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高密度かつ機能的な定量プロテオミクスによる細胞老化の分子基盤の解明

研究課題

研究課題/領域番号 23K23870
補助金の研究課題番号 22H02607 (2022-2023)
研究種目

基盤研究(B)

配分区分基金 (2024)
補助金 (2022-2023)
応募区分一般
審査区分 小区分43060:システムゲノム科学関連
研究機関新潟大学

研究代表者

松本 雅記  新潟大学, 医歯学系, 教授 (60380531)

研究期間 (年度) 2024-04-01 – 2026-03-31
研究課題ステータス 交付 (2024年度)
配分額 *注記
16,900千円 (直接経費: 13,000千円、間接経費: 3,900千円)
2024年度: 5,980千円 (直接経費: 4,600千円、間接経費: 1,380千円)
2023年度: 6,240千円 (直接経費: 4,800千円、間接経費: 1,440千円)
2022年度: 4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
キーワードプロテオミクス / 細胞老化 / プロテオーム / ゲノム / 質量分析 / 老化 / 定量プロテオミクス / 機能プロテオミクス / タンパク質動態
研究開始時の研究の概要

細胞老化を誘導・維持するメカニズムについては未解明の点が多く残されている。細胞老化を理解するためには生命現象の担い手であるタンパク質の量的・機能的情報の包括的取得が有効である。本研究では、独自に開発した次世代型定量プロテオミクスiMPAQT (in vitro proteome assisted MRM for protein absolute quantification) 法を発展させ、より高出力で機能的なプロテオーム情報が取得可能な解析基盤を構築し、老化細胞におけるプロテオーム状態の計測を行い、老化特異的な分子ネットワークの同定とそれに基づく検証実験により細胞老化の実体解明を目指す。

研究実績の概要

細胞老化は、細胞分裂の停止に伴う恒久的な増殖停止状態であり、がん細胞の異常増殖を防ぐ「バリア」として機能する一方で、老化細胞が周囲の組織に悪影響を及ぼす要因ともなりうる。しかしながら、細胞老化そのものを誘導・維持するメカニズムについては、未解明な点が多く、その解明は老化細胞の除去や再プログラミング、さらには加齢関連疾患の予防や治療戦略において重要な課題である。
本研究では、これらの課題に取り組むため、タンパク質動態を定量的に計測可能な機能的プロテオーム解析基盤の構築と、それを用いた老化細胞における包括的なプロテオーム状態計測を計画した。
本年度は、これまでに構築したさまざまな機能プロテオーム解析技術を駆使して、異なる老化誘導モデルに対して多面的な老化細胞プロテオーム情報の取得を行なった。これらのデータの詳細な解析の結果、これらの異なる老化モデルに共通して、インターフェロン誘導タンパク質群の発現低下を見出した。この現象は、細胞老化が単なる細胞増殖停止にとどまらず、免疫応答の低下や抗ウイルス防御機構の破綻に関与する可能性を示唆している。そこで、正常細胞および老化細胞においてIFN-γ (インターフェロンガンマ) 刺激応答を調べたところ、老化細胞においても正常なシグナル伝達とそれに伴うIRF1 (Interferon Regulatory Factor 1) のmRNA発現誘導が認められた。そこで正常および老化細胞を対象にIFN-γ刺激下でのプロテオーム解析を行なったところ、IRF1タンパク質レベルの発現が顕著に抑制されていることが明らかになった。さらに、タンパク質分解の抑制はこの老化細胞におけるIRF1の発現低下をキャンセルできず、転写以降のタンパク質合成過程に何かしらの違いがあることが示唆された。

現在までの達成度
現在までの達成度

2: おおむね順調に進展している

理由

今年度も当初計画していた全ての実験を滞りなく実施することができ、多数の新たな知見を得ることができた。特に、細胞老化に伴うプロテオームの動態変化に関する多面的な解析により、老化細胞が特異的に示すインターフェロン応答の異常が明らかになった。この発見は、これまで見過ごされがちであった老化細胞の特徴の一つであり、老化の進行過程や老化細胞が周囲の組織に与える影響を理解する上で重要な意義を持つものである。さらに、得られたデータからは、老化細胞におけるシグナル伝達経路の再編成や、代謝状態の変化、免疫応答の調節異常が示唆されており、これらが老化細胞の生存や排除機構にどのように関与しているかを解明するための基盤を整備することに成功した。今後、これらの新規発見に基づき、老化細胞の特徴的なプロテオームプロファイルを分子レベルでさらに詳細に解析し、老化に伴う疾患の予防や治療に向けた新たなアプローチの開発に取り組む予定である。

