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細菌糖鎖認識のニューパラダイム:非定型ユビキチン化によるゼノファジー制御の解明

研究課題

研究課題/領域番号 23K24130
補助金の研究課題番号 22H02868 (2022-2023)
研究種目

基盤研究(B)

配分区分基金 (2024)
補助金 (2022-2023)
応募区分一般
審査区分 小区分49050:細菌学関連
研究機関京都大学

研究代表者

中川 一路  京都大学, 医学研究科, 教授 (70294113)

研究分担者 野澤 孝志  京都大学, 医学研究科, 准教授 (10598858)
村瀬 一典  京都大学, 医学研究科, 助教 (40710869)
研究期間 (年度) 2022-04-01 – 2025-03-31
研究課題ステータス 交付 (2024年度)
配分額 *注記
17,420千円 (直接経費: 13,400千円、間接経費: 4,020千円)
2024年度: 5,590千円 (直接経費: 4,300千円、間接経費: 1,290千円)
2023年度: 5,460千円 (直接経費: 4,200千円、間接経費: 1,260千円)
2022年度: 6,370千円 (直接経費: 4,900千円、間接経費: 1,470千円)
キーワード細菌感染 / ゼノファジー / ユビキチン / A群レンサ球菌 / A群レンサ球菌 / ESCRT / Rab41 / SLO / VPS4 / 自然免疫 / 糖鎖認識 / 認識 / GBP1 / ガレクチン3 / TBK1
研究開始時の研究の概要

自然免疫における新領域として注目されているゼノファジーは、ユビキチン依存的な選択的分解システムである。我々は近年、病原細菌の表層糖鎖構造をユビキチンリガーゼ複合体が直接認識することを明らかにした。そこで本研究では、我々が発見した表層糖鎖認識を介した細菌のユビキチン化をモデルとして、小分子可視化プローブやイメージング技術を駆使することで、感染時におけるユビキチンリガーゼや鎖特異的ユビキチン鎖の細胞内挙動を解析し、ゼノファジーによる細菌認識メカニズムを明らかにする。

研究実績の概要

選択的オートファジーの一種であるゼノファジーは、細胞質内に侵入した細菌等の病原体を標的とする細胞自律性免疫の一種であり、最終的に病原体を取り込んだ小胞をリソソームへと運ぶ膜輸送である。この細胞質での菌のユビキチン化は菌の認識に対して必須であるが、細菌種の産生する様々な因子によって膜そのものは障害を受けている。しかし、どのようにゼノファジー膜そのものの膜恒常性維持システムは不明である。今年度では、膜輸送に必要なエンドソームソーティング複合体(ESCRT)機構が、細菌毒素によって傷害されたゼノファゴライソソームの恒常性を維持するために必要であり、この機構はAAA-ATPase VPS4をリクルートするTOM1L2-Rab41経路を介して制御されていることを明らかにした。我々は、このゼノファゴリソソームの酸性化を指標に、酸性化の維持に関わるRab GTPaseをスクリーニングし、Rab41が重要であることを明らかとした。さらに、共焦点顕微鏡観察により、生理的なオートファゴリソソームには局在しないESCRT構成因子がゼノファゴライソソーム全体に誘導されていることを明らかとした。このESCRTの局在は、A群レンサ球菌のサイトリジンであるSLOに対するintrabodyの発現によって阻害されたことから、ESCRTは膜障害を起こす医細菌毒素に応答してゼノファゴライソソームの膜恒常性維持に必須な因子として機能していることが示された。Rab41はアダプタータンパク質TOM1L2を介して損傷したオートファジー膜に移動し、VPS4をリクルートしてESCRTを介した膜修復を完了させることでゼノファジーによる細菌の効率的な除去に重要であることを明らかとした。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

