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微生物鉄腐食を加速する可溶性レドックス分子のデータ駆動型研究

研究課題

研究課題/領域番号 23K23532
補助金の研究課題番号 22H02265 (2022-2023)
研究種目

基盤研究(B)

配分区分基金 (2024)
補助金 (2022-2023)
応募区分一般
審査区分 小区分38030:応用生物化学関連
研究機関国立研究開発法人物質・材料研究機構

研究代表者

岡本 章玄  国立研究開発法人物質・材料研究機構, 高分子・バイオ材料研究センター, グループリーダー (70710325)

研究分担者 今村 岳  国立研究開発法人物質・材料研究機構, 高分子・バイオ材料研究センター, 主任研究員 (60715754)
Deng Xiao  国立研究開発法人物質・材料研究機構, 高分子・バイオ材料研究センター, 主任研究員 (90903740)
研究期間 (年度) 2022-04-01 – 2025-03-31
研究課題ステータス 交付 (2024年度)
配分額 *注記
17,420千円 (直接経費: 13,400千円、間接経費: 4,020千円)
2024年度: 4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2023年度: 6,760千円 (直接経費: 5,200千円、間接経費: 1,560千円)
2022年度: 6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円)
キーワード微生物鉄腐食 / 加速試験 / レドックス分子 / 細胞外電子移動 / 硫酸還元菌 / ベイズ最適化 / 硫酸還元細菌 / レドックスミディエーター / ハイスループット電気化学測定
研究開始時の研究の概要

本研究では、バイオ鉄腐食の速度論的理解・制御を通して、バイオ腐食細菌の加速試験開発へとつなげる。申請者らが独自に開発したハイスループット電気化学測定系にデータ駆動科学(ベイズ最適化)の手法を組み合わせることで、硫酸還元菌によ るEEUを大幅加速する電子ミディエーターの分子構造を網羅的に探索・特定する。さらに、EEUや腐食が加速される機構を解明、その普遍性を環境中細菌群集等を用いて検証、バイオ鉄腐食の制御を目指す。

研究実績の概要

硫酸還元菌は、鉄パイプライン等の嫌気環境で鉄腐食を引き起こし、甚大な経済損失と事故を引き起こしている。暗所や視認困難な場所で起きる嫌気バイオ腐食を防ぐためには現場の採水試料を用いた加速試験法の開発が鍵となる。申請者らはこれまでに、電気化学と分子生物学手法を用いて硫酸還元菌が固体から電子を直接引き抜く「Extracellular Electron Uptake (EEU)」が鉄腐食速度と高い相関性を示すことを明らかにした。本研究では、EEUに基づくバイオ鉄腐食の速度論的理解・制御を通して、バイオ腐食細菌の加速試験開発へとつなげる。申請者らが独自に開発したハイスループット電気化学測定系にデータ駆動科学(ベイズ最適化)の手法を組み合わせることで、硫酸還元菌によるEEUを大幅加速する電子ミディエーターの分子構造を網羅的に探索・特定する。本年度は、保有分子のデータを取得し、ベイズ最適化を適用することで、電流値を大幅に加速する小分子を購入可能な分子群から特定するパイプラインを構築した。モデル細菌において、電流値を大幅に増大する分子群を比較したところ、レドックス電位のみならず膜透過性が重要な鍵であることが初めて見出された。また、このパイプラインを用いてSRBのEEU速度に影響を与える小分子を特定する実験を進めている。最も高い特性を示した分子に対して、今後、鉄腐食速度を確認し、有意な加速が可能か検証する。今年度、2報の論文を投稿しており、現在2報の論文を準備中である。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

計画していた方法論の確立は、モデル細菌を使ってうまく進んでいる。さらに、SRBを用いた検討も進めており、問題なく研究が進んでいる。

今後の研究の推進方策

当初計画した通り、SRBによる鉄腐食速度を大幅に加速される小分子の探索・特定を行い、その分子を用いた腐食機構の研究、並びに細菌叢への影響を確認する。

報告書

(2件)
  • 2023 実績報告書
  • 2022 実績報告書
  • 研究成果

    (16件)

すべて 2024 2023 2022 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (13件) (うち国際共著 6件、 査読あり 7件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (1件) (うち招待講演 1件) 備考 (1件)

  • [国際共同研究] Southeast University/Kaohsiung Medical University(中国)

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [雑誌論文] Electrochemical Characterization of Two Gut Microbial Strains Cooperatively Promoting Multiple Sclerosis Pathogenesis2024

    • 著者名/発表者名
      Naradasu Divya、Miran Waheed、Okamoto Akihiro
    • 雑誌名

      Microorganisms

      巻: 12 号: 2 ページ: 257-257

    • DOI

      10.3390/microorganisms12020257

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [雑誌論文] Osmium-grafted magnetic nanobeads improve microbial current generation via culture-free and quick enrichment of electrogenic bacteria2023

    • 著者名/発表者名
      Ho Chia-Lun、Emran Mohammed Y.、Ihara Sota、Huang Wenyuan、Wakai Satoshi、Li Wei-Peng、Okamoto Akihiro
    • 雑誌名

