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非膜性RNP構造体の構造・物性・機能を規定する基盤メカニズムの解明

研究課題

研究課題/領域番号 23K23809
補助金の研究課題番号 22H02545 (2022-2023)
研究種目

基盤研究(B)

配分区分基金 (2024)
補助金 (2022-2023)
応募区分一般
審査区分 小区分43010:分子生物学関連
研究機関大阪大学

研究代表者

山崎 智弘  大阪大学, 大学院生命機能研究科, 准教授 (90732280)

研究期間 (年度) 2024-04-01 – 2025-03-31
研究課題ステータス 完了 (2024年度)
配分額 *注記
17,420千円 (直接経費: 13,400千円、間接経費: 4,020千円)
2024年度: 5,590千円 (直接経費: 4,300千円、間接経費: 1,290千円)
2023年度: 5,590千円 (直接経費: 4,300千円、間接経費: 1,290千円)
2022年度: 6,240千円 (直接経費: 4,800千円、間接経費: 1,440千円)
キーワード非膜オルガネラ / lncRNA / 細胞内相分離 / ブロック共重合体 / MCP融合タンパク質ライブラリー / 構成的アプローチ / ミセル化 / RNAウイルス / 相分離 / ソフトマター物理 / architectural RNA / 非膜性構造体 / パラスペックル / 核内ストレス体 / 非膜性オルガネラ / RNA / NEAT1 / SARS-CoV-2
研究開始時の研究の概要

細胞は、生化学反応を時空間的に制御する必要がある。そのため、細胞は、相分離機構により誘導される「非膜性構造体」を利用することで、複雑な細胞内反応を支えている。申請者は、RNAが必須の骨格となる非膜性構造体を解析し、RNAがその設計図として働き、形成や機能発現を規定していることを明らかにしてきた。しかし、その理解は十分ではなく、体系的な理解には至っていない。そこで、本研究では、ソフトマター物理学や構成的アプローチなども取り入れ、RNAとそのパートナーであるRNA結合タンパク質が構築する非膜性構造体の構造・物性・機能を規定する原理を解析し、多様かつ複雑な細胞内非膜性構造体の作動原理を明らかにする。

研究実績の概要

細胞内相分離は、細胞内の混雑した環境で、特定の分子を集約した区画を作り上げることで、細胞内の様々なプロセスを潤滑に進める重要な機構である。本研究では、RNAが相分離により誘導する非膜性構造体がどのように働くのかを明らかにすることを目的にしている。そのため、RNAによって誘導される代表的な非膜性構造体について、その形成機構を明らかにすることを計画している。本研究で目指す重要な目的の1つが、パラスペックルの形成原理であるミセル化の分子実体の解明である。パラスペックルはこのミセル化の機構を介してコアシェル構造を持つ形態を作ることができる。これまでに、パラスペックルのシェルの形成に必要なタンパク質を同定することに成功してきたが、このパラスペックルのシェル形成に必要なタンパク質について変異体を作成し解析を進め、機能に重要な性質を明らかにした。もう1つの本研究の重要な課題は、構成的なアプローチによる非膜性構造体の形成と性状規定メカニズムの解明である。そのため、ライブラリーの拡張を行い、様々なRNA結合タンパク質を発現するコンストラクトの作成を進めた。さらに、主に構造体の形成を誘導するタンパク質について、変異体の作成を進め、その構造体誘導能を評価した。さらに、昨年度作成した様々な足場となるRNAの配列を変更したものを用いたスクリーニングも実施した。その結果、RNA足場の変化による非膜性構造体の形成への影響を明らかにすることができた。以上のように、当初の研究目的に掲げた重要な点を明らかにすることができた。

報告書

(3件)
  • 2024 実績報告書
  • 2023 実績報告書
  • 2022 実績報告書
  • 研究成果

    (44件)

すべて 2025 2024 2023 2022 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (14件) (うち国際共著 2件、 査読あり 12件、 オープンアクセス 9件) 学会発表 (16件) (うち国際学会 5件、 招待講演 6件) 図書 (4件) 備考 (8件)

  • [国際共同研究] CNRS/UMS 3655, AMMICA(フランス)

    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
  • [国際共同研究] CNRS/UMS 3655, AMMICA(フランス)

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [雑誌論文] Biophysical Aspect of Assembly and Regulation of Nuclear Bodies Scaffolded by Architectural RNA2025

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto Tetsuya、Yamazaki Tomohiro、Ninomiya Kensuke、Nakagawa Shinichi、Hirose Tetsuro
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Biology

      巻: 437 号: 9 ページ: 169016-169016

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2025.169016

    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Blocky proline/glutamine patterns in the SFPQ intrinsically disordered region dictate paraspeckle formation as a distinct membraneless organelle2025

