
    • 学会等名
      Cold Spring Harbor Asia (CSHA) RNA Biology
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書 2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [図書] Spectrum of Sex2022

    • 著者名/発表者名
      Editors: Minoru Tanaka, Makoto Tachibana
    • 総ページ数
      233
    • 出版者
      Springer
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [図書] The Mechanism for Establishing the Binary Sex with Environmental Signals in the Crustacean Daphnia magna2022

    • 著者名/発表者名
      Kato Yasuhiko、Watanabe Hajime
    • 総ページ数
      233
    • 出版者
      Springer
    • ISBN
      9789811953583
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書

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公開日: 2021-04-28   更新日: 2024-12-25  

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