• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 前のページに戻る

コウモリコロナウイルスのリスク評価ならびに高感度ウイルス検出法の開発に資する研究

研究課題

研究課題/領域番号 23K23786
補助金の研究課題番号 22H02521 (2022-2023)
研究種目

基盤研究(B)

配分区分基金 (2024)
補助金 (2022-2023)
応募区分一般
審査区分 小区分42020:獣医学関連
研究機関大阪大学

研究代表者

渡辺 登喜子  大阪大学, 微生物病研究所, 教授 (60557479)

研究分担者 七戸 新太郎  大阪大学, 微生物病研究所, 助教 (80737148)
研究期間 (年度) 2022-04-01 – 2025-03-31
研究課題ステータス 交付 (2024年度)
配分額 *注記
17,420千円 (直接経費: 13,400千円、間接経費: 4,020千円)
2024年度: 5,070千円 (直接経費: 3,900千円、間接経費: 1,170千円)
2023年度: 5,850千円 (直接経費: 4,500千円、間接経費: 1,350千円)
2022年度: 6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円)
キーワードコロナウイルス / ウイルス検出系 / コウモリ / 異種間伝播 / サーベイランス
研究開始時の研究の概要

本研究では、コウモリの保有するベータコロナウイルスのパンデミックポテンシャルを評価することを目的として、1)公共のデータベースを用いて、コウモリ由来のベータコロナウイルスの網羅的検索、およびヒトのベータコロナウイルスを含めた分子系統解析を行い、ヒトへの適応に重要なアミノ酸配列を予測する。また、2)ベータコロナウイルスの異宿主間伝播に関する分子基盤を解明するために、本ウイルスのヒトへの適応に重要な因子(ウイルス蛋白質やアミノ酸変異)を同定する。さらに本ウイルスの監視体制の強化を目指して、3)環境試料から高感度にウイルスを検出するシステムを開発し、実際のサーベイランスへの適用を試みる。

研究実績の概要

コウモリは、コロナウイルスの自然宿主の一つであるため、コウモリが保有するコロナウイルスのサーベイランスは、将来的に発生しうる人獣共通感染症の予測のためにも重要である。コロナウイルス遺伝子を検出する方法として、RT-PCR法と次世代シークエンス法が用いられているが、それぞれ、特異的なウイルス遺伝子しか検出できない、あるいは感度が低いといった問題がある。そこで本研究では、コロナウイルスを網羅的かつ高感度に検出するために、バイオインフォマティクス解析によって設計した縮重プライマーを用いたRT-PCR法の確立を試みた。
バイオインフォマティクス解析によって、データベースに登録されている数百種類のコロナウイルスのRNA依存性RNAポリメラーゼ遺伝子配列に対する39種類の縮重プライマーを設計した。これらのプライマーペアを用いて、RT-PCRの条件設定を行ない、最適なプライマー濃度、アニーリング温度、PCR酵素等を決定した。最適化した条件下で、アルファコロナウイルス、ベータコロナウイルス、ガンマコロナウイルス、デルタコロナウイルスから抽出したRNAを用いてRT-PCRを行ったところ、目的のサイズである400から450bp付近にバンドが検出された。
以上、本研究では、縮重プライマーを用いて、コロナウイルス遺伝子を包括的に検出できるRT-PCR法を確立した。現在、本手法が野外サンプルに対しても有効であるかを検証するために、アフリカ・シエラレオネで採取したコウモリ臓器から抽出したRNAを用いて、コロナウイルスゲノムの検出を試みている。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

