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APOBEC3Aによる抗ウイルス作用と変異導入の分子機序に関する新たな展開

研究課題

研究課題/領域番号 23K24144
補助金の研究課題番号 22H02882 (2022-2023)
研究種目

基盤研究(B)

配分区分基金 (2024)
補助金 (2022-2023)
応募区分一般
審査区分 小区分49060:ウイルス学関連
研究機関独立行政法人国立病院機構(名古屋医療センター臨床研究センター)

研究代表者

岩谷 靖雅  独立行政法人国立病院機構(名古屋医療センター臨床研究センター), その他部局等, 部長 (90303403)

研究期間 (年度) 2022-04-01 – 2025-03-31
研究課題ステータス 交付 (2024年度)
配分額 *注記
17,290千円 (直接経費: 13,300千円、間接経費: 3,990千円)
2024年度: 5,850千円 (直接経費: 4,500千円、間接経費: 1,350千円)
2023年度: 5,850千円 (直接経費: 4,500千円、間接経費: 1,350千円)
2022年度: 5,590千円 (直接経費: 4,300千円、間接経費: 1,290千円)
キーワードレトロウイルス / 抗ウイルス作用 / APOBEC3A / RNA / 変異 / 核酸 / 構造
研究開始時の研究の概要

宿主由来のAPOBEC3AはDNAのみに作用する酵素であると考えられてきたが, 近年, 申請者らはウイルスのRNAにも変異を導入することを見出した。このRNA編集現象の情報を活用して, 未だ明らかでない, 「APOBEC3Aによる抗レトロウイルス作用, ウイルス遺伝子の多様変化, ならびにその分子機序」を解明する研究を実施する。近視的には, 薬剤耐性ウイルスの出現への影響や新たな疾患との因果関係の発見にもつながる学術的情報を得る。

研究実績の概要

我々は、抗レトロウイルス因子であるシチジン脱アミノ化酵素APOBEC3ファミリー(A, B, C, D, F, GおよびHの7種)のうち、APOBEC3Aのみが、SARS-CoV-2 RNA中のC塩基をU塩基に変換する酵素活性(RNA編集)を有すること、そして、ウイルス遺伝子の変異を誘導することを見出し報告してきた(Nakata et al. NAR 2023)。これまでDNAを標的とする酵素と考えられてきたAPOBEC3Aによる、抗レトロウイルス作用と変異導入効果の分子機序、ならびに細胞内制御機序に関して、RNA編集という視点から精査することを目的で研究を進めている。本年度は、1)APOBEC3AによるHIV-1ゲノムの遺伝的多様性への影響と細胞内作用点、2)上皮系細胞におけるAPOBEC3Aの発現制御、について新たな知見を取得した。まず、HIV-1に対する抗ウイルス効果 (約2.5倍)は低く、酵素活性依存的であることが示された。しかし、遺伝的多様性はセンス依存的にUC>UU変異が優位に認められ、HIV-1の試験管内における継代と共に蓄積することが分かった。ウイルス感染標的細胞ではなく、ウイルス産生細胞に過剰発現した場合にのみその効果は認められたことから、APOBEC3Aによる効果はウイルス複製後期過程であり、ゲノムRNA発現からウイルス出芽・放出過程の間(粒子取込みが認められないため)であることを明らかにした。今後、APOBEC3Aにより、細胞指向性変化など、具体的なウイルス表現型が変化する傾向にあるのかを解析する必要がある。次に、発現制御については、上皮系細胞では、APOBEC3AがTNF-a/1型インターフェロンあるいはTNF-a/PMAのいずれかで誘導される2通りの細胞種が存在することを明らかにした。非腫瘍性乳腺細胞MCF10Aでは、上皮成長因子(EGF)がAPOBEC3Aの発現誘導(制御)に影響を与える主要な因子であることが判明した。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

APOBEC3AのRNA編集効果によるHIV-1の遺伝的変化と作用機作、ならびに変異原性(がん化)に関わる細胞内発現制御に関する新たな知見を取得した点では順調に研究が進展した。一方で、レトロトランスポゾンに対する効果と作用機序に関する研究について進捗が少なかった。以上の理由から、総じておおむね順調に進展していると判断した。

