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クライオ電子顕微鏡法を用いたGPCR創薬研究

研究課題

研究課題/領域番号 23K24014
補助金の研究課題番号 22H02751 (2022-2023)
研究種目

基盤研究(B)

配分区分基金 (2024)
補助金 (2022-2023)
応募区分一般
審査区分 小区分47020:薬系分析および物理化学関連
研究機関東京大学

研究代表者

志甫谷 渉  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 助教 (30809421)

研究期間 (年度) 2024-04-01 – 2026-03-31
研究課題ステータス 中途終了 (2024年度)
配分額 *注記
15,470千円 (直接経費: 11,900千円、間接経費: 3,570千円)
2025年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
2024年度: 6,240千円 (直接経費: 4,800千円、間接経費: 1,440千円)
2023年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
2022年度: 5,070千円 (直接経費: 3,900千円、間接経費: 1,170千円)
キーワードGPCR / クライオ電子顕微鏡法 / 構造生物学 / Cryo-EM / クライオ電子顕微鏡 / 薬剤
研究開始時の研究の概要

GPCRは、細胞外のホルモンを受容することで構造変化し特定または複数種のG蛋白質を選択的に活性化する。本研究では、Cryo-EMによってGPCRとG蛋白質複合体の構造を決定し、受容体のリガンド認識機構を解明し創薬応用を狙う。さらに、GPCRと機能性抗体のCryo-EM構造解析に挑戦し、抗体によるGPCR活性の調節機構の解明を狙う。受容体は、リゾリン脂質受容体やアデノシンA3受容体、b3アドレナリン受容体、GPR103、エンドセリンETB受容体、重炭酸受容体GPR30を標的として構造研究を行う。

研究実績の概要

2022年から2024年にかけてクライオ電子顕微鏡(cryo-EM)を活用し、GPCRとGタンパク質の複合体構造決定に革新的成果をあげてきた。2022年には、ヒトLPA1受容体とGタンパク質からなる複合体をONO-0740556という強力アゴニストとともに3.5 オングストローム分解能で可視化し、トランスメンブレン7の再配置や中央疎水コアの変化に基づく活性化メカニズムを詳細に解明した 。2023年には、エンドセリン1結合ETB受容体複合体を決定し、NPxxYモチーフ非保存による独自のコンフォメーション変化やGタンパク質界面の多形性を明らかにしてアンタゴニスト設計への新たな指針を提示した 。2024年には、非脂質アゴニストCpYを結合したLPA1-Gi複合体構造を報告し、従来の脂質類似化合物とは異なるCHπ相互作用およびW271の動的役割を解明して高選択的活性化の分子基盤を示した。同年には、TM5、TM6、TM7細胞内末端にカルシニューリンを三点融合させることで、小型Family A GPCRの粒子配向性を飛躍的に向上させる汎用プラットフォームを確立し、ETBのアポ状態およびラッソペプチド結合状態を可視化した。さらに、RFアミドペプチドQRFP26とGPR103-Gq複合体を3.19 オングストローム分解能で可視化し、ペプチド伸長構造とECL2との相互作用が高親和性結合とGq特異的活性化を司ることを示した 。これらの成果は、GPCR-Gタンパク質複合体の活性化機構やリガンド認識の多様性に関する基本的理解を大きく深化させるとともに、構造に基づくアゴニスト・アンタゴニスト最適化を加速する明確な設計指針を提供している。

報告書

(3件)
  • 2024 実績報告書
  • 2023 実績報告書
  • 2022 実績報告書
  • 研究成果

    (7件)

すべて 2025 2024 2022

すべて 雑誌論文 (7件) (うち国際共著 3件、 査読あり 7件、 オープンアクセス 7件)

  • [雑誌論文] Structural visualization of small molecule recognition by CXCR3 uncovers dual-agonism in the CXCR3-CXCR7 system2025

    • 著者名/発表者名
      Saha Shirsha、Sano Fumiya K.、Sharma Saloni、Ganguly Manisankar、Dalal Annu、Mishra Sudha、Tiwari Divyanshu、Akasaka Hiroaki、Kobayashi Takaaki A.、Roy Nabarun、Zaidi Nashrah、Itoh Yuzuru、Leurs Rob、Banerjee Ramanuj、Shihoya Wataru、Nureki Osamu、Shukla Arun K.
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 16 号: 1

    • DOI

      10.1038/s41467-025-58264-w

    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Molecular basis of promiscuous chemokine binding and structural mimicry at the C-X-C chemokine receptor, CXCR22025

    • 著者名/発表者名
      Saha Shirsha、Sano Fumiya K.、Sharma Saloni、Ganguly Manisankar、Mishra Sudha、Dalal Annu、Akasaka Hiroaki、Kobayashi Takaaki A.、Zaidi Nashrah、Tiwari Divyanshu、Roy Nabarun、Yadav Manish K.、Banerjee Nilanjana、Saha Sayantan、Banerjee Ramanuj、Shihoya Wataru、Nureki Osamu、Shukla Arun K.
    • 雑誌名

      Molecular Cell

      巻: 85 号: 5 ページ: 976-988

    • DOI

      10.1016/j.molcel.2025.01.024

    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Structural insights into the agonist selectivity of the adenosine A3 receptor2024

    • 著者名/発表者名
      Oshima Hidetaka S.、Ogawa Akiko、Sano Fumiya K.、Akasaka Hiroaki、Kawakami Tomoyoshi、Iwama Aika、Okamoto Hiroyuki H.、Nagiri Chisae、Wei Fan-Yan、Shihoya Wataru、Nureki Osamu
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 15 号: 1 ページ: 9294-9294

    • DOI

      10.1038/s41467-024-53473-1

    • 関連する報告書
      2024 実績報告書 2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structural mechanisms of potent lysophosphatidic acid receptor 1 activation by nonlipid basic agonists2024

    • 著者名/発表者名
      Akasaka Hiroaki、Sano Fumiya K.、Shihoya Wataru、Nureki Osamu
    • 雑誌名

      Communications Biology

      巻: 7 号: 1 ページ: 1444-1444

    • DOI

      10.1038/s42003-024-07152-y

    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structure and dynamics of the pyroglutamylated RF-amide peptide QRFP receptor GPR1032024

    • 著者名/発表者名
      Iwama Aika、Kise Ryoji、Akasaka Hiroaki、Sano Fumiya K.、Oshima Hidetaka S.、Inoue Asuka、Shihoya Wataru、Nureki Osamu
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 15 号: 1 ページ: 4769-4769

    • DOI

      10.1038/s41467-024-49030-5

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structure of the active Gi-coupled human lysophosphatidic acid receptor 1 complexed with a potent agonist2022

    • 著者名/発表者名
      Akasaka Hiroaki、Tanaka Tatsuki、Sano Fumiya K.、Matsuzaki Yuma、Shihoya Wataru、Nureki Osamu
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 13 号: 1 ページ: 1-12

    • DOI

      10.1038/s41467-022-33121-2

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Cryo-EM structures of the β3 adrenergic receptor bound to solabegron and isoproterenol2022

    • 著者名/発表者名
      Nureki Ikko、Kobayashi Kazuhiro、Tanaka Tatsuki、Demura Kanae、Inoue Asuka、Shihoya Wataru、Nureki Osamu
    • 雑誌名

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      巻: 611 ページ: 158-164

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2022.04.065

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著

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公開日: 2022-04-19   更新日: 2025-12-26  

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