今後の研究の推進方策

今年度も当初計画していた全ての実験を滞りなく実施することができ、多数の新たな知見を得ることができた。特に、細胞老化に伴うプロテオームの動態変化に関する多面的な解析により、老化細胞が特異的に示すインターフェロン応答の異常が明らかになった。この発見は、これまで見過ごされがちであった老化細胞の特徴の一つであり、老化の進行過程や老化細胞が周囲の組織に与える影響を理解する上で重要な意義を持つものである。さらに、得られたデータからは、老化細胞におけるシグナル伝達経路の再編成や、代謝状態の変化、免疫応答の調節異常が示唆されており、これらが老化細胞の生存や排除機構にどのように関与しているかを解明するための基盤を整備することに成功した。

報告書

(3件)
  • 2024 実施状況報告書
  • 2023 実績報告書
  • 2022 実績報告書
  • 研究成果

    (44件)
  • 研究データ

    (1件)

すべて 2025 2024 2023 2022

すべて 雑誌論文 (14件) (うち査読あり 14件、 オープンアクセス 13件) 学会発表 (29件) (うち招待講演 4件) 産業財産権 (1件)

  • [雑誌論文] WDR74 -Mediated Ribosome Biogenesis and Proteome Dynamics During Mouse Preimplantation Development2025

    • 著者名/発表者名
      Kakihara Ayaka、Maemura Marino、Hatano Atsushi、Matsumoto Masaki、Tsukada Yu‐ichi
    • 雑誌名

      Genes to Cells

      巻: 30 号: 1

    • DOI

      10.1111/gtc.70001

    • 関連する報告書
      2024 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] iMPAQT reveals that adequate mitohormesis from TFAM overexpression leads to life extension in mice2024

    • 著者名/発表者名
      Igami Ko、Kittaka Hiroki、Yagi Mikako、Gotoh Kazuhito、Matsushima Yuichi、Ide Tomomi、Ikeda Masataka、Ueda Saori、Nitta Shin-Ichiro、Hayakawa Manami、Nakayama Keiichi I.、Matsumoto Masaki、Kang Dongchon、Uchiumi Takeshi
    • 雑誌名

      Life Science Alliance

      巻: 7 号: 7 ページ: e202302498-e202302498

    • DOI

      10.26508/lsa.202302498

    • 関連する報告書
      2024 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Time‐series transcriptomics reveals distinctive mRNA expression dynamics associated with gene ontology specificity and protein expression in skeletal muscle after electrical stimulation‐induced resistance exercise2024

    • 著者名/発表者名
      Kusano Tatsuya、Sotani Yuta、Takeda Reo、Hatano Atsushi、Kawata Kentaro、Kano Ryotaro、Matsumoto Masaki、Kano Yutaka、Hoshino Daisuke
    • 雑誌名

      The FASEB Journal

      巻: 38 号: 22

    • DOI

      10.1096/fj.202401420rr

    • 関連する報告書
      2024 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] jPOST environment accelerates the reuse and reanalysis of public proteome mass spectrometry data2024

    • 著者名/発表者名
      Okuda Shujiro、Yoshizawa Akiyasu C、Kobayashi Daiki、Takahashi Yushi、Watanabe Yu、Moriya Yuki、Hatano Atsushi、Takami Tomoyo、Matsumoto Masaki、Araki Norie、Tabata Tsuyoshi、Iwasaki Mio、Sugiyama Naoyuki、Kodera Yoshio、Tanaka Satoshi、Goto Susumu、Kawano Shin、Ishihama Yasushi
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 53 号: D1 ページ: D462-D467

    • DOI

      10.1093/nar/gkae1032

    • 関連する報告書
      2024 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Multiomics analysis of cultured mouse periodontal ligament cell-derived extracellular matrix2024

    • 著者名/発表者名
      Kaku Masaru、Thant Lay、Dobashi Azusa、Ono Yoshiki、Kitami Megumi、Mizukoshi Masaru、Arai Moe、Iwama Hajime、Kitami Kohei、Kakihara Yoshito、Matsumoto Masaki、Saito Isao、Uoshima Katsumi
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 14 号: 1 ページ: 354-354