今後の研究の推進方策

APOBEC3A発現下で順化継代したウイルスの表現型を網羅的に解析することにより、APOBEC3AによるHIV-1の遺伝的変化への影響と意義を考察する。さらに、レトロトランスポゾンに対するAPOBEC3Aの影響についてもLINE-1を用いて詳細な解析し、APOBEC3AのRNA編集作用によるレトロウイルスへの影響について総合的に考察する予定である。さらに、上皮系細胞細胞におけるAPOBEC3A発現誘導とレトロトランスポゾンの制御、外来性遺伝子および宿主mRNAへの影響についても解析し、レトロウイルスに対する効果だけでなく生体に与える「APOBEC3AによるRNA編集効果」を分析し、新たな知見を取得していく予定である。

報告書

(2件)
  • 2023 実績報告書
  • 2022 実績報告書
  • 研究成果

    (25件)

すべて 2024 2023 2022

すべて 雑誌論文 (16件) (うち国際共著 1件、 査読あり 16件、 オープンアクセス 13件) 学会発表 (9件) (うち国際学会 1件、 招待講演 2件)

  • [雑誌論文] Safety and immunogenicity of VLPCOV-02, a SARS-CoV-2 self-amplifying RNA vaccine with a modified base, 5-methylcytosine2024

    • 著者名/発表者名
      Aboshi Masayuki、Matsuda Kenta、Kawakami Daisuke、Kono Kaoru、Kazami Yoko、Sekida Takashi、Komori Mai、Morey Amber L.、Suga Shigeru、Smith Jonathan F.、Fukuhara Takasuke、Iwatani Yasumasa、Yamamoto Takuya、Sato Nobuaki、Akahata Wataru
    • 雑誌名

      iScience

      巻: 27 号: 2 ページ: 108964-108964

    • DOI

      10.1016/j.isci.2024.108964

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Safety and immunogenicity of SARS-CoV-2 self-amplifying RNA vaccine expressing an anchored RBD: A randomized, observer-blind phase 1 study2023

    • 著者名/発表者名
      Akahata Wataru、他(16)、Iwatani Yasumasa、Yamamoto Takuya、Smith Jonathan F.、Sato Nobuaki
    • 雑誌名

      Cell Reports Medicine

      巻: 4 号: 8 ページ: 101134-101134

    • DOI

      10.1016/j.xcrm.2023.101134

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Sticklac-Derived Natural Compounds Inhibiting RNase H Activity of HIV-1 Reverse Transcriptase2023

    • 著者名/発表者名
      Ito Yuma、Lu Huiyan、Kitajima Mariko、Ishikawa Hayato、Nakata Yoshihiro、Iwatani Yasumasa、Hoshino Tyuji
    • 雑誌名

      Journal of Natural Products

      巻: 86 号: 11 ページ: 2487-2495

    • DOI

      10.1021/acs.jnatprod.3c00662

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] saRNA vaccine expressing membrane-anchored RBD elicits broad and durable immunity against SARS-CoV-2 variants of concern2023

    • 著者名/発表者名
      Komori Mai、Nogimori Takuto、Morey Amber L.、Sekida Takashi、Ishimoto Keiko、Hassett Matthew R.、Masuta Yuji、Ode Hirotaka、Tamura Tomokazu、Suzuki Rigel、Alexander Jeff、Kido Yasutoshi、Matsuda Kenta、Fukuhara Takasuke、Iwatani Yasumasa、Yamamoto Takuya、Smith Jonathan F.、Akahata Wataru
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 14 号: 1 ページ: 2810-2810

    • DOI

      10.1038/s41467-023-38457-x

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Growth Transformation of B Cells by Epstein-Barr Virus Requires <i>IMPDH2</i> Induction and Nucleolar Hypertrophy2023

    • 著者名/発表者名
      Sugimoto Atsuko、Watanabe Takahiro、Matsuoka Kazuhiro、Okuno Yusuke、Yanagi Yusuke、Narita Yohei、Mabuchi Seiyo、Nobusue Hiroyuki、Sugihara Eiji、Hirayama Masaya、Ide Tomihiko、Onouchi Takanori、Sato Yoshitaka、Kanda Teru、Saya Hideyuki、Iwatani Yasumasa、Kimura Hiroshi、Murata Takayuki
    • 雑誌名

      Microbiology Spectrum

      巻: 11 号: 4

    • DOI

      10.1128/spectrum.00440-23

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Inactivation characteristics of a 280?nm Deep-UV irradiation dose on aerosolized SARS-CoV-22023

    • 著者名/発表者名
      Takamure Kotaro、Iwatani Yasumasa、Amano Hiroshi、Yagi Tetsuya、Uchiyama Tomomi
    • 雑誌名

