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古代DNAと骨格形態から探る、東アジアにおけるイヌの家畜化と日本列島への導入

研究課題

研究課題/領域番号 23K22009
補助金の研究課題番号 22H00737 (2022-2023)
研究種目

基盤研究(B)

配分区分基金 (2024)
補助金 (2022-2023)
応募区分一般
審査区分 小区分03060:文化財科学関連
研究機関総合研究大学院大学

研究代表者

本郷 一美  総合研究大学院大学, 統合進化科学研究センター, 准教授 (20303919)

研究分担者 石黒 直隆  総合研究大学院大学, 統合進化科学研究センター, 客員研究員 (00109521)
五條堀 淳  総合研究大学院大学, 統合進化科学研究センター, 講師 (00506800)
丸山 真史  東海大学, 人文学部, 准教授 (00566961)
佐藤 孝雄  慶應義塾大学, 文学部(三田), 教授 (20269640)
松村 秀一  岐阜大学, 応用生物科学部, 教授 (30273535)
寺井 洋平  総合研究大学院大学, 統合進化科学研究センター, 准教授 (30432016)
覚張 隆史  金沢大学, 古代文明・文化資源学研究所, 助教 (70749530)
菊水 健史  麻布大学, 獣医学部, 教授 (90302596)
研究期間 (年度) 2022-04-01 – 2025-03-31
研究課題ステータス 交付 (2024年度)
配分額 *注記
17,290千円 (直接経費: 13,300千円、間接経費: 3,990千円)
2024年度: 5,590千円 (直接経費: 4,300千円、間接経費: 1,290千円)
2023年度: 5,980千円 (直接経費: 4,600千円、間接経費: 1,380千円)
2022年度: 5,720千円 (直接経費: 4,400千円、間接経費: 1,320千円)
キーワードイヌ / 家畜化 / 東アジア / 古代DNA / ゲノム解析 / 縄文時代 / 弥生時代
研究開始時の研究の概要

核ゲノムを対象とする古代DNA分析は技術的に困難で、東アジアの新石器時代犬の遺伝的系統はまだ解明されていない。本研究は、縄文時代のイヌが東アジアの最古の家畜犬の系統に連なると考え、縄文犬の全ゲノム塩基配列決定を行い、日本列島と東アジアの初期のイヌの特徴を、形態、食性、遺伝的系統などから多角的に明らかにする。さらに、イヌの祖先が伴侶動物としてヒトとの関係を深めることをを可能にした行動遺伝子についても探る。日本の遺跡出土犬の、核の全ゲノム塩基配列決定による系統解析をすすめ、比較対象として中国の遺跡出土犬の核ゲノム分析を行い、最初期の東アジアの家畜犬の系統と日本列島に導入された犬の系統を解明する。

研究実績の概要

イヌの家畜化過程の詳細は未解明だが、本研究グループは9300年前頃に日本列島へ導入されアジア大陸部のイヌと地理的に隔離された縄文時代のイヌが、東アジアの最も古い家畜犬の遺伝的系統と形態を保持していたとみている。本研究の目的はユーラシア大陸のオオカミおよび東アジアの初期のイヌの中での縄文犬の系統的位置づけを探り、家畜犬の起源に迫ることである。本研究は日本列島の縄文時代、弥生時代、奈良時代、中世の遺跡から出土した犬骨を、骨形態、次世代シーケンサーを用いた古代DNAの核ゲノム分析、同位体による食性分析などから多角的に検討し、東アジアにおけるイヌの家畜化と、日本犬の成立に至った変化の過程を明らかにしようとするものである。
2023年度までに小竹貝塚(縄文時代前期, 約6000 年前)、上黒岩岩陰遺跡(縄文時代)、須和田遺跡 (8世紀後半)出土の犬骨から抽出した古代DNAからミトコンドリアおよび核ゲノム塩基配列決定を行い、ニホンオオカミのゲノムとの比較をおこなった。成果は日本動物考古学会、国際考古動物学会、進化学会などで発表した。これらの結果の英文論文preprintをBioRxiv に発表した。
(https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.09.29.560089v1)
これまでの研究で、イヌの家畜化の初期過程が東ユーラシアで進行したことを示唆する結果が得られた。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