現在、SARS-CoV-2を特異的に検出する系は複数存在するが、包括的にコロナウイルスを検出する方法は確立されていない。本研究では、データベース上のコロナウイルス遺伝子配列を基に、バイオインフォマティクス解析を行い、ベータコロナウイルスを包括的に検出する高度縮重PCRプライマーを設計し、検出条件の検討を行なった。その結果、39種類の縮重プライマーセットと最適化したRT-PCR条件(プライマー濃度、アニーリング温度、PCR酵素等)を用いることによって、アルファコロナウイルス、ベータコロナウイルス、ガンマコロナウイルス、デルタコロナウイルスの遺伝子を検出する方法を確立することができた。現在、本手法が野外サンプルに対しても有効であるかを検証するために、アフリカ・シエラレオネで採取したコウモリ臓器から抽出したRNAを用いて、コロナウイルスゲノムの検出を試みている。以上の結果が得られたことから、本研究は、おおむね順調に進展していると考えられる。

今後の研究の推進方策

今後も引き続き、国内外における水禽や野生動物から採取したサンプルの解析データを用いて、新規ウイルスの探索を試みる。具体的には、シエラレオネとブラジルで採取したコウモリの臓器サンプルから抽出したRNAサンプルにおいて、本研究で開発した39種類の縮重プライマーセットと最適化したRT-PCR条件を用いて、包括的なコロナウイルス遺伝子の検索を実施する。また、公共のデータベースを用いて、コウモリ由来のベータコロナウイルスの網羅的検索、およびヒトのベータコロナウイルスを含めた分子系統解析を行い、ヒトへの適応に重要なアミノ酸配列の予測を試みる。さらにコロナウイルスの異宿主間伝播に関する分子基盤を解明するために、本ウイルスのヒトへの適応に重要な因子(ウイルス蛋白質やアミノ酸変異)の同定を試みる。

報告書

(1件)
  • 2022 実績報告書
  • 研究成果

    (22件)

すべて 2023 2022 その他

すべて 国際共同研究 (3件) 雑誌論文 (7件) (うち査読あり 1件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (11件) (うち国際学会 5件、 招待講演 1件) 備考 (1件)

  • [国際共同研究] ウイスコンシン大学(米国)

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [国際共同研究] シエラレオネ大学(シエラレオネ)

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [国際共同研究] サンパウロ州立パウリスタ大学(ブラジル)

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [雑誌論文] Genomic diversity of SARS-CoV-2 can be accelerated by mutations in the nsp14 gene2023

    • 著者名/発表者名
      Takada Kosuke、Ueda Mahoko Takahashi、Shichinohe Shintaro、Kida Yurie、Ono Chikako、Matsuura Yoshiharu、Watanabe Tokiko、Nakagawa So
    • 雑誌名

      iScience

      巻: 26 号: 3 ページ: 106210-106210

    • DOI

      10.1016/j.isci.2023.106210

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] オミクロン株の感染拡大について2022

    • 著者名/発表者名
      渡辺 登喜子
    • 雑誌名

      インフルエンザ:その他の呼吸器感染症

      巻: 23巻3号

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [雑誌論文] 本邦のBSL-4施設に適したサスティナブルな陽圧防護服の開発2022

    • 著者名/発表者名
      七戸 新太郎
    • 雑誌名

      クリーンテクノロジー

      巻: 32

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [雑誌論文] ネオウイルス学:自然界におけるウイルスの役割をひもとく2022

    • 著者名/発表者名
      渡辺 登喜子
    • 雑誌名

      milsil(ミルシル)

      巻: 15

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [雑誌論文] オミクロン株について:出現と感染拡大2022

    • 著者名/発表者名
      渡辺 登喜子
    • 雑誌名

      インフルエンザ:その他の呼吸器感染症

      巻: 23巻2号

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [雑誌論文] ウイルス感染症の克服に向けた新展開:総論 古くて新しいウイルス感染症への挑戦状2022

    • 著者名/発表者名
      渡辺 登喜子
    • 雑誌名

      月刊「細胞」

      巻: 4月号

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [雑誌論文] 新型コロナウイルスの懸念される変異株の出現2022

    • 著者名/発表者名
      渡辺 登喜子
    • 雑誌名

      インフルエンザ:その他の呼吸器感染症

      巻: 23巻1号

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] ハムスターモデルにおける新型コロナウイルスの少量感染系の確立2023