1: 当初の計画以上に進展している

理由

本年度の研究経過として、Nature Communications誌に論文が掲載された。

今後の研究の推進方策

1)内在性ユビキチン化関連タンパク質の可視化技術の構築
これまでのユビキチン化研究の多くは、細胞を破砕してまとめて解析する生化学的な解析や、GFPに代表される蛍光タンパク質を目的の生体分子に遺伝子的に融合し細胞内で発現させることで細胞内局在や動態を解析していたが、元々細胞が持つ「内在性」のタンパク質の本来の感染時の挙動を見落としている可能性、また本来とは異なる可能性が示唆されている。そのため、従来の計画では小分子プローブを用いる予定であったが、小分子プローブのタグをつけることでユビキチン化の障害となっていることが明らかとなった。現在、ユビキチン鎖特異的な抗体を用いての可視化を行っている。

2)細菌成分のユビキチン化制御機構解析
細胞内での細菌のユビキチン化機構として、1年目では糖鎖認識のFBXO2を同定した。近年、菌体のユビキチン化に関わるタンパク質モチーフとしてDegronモチーフが注目されている。そこで、A群レンサ球菌の表層タンパクや分泌毒素等での検索を行ったところ、菌体の認識に関わる分子として新たにE3 ligaseであるSIAH1が候補として上げられた。現在、SIAH1がどのような分子を認識するのかについての詳細な解析を行っており、PSVPモチーフをもつ菌体分子がそのターゲットとなる点について解析を進めている。

報告書

(2件)
  • 2023 実績報告書
  • 2022 実績報告書
  • 研究成果

    (30件)

すべて 2023 2022 その他

すべて 雑誌論文 (9件) (うち国際共著 1件、 査読あり 9件、 オープンアクセス 9件) 学会発表 (17件) (うち国際学会 1件、 招待講演 4件) 図書 (3件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Rab41-mediated ESCRT machinery repairs membrane rupture by a bacterial toxin in xenophagy2023

    • 著者名/発表者名
      Nozawa Takashi、Toh Hirotaka、Iibushi Junpei、Kogai Kohei、Minowa-Nozawa Atsuko、Satoh Junko、Ito Shinji、Murase Kazunori、Nakagawa Ichiro
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 14 号: 1 ページ: 6230-6230

    • DOI

      10.1038/s41467-023-42039-2

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Group A Streptococcus cation diffusion facilitator proteins contribute to immune evasion by regulating intracellular metal concentrations2023

    • 著者名/発表者名
      Aikawa Chihiro、Shimizu Akihide、Nakakido Makoto、Murase Kazunori、Nozawa Takashi、Tsumoto Kouhei、Nakagawa Ichiro
    • 雑誌名

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      巻: 676 ページ: 141-148

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2023.07.052

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Targeting hemoglobin receptors IsdH and IsdB of Staphylococcus aureus with a single VHH antibody inhibits bacterial growth2023

    • 著者名/発表者名
      Valenciano-Bellido Sandra、Caaveiro Jose M.M.、Nakakido Makoto、Kuroda Daisuke、Aikawa Chihiro、Nakagawa Ichiro、Tsumoto Kouhei
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry

      巻: 299 号: 9 ページ: 104927-104927

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2023.104927

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Anti-InlA single-domain antibodies that inhibit the cell invasion of Listeria monocytogenes2023

    • 著者名/発表者名
      Yamazaki Taichi、Nagatoishi Satoru、Yamawaki Tsukushi、Nozawa Takashi、Matsunaga Ryo、Nakakido Makoto、Caaveiro Jose M.M.、Nakagawa Ichiro、Tsumoto Kouhei
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry

      巻: 299 号: 10 ページ: 105254-105254

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2023.105254

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Clonal Expansion of Multidrug-Resistant <i>Streptococcus dysgalactiae</i> Subspecies <i>equisimilis</i> Causing Bacteremia, Japan, 2005?20212023