これまでの研究で、9300年前頃に日本列島へ導入されアジア大陸部のイヌと地理的に隔離された縄文時代のイヌが、東アジアの最も古い家畜犬の遺伝的系統と形態を保持していたことが確かめられつつある。また、ユーラシア大陸のオオカミおよび東アジアの初期のイヌの中での縄文犬の系統的位置づけに関して、ニホンオオカミと縄文時代の遺跡出土犬のゲノム解析結果を検討し、両者の共通祖先がが東ユーラシアにかつて生息したこと、イヌの家畜化の初期過程が東ユーラシアで進行したことを示唆する非常に重要な結果が得られた。
イヌの家畜化過程の詳細は未解明だが、本研究グループは9300年前頃に日本列島へ導入されアジア大陸部のイヌと地理的に隔離された縄文時代のイヌが、東アジアの最も古い家畜犬の遺伝的系統と形態を保持していたとみており、これまでに縄文時代の2遺跡から出土したイヌのゲノム解析に成功した。成果は国内外の学会で発表し、メディアでも取り上げられた。英文論文の投稿準備中である。

今後の研究の推進方策

最終年度は、弥生時代以降に新たに大陸からイヌが導入されたことによって日本列島のイヌがどのように変化したかを調べる。これまでの研究で縄文時代のイヌはデンプンを消化する能力がなくオオカミと同様の肉食だったが、弥生時代に農耕民に伴って導入されたイヌはデンプン質食料を摂取することができたことがわかってきた。
2024年度は現在分析を進めている青谷上寺地遺跡に加え、弥生時代の唐子・鍵遺跡からの出土犬の古代DNA分析サンプルを選定し資料所蔵機関に分析許可申請する。また、縄文時代のイヌの特徴をさらに詳しく明らかにするため、日本列島で現在最古級の出土犬である東名遺跡のイヌの古DNA分析を行う。
イヌが伴侶動物として他の家畜とは異なる関係をヒトとの間に成立させた経緯を明らかにするため、縄文犬の認知、コミュニケーションに関わる行動遺伝子のタイピングを進める。

報告書

(2件)
  • 2023 実績報告書
  • 2022 実績報告書
  • 研究成果

    (48件)

すべて 2024 2023 2022

すべて 雑誌論文 (17件) (うち国際共著 3件、 査読あり 10件、 オープンアクセス 8件) 学会発表 (28件) (うち国際学会 3件、 招待講演 12件) 図書 (2件) 学会・シンポジウム開催 (1件)

  • [雑誌論文] 考古遺跡にみる動物利用の変遷2024

    • 著者名/発表者名
      丸山真史
    • 雑誌名

      第四紀研究

      巻: 63 号: 1 ページ: 27-35

    • DOI

      10.4116/jaqua.63.2210

    • ISSN
      0418-2642, 1881-8129
    • 年月日
      2024-02-01
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Japanese wolves are most closely related to dogs and share DNA with East Eurasian dogs2024

    • 著者名/発表者名
      Gojobori Jun、Arakawa Nami、Xiaokaiti Xiayire、Matsumoto Yuki、Matsumura Shuichi、Hongo Hitomi、Ishiguro Naotaka、Terai Yohey
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 15 号: 1 ページ: 1680-1680

    • DOI

      10.1038/s41467-024-46124-y

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] The history of ancient Japanese dogs revealed by mitogenomes2024

    • 著者名/発表者名
      Xiayire Xiaokaiti, Takao Sato, Kenji Kasai, Kenichi Machida, Kyomi Yamazaki, Naomitsu Yamaji, Hiroki Kikuchi, Jun Gojobori1, Hitomi Hongo, Yohey Terai, Takashi Gakuhari
    • 雑誌名

      Anthropological Science

      巻: 132 号: 1 ページ: 1-11

    • DOI

      10.1537/ase.230617

    • ISSN
      0918-7960, 1348-8570
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] 狩猟から家畜化への過程2023