    • 著者名/発表者名
      Takakuwa Hiro、Yoda Takao、Yamazaki Tomohiro、Hirose Tetsuro
    • 雑誌名

      bioRxiv

      巻: -

    • DOI

      10.1101/2025.02.21.639608

    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
  • [雑誌論文] Huntingtin is an RNA binding protein and participates in <i>NEAT1</i> -mediated paraspeckles2024

    • 著者名/発表者名
      Yadav Manisha、Harding Rachel J.、Li Tiantian、Yamazaki Tomohiro、Hirose Tetsuro、Prinos Panagiotis、Tippett Lynette、Turner Clinton、Curtis Maurice A.、Faull Richard L.M.、Pouladi Mahmoud A.、Pearson Christopher E.、He Housheng Hansen、Arrowsmith Cheryl H.
    • 雑誌名

      Science Advances

      巻: 10 号: 29 ページ: 5264-5264

    • DOI

      10.1126/sciadv.ado5264

    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Terminal regions of UAP56 and URH49 are required for their distinct complex formation functioning to an essential role in mRNA processing and export.2024

    • 著者名/発表者名
      K-I. Fujita, T. Yamazaki, A. Mayeda, S. Masuda
    • 雑誌名

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      巻: 703 ページ: 149682-149682

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2024.149682

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structural differences between the closely related RNA helicases, UAP56 and URH49, fashion distinct functional apo-complexes.2024

    • 著者名/発表者名
      K-I. Fujita, M. Ito, M. Irie, K. Harada, N. Fujiwara, Y. Ikeda, H. Yoshioka, T. Yamazaki, M. Kojima, B. Mikami, A. Mayeda, S. Masuda
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 15 号: 1 ページ: 455-455

    • DOI

      10.1038/s41467-023-44217-8

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] 4.5SH RNA counteracts deleterious exonization of SINE B1 in mice2023

    • 著者名/発表者名
      Yoshimoto Rei、Nakayama Yuta、Nomura Ikuko、Yamamoto Ikuko、Nakagawa Yumeka、Tanaka Shigeyuki、Kurihara Misuzu、Suzuki Yu、Kobayashi Takehiko、Kozuka-Hata Hiroko、Oyama Masaaki、Mito Mari、Iwasaki Shintaro、Yamazaki Tomohiro、Hirose Tetsuro、Araki Kimi、Nakagawa Shinichi
    • 雑誌名

      Molecular Cell

      巻: 83 号: 24 ページ: 4479-4493

    • DOI

      10.1016/j.molcel.2023.11.019

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Nascent ribosomal RNA act as surfactant that suppresses growth of fibrillar centers in nucleolus2023

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto Tetsuya、Yamazaki Tomohiro、Ninomiya Kensuke、Hirose Tetsuro
    • 雑誌名

      Communications Biology

      巻: 6 号: 1 ページ: 1129-1129

    • DOI

      10.1038/s42003-023-05519-1

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Shell protein composition specified by the lncRNA NEAT1 domains dictates the formation of paraspeckles as distinct membraneless organelles2023

    • 著者名/発表者名
      Takakuwa Hiro、Yamazaki Tomohiro、Souquere Sylvie、Adachi Shungo、Yoshino Hyura、Fujiwara Naoko、Yamamoto Tetsuya、Natsume Tohru、Nakagawa Shinichi、Pierron Gerard、Hirose Tetsuro
    • 雑誌名

      Nature Cell Biology

      巻: 25 号: 11 ページ: 1664-1675

    • DOI

      10.1038/s41556-023-01254-1

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Triblock copolymer micelle model of spherical paraspeckles2022

    • 著者名/発表者名
      Tetsuya Yamamoto, Tomohiro Yamazaki, and Tetsuro Hirose
    • 雑誌名

      Front. Mol. Biosci.

      巻: 9 ページ: 925058-925058

    • DOI

      10.3389/fmolb.2022.925058

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Micellization: A new principle in the formation of biomolecular condensates2022

    • 著者名/発表者名
      Tomohiro Yamazaki, Tetsuya Yamamoto, and Tetsuro Hirose
    • 雑誌名

      Front. Mol. Biosci.

      巻: 9 ページ: 974772-974772

    • DOI

      10.3389/fmolb.2022.974772

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Statistical Thermodynamics Approach for Intracellular Phase Separation2022

    • 著者名/発表者名
      Tomohiro Yamazaki
    • 雑誌名

      Methods Mol. Biol.

