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東南アジア熱帯雨林樹木の進化、生態、保全における浸透交雑の重要性

研究課題

研究課題/領域番号 23K23653
補助金の研究課題番号 22H02388 (2022-2023)
研究種目

基盤研究(B)

配分区分基金 (2024)
補助金 (2022-2023)
応募区分一般
審査区分 小区分40010:森林科学関連
研究機関大阪公立大学

研究代表者

伊東 明  大阪公立大学, 大学院理学研究科, 教授 (40274344)

研究分担者 名波 哲  大阪公立大学, 大学院理学研究科, 教授 (70326247)
上谷 浩一  愛媛大学, 農学研究科, 教授 (80638792)
研究期間 (年度) 2022-04-01 – 2026-03-31
研究課題ステータス 交付 (2024年度)
配分額 *注記
17,160千円 (直接経費: 13,200千円、間接経費: 3,960千円)
2025年度: 3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円)
2024年度: 4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2023年度: 4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2022年度: 4,940千円 (直接経費: 3,800千円、間接経費: 1,140千円)
キーワード熱帯雨林 / 浸透交雑 / ボルネオ / 進化 / MIGseq / ddRADseq / SSR / 系統解析 / ボルネオ島 / 種間交雑 / 生物多様性 / 熱帯林保全
研究開始時の研究の概要

熱帯雨林の近縁樹種が、稀に種間で交雑して遺伝子を交換している一連の種群である『シンガメオン』かどうかを検証するため,ボルネオ熱帯雨林の近縁樹種を対象に①サラワク州に生育する種全体の系統関係と過去の交雑の推定、②同所的に見られる複数の個体群の個体間での最近の交雑の推定、③天然林と二次林での種間交雑頻度の比較を行い、種間交雑の可能性を残して複合種群全体を保全する新しい熱帯樹木保全方法を提案する。

研究実績の概要

2023年度は、以下の内容を実施した。
(1) サラワク州に生育する種全体の系統関係と過去の交雑の推定:2022度年に採取したDNA用の葉サンプルを用いて、サラワク森林局内の実験室でDNA抽出から次世代シーケンサーによるh配列決定までを実施するプロトコールを確立した。系統解析には、DNAバーコードに用いられる4領域(rbcL、matK、trnH-psbA、ITS)の配列を多サンプルで同時に決定できる手法を用いた。また、新たにPulong Tau国立公園で柵葉標本とDNA用の葉標本を採取した。
(2) 交雑解析方法の検討:リファレンス配列を用いた新しい交雑解析手法をIxora属、Diospyros属、Sizygium属で試し、これまでの方法よりも信頼度の高い結果が得られる解析方法を確立した。今後の解析の基盤とすることができる。
(3) 同所的に見られる複数の個体群の個体間での最近の交雑の推定:Lambir国立公園で採取したIxora属の複数の個体について、これまでの解析に加えて、上記2)の方法とSSRを用いた解析を実施した。その結果、複数の手法を併用することが、現在と過去の交雑の両方の推定に有効であることが示された。また、過去の有効集団サイズの変動の推定も可能になった。
(4) 天然林と二次林での最近の種間交雑頻度の比較:二次林での新たなサンプルの採取許可が得られなくなっため、計画を一部変更し、過去に択伐林で採取したサンプルを用いて天然林の結果と比べる計画を作成した。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

これまでより高標高のPulong Tau国立公園でもサンプル採取を実施し、これまでの採取済みサンプルを含めて、サラワク州の様々な地域と森林タイプの国立公園からサンプルを採取できた。また、現地、サラワク森林局での遺伝子解析実験の必要機器とプロトコールの整備が完了し、今後、国外にサンプルを持ち出すことなく、DNA抽出から次世代シーケンシングまでの作業を現地で実施できる基盤が整った。リファレンス配列を用いた系統・交雑解析の手法の有効性が確認でき、より信頼度の高いデータ解析(系統・交雑解析)ができるようになった。二次林での新たなサンプル採取はできなくなったが、過去のサンプルを用いる計画に変更したため、当初の目的はある程度達成可能である。以上より、概ね予定通りに進んでいると判断した。