    • 著者名/発表者名
      本郷一美
    • 雑誌名

      食肉の科学

      巻: 64(2) ページ: 91-99

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [雑誌論文] 日本犬とニホンオオカミの関係をゲノムから知る2023

    • 著者名/発表者名
      寺井洋平
    • 雑誌名

      BIOSTORY

      巻: 40 ページ: 77-83

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [雑誌論文] 日本犬の成り立ちをゲノムから探る2023

    • 著者名/発表者名
      寺井洋平
    • 雑誌名

      milsil

      巻: 96 ページ: 6-8

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [雑誌論文] 日本犬を通して日本文化を振り返る2023

    • 著者名/発表者名
      菊水健史
    • 雑誌名

      milsil

      巻: 96 ページ: 4-5

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [雑誌論文] 全ゲノム情報から知るニホンオオカミ2023

    • 著者名/発表者名
      寺井 洋平
    • 雑誌名

      哺乳類科学

      巻: 63 号: 1 ページ: 5-13

    • DOI

      10.11238/mammalianscience.63.5

    • ISSN
      0385-437X, 1881-526X
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Identification of genes associated with human-canine communication in canine evolution2022

    • 著者名/発表者名
      Tonoike Akiko、Otaki Ken-ichi、Terauchi Go、Ogawa Misato、Katayama Maki、Sakata Hikari、Miyasako Fumina、Mogi Kazutaka、Kikusui Takefumi、Nagasawa Miho
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 12 号: 1 ページ: 6950-6950

    • DOI

      10.1038/s41598-022-11130-x

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Measurement of the exploration?exploitation response of dogs through a concurrent visual discrimination task2022

    • 著者名/発表者名
      Shinoda Kumi、Kosaki Yutaka、Nagasawa Miho、Kikusui Takefumi
    • 雑誌名

      Behavioural Processes

      巻: 199 ページ: 104644-104644

    • DOI

      10.1016/j.beproc.2022.104644

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Autonomic nervous system responses of dogs to human-dog interaction videos2022

    • 著者名/発表者名
      Matsushita Shohei、Nagasawa Miho、Kikusui Takefumi
    • 雑誌名

      PLOS ONE

      巻: 17 号: 11 ページ: e0257788-e0257788

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0257788

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Reconstructing diets of hunted sika deer from Torihama Shell Midden site (ca. 6,000 years ago) by dental microwear texture analysis2022

    • 著者名/発表者名
      Sato Koyo、Sato Takao、Kubo Mugino O.
    • 雑誌名

      Frontiers in Ecology and Evolution

      巻: 10

    • DOI

      10.3389/fevo.2022.957038

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Reconstruction of diachronic changes in human fishing activity and marine ecosystems from carbon and nitrogen stable isotope ratios of archaeological fish remains.2022

    • 著者名/発表者名
      Tsutaya, T., Takahashi, T., Omori, T., Yamazaki, K., Sato, T., Yoneda, M., Schulting, R.J., Kato, H. and Weber, A.W.
    • 雑誌名

      Quaternary International

      巻: 619 ページ: 46-55

    • DOI

      10.1016/j.quaint.2021.12.005

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] 臼町オタフク岩洞窟と北見市中ノ島遺跡から出土したヒグマ遺体の放射性炭素年代―「熊送り」儀礼の起源と前近代の挙行形態をめぐって―2022

    • 著者名/発表者名
      佐藤孝雄, 松林順, 米田穣
    • 雑誌名

      動物考古学

      巻: 39 ページ: 31-43

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 中世の犬食い2022

    • 著者名/発表者名
      丸山真史
    • 雑誌名

      季刊考古学

      巻: 159 ページ: 61-63

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [雑誌論文] ゲノムから探るニホンオオカミと日本犬の歴史 生物の科学2022

    • 著者名/発表者名
      寺井 洋平
    • 雑誌名

      遺伝

      巻: 76(5) ページ: 340-345

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [雑誌論文] ヤマイヌと呼ばれたイヌ科動物の上顎吻端部から見る長野県北安曇地方のヤマイヌ・オオカミ事情2022

