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バイオミネラル中の微量元素と有機分子の可視化によるvital effect精緻化

研究課題

研究課題/領域番号 23K22611
補助金の研究課題番号 22H01340 (2022-2023)
研究種目

基盤研究(B)

配分区分基金 (2024)
補助金 (2022-2023)
応募区分一般
審査区分 小区分17050:地球生命科学関連
研究機関東京大学

研究代表者

奥村 大河  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 助教 (90867508)

研究分担者 鈴木 道生  東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 教授 (10647655)
研究期間 (年度) 2022-04-01 – 2025-03-31
研究課題ステータス 交付 (2024年度)
配分額 *注記
17,420千円 (直接経費: 13,400千円、間接経費: 4,020千円)
2024年度: 5,200千円 (直接経費: 4,000千円、間接経費: 1,200千円)
2023年度: 5,720千円 (直接経費: 4,400千円、間接経費: 1,320千円)
2022年度: 6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円)
キーワードバイオミネラル / 微量元素 / 有機分子 / vital effect / 炭酸カルシウム
研究開始時の研究の概要

生物が関与して形成される鉱物はバイオミネラルと呼ばれ、そこに含まれる微量元素の量は形成時の環境を反映する。そのためバイオミネラルは古環境学において重要な研究対象だが、微量元素含有量と環境因子との相関は経験的に推定されているため研究によってばらつきがある。ばらつきが生じる主要因とされる生物学的影響はvital effectと呼ばれるが、その詳細は明らかにされていない。そこで本研究ではバイオミネラル中の微量元素と有機分子を実空間で可視化し、vital effectの精緻化を目指す。これにより有機分子の機能や微量元素の取り込み機構に関する理解が深まり、バイオミネラルの形成メカニズム解明に寄与する。

研究実績の概要

炭酸カルシウムで構成されたバイオミネラルでは微量元素の含有量が形成時の環境を反映するため、古環境復元における環境指標として利用される。しかし、微量元素含有量と環境因子との相関は経験的な実測データに基づいているため、先行研究によってばらつきがある。ばらつきが生じる主要因とされる生物学的影響はvital effectと呼ばれるが、その詳細については明らかにされていない。そこで本研究ではバイオミネラル中の微量元素や有機分子の結晶構造との関連を調べ、vital effectの精緻化を目指した。
本年度はまずin vitroでの炭酸カルシウム結晶合成実験を行い、微量元素と結晶構造の関係を調べた。特に海水生のバイオミネラルで多く含有されるNaに注目し、Na含有量を制御した結晶を合成した。合成した結晶の格子定数をX線回折装置で調べると、アラゴナイトではNa含有量が増えるほどa軸とc軸は伸長するのに対し、b軸はほとんど変化しなかった。また、この異方性は加熱によって緩和された。バイオミネラルでも同様な挙動が見られたため、実環境においてもNa含有による異方的な変化が生じていることが示唆された。バイオミネラルにおけるNaの存在状態をより詳細に調べるため、クロアワビの真珠層を構成するアラゴナイトについて3次元アトムプローブによる測定を行った。その結果、NaとCOHの分布に相関が見られたため、一部のNaは結晶内に存在する有機分子と結合している可能性がある。今後は他の微量元素についても同様に調べる予定である。
次に、バイオミネラルに含まれる有機分子の局所的な違いを走査型透過X線顕微鏡で調べた。カルサイトとアラゴナイトの両者を形成する軟体動物貝殻において、結晶多形の転換部位において構成する有機分子が変化する傾向が確認された。今後はさらに有機分子の種類を明確にし、特徴的な結晶構造を誘起する有機分子を特定する。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

in vitroでNaを含有したアラゴナイトを合成したが、Naは比較的原子番号の小さい元素であるため、その存在サイトを走査透過電子顕微鏡で観察することは困難であった。そこで米国アラバマ大学の研究者に3次元アトムプローブによる測定を依頼し、当該装置による微量元素可視化の見通しを得た。

今後の研究の推進方策

Na以外の微量元素を含有させた炭酸カルシウム結晶もin vitroで合成し、その結晶構造との関係性を調べる。特に3次元アトムプローブによる測定の見通しを得たため、含有された微量元素の分布を可視化し、電子顕微鏡と組み合わせて局所構造との関連を詳細に探る。
また、走査型透過X線顕微鏡を用いてバイオミネラルに含まれる有機分子の種類と局在を調べ、どのような有機分子が特徴的な構造と関連しているかを明らかにする。

報告書

(1件)
  • 2022 実績報告書
  • 研究成果

    (19件)

すべて 2024 2023 2022 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 4件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (12件) (うち国際学会 2件) 備考 (2件)

  • [国際共同研究] アラバマ大学(米国)

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [雑誌論文] Mineralogical aspects of asteriscus of goldfish (<i>Carassius auratus</i>) consisting of vaterite2024

    • 著者名/発表者名
      Gen TAKAHASHI, Taiga OKUMURA, Takayoshi NAGAYA, Michio SUZUKI and Toshihiro KOGURE
    • 雑誌名

      Journal of Mineralogical and Petrological Sciences

      巻: 119 号: 1 ページ: n/a

    • DOI

      10.2465/jmps.231206

    • ISSN
      1345-6296, 1349-3825
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Heme protein identified from scaly-foot gastropod can synthesize pyrite (FeS2) nanoparticles2023