今後の研究の推進方策

1) サラワク州に生育する種全体の系統関係と過去の交雑の推定:引き続きサラワク州内の国立公園でのサンプル採取を進める。また交雑解析の対象分類群についてもより多くの種のサンプルを収集する。本年度に確立した現地の実験基盤を活用してサラワク州全体のサンプルの遺伝子解析を効率的に進め、サラワク州の様々な森林の群集系統を推定する。また、一部の分類群(フタバガキ科、カキノキ科、アカネ科)については、リファレンス配列を用いる解析手法による詳細な交雑解析を実施する。
2) 同所的に見られる複数の個体群の個体間での最近の交雑の推定:フタバガキ科、Ixora属、Nepenthes属については、対象に応じてSSRマーカーとSNPsデータ(RADseq、 GRASDi、MIGseq法で取得)を併用するなどして、同一森林内の複数個体について交雑解析を行い、最近の交雑の有無を確かめる。
3) 天然林と二次林での最近の種間交雑頻度の比較:ランビル国立公園と周辺の択伐林で過去に採取したフタバガキ科の複数個体(種子、実生を含む)のDNAサンプルを用いて交雑解析を行い、天然林と択伐林の結果を比較する。

報告書

(2件)
  • 2023 実績報告書
  • 2022 実績報告書
  • 研究成果

    (20件)

すべて 2024 2023 2022 その他

すべて 国際共同研究 (5件) 雑誌論文 (6件) (うち国際共著 6件、 査読あり 6件、 オープンアクセス 5件) 学会発表 (9件) (うち国際学会 1件)

  • [国際共同研究] サラワク森林局(マレーシア)

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [国際共同研究] スミソニアン熱帯研究所(米国)

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [国際共同研究] サラワク森林局(マレーシア)

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [国際共同研究] スミソニアン熱帯研究所(米国)

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [国際共同研究] ボゴール農科大学/北スマトラ大学(インドネシア)

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [雑誌論文] Latitudinal patterns in stabilizing density dependence of forest communities2024

    • 著者名/発表者名
      Hulsmann L, Chisholm RA, Comita L, Visser MD, de Souza Leite M, Aguilar S, et al. (52名中Itoh Aは23番目)
    • 雑誌名

      Nature

      巻: 627 号: 8004 ページ: 564-571

    • DOI

      10.1038/s41586-024-07118-4

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Tropical tree ectomycorrhiza are distributed independently of soil nutrients2024

    • 著者名/発表者名
      Medina-Vega JA, Zuleta D et al. (51名中Itoh Aは25番目)
    • 雑誌名

      Nature Ecology and Evolution

      巻: 8 号: 3 ページ: 400-410

    • DOI

      10.1038/s41559-023-02298-0

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Major axes of variation in tree demography across global forests2024

    • 著者名/発表者名
      Leite M de S, McMahon SM, Prado PI et al. (41名中Itoh Aは18番目)
    • 雑誌名

      Ecography

      巻: 4 号: 6 ページ: 527-534

    • DOI

      10.1111/ecog.07187

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Leaf morphological traits of nine major tropical trees of Shorea species (Dipterocarpaceae)2023

    • 著者名/発表者名
      MUFARHATUN NUR、SUSILOWATI ARIDA、HILWAN IWAN、ARROFAHA NAWWALL、YULITA KUSUMADEWI SRI、DWIYANTI FIFI GUS、HIDAYAT ASEP、KAMIYA KOICHI、RACHMAT HENTI HENDALASTUTI
    • 雑誌名

      Biodiversitas Journal of Biological Diversity

      巻: 24 号: 3 ページ: 1704-1712

    • DOI

      10.13057/biodiv/d240344

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Genetic structure and population history of a peat swamp forest tree species, Shorea albida (Dipterocarpaceae), in Brunei Darussalam2023

    • 著者名/発表者名
      Ogasahara M, Cobb AR, Sukri RS, Metali F, Kamiya K
    • 雑誌名

      Genes & Genetic Systems

      巻: 98

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Community phylogeny and spatial scale affect phylogenetic diversity metrics in a species‐rich rainforest in Borneo2022