    • 著者名/発表者名
      栗林勇太、石黒直隆
    • 雑誌名

      市立大町山岳博物館研究紀要

      巻: 7 ページ: 9-16

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] The origin and evolution of the dog. Evolutionary Genetics in the Genomic Era: Understanding Biological Diversity2023

    • 著者名/発表者名
      Yohey Terai
    • 学会等名
      第95回日本遺伝学会大会国際シンポジウム
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 日本列島のイヌの起源とその後の変遷2023

    • 著者名/発表者名
      寺井洋平
    • 学会等名
      第4回コンパニオンアニマルのゲノム医療研究会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Gene flowのあるときの系統関係の推定 ―イヌ/オオカミを例にー2023

    • 著者名/発表者名
      寺井洋平
    • 学会等名
      第4回木村資生記念進化学セミナー
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Ancient genome analyses of dogs from the Zoku-Jomon and the Okhotsk periods in the Japan archipelago2023

    • 著者名/発表者名
      Yohey Terai, Hitomi Hongo, Hirofumi Kato, and Takao Sato
    • 学会等名
      14th International Council for Archaeozoology
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 北海道における続縄文時代とオホーツク文化期のイヌの古代ゲノム解析2023

    • 著者名/発表者名
      寺井洋平、本郷一美、加藤博文、佐藤孝雄
    • 学会等名
      日本動物考古学会第10回大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 北海道における続縄文時代とオホーツク文化期のイヌの古代ゲノム解析2023

    • 著者名/発表者名
      寺井洋平、本郷一美、加藤博文、佐藤孝雄
    • 学会等名
      日本進化学会第25回沖縄大会 (2023) 寺井洋平、本郷一美、加藤博文、佐藤孝雄 北海道における続縄文時代とオホーツク文化期のイヌの古代ゲノム解析 日本動物考古学会第10回大会 (2023)
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Arcchaeogenetical Study of Domestic Dog in East Asia2023

    • 著者名/発表者名
      Xiaokaiti, S., Gojobori, J., Hongo, H., Kasai, K., Machida, K., Sato, T., Terai, Y., Yamazaki, K., Yamaji, N., Gakuhari, T.
    • 学会等名
      14th International Council for Archaeozoology
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] イヌの動物考古学-縄文犬の研究-2023

    • 著者名/発表者名
      佐藤孝雄
    • 学会等名
      沖縄県立博物館・美術館 講演会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Effects of human cultural evolution on dog's temperament2023

    • 著者名/発表者名
      Ai Matsumoto, Yuki Matsumoto, Masaki Yuki, James Serpell, Takefumi Kikusui, Miho Nagasawa
    • 学会等名
      (第83回日本動物心理学会大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Difference in neoteny-like behavior associated with dog domestication2023

    • 著者名/発表者名
      Kana Ishio, Miho Nagasawa, Takefumi Kikusui, Kensaku Nomoto
    • 学会等名
      第83回日本動物心理学会大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Association study between dog social cognition similar to human's and endocrine function2023

    • 著者名/発表者名
      Miori Okuro, Akiko Tonoike, Go Terauchi, Miho Nagasawa, Takefumi Kikusui
    • 学会等名
      第83回日本動物心理学会大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 気候やヒト社会の特性がイヌの気質に及ぼす影響2023

    • 著者名/発表者名
      松本藍、菊水健史、永澤美保、結城雅樹、松本悠貴、James Serpell
    • 学会等名
      日本人間行動進化学会第16回大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 気候やヒト社会の特性がイヌの気質に及ぼす影響2023

    • 著者名/発表者名
      松本藍、菊水健史、永澤美保、結城雅樹、松本悠貴、James Serpell
    • 学会等名
      社会性の個体差を生み出す生物学的基盤研究会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 古代DNAの全ゲノム解析による、縄文時代出土犬骨の系統2022

    • 著者名/発表者名
      ショケット=シャイラー・本郷一美・寺井洋平・覚張隆史・河西健二・町田賢一・山路直充・山崎京美
    • 学会等名
      第88回日本考古学協会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 複数個体のニホンオオカミゲノムを用いた集団遺伝学的解析2022

    • 著者名/発表者名
      五條堀淳
    • 学会等名
      第4回ヤポネシアゲノムくにうみミーティング
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Social functions of gaze between dogs and humans using heart rate variability analysis2022

