| 研究課題/領域番号 |
23K23860
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| 補助金の研究課題番号 |
22H02597 (2022-2023)
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| 研究種目 |
基盤研究(B)
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| 配分区分 | 基金 (2024)
補助金 (2022-2023) |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 審査区分 |
小区分43050:ゲノム生物学関連
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| 研究機関 | 東京医科歯科大学 |
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研究代表者 |
高地 雄太 東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 教授 (60415156)
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| 研究分担者 |
石濱 泰 京都大学, 薬学研究科, 教授 (30439244)
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| 研究期間 (年度) |
2022-04-01 – 2026-03-31
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| 研究課題ステータス |
交付 (2024年度)
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| 配分額 *注記 |
17,160千円 (直接経費: 13,200千円、間接経費: 3,960千円)
2025年度: 2,990千円 (直接経費: 2,300千円、間接経費: 690千円)
2024年度: 4,940千円 (直接経費: 3,800千円、間接経費: 1,140千円)
2023年度: 5,070千円 (直接経費: 3,900千円、間接経費: 1,170千円)
2022年度: 4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
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| キーワード | ナンセンス変異依存mRNA分解機構 / sQTL / long-read RNA-seq / GWAS / 選択的スプライシング / ゲノムワイド関連解析 |
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| 研究開始時の研究の概要 |
免疫細胞の転写産物（mRNA)のうち、ナンセンス変異依存mRNA分解機構の標的となる転写産物(NMDT)を網羅的に同定する。NMDTの全長配列をロングリード・シークエンサーを用いて決定するとともに、タンパク質レベルでの発現を、タンパク質C末端ペプチドの特異的濃縮法と超高分離能LC/MS/MSを組み合わせた独自の解析システムを用いて明らかにする。また、NMDTの発現量に影響を与える遺伝子多型を明らかし、免疫疾患との関連を評価する。さらに、免疫疾患に関わるNMDTの機能を分子生物学的手法を用いて明らかにする。
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| 研究実績の概要 |
ナンセンス変異依存mRNA分解機構 （NMD）は、ナンセンス変異や選択的スプライシングによって生じる早期終止コドンにより、有害なタンパク質を翻訳する可能性のある転写産物を分解・除去する。NMD標的転写産物（NMDT）の一部は分解が不十分であることが知られており、自己免疫疾患感受性遺伝子WDFY4のように、その発現量が遺伝子多型によって制御され、翻訳されたタンパク質が疾患の原因となるものもある。本研究では、選択的スプライシングを介してNMDTの発現量に影響する遺伝子多型(sQTL)を網羅的に同定し、これまで様々な多因子疾患で行われたゲノムワイド関連解析（GWAS）の結果と統合解析することによって、NMD標的転写産物の遺伝学的役割を明らかにする。今年度は、免疫細胞28種のロングリードシークエンス技術を用いたRNA解析を行い、NMDTを含むアイソフォームカタログを論文発表した（TRAnscriptomic resource of Immune cells using Long-read Sequencing ;TRAILS, Inamo et al. Nat Commun 2024)。同様に、インターフェロンで刺激したB細胞におけるアイソフォームカタログを作製した（isoISG)。これらのカタログからNMDTを抽出して、全長配列を用いて、ショートリードシークエンス技術で行われたRNA-seqデータを再解析することとによって、自己免疫疾患に関連するsQTLの網羅的同定も行った。さらに、マクロファージ系のTHP1細胞株、不死化B細胞株からタンパク質を精製したうえで、タンパク質C末端由来ペプチドを濃縮した独自のプロテオーム解析によって、タンパク質に翻訳される疾患関連NMDTを網羅的に同定した。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
計画通りすすめているため。
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| 今後の研究の推進方策 |
当初、単一細胞解析データを用いる予定はなかったが、解析の制度を上げるために、単一細胞解析データとの統合解析も行う。
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