    • DOI

      10.1038/s41598-023-51054-8

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Monitoring autophagic flux in vivo revealed its physiological response and significance of heterogeneity in pancreatic beta cells2023

    • 著者名/発表者名
      Aoyama Shuhei、Nishida Yuya、Uzawa Hirotsugu、Himuro Miwa、Kanai Akiko、Ueki Kyosei、Ito Minami、Iida Hitoshi、Tanida Isei、Miyatsuka Takeshi、Fujitani Yoshio、Matsumoto Masaki、Watada Hirotaka
    • 雑誌名

      Cell Chemical Biology

      巻: - 号: 6 ページ: 658-671.e4

    • DOI

      10.1016/j.chembiol.2023.03.001

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] RPL3L-containing ribosomes determine translation elongation dynamics required for cardiac function2023

    • 著者名/発表者名
      Shiraishi Chisa、Matsumoto Akinobu、Ichihara Kazuya、Yamamoto Taishi、Yokoyama Takeshi、Mizoo Taisuke、Hatano Atsushi、Matsumoto Masaki、Tanaka Yoshikazu、Matsuura-Suzuki Eriko、Iwasaki Shintaro、Matsushima Shouji、Tsutsui Hiroyuki、Nakayama Keiichi I.
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 14 号: 1 ページ: 2131-2131

    • DOI

      10.1038/s41467-023-37838-6

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] The ASC‐1 complex promotes translation initiation by scanning ribosomes2023

    • 著者名/発表者名
      Kito Yuki、Matsumoto Akinobu、Ichihara Kazuya、Shiraishi Chisa、Tang Ronghao、Hatano Atsushi、Matsumoto Masaki、Han Peixun、Iwasaki Shintaro、Nakayama Keiichi I
    • 雑誌名

      The EMBO Journal

      巻: 42 号: 12

    • DOI

      10.15252/embj.2022112869

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] A stepwise and digital pattern of RSK phosphorylation determines the outcome of thymic selection2023

    • 著者名/発表者名
      Funasaki Shintaro、Hatano Atsushi、Nakatsumi Hirokazu、Koga Daisuke、Sugahara Osamu、Yumimoto Kanae、Baba Masaya、Matsumoto Masaki、Nakayama Keiichi I.
    • 雑誌名

      iScience

      巻: 26 号: 9 ページ: 107552-107552

    • DOI

      10.1016/j.isci.2023.107552

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] DNA hypomethylation characterizes genes encoding tissue-dominant functional proteins in liver and skeletal muscle2023

    • 著者名/発表者名
      Maehara H.、Kokaji T.、Hatano A.、Suzuki Y.、Matsumoto M.、Nakayama K. I.、Egami R.、Tsuchiya T.、Ozaki H.、Morita K.、Shirai M.、Li D.、Terakawa A.、Uematsu S.、Hironaka K.、Ohno S.、Kubota H.、Araki H.、Miura F.、Ito T.、Kuroda S.
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 13 号: 1 ページ: 19118-19118

    • DOI

      10.1038/s41598-023-46393-5

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] HSF1 phosphorylation establishes an active chromatin state via the TRRAP TIP60 complex and promotes tumorigenesis2022

    • 著者名/発表者名
      Fujimoto Mitsuaki、Takii Ryosuke、Matsumoto Masaki、Okada Mariko、Nakayama Keiich I.、Nakato Ryuichiro、Fujiki Katsunori、Shirahige Katsuhiko、Nakai Akira
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 13 号: 1 ページ: 4355-4355

    • DOI

      10.1038/s41467-022-32034-4

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] LIGHTHOUSE illuminates therapeutics for a variety of diseases including COVID-192022

    • 著者名/発表者名
      Shimizu Hideyuki、Kodama Manabu、Matsumoto Masaki、Orba Yasuko、Sasaki Michihito、Sato Akihiko、Sawa Hirofumi、Nakayama Keiichi I.
    • 雑誌名

      iScience

      巻: 25 号: 11 ページ: 105314-105314

    • DOI

      10.1016/j.isci.2022.105314

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Phosphorylation of PBX2, a novel downstream target of mTORC1, is determined by GSK3 and PP12022

    • 著者名/発表者名
      Wada Reona、Fujinuma Shun、Nakatsumi Hirokazu、Matsumoto Masaki、Nakayama Keiichi I
    • 雑誌名

