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環境DNAによる沿岸海洋生物多様性の網羅的動態把握に向けた最新技術の実装と検証

研究課題

研究課題/領域番号 23K23954
補助金の研究課題番号 22H02691 (2022-2023)
研究種目

基盤研究(B)

配分区分基金 (2024)
補助金 (2022-2023)
応募区分一般
審査区分 小区分45030:多様性生物学および分類学関連
研究機関千葉県立中央博物館

研究代表者

宮 正樹  千葉県立中央博物館, その他部局等, 研究員(移行) (30250137)

研究期間 (年度) 2022-04-01 – 2025-03-31
研究課題ステータス 交付 (2024年度)
配分額 *注記
17,030千円 (直接経費: 13,100千円、間接経費: 3,930千円)
2024年度: 6,110千円 (直接経費: 4,700千円、間接経費: 1,410千円)
2023年度: 6,370千円 (直接経費: 4,900千円、間接経費: 1,470千円)
2022年度: 4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円)
キーワード環境DNA / 多地点高頻度調査 / 魚類 / 群集 / 房総半島 / メタバーコーディング / 魚類群集 / 種間相互関係 / 時空間変動 / 生物群集 / 多様性モニタリング / 時空間解析 / メソスケール / 沿岸 / 環境勾配
研究開始時の研究の概要

本研究は,申請者が開発した魚類環境DNAメタバーコーディング法による多地点・高頻度の魚類群集モニタリングの実現を受け,各種手法(調査法・実験法・データ解析法)における近年の急速な技術的進歩を取り入れることにより,研究対象を主要な無脊椎動物群にも拡張する。また,研究期間が合計7年の中長期にわたることから,期間内に起こった突発的な環境撹乱や中長期的な環境変動が,周期的な環境変動に加えて11地点の魚類群集にどのような影響を与えるのか分析し,温帯域における魚類群集の時空間動態様式と形成・維持機構を明らかにする。

研究実績の概要

22017年8月から2019年8月まで、房総半島南部の11地点で合計50回の隔週調査を実施し、各地点で採取した海水1リットルを現場でろ過した。フィルター残渣から計550の環境DNAサンプルを得て、これらのサンプルをテンプレートにMiFishプライマーを用いた魚類環境DNAの定量メタバーコーディングを行った。定量されたDNA量に基づき魚類の時空間動態を分析したところ、出現頻度が高い50種の優占種の種間相互関係強度にはさまざまな水温依存性が認めらることが明らかになった(Ushio et al. 2023)。個々の魚類の分布域が海水温の上昇に伴い変化することは経験的に知られていたが、今回の研究では魚類群集レベルでも水温が種間相互関係に影響を与えることが示された。また、2019年11月と2020年6月には、千葉県沿岸域の100箇所でも同様の調査を実施し、房総半島の太平洋岸では、水温の高い夏期に南方系魚類が加わり、その後冬期に消失する様子がデータで示された(Miya et al. in prep.)。また、上記の11箇所における定期調査は2019年9月から月次調査に移行し、2024年3月までに合計106回の調査を実施した。これまでに2023年5月までの96回分の魚類群集データが得られており、現在はデータの時空間分析を進めている。さらに、魚類以外の無脊椎動物についても同様のメタバーコーディング実験を進めているが、魚類と比べて環境DNA濃度が極端に希薄であるため、採水や実験の至適条件を検討する必要があることが判った。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

3: やや遅れている

理由

魚類群集の種間相互関係強度に水温依存性が存在するという大きな研究成果を上げることができる一方で、無脊椎動物では環境DNAを用いた生物多様性モニタリングの実施にさまざまな障害があることがわかった。当初想定していた大型生物を中心とした群集モニタリングについては、若干の進展の遅れが認められるため「やや遅れている」との判断にした。