      巻: 2509 ページ: 361-393

    • DOI

      10.1007/978-1-0716-2380-0_22

    • ISBN
      9781071623794, 9781071623800
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Remarkable improvement in detection of readthrough downstream-of-gene transcripts by semi-extractable RNA-sequencing2022

    • 著者名/発表者名
      Iwakiri Junichi、Tanaka Kumiko、Chujo Takeshi、Takakuwa Hiro、Yamazaki Tomohiro、Terai Goro、Asai Kiyoshi、Hirose Tetsuro
    • 雑誌名

      RNA

      巻: 29 号: 2 ページ: 170-177

    • DOI

      10.1261/rna.079469.122

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A guide to membraneless organelles and their various roles in gene regulation2022

    • 著者名/発表者名
      Hirose Tetsuro、Ninomiya Kensuke、Nakagawa Shinichi、Yamazaki Tomohiro
    • 雑誌名

      Nature Reviews Molecular Cell Biology

      巻: 24 号: 4 ページ: 288-304

    • DOI

      10.1038/s41580-022-00558-8

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Editorial: The why of RNA granules: Form, function, and regulation2022

    • 著者名/発表者名
      Yamazaki Tomohiro、Audas Timothy E.、Farny Natalie G.
    • 雑誌名

      Frontiers in Molecular Biosciences

      巻: 9

    • DOI

      10.3389/fmolb.2022.1111463

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 細胞内非膜オルガネラの形成を誘導するタンパク質の大規模探索2024

    • 著者名/発表者名
      山崎智弘
    • 学会等名
      第24回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Micellization of block copolymers: A new principle in the formation of biomolecular condensates with RNA scaffolds2024

    • 著者名/発表者名
      Tomohiro Yamazaki, Tetsuya Yamamoto, Ichiro Taniguchi, Sota Umezaki, Hiro Takakuwa, Sylvie Souquere, Shinichi Nakagawa, Gerard Pierron, Tetsuro Hirose
    • 学会等名
      International symposium on mechanical control of biological self-organization
    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Mapping of the NEAT1_2 lncRNA domains that define the micelle structure and morphology of paraspeckles2024

    • 著者名/発表者名
      Sota Umezaki, Tomohiro Yamazaki, Hiro Takakuwa, Tetsuro Hirose
    • 学会等名
      第24回日本RNA学会年会
    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
  • [学会発表] 非膜性構造体の形成と機能に関わるlncRNAエレメントの解明2024

    • 著者名/発表者名
      山崎智弘
    • 学会等名
      RNAインフォマティクス道場
    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
  • [学会発表] Large-scale identification of proteins that initiate the formation of bimolecular condensates in cells2024

    • 著者名/発表者名
      Tomohiro Yamazaki
    • 学会等名
      International Symposium on Multifaceted Protein Dynamics
    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] The Formation Mechanisms and Molecular Bases:Biomolecular Condensates with RNA Scaffolds2024

    • 著者名/発表者名
      Tomohiro Yamazaki
    • 学会等名
      IPR seminar, The 8th LLPS Symposium/ The Biophysical Society of Japan Joint Seminar “Toward establishing LLPS research systems”
    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] The Formation Mechanisms & Molecular Bases of Biomolecular Condensates with RNA Scaffolds2024

    • 著者名/発表者名
      Tomohiro Yamazaki
    • 学会等名
      Paraspeckles and Condensates Symposium (2nd Internatinal Paraspeckle Focused Symposium)
    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Biomolecular condensates scaffolded by RNAs: Towards a theoretical and systematic understanding of their formation and function2023

    • 著者名/発表者名
      Tomohiro Yamzaki, Tetsuya Yamamoto, Hyura Yoshino, Hiro Takakuwa, Sylvie Souquere, Wakana Isshiki, Mizuki Iwata, Rie Doi, Shinichi Nakagawa, Gerard Pierron, Tetsuro Hirose
    • 学会等名
      28th Annual Meeting of the RNA Society
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Large-scale identification of RNA-binding proteins that initiate the formation of biomoleuclar condensates in cells2023

    • 著者名/発表者名
      Tomohiro Yamzaki, Doi Rie, Mizuki Iwata, Wakana Isshiki, Hiro Takakuwa, Tetsuro Hirose
    • 学会等名
      第24回日本RNA学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Large-scale identification of RNA-binding proteins that initiate the formation of biomoleuclar condensates in cells2023

    • 著者名/発表者名
      山崎智弘
    • 学会等名
      第1回関西RNA club
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 物理理論と構成的アプローチを用いたRNAを足場とする非膜性構造体の作動原理の理解2023