      Environment International

      巻: 177 ページ: 108022-108022

    • DOI

      10.1016/j.envint.2023.108022

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Virological outcomes of various first-line ART regimens in patients harbouring HIV-1 E157Q integrase polymorphism: a multicentre retrospective study2023

    • 著者名/発表者名
      Uno Shunsuke、(他(22)、Iwatani Yasumasa、Hachiya Atsuko、Kato Shingo、Hasegawa Naoki、Yoshimura Kazuhisa、Sugiura Wataru、Kikuchi Tadashi
    • 雑誌名

      Journal of Antimicrobial Chemotherapy

      巻: 78 号: 12 ページ: 2859

    • DOI

      10.1093/jac/dkad319

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Cellular APOBEC3A deaminase drives mutations in the SARS-CoV-2 genome2023

    • 著者名/発表者名
      Nakata Yoshihiro、Ode Hirotaka、Kubota Mai、Kasahara Takaaki、Matsuoka Kazuhiro、Sugimoto Atsuko、Imahashi Mayumi、Yokomaku Yoshiyuki、Iwatani Yasumasa
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 51 号: 2 ページ: 783-795

    • DOI

      10.1093/nar/gkac1238

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Association of a third vaccination with antibody levels and side reactions in essential workers: A prospective cohort study2023

    • 著者名/発表者名
      Hamada Hiroshi、Futamura Masaki、Ito Hiroto、Yamamoto Ryoko、Yata Kenji、Iwatani Yasumasa、Inoue Hirotaka、Fukatsu Noriaki、Nagai Hirokazu、Hasegawa Yoshinori
    • 雑誌名

      Vaccine

      巻: 41 号: 9 ページ: 1632-1637

    • DOI

      10.1016/j.vaccine.2023.01.050

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Molecular epidemiological features of SARS-CoV-2 in Japan, 2020?12022

    • 著者名/発表者名
      Ode Hirotaka、Nakata Yoshihiro、Nagashima Mami、Hayashi Masaki、Yamazaki Takako、Asakura Hiroyuki、Suzuki Jun、Kubota Mai、Matsuoka Kazuhiro、Matsuda Masakazu、Mori Mikiko、Sugimoto Atsuko、Imahashi Mayumi、Yokomaku Yoshiyuki、Sadamasu Kenji、Iwatani Yasumasa
    • 雑誌名

      Virus Evolution

      巻: 8 号: 1

    • DOI

      10.1093/ve/veac034

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Blocking effect of desktop air curtain on aerosols in exhaled breath2022

    • 著者名/発表者名
      Takamure Kotaro、Sakamoto Yasuaki、Yagi Tetsuya、Iwatani Yasumasa、Amano Hiroshi、Uchiyama Tomomi
    • 雑誌名

      AIP Advances

      巻: 12 号: 5 ページ: 055323-055323

    • DOI

      10.1063/5.0086659

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Evaluation of the Geenius HIV 1/2 confirmatory assay for HIV-2 samples isolated in Japan2022

    • 著者名/発表者名
      Shigemi Urara、Yamamura Yoshimi、Matsuda Masakazu、Okazaki Reiko、Kubota Mai、Ibe Shiro、Nemoto Michiko、Maejima-Kitagawa Masami、Sukegawa Sayaka、Imahashi Mayumi、Kikuchi Tadashi、Sugiura Wataru、Iwatani Yasumasa、Hachiya Atsuko、Yokomaku Yoshiyuki
    • 雑誌名

      Journal of Clinical Virology

      巻: 152 ページ: 105189-105189

    • DOI

      10.1016/j.jcv.2022.105189

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Nanopore Sequencing for Characterization of HIV-1 Recombinant Forms2022

    • 著者名/発表者名
      Mori Mikiko、Ode Hirotaka、Kubota Mai、Nakata Yoshihiro、Kasahara Takaaki、Shigemi Urara、Okazaki Reiko、Matsuda Masakazu、Matsuoka Kazuhiro、Sugimoto Atsuko、Hachiya Atsuko、Imahashi Mayumi、Yokomaku Yoshiyuki、Iwatani Yasumasa
    • 雑誌名

      Microbiology Spectrum

      巻: 10 号: 4

    • DOI

      10.1128/spectrum.01507-22

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Development of a novel Macaque-Tropic HIV-1 adapted to cynomolgus macaques2022