    • 著者名/発表者名
      Shinohara Koh、Murase Kazunori、Tsuchido Yasuhiro、Noguchi Taro、Yukawa Satomi、Yamamoto Masaki、Matsumura Yasufumi、Nakagawa Ichiro、Nagao Miki
    • 雑誌名

      Emerging Infectious Diseases

      巻: 29 号: 3 ページ: 528-539

    • DOI

      10.3201/eid2903.221060

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Complete Genome Sequences of Three Streptococcus ruminantium Strains Obtained from Endocarditis Lesions of Cattle in Japan2022

    • 著者名/発表者名
      Nomoto Ryohei、Ishida-Kuroki Kasumi、Tohya Mari、Nakagawa Ichiro、Sekizaki Tsutomu
    • 雑誌名

      Microbiology Resource Announcements

      巻: 11 号: 5 ページ: 01248-21

    • DOI

      10.1128/mra.01248-21

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Complete genome sequences of four Streptococcus parasuis strains obtained from saliva of domestic pigs in Japan.2022

    • 著者名/発表者名
      Nomoto R, Ishida-Kuroki K, Nakagawa I, Sekizaki T
    • 雑誌名

      Microbiol Resour Announc

      巻: 11 号: 2 ページ: 01245-21

    • DOI

      10.1128/mra.01245-21

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Guanylate-Binding Protein 1 Regulates Infection-Induced Autophagy through TBK1 Phosphorylation.2022

    • 著者名/発表者名
      Miyako Hikichi, Hirotaka Toh, Atsuko Minowa-Nozawa, Takashi Nozawa, Ichiro Nakagawa.
    • 雑誌名

      Cell Microbiol

      巻: 2022 ページ: 1-18

    • DOI

      10.1155/2022/8612113

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Genomic dissection of the Vibrio cholerae O-serogroup global reference strains: reassessing our view of diversity and plasticity between two chromosomes2022

    • 著者名/発表者名
      Murase Kazunori、Arakawa Eiji、Izumiya Hidemasa、Iguchi Atsushi、Takemura Taichiro、Kikuchi Taisei、Nakagawa Ichiro、Thomson Nicholas R.、Ohnishi Makoto、Morita Masatomo
    • 雑誌名

      Microbial Genomics

      巻: 8 号: 8 ページ: 860-860

    • DOI

      10.1099/mgen.0.000860

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] 液-液相分離体ストレス顆粒を介した生体防御システム2023

    • 著者名/発表者名
      野澤孝志、野澤敦子、村瀬一典、中川一路
    • 学会等名
      第34回日本生体防御学会総会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Rab GTPase ネットワークが制御する細胞内膜輸送経路と細菌感染2023

    • 著者名/発表者名
      野澤 孝志,村瀬 一典,中川 一路
    • 学会等名
      第96回日本細菌学会総会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書 2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] TBC1D18 regulates exocytic and endocytic trafficking of the invading Group A Streptococcus2023

    • 著者名/発表者名
      野澤 敦子,野澤 孝志,中川 一路
    • 学会等名
      第96回日本細菌学会総会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書 2022 実績報告書
  • [学会発表] 自然免疫シグナル伝達因子 STING が制御するリソソーム分解経路の解析2023

    • 著者名/発表者名
      飯伏 純平,野澤 孝志,中川 一路
    • 学会等名
      第96回日本細菌学会総会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書 2022 実績報告書
  • [学会発表] A 群レンサ球菌の表層蛋白質の機能を阻害する抗体の探索2023

    • 著者名/発表者名
      山脇 つくし,中木戸 誠,相川 知宏,Jose Caaveiro,中川 一路,津本 浩平
    • 学会等名
      第96回日本細菌学会総会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書 2022 実績報告書
  • [学会発表] A 群レンサ球菌の金属恒常性タンパク質 AdcAII は亜鉛の獲得と病 原性に必要である2023