    • 著者名/発表者名
      Haruka Hirasawa, Maaya Saito, Miho Nagasawa, Takefumi Kikusui
    • 学会等名
      日本動物心理学会第82回大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Examining whether dogs make behavioral choices with reference to cohabiting dogs and owners, and the factors that influence the choices2022

    • 著者名/発表者名
      Yuka Iizumi, Miho Nagasawa, Takefumi Kikusui
    • 学会等名
      日本動物心理学会第82回大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] イヌのネオテニー様行動と内分泌の関連2022

    • 著者名/発表者名
      Kana Ishio, Miho Nagasawa, Takefumi Kikusui
    • 学会等名
      日本動物心理学会第82回大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] イヌのヒトと類似した社会認知能力と内分泌の関連解析2022

    • 著者名/発表者名
      Miori Okuro, Akiko Tonoike, Go Terauchi, Miho Nagasawa, Takefumi Kikusui
    • 学会等名
      日本動物心理学会第82回大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Comparison of exploitation/exploration between Japanese and European dog breeds using concurrent visual discrimination task2022

    • 著者名/発表者名
      Kumi Shinoda, Miho Nagasawa, Takefumi Kikusui
    • 学会等名
      日本動物心理学会第82回大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 遺跡出土動物骨から家畜化過程を探る2022

    • 著者名/発表者名
      本郷一美
    • 学会等名
      日本遺伝学会第94回大会ワークショップ「遺伝・発達・進化・考古学から解き明かす動物家畜化」
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] イヌの卓越したヒトとのコミュニケーションを支える候補遺伝子2022

    • 著者名/発表者名
      菊水健史
    • 学会等名
      日本遺伝学会第94回大会ワークショップ「遺伝・発達・進化・考古学から解き明かす動物家畜化」
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ニホンオオカミゲノムから見えてきたイヌの初期の進化2022

    • 著者名/発表者名
      寺井洋平
    • 学会等名
      日本遺伝学会第94回大会ワークショップ「遺伝・発達・進化・考古学から解き明かす動物家畜化」
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] イヌの起源と日本列島でのイヌの変遷2022

    • 著者名/発表者名
      寺井洋平
    • 学会等名
      第3回コンパニオンアニマルのゲノム医療研究会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ニホンオオカミゲノムから明らかになったイヌの起源と変遷2022

    • 著者名/発表者名
      寺井洋平
    • 学会等名
      遺伝学若手の会 第二回研究交流会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ヤポネシアは古い系統の貯蔵庫: ニホンオオカミと古代犬から探るイヌの起源2022

    • 著者名/発表者名
      寺井洋平
    • 学会等名
      日本進化学会第21回大会 沼津 公開講演会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ゲノム解析から明らかになったヤポネシアでのイヌの変遷とニホンオオカミとの関わり2022

    • 著者名/発表者名
      寺井洋平
    • 学会等名
      日本遺伝学会 シンポジウム
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ニホンオオカミと古代犬から探るイヌの起源2022

    • 著者名/発表者名
      寺井洋平
    • 学会等名
      日本哺乳類学会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [図書] 牧の景観考古学 古墳時代初期馬匹生産とその周辺2023

    • 著者名/発表者名
      諫早直人、青柳泰介、李炫?、井上智博、植月 学、覚張隆史、菊地大樹、佐野喜美、實盛良彦、新尺雅弘、千賀 久、塚本浩司、中野 咲、野島 稔、早川和子、菱田哲郎、松田 篤、真鍋成史、丸山真史、右島和夫、宮崎泰史
    • 総ページ数
      379
    • 出版者
      六一書房
    • ISBN
      9784864451642
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [図書] 家畜の考古学2022

    • 著者名/発表者名
      菊地大樹、丸山真史
    • 総ページ数
      212
    • 出版者
      雄山閣
    • ISBN
      9784639028628
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会・シンポジウム開催] ICAZーASWA(国際考古動物学会南西アジア分科会)2022

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書

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公開日: 2022-04-19   更新日: 2024-12-25  

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