    • 著者名/発表者名
      Ode Hirotaka、Saito Akatsuki、Washizaki Ayaka、Seki Yohei、Yoshida Takeshi、Harada Shigeyoshi、Ishii Hiroshi、Shioda Tatsuo、Yasutomi Yasuhiro、Matano Tetsuro、Miura Tomoyuki、Akari Hirofumi、Iwatani Yasumasa
    • 雑誌名

      Journal of General Virology

      巻: 103 号: 10 ページ: 001790-001790

    • DOI

      10.1099/jgv.0.001790

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Dissecting Naturally Arising Amino Acid Substitutions at Position L452 of SARS-CoV-2 Spike2022

    • 著者名/発表者名
      Tan Toong Seng、Toyoda Mako、Ode Hirotaka、Barabona Godfrey、Hamana Hiroshi、Kitamatsu Mizuki、Kishi Hiroyuki、Motozono Chihiro、Iwatani Yasumasa、Ueno Takamasa
    • 雑誌名

      Journal of Virology

      巻: 96 号: 20

    • DOI

      10.1128/jvi.01162-22

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Characteristics of collection and inactivation of virus in air flowing inside a winding conduit equipped with 280?nm deep UV-LEDs2022

    • 著者名/発表者名
      Takamure Kotaro、Sakamoto Yasuaki、Iwatani Yasumasa、Amano Hiroshi、Yagi Tetsuya、Uchiyama Tomomi
    • 雑誌名

      Environment International

      巻: 170 ページ: 107580-107580

    • DOI

      10.1016/j.envint.2022.107580

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 宿主APOBEC3AによるSARS-CoV-2ゲノムの遺伝的多様性の拡大2023

    • 著者名/発表者名
      中田佳宏, 大出裕高, 久保田舞, 今橋真弓, 横幕能行, 岩谷靖雅
    • 学会等名
      第1回新型コロナウイルス研究集会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] APOBEC3Cにおける酵素活性アロステリック調節に関する構造学的研究2023

    • 著者名/発表者名
      大出裕高, 中島雅晶, 今橋真弓, 横幕能行, 岩谷靖雅
    • 学会等名
      第70回日本ウイルス学会学術集会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 長期作用型CA阻害剤に対するHIV-1 CA耐性関連変異に関する研究2023

    • 著者名/発表者名
      岩谷靖雅, 中田佳宏, 大出裕高, 松田昌和, 久保田舞, 瀬戸山由佳, 田中結人, 今橋真弓, 横幕能行
    • 学会等名
      第70回日本ウイルス学会学術集会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] ナノポアシーケンスによるHIV-1 RNAゲノムの近全長配列解析と薬剤耐性遺伝子検査への応用2023

    • 著者名/発表者名
      松田昌和, 大出裕高, 重見麗, 山村喜美, 森美喜子, 今橋真弓, 横幕能行, 岩谷靖雅
    • 学会等名
      第37回日本エイズ学会学術集会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] ナノポアシーケンスを利用した宿主内HIV-1 のゲノム配列多様性解析2023

    • 著者名/発表者名
      大出裕高, 松田昌和, 重見麗, 山村喜美, 森美喜子, 今橋真弓, 横幕能行, 岩谷靖雅
    • 学会等名
      第37回日本エイズ学会学術集会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 長期作用型HIV-1 CA 阻害剤に対する耐性関連変異の分子機序2023

    • 著者名/発表者名
      岩谷靖雅
    • 学会等名
      第37回日本エイズ学会学術集会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Host APOBEC3A cytidine deaminase drives mutations in the SARS-CoV-2 genome2023

    • 著者名/発表者名
      Iwatani Y
    • 学会等名
      24th Kumamoto AIDS Seminar
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] SARS-CoV-2ゲノムの遺伝的多様性に対するAPOBEC3の影響2022

    • 著者名/発表者名
      中田佳宏、大出裕高、久保田舞、今橋真弓、横幕能行、岩谷靖雅
    • 学会等名
      第69回日本ウイルス学会学術集会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 抗HIV/SIVタンパク質である二量体cpzA3Hの生化学的な特徴2022

    • 著者名/発表者名
      松岡和弘、中田佳宏、大出裕高、大野美希、久保田舞、杉本温子、岩谷靖雅
    • 学会等名
      第36回日本エイズ学会学術集会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書

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公開日: 2022-04-19   更新日: 2024-12-25  

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