    • 著者名/発表者名
      山崎智弘、山本哲也、高桑央、吉野彪羅、Sylvie Souquere、土井理恵、岩田瑞季、一色和奏、梅崎創太、中川真一、Gerard Pierron、廣瀬哲郎
    • 学会等名
      第96回日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] パラスペックルのミセル構造と形態を規定するNEAT1_2 RNAドメインマッピング2023

    • 著者名/発表者名
      梅崎創太、山崎智弘、高桑央、廣瀬哲郎
    • 学会等名
      第46回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Formation mechanisms of SARS-CoV-2 viral RNPs with cellular host proteins2023

    • 著者名/発表者名
      山崎 智弘、土井 理恵、廣瀬 哲郎
    • 学会等名
      大阪大学先導的学際研究機構 RNAフロンティアサイエンス部門 第一回 RNA-FSシンポジウム RNA研究が拓く生命科学
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Biomolecular condensates scaffolded by RNAs: towards their theoretical and systematic understandings2022

    • 著者名/発表者名
      Tomohiro Yamazaki, Tetsuya Yamamoto, Hyura Yoshino, Hiro Takakuwa, Sylvie Souquere, Wakana Isshiki, Mizuki Iwata, Rie Doi, Shinichi Nakagawa, Gerard Pierron, Tetsuro Hirose
    • 学会等名
      第23回日本RNA学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] RNAを設計図とする非膜オルガネラの形成原理2022

    • 著者名/発表者名
      山崎 智弘、山本 哲也、吉野 彪羅、高桑 央、Sylvie Souquere、土井 理恵、岩田 瑞季、一色 和奏、中川 真一、Gerard Pierron、廣瀬 哲郎
    • 学会等名
      RNAフロンティアミーティング
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 理論と構成的アプローチを用いたRNAを足場とする非膜オルガネラの形成原理の解析2022

    • 著者名/発表者名
      Tomohiro Yamazaki, Tetsuya Yamamoto, Hyura Yoshino, Hiro Takakuwa, Sylvie Souquere, Wakana Isshiki, Mizuki Iwata, Rie Doi, Shinichi Nakagawa, Gerard Pierron, Tetsuro Hirose
    • 学会等名
      第45回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [図書] “情報”から“マテリアル” へ ノンコーディングRNA研究(分担執筆)「非膜オルガネラの骨格として働くarcRNA」2024

    • 著者名/発表者名
      山崎智弘、廣瀬哲郎
    • 総ページ数
      205
    • 出版者
      羊土社
    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
  • [図書] 「非ドメイン型arcRAによる非膜オルガネラ形成」Medical Science Digest2023

    • 著者名/発表者名
      山崎智弘、廣瀬哲郎
    • 総ページ数
      66
    • 出版者
      ニューサイエンス社
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [図書] フロントランナー直伝 相分離解析プロトコール2022

    • 著者名/発表者名
      山崎智弘、廣瀬哲郎(担当、分担執筆、範囲:レビュー編4:細胞内相分離におけるRNAの役割)
    • 総ページ数
      247
    • 出版者
      羊土社
    • ISBN
      9784758122597
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [図書] セントラルドグマの新常識2022

    • 著者名/発表者名
      山崎智弘、山本哲也、廣瀬哲郎(担当、分担執筆、範囲:RNAの新常識6:細胞内構造体の骨格として働くRNA)
    • 総ページ数
      264
    • 出版者
      羊土社
    • ISBN
      9784758104043
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [備考] Hirose Lab

    • URL

      https://hirose-lab.com/

    • 関連する報告書
      2024 実績報告書 2023 実績報告書
  • [備考] RNA生体機能研究室

    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
  • [備考] 生成中のRNAは核小体の内部構造を制御する「界面活性剤」として働く

    • URL

      https://www.fbs.osaka-u.ac.jp/ja/research_results/papers/detail/1076

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [備考] 膜を持たないオルガネラが混じり合わずに存在できるしくみを解明

    • URL

      https://www.fbs.osaka-u.ac.jp/ja/research_results/papers/detail/1074

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [備考] ヒトゲノムの繰り返し配列から作られるRNAとその反復のなせる技

    • URL

      https://www.fbs.osaka-u.ac.jp/ja/research_results/papers/detail/1068

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [備考] RNA生体機能研究室

    • URL

      https://www.fbs.osaka-u.ac.jp/ja/research_group/detail/7

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [備考] Hirose Lab (RNA生体機能研究室)

    • URL

      http://hirose-lab.com/

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [備考] 大阪大学大学院生命機能研究科 細胞ネットワーク講座 RNA生体機能研究室

    • URL

      https://www.fbs.osaka-u.ac.jp/ja/research_group/detail/7

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書

URL: 

公開日: 2022-04-19   更新日: 2025-12-26  

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