今後の研究の推進方策

引き続き房総半島南部11地点における月別調査を実施し,2025年3月の年度末まで通算118回の採水とろ過を終える。既に魚類環境DNAメタバーコーディング分析が終了した96回分のサンプルに加え、残りの10回分とこれから調査を行う12回分の計22サンプルの魚類環境DNAメタバーコーディング分析を年度内に終了する。計7年半分の大規模データに基づき、中期の魚類群集時空間分析を行い、魚類群集構造や機能のダイナミクスを明らかにする。また、無脊椎動物については、新たなテーマとして取り組めるように、年度内に調査・実験の至適条件について方向性を見いだせるようにする。

報告書

(2件)
  • 2023 実績報告書
  • 2022 実績報告書
  • 研究成果

    (18件)

すべて 2023 2022

すべて 雑誌論文 (6件) (うち国際共著 2件、 査読あり 5件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (12件) (うち国際学会 5件、 招待講演 2件)

  • [雑誌論文] Comparison of fish fauna evaluated using aqueous eDNA, sedimentary eDNA, and catch surveys in Tokyo Bay, central Japan2023

    • 著者名/発表者名
      Zhu M, Kuroki M, Kobayashi T, Yamakawa T, Sado T, Kodama K, Horiguchi T, Miya M
    • 雑誌名

      Journal of Marine System

      巻: 256 ページ: 107055-107055

    • DOI

      10.1016/j.jmarsys.2023.103886

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書 2022 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Comparison of fish fauna evaluated using aqueous eDNA, sedimentary eDNA, and catch surveys in Tokyo Bay, Central Japan2023

    • 著者名/発表者名
      Zhu Mengyao、Kuroki Mari、Kobayashi Tatsushi、Yamakawa Takashi、Sado Tetsuya、Kodama Keita、Horiguchi Toshihiro、Miya Masaki
    • 雑誌名

      Journal of Marine Systems

      巻: 240 ページ: 103886-103886

    • DOI

      10.7554/elife.85795.3

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書 2022 実績報告書
  • [雑誌論文] Temperature sensitivity of the interspecific interaction strength of coastal marine fish communities2023

    • 著者名/発表者名
      Masayuki Ushio, Testuya Sado, Takehiko Fukuchi, Sachia Sasano, Reiji Masuda, Yutaka Osada, Masaki Miya
    • 雑誌名

      eLife

      巻: 12

    • DOI

      10.7554/elife.85795

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Pilot study of a comprehensive resource estimation method from environmental DNA using universal D-loop amplification primers2023

    • 著者名/発表者名
      Yoshitake Kazutoshi、Yanagisawa Kyohei、Sugimoto Yuma、Nakamura Hiroshi、Mizusawa Nanami、Miya Masaki、Hamasaki Koji、Kobayashi Takanori、Watabe Shugo、Nishikiori Kazuomi、Asakawa Shuichi
    • 雑誌名

      Functional & Integrative Genomics

      巻: 23 号: 2 ページ: 96-96

    • DOI

      10.1007/s10142-023-01013-3

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Gravity filtration of environmental DNA: A simple, fast, and power-free method2022

    • 著者名/発表者名
      Oka Shin-ichiro、Miya Masaki、Sado Tetsuya
    • 雑誌名

      MethodsX

      巻: 9 ページ: 101838-101838

    • DOI

      10.1016/j.mex.2022.101838

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] The use of citizen science in fish eDNA metabarcoding for evaluating regional biodiversity in a coastal marine region: A pilot study2022

    • 著者名/発表者名
      Miya Masaki、Sado Tetsuya、Oka Shin-ichiro、Fukuchi Takehiko
    • 雑誌名

      Metabarcoding and Metagenomics

      巻: 6 ページ: 133-144

    • DOI

      10.3897/mbmg.6.80444

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Temperature sensitivity of the interspecific interaction strength of coastal marine fish communities2023