    • 著者名/発表者名
      Yamashita Tatsuya、Matsuda Hiroki、Koizumi Kyohei、Thirumalaisamy Logu、Kim Myeongok、Negishi Lumi、Kurumizaka Hitoshi、Tominaga Yoriko、Takagi Yoshihiro、Takai Ken、Okumura Taiga、Katayama Hidekazu、Horitani Masaki、Ahsan Nazmul、Okada Yoshitaka、Nagata Koji、Suzuki Yohey、Suzuki Michio
    • 雑誌名

      Acta Biomaterialia

      巻: - ページ: 110-119

    • DOI

      10.1016/j.actbio.2023.03.005

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Effect of phosphoproteins on intracellular calcification of bacteria2023

    • 著者名/発表者名
      Yoshikuni Yukihisa、Iijima Mayumi、Takahashi Gen、Okumura Taiga、Kogure Toshihiro、Suzuki Michio
    • 雑誌名

      European Journal of Oral Sciences

      巻: 131 号: 3

    • DOI

      10.1111/eos.12929

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Dispersion function of a protein, DP-1, identified in Collimonas sp. D-25, for the synthesis of gold nanoparticles2023

    • 著者名/発表者名
      Tang Donglin、Kato Yugo、Zhang Dingkun、Negishi Lumi、Kurumizaka Hitoshi、Hirata Takafumi、Nakakido Makoto、Tsumoto Kouhei、Shuji Fujisawa、Tsuguyuki Saito、Okumura Taiga、Nagata Koji、Suzuki Michio
    • 雑誌名

      ChemBioChem

      巻: 24 号: 14

    • DOI

      10.1002/cbic.202300221

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Anisotropic lattice parameters change in aragonite induced by Na+ substitution2023

    • 著者名/発表者名
      Okumura Taiga、Suzuki Michio、Kogure Toshihiro
    • 学会等名
      17th International Symposium on Biomineralization (BIOMIN XVII)
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Crystallographic characteristics of vaterite in fish otoliths2023

    • 著者名/発表者名
      Takahashi Gen、Okumura Taiga、Nagaya Takayoshi、Suzuki Michio、Kogure Toshihiro
    • 学会等名
      17th International Symposium on Biomineralization (BIOMIN XVII)
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 魚類耳石の中心近傍に見られる特異な構造と化学組成2023

    • 著者名/発表者名
      高橋玄、奥村大河、鈴木道生、小暮敏博
    • 学会等名
      日本鉱物科学会2023年年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] ABF/ADF-STEMにより推定されるvateriteの結晶構造2023

    • 著者名/発表者名
      奥村大河、高橋玄、小暮敏博
    • 学会等名
      日本鉱物科学会2023年年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 魚類耳石を用いたvateriteの結晶構造解析2023

    • 著者名/発表者名
      奥村大河、高橋玄、小暮敏博
    • 学会等名
      第18回バイオミネラリゼーションワークショップ
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 魚類耳石中心部の微細構造解析2023

    • 著者名/発表者名
      高橋玄、奥村大河、鈴木道生、小暮敏博
    • 学会等名
      第18回バイオミネラリゼーションワークショップ
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Na置換によるあられ石の軸率変化2022

    • 著者名/発表者名
      奥村大河、鈴木道生、小暮敏博
    • 学会等名
      日本鉱物科学会2022年年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 魚類耳石を構成するvateriteの結晶学的特徴2022

    • 著者名/発表者名
      高橋玄、奥村大河、永冶方敬、鈴木道生、小暮敏博
    • 学会等名
      日本鉱物科学会2022年年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Na置換によるアラゴナイトの異方的な格子定数変化2022

    • 著者名/発表者名
      奥村大河、鈴木道生、小暮敏博
    • 学会等名
      第17回バイオミネラリゼーションワークショップ
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 魚類耳石を構成するvateriteの結晶学的特徴2022

    • 著者名/発表者名
      高橋玄、奥村大河、永冶方敬、鈴木道生、小暮敏博
    • 学会等名
      第17回バイオミネラリゼーションワークショップ
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 市村康治、奥村大河、小暮敏博2022

    • 著者名/発表者名
      ヒザラガイ類歯舌中のマンガンと銅に富む組織と銅と塩素に富む粒子の鉱物学的研究
    • 学会等名
      第17回バイオミネラリゼーションワークショップ
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] スケーリーフット由来の高分子を利用したpyrite NPsの合成2022

    • 著者名/発表者名
      小泉京平、松田大輝、清水啓介、根岸瑠美、胡桃坂仁志、奥村大河、鈴木庸平、鈴木道生
    • 学会等名
      第17回バイオミネラリゼーションワークショップ
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [備考] 東京大学 大学院理学系研究科 地球惑星科学専攻 環境鉱物学研究室

    • URL

      http://www-gbs.eps.s.u-tokyo.ac.jp/~envmin/ja/

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [備考] 東京大学 大学院理学系研究科 地球惑星科学専攻 小暮研究室

    • URL

      http://www-gbs.eps.s.u-tokyo.ac.jp/~envmin/kogure/index.html

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書

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公開日: 2022-04-19   更新日: 2024-12-25  

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