      Chemical Engineering Journal

      巻: 466 ページ: 142936-142936

    • DOI

      10.1016/j.cej.2023.142936

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Mechano-control of Extracellular Electron Transport Rate via Modification of Inter-heme Coupling in Bacterial Surface Cytochrome2023

    • 著者名/発表者名
      Long Xizi、Tokunou Yoshihide、Okamoto Akihiro
    • 雑誌名

      Environmental Science and Technology

      巻: 57 号: 19 ページ: 7421-7430

    • DOI

      10.1021/acs.est.3c00601

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Direct extracellular electron transfer to an indium tin doped oxide electrode via heme redox reactions in Desulfovibrio ferrophilus IS52023

    • 著者名/発表者名
      Deng Xiao、Okamoto Akihiro
    • 雑誌名

      Electrochimica Acta

      巻: 453 ページ: 142293-142293

    • DOI

      10.1016/j.electacta.2023.142293

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [雑誌論文] Enhancement of microbial current production by riboflavin requires the reduced heme centers in outer membrane cytochromes in Shewanella oneidensis MR-12023

    • 著者名/発表者名
      Huang Wenyuan、Long Xizi、Okamoto Akihiro
    • 雑誌名

      Electrochimica Acta

      巻: 464 ページ: 142860-142860

    • DOI

      10.1016/j.electacta.2023.142860

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [雑誌論文] Defined and unknown roles of conductive nanoparticles for the enhancement of microbial current generation: A review2022

    • 著者名/発表者名
      Deng Xiao、Luo Dan、Okamoto Akihiro
    • 雑誌名

      Bioresource Technology

      巻: 350 ページ: 126844-126844

    • DOI

      10.1016/j.biortech.2022.126844

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [雑誌論文] Electrode hydrophilicity enhanced the rate of extracellular electron uptake in Desulfovibrio ferrophilus IS52022

    • 著者名/発表者名
      Deng Xiao、Luo Dan、Okamoto Akihiro
    • 雑誌名

      Electrochimica Acta

      巻: 421 ページ: 140504-140504

    • DOI

      10.1016/j.electacta.2022.140504

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [雑誌論文] Multivariate landscapes constructed by Bayesian estimation over five hundred microbial electrochemical time profiles2022

    • 著者名/発表者名
      Miran Waheed、Huang Wenyuan、Long Xizi、Imamura Gaku、Okamoto Akihiro
    • 雑誌名

      Patterns

      巻: 3 号: 11 ページ: 100610-100610

    • DOI

      10.1016/j.patter.2022.100610

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Architecting data-driven microbial electrochemistry from scratch2022

    • 著者名/発表者名
      Miran Waheed、Imamura Gaku、Okamoto Akihiro
    • 雑誌名

      Patterns

      巻: 3 号: 11 ページ: 100637-100637

    • DOI

      10.1016/j.patter.2022.100637

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [雑誌論文] Novel Methanobacterium Strain Induces Severe Corrosion by Retrieving Electrons from Fe0 under a Freshwater Environment2022

    • 著者名/発表者名
      Hirano Shin-ichi、Ihara Sota、Wakai Satoshi、Dotsuta Yuma、Otani Kyohei、Kitagaki Toru、Ueno Fumiyoshi、Okamoto Akihiro
    • 雑誌名

      Microorganisms

      巻: 10 号: 2 ページ: 270-270

    • DOI

      10.3390/microorganisms10020270

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Current Production Capability of Drug-Resistant Pathogen Enables Its Rapid Label-Free Detection Applicable to Wastewater-Based Epidemiology2022

    • 著者名/発表者名
      Miran Waheed、Long Xizi、Huang Wenyuan、Okamoto Akihiro
    • 雑誌名

      Microorganisms

      巻: 10 号: 2 ページ: 472-472

    • DOI

      10.3390/microorganisms10020472

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Riboflavin-rich agar enhances the rate of extracellular electron transfer from electrogenic bacteria inside a thin-layer system2022

    • 著者名/発表者名
      Long Xizi、Li Wei-Peng、Okamoto Akihiro
    • 雑誌名

      Bioelectrochemistry

      巻: 148 ページ: 108252-108252

    • DOI

      10.1016/j.bioelechem.2022.108252

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Biogenic Mn2O3 via the redox of Shewanella oneidensis MR-1 for peroxymonosulfate advanced oxidation2022

    • 著者名/発表者名
      Long Xizi、Zhang Hongrui、Cao Xian、Wang Hui、Shimokawa Kohei、Chi Huimei、Zhang Chengming、Okamoto Akihiro、Li Xianning
    • 雑誌名

      Separation and Purification Technology

      巻: 303 ページ: 122144-122144

    • DOI

      10.1016/j.seppur.2022.122144

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [学会発表] 金属腐食菌と廃炉2022

    • 著者名/発表者名
      岡本章玄
    • 学会等名
      極限微生物と福島廃炉に関するワークショップ
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [備考] 電気化学ナノバイオグループ

    • URL

      https://www.nims.go.jp/group/ebio-nano/

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書

URL: 

公開日: 2022-04-19   更新日: 2024-12-25  

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