      The Journal of Biochemistry

      巻: 173 号: 2 ページ: 129-138

    • DOI

      10.1093/jb/mvac094

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] in situ digestion of alcohol-fixed cells for quantitative proteomics2022

    • 著者名/発表者名
      Hatano Atsushi、Takami Tomoyo、Matsumoto Masaki
    • 雑誌名

      The Journal of Biochemistry

      巻: 173 号: 4 ページ: 243-254

    • DOI

      10.1093/jb/mvac101

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 質量分析計を用いたプロテオームの実像解明2024

    • 著者名/発表者名
      松本雅記
    • 学会等名
      第24回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2024 実施状況報告書
  • [学会発表] 高深度・高速プロテオミクスによるがん代謝研究2024

    • 著者名/発表者名
      松本雅記
    • 学会等名
      第10回がんと代謝研究会シンポジウム
    • 関連する報告書
      2024 実施状況報告書
  • [学会発表] Challenges to the unexplored proteome by proteomics using mass spectrometry” International Symposium on Multifaceted Protein Dynamics2024

    • 著者名/発表者名
      Masaki Matsumoto
    • 学会等名
      International Symposium on Multifaceted Protein Dynamics
    • 関連する報告書
      2024 実施状況報告書
  • [学会発表] 細胞老化の機能プロテオミクス2023

    • 著者名/発表者名
      押川 清孝、幡野 敦、高見 知代、松本 雅記
    • 学会等名
      日本プロテオーム学会2023年大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] チオレドキシンシステムを介した前立腺がん細胞内レドックス制御のプロテオーム解析2023

    • 著者名/発表者名
      小林 大樹、高見 知代、松本 雅記
    • 学会等名
      日本プロテオーム学会2023年大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] フェノタイプとプロテオタイプをつなぐ新たなハイスループットプロテオミクス基盤技術の開発2023

    • 著者名/発表者名
      幡野 敦、高見 知代、松本 雅記
    • 学会等名
      日本プロテオーム学会2023年大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] マウス受精卵における雌雄前核のプロテオーム解析2023

    • 著者名/発表者名
      柿原 礼佳、束田 裕一、松本 雅記
    • 学会等名
      日本プロテオーム学会2023年大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Pulsed SILACデータに特化した解析ソフトウェアの開発2023

    • 著者名/発表者名
      高見 知代、幡野 敦、松本 雅記
    • 学会等名
      日本プロテオーム学会2023年大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 高速・高深度プロテオミクスが加速する生命科学研究2023

    • 著者名/発表者名
      松本雅記
    • 学会等名
      日本プロテオーム学会2023年大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 空間オミクスを指向したプロテオーム解析技術開発2023

    • 著者名/発表者名
      松本雅記
    • 学会等名
      第64回神経病理会・第66回神経化学会合同大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Proteomic applications to study proteostasis2023

    • 著者名/発表者名
      Masaki Matsumoto
    • 学会等名
      第96回日本生化学会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 高速・高深度プロテオミクスが明らかにする表現型とプロテオーム発現型の関係性2023

    • 著者名/発表者名
      松本雅記
    • 学会等名
      第46回 日本分子生物学会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] LC-MS/MS を用いたがん細胞の主要メタボローム絶対定量系の構築と代謝解析への応用2023

    • 著者名/発表者名
      金光 祥臣、小林 大樹、中谷 航太、和泉 自泰、馬場 健史、松本 雅記
    • 学会等名
      第46回 日本分子生物学会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 前立腺がん細胞のチオレドキシンシステム阻害のレドックスプロテオーム解析2023

    • 著者名/発表者名
      小林 大樹、高見 知代、松本 雅記
    • 学会等名
      第46回 日本分子生物学会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] マウス初期胚の細胞核における網羅的なタンパク質発現解析2023

    • 著者名/発表者名
      柿原 礼佳、束田 裕一、松本 雅記
    • 学会等名
      第46回 日本分子生物学会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 着床前初期胚の核プロテオーム解析2023

    • 著者名/発表者名
      柿原 礼佳、束田 裕一、松本 雅記
    • 学会等名
      第4回 有性生殖研究会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] マルチオミクスから紐解くがん放射線耐性2023