    • 著者名/発表者名
      M. Ushio, T. Sado, T. Fukuchi, S. Sasano, R. Masuda, Y. Osada, M. Miya
    • 学会等名
      The eDNA Society International Meeting 2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Comparison of fish fauna evaluated using aqueous eDNA, sedimentary eDNA, and catch surveys in Tokyo Bay, central Japan2023

    • 著者名/発表者名
      M. Zhu, M. Kuroki, T. Kobayashi, T. Yamakawa, T. Sado, K. Kodama, T. Horiguchi, M. Miya
    • 学会等名
      The eDNA Society International Meeting 2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Spatio-temporal dynamics of fish communities along the coastal region of Boso Peninsula, central Japan: preliminary results from eDNA metabarcoding based on biweekly sampling for two years2023

    • 著者名/発表者名
      R.O. Gotoh, T. Sado, T. Fukuchi, M. Miya
    • 学会等名
      The eDNA Society International Meeting 2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] MitoFish and MiFish Pipeline: recent updates for facilitating environmental DNA research2023

    • 著者名/発表者名
      T. Zhu, Y. Sato, T. Sado, M. Miya, W. Iwasaki
    • 学会等名
      The eDNA Society International Meeting 2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 環境DNAメタバーコーディング:バケツ一杯の水から棲んでいる魚がわかる技術2023

    • 著者名/発表者名
      宮 正樹
    • 学会等名
      第6回環境DNA学会九州大会・公開シンポジウム「革新技術の環境DNAが拓く科学と社会の新たな姿」
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 環境DNAメタバーコーディング MiFish 法の最新情報:魚類群集の時空間変動を捉える2023

    • 著者名/発表者名
      宮 正樹
    • 学会等名
      OceanDNAテック2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Spatio-temporal dynamics of fish communities along the coastal region of Boso Peninsula, central Japan: preliminary results from eDNA metabarcoding based on biweekly sampling for two years2023

    • 著者名/発表者名
      Gotoh, R., Sado, T., Fukuchi, T., & Miya, M.
    • 学会等名
      The eDNA Society International Meeting 2023
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Detection of the fish biodiversity in mangrove ecosystem in Nakara River at Iriomote Island, Japan using MiFish eDNA metabarcoding2023

    • 著者名/発表者名
      Salmo, S.G., Isowa, Y., Yamamoto, T., Sado, T., Ito, K., Basyuni, M., Imura, S., Ishigaki, K., Miya, M., & Kajita, T.
    • 学会等名
      The eDNA Society International Meeting 2023
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Temperature sensitivity of the interspecific interaction strength of coastal marine fish communities2023

    • 著者名/発表者名
      Ushio, M., Sado, T., Fukuchi, T., Sasano, S., Masuda, R., Osada, Y., & Miya, M. “
    • 学会等名
      The eDNA Society International Meeting 2023
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] MitoFish & MiFish pipeline: Recent updates for facilitating environmental DNA research2023

    • 著者名/発表者名
      Zhu, T., Sato, Y., Sado, T., Miya, M., & Iwasaki, W.
    • 学会等名
      The eDNA Society International Meeting 2023
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Comparison of fish fauna evaluated using aqueous eDNA, sedimentary eDNA, and catch surveys in Tokyo Bay, central Japan2023

    • 著者名/発表者名
      Zhu, M., Kuroki, M., Kobayashi, T., Yamakawa, T., Sado, T., Kodama, K., Horiguchi, T., & Miya, M.
    • 学会等名
      The eDNA Society International Meeting 2023
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Monitoring fish biodiversity using eDNA metabarcoding in the newly registered World Natural Heritage Site: Iriomote Island, Okinawa, Japan2023

    • 著者名/発表者名
      Pananganan, B.G.S., Isowa, Y., Ramirez, M.D.A., Yamamoto, T., Miya, M., & Kajita, T.
    • 学会等名
      The eDNA Society International Meeting 2023
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書

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公開日: 2022-04-19   更新日: 2024-12-25  

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