    • 著者名/発表者名
      Okuno Seiya、Yin Tingting、Nanami Satoshi、Matsuyama Shuhei、Kamiya Koichi、Tan Sylvester、Davies Stuart J.、Mohamad Mohizah、Yamakura Takuo、Itoh Akira
    • 雑誌名

      Ecology and Evolution

      巻: 12 号: 11

    • DOI

      10.1002/ece3.9536

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] デノボとリファレンスガイドアセンブリを用いた熱帯樹木の交雑解析結果の比較2024

    • 著者名/発表者名
      Takeru KAWARATANI, Akira ITOH, Seiya OKUNO, Satoshi NANAMI, Hayato TOKUMOTO, Shizue YOSHIHARA, Sylverter TAN, Mohizha Bt. MOHAMADA
    • 学会等名
      第71回日本生態学会年次大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] ボルネオ島のカキノキ属で、交雑はニッチの多様性にどう影響したか?2024

    • 著者名/発表者名
      奥野聖也, 中井広樹, 伊東明, 名波哲, Sylvester TAN, Mohizah Bt. MOHAMAD
    • 学会等名
      第71回日本生態学会年次大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] How interspecific hybridization contributes to species diversity in Ixora, a species-rich tree genus in a Bornean rain forest2023

    • 著者名/発表者名
      Takeru KAWARATANI1, Akira ITOH, Satoshi NANAMI, Hayato TOKUMOTO, Sizue YOSHIHARA, Sylvester TAN, Mohizah Bt. MOHAMADO
    • 学会等名
      10th East Asian Federation of Ecological Societies International Congress (EAFES10)
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Provisional estimate of effective population size (Ne) of trees in Borneo: a potential index of genetic diversity and conservation2023

    • 著者名/発表者名
      Akira ITOH, Satoshi NANAMI, Seiya OKUNO, Koichi KAMIYA, Sylvester TAN, Mohizah bt. MOHAMAD
    • 学会等名
      第33回日本熱帯生態学会年次大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Comparison of micro habitat niche between hybrids and parental species in Ixora2023

    • 著者名/発表者名
      Takeru KAWARATANI, Akira ITOH, Satoshi NANAMI, Hayato TOKUMOTO, Sizue YOSHIHARA, Sylvester TAN, Mohizah Bt. MOHAMAD. Comparison of micro habitat niche between hybrids and parental species in Ixora. Takeru KAWARATANI, Akira ITOH, Satoshi NANAMI, Hayato TOKUMOTO, Sizue YOSHIHARA, Sylvester TAN, Mohizah Bt. MOHAMAD
    • 学会等名
      第33回日本熱帯生態学会年次大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] ボルネオ熱帯雨林のIxora属5種の個体群構造と系統関係2023

    • 著者名/発表者名
      瓦谷丈琉, 伊東明, 名波哲, 徳本勇人, 吉原静恵, 大矢樹, Sylvester TAN, Mohizah MOHAMAD
    • 学会等名
      第70回日本生態学会年次大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] ボルネオ熱帯雨林樹木におけるニッチ分割とその進化的プロセス2023

    • 著者名/発表者名
      奥野聖也, 殷亭亭, 名波哲, 上谷浩一, 松山周平, Sylvester TAN, Mohizah Bt. MOHAMAD, 山倉拓夫, 伊東明
    • 学会等名
      第70回日本生態学会年次大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] MIG-seq法を用いたフタバガキ科樹木セラヤの遺伝的変異と集団構造の評価2023

    • 著者名/発表者名
      小笠原実里, Cobb AR, Sukri RS, Metali F, 田中憲蔵, 米田令仁, Azani MA, Lum SKY, 上谷浩一
    • 学会等名
      第134回日本森林学会大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Morphological and molecular evidence of natural interspecific hybridization between Dyera polyphylla and D. costulata in Sumatra and Kalimantan2022

    • 著者名/発表者名
      Aulianisa EN, Siregar UJ, Siregar IZ, Hamzah H, Ogasahara M, Kamiya K
    • 学会等名
      第32回日本熱帯生態学会大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書

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公開日: 2022-04-19   更新日: 2024-12-25  

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