    • 著者名/発表者名
      金光 祥臣、松本 雅記
    • 学会等名
      第144回 日本薬学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 高感度・ハイスループットプロテオミクスがもたらすタンパク質研究の新展開2022

    • 著者名/発表者名
      松本雅記
    • 学会等名
      第22回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 高速・高深度プロテオミクスが加速する生命科学研究2022

    • 著者名/発表者名
      松本雅記
    • 学会等名
      日本糖尿病肥満動物学会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 高密度・ハイスループットプロテオミクスによるタンパク質動態研究2022

    • 著者名/発表者名
      松本雅記
    • 学会等名
      日本プロテオーム学会2022年大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 定量プロテオミクスを用いたT細胞受容体刺激による不均一ERKリン酸化の解析2022

    • 著者名/発表者名
      田邊ひかる、幡野敦、松本 雅記
    • 学会等名
      第45回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] システインレドックスプロテオミクスによる前立腺がん細胞の内因性酸化ストレス応答反応の解析2022

    • 著者名/発表者名
      小林大樹、高見知代、松本 雅記
    • 学会等名
      第45回 日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Transomic analysis of insulin-dependent transcriptional regulation using chromatin proteomics2022

    • 著者名/発表者名
      幡野敦、松本 雅記
    • 学会等名
      第45回 日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] マウス初期胚の細胞核プロテオーム解析2022

    • 著者名/発表者名
      柿原礼佳、束田 裕一、松本雅記
    • 学会等名
      第45回 日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] プロテオームワイドなチオール酸化修飾解析による前立腺がん細胞の内因性酸化ストレス応答反応の解明2022

    • 著者名/発表者名
      小林大樹、高見知代、松本 雅記
    • 学会等名
      日本プロテオーム学会2022年大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] マウス着床前初期発生過程における網羅的なタンパク質発現解析2022

    • 著者名/発表者名
      柿原礼佳、邵睿祺、松本雅記、束田 裕一
    • 学会等名
      日本プロテオーム学会2022年大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] DIA データ解析における安定同位体標識等の多様なアプリケーションに対応したソフトウェアの開発2022

    • 著者名/発表者名
      高見知代、幡野 敦、松本 雅記
    • 学会等名
      日本プロテオーム学会2022年大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] iMPAQT ver. 2による細胞内パスウェイ構造の定量的可視化の試み2022

    • 著者名/発表者名
      押川 清孝、高見 知代、松本 雅記
    • 学会等名
      日本プロテオーム学会2022年大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 細胞溶解が不要なトリプシン消化法の開発2022

    • 著者名/発表者名
      幡野敦、松本 雅記
    • 学会等名
      日本プロテオーム学会2022年大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [産業財産権] 試料製造方法2023

    • 発明者名
      松本雅記、高見知代、幡野敦
    • 権利者名
      松本雅記、高見知代、幡野敦
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      2023-195039
    • 出願年月日
      2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書

すべて 2026

  • 初期発生プロテオームデータ2026

    • 資金配分機関
      • 資金配分機関名
        日本学術振興会
      • e-Rad資金配分機関ID
        1025
      • Crossref Funder Registry資金配分機関ID

        https://doi.org/10.13039/501100001691

      • 体系的番号
        JP23K23870
      • プロジェクト名
        高密度かつ機能的な定量プロテオミクスによる細胞老化の分子基盤の解明
    • データの名称
      初期発生プロテオームデータ
    • 掲載日
      2026-04-06
    • データの説明(抄録・要旨)
      質量分析 raw data files
    • データの分野
      ライフサイエンス
    • データ種別
      データセット
    • 管理対象データの利活用・提供方針
      無償、CC-BY4.0
    • アクセス種別
      公開
    • リポジトリ情報
      生命科学系公共リポジトリ
    • URI

      https://repository.jpostdb.org

    • データ管理者情報
      • データ管理者情報種別
        データ管理者
      • データ管理者情報
        研究企画推進部研究推進課
      • データ管理者情報種別
        データ管理機関
      • データ管理者情報
        国立大学法人新潟大学
      • データ管理者情報種別
        データ管理者の連絡先
      • データ管理者情報
        kaken*adm.niigata-u.ac.jp (メールアドレスは「@」を「*」に置換しています。)
    • データNo.

      JP23K23870-2024-0001

    • 関連する報告書
      2024 実施状況報告書

URL: 

公開日: 2022-04-19   更新日: 2026-04-14  

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