    • 著者名/発表者名
      相川 知宏,清水 玲秀,村瀬 一典,野澤 孝志,中川 一路
    • 学会等名
      第96回日本細菌学会総会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書 2022 実績報告書
  • [学会発表] 腸菌由来の細胞外小胞が A 群レンサ球菌に与える生物学的影響2023

    • 著者名/発表者名
      河岸 優,村瀬 一典,中川 一路
    • 学会等名
      第96回日本細菌学会総会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 大腸菌由来の細胞外小胞が A 群レンサ球菌に与える生物学的影響2023

    • 著者名/発表者名
      河岸 優,村瀬 一典,中川 一路
    • 学会等名
      第96回日本細菌学会総会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Genome diversity of Streptococcus dysgalactiae and the evolutional process with host switching2023

    • 著者名/発表者名
      村瀬 一典,柘植 亮佑,中川 一路
    • 学会等名
      第96回日本細菌学会総会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Cytokine-induced FBXO2 directs xenophagy against Group A Streptococcus in endothelial cells2023

    • 著者名/発表者名
      Min Wu,野澤孝志,中川一路
    • 学会等名
      第96回日本細菌学会総会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] A hydroxamic acid derivative identified by biophysical technologies suppresses Streptococcus infections2022

    • 著者名/発表者名
      Nakagawa I., Nakakido M., Aikawa C., Shimomura T., Hoshino M., Nagatoishi S., Tsumoto K
    • 学会等名
      10th Asian Biological Inorganic Chemistry Conference (AsBIC10)
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] A 群レンサ球菌によるオートファゴソーム膜傷害とその修復機構2022

    • 著者名/発表者名
      中川一路
    • 学会等名
      第52回レンサ球菌シンポジウム
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 大腸菌が産生する細胞外小胞を介した A 群レンサ球菌の細胞分裂障害2022

    • 著者名/発表者名
      河岸優、村瀬一典、中川一路
    • 学会等名
      第52回レンサ球菌シンポジウム
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] A 群レンサ球菌の膜孔形成毒素によるゼノファジー回避機構と宿主膜修復 機構の解析2022

    • 著者名/発表者名
      野澤孝志、中川一路
    • 学会等名
      第33回日本生体防御学会学術総会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] A 群レンサ球菌によるゴルジ体の断片化は宿主細胞の膜輸送経路を破綻し サイトカインの分泌を低下させる2022

    • 著者名/発表者名
      飯伏純平、野澤孝志、中川一路
    • 学会等名
      第33回日本生体防御学会学術総会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 大腸菌由来の細胞外小胞がA群レンサ球菌に与える生物学的影響2022

    • 著者名/発表者名
      河岸優、村瀬一典、中川一路
    • 学会等名
      第75回日本細菌学会関西支部会学術総会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] MntEを介した菌体内の金属ホメオスタシスの維持はA群レンサ球菌の生育や 病原性に寄与する2022

    • 著者名/発表者名
      清水玲秀, 相川知宏, 村瀬一典, 野澤孝志, 中川一路
    • 学会等名
      第75回日本細菌学会関西支部会学術総会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [図書] 耳鼻咽喉科 薬物治療ベッドサイドガイド2023

    • 著者名/発表者名
      藤枝重治、大森孝一
    • 総ページ数
      350
    • 出版者
      中山書店
    • ISBN
      9784521749556
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [図書] 治療の可能性が広がる 抗体医薬2022

    • 著者名/発表者名
      津本 浩平
    • 総ページ数
      231
    • 出版者
      羊土社
    • ISBN
      9784758104074
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [図書] 月刊 細胞 2022年9月号 細菌の逆襲 20222022

    • 著者名/発表者名
      鈴木 仁人
    • 総ページ数
      80
    • 出版者
      ニューサイエンス
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [備考] 京都大学大学院医学研究科微生物感染症学分野

    • URL

      http://www.bac.med.kyoto-u.ac.jp

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書

URL: 

公開日: 2022-04-19   更新日: 2024-12-25  

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