    • 著者名/発表者名
      高田光輔、大場靖子、澤洋文、渡辺登喜子
    • 学会等名
      獣医学会微生物分科会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] SARS-CoV-2に対する抗ウイルス活性を有する海洋天然物の探索と作用機序解明2023

    • 著者名/発表者名
      安齋 樹、岩崎 有紘、小野 慎子、鳥居 志保、松浦 善治、末永 聖武、渡辺 登喜子
    • 学会等名
      日本薬学会第143年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Identification of a novel bat alphacoronavirus in Sierra Leone by using multiple degenerate primers2022

    • 著者名/発表者名
      Shintaro Shichinohe, Kosuke Takada, Pascal Hingamp, Yuriko Tomita, Tadashi Maemura, Alhaji U. N'jai, Tohru Suzuki, Yoshihiro Kawaoka, Hisashi Endo, Hiroyuki Ogata, Tokiko Watanabe
    • 学会等名
      20th Awaji International Forumon Infection and Immunity
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Emerging zoonotic viral diseases including COVID-192022

    • 著者名/発表者名
      Tokiko Watanabe
    • 学会等名
      Virtual Symposium on Infectious Diseases and Drug Development
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] ワンヘルスと人獣共通感染症 ー 人、動物、環境、そしてウイルス ー2022

    • 著者名/発表者名
      渡辺 登喜子
    • 学会等名
      第5回山口大学・環境DNA研究センターシンポジウム
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 新型コロナウイルス感染マウスにおける宿主応答解析2022

    • 著者名/発表者名
      七戸 新太郎、小野 慎子、川上 英良、高田 光輔、鳥居 志保、田鍬 修平、松浦 善治、渡辺 登喜子
    • 学会等名
      第69回日本ウイルス学会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Genomic diversity of SARS-CoV-2 can be accelerated by an amino acid substitution in the non-structural protein 14.2022

    • 著者名/発表者名
      Kosuke Takada, Mahoko Takahashi Ueda, Shintaro Shichinohe, Tokiko Watanabe and So Nakagawa.
    • 学会等名
      The 23rd Annual Meeting of the RNA Society of Japan
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Establishment of a low-volume SARS-CoV-2 infection system in the hamster model.2022

    • 著者名/発表者名
      Kosuke Takada, Yasuko Orba, Hirofumi Sawa, Tokiko Watanabe.
    • 学会等名
      20th Awaji International Forumon Infection and Immunity
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] ハムスターモデルにおける新型コロナウイルスの少量感染系の確立2022

    • 著者名/発表者名
      高田光輔、大場靖子、澤洋文、渡辺登喜子
    • 学会等名
      第69回日本ウイルス学会学術集会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Characterization of an antibody that neutralizes a wide range of SARS-CoV-2 variants.2022

    • 著者名/発表者名
      Itsuki Anzai, Junso Fujita, Chikako Ono, Yoichiro Kosaka, Yuki Miyamoto, Shintaro Shichinohe, Kosuke Takada, Shiho Torii, Shuhei Taguwa, Koichiro Suzuki, Fumiaki Makino, Tadahiro Kajita, Tsuyoshi Inoue, Keiichi Namba, Tokiko Watanabe, Yoshiharu Matsuura
    • 学会等名
      20th Awaji International Forumon Infection and Immunity
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] SARS-CoV-2の増殖に関わる宿主因子の同定と機能解析2022

    • 著者名/発表者名
      安齋 樹、足達 俊吾、河岡 義裕、渡辺 登喜子
    • 学会等名
      第69回日本ウイルス学会学術集会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [備考] 大阪大学微生物病研究所 分子ウイルス分野 渡辺研究室

    • URL

      https://watanabe-lab.biken.osaka-u.ac.jp

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書

URL: 

公開日: 2022-04-19   更新日: 2024-08-08  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi