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DNAナノデバイスによる細胞内動的構造と細胞機能の制御

研究課題

研究課題/領域番号 23K24937
補助金の研究課題番号 22H03682 (2022-2023)
研究種目

基盤研究(B)

配分区分基金 (2024)
補助金 (2022-2023)
応募区分一般
審査区分 小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
研究機関三重大学

研究代表者

鈴木 勇輝  三重大学, 工学研究科, 准教授 (50636066)

研究期間 (年度) 2022-04-01 – 2025-03-31
研究課題ステータス 交付 (2024年度)
配分額 *注記
17,420千円 (直接経費: 13,400千円、間接経費: 4,020千円)
2024年度: 5,720千円 (直接経費: 4,400千円、間接経費: 1,320千円)
2023年度: 5,720千円 (直接経費: 4,400千円、間接経費: 1,320千円)
2022年度: 5,980千円 (直接経費: 4,600千円、間接経費: 1,380千円)
キーワードDNAナノテクノロジー / DNAオリガミ / 生体分子デバイス / 細胞制御 / 細胞骨格 / ペプチド / ナノデバイス / 生体分子デザイン / 細胞機能制御 / 原子間力顕微鏡
研究開始時の研究の概要

生細胞膜上の受容体タンパク質の集積状態を自在に操作する生体分子ナノデバイスを開発し,細胞内の動的構造および細胞の形態・運動性を人為的に制御する新技術を創出する.DNAオリガミ法を駆使することで,受容体分子認識能と外部刺激応答能を兼ね備えたナノアクチュエータを構築し,標的細胞膜受容体の間隔・位置関係をアクチュエータの操作を介して制御する.本研究を通して,生きた細胞膜上で繰り返し機能する生体分子ナノデバイスを実現するとともに,細胞機能を外部から人為制御する技術を創出し,細胞運命の操作や細胞内医療などの次世代の産業技術に資する基盤を構築する.

研究実績の概要

2022年度に開発した外部刺激応答性のDNAナノデバイスを発展させ,pHやイオン変化および分子入力といった異なる刺激種に対して多重応答性を示すDNAアクチュエータを開発した。多数の変形モジュールの累積変形によって線状からコイルスプリング状へと収縮するナノアクチュエータを設計し,各モジュールの曲げ変形を二重らせん構造と四重鎖構造という異なるDNA構造の形成・解離によって制御することで,形状や機械的特性の可逆的な切り替えを実現した。高解像の原子間間力顕微鏡像と分子動力学シミュレーションにより,二重らせん構造形成条件下および四重鎖構造形成条件下,それぞれにおけるコイルスプリング構造を解析したところ,互いにコイル半径やピッチが異なるだけでなく,コイルの内側と外側が反転していることが明らかとなった。一方,コイルスプリングの巻き方については,ともに右巻きであることが示唆された。光ピンセットを用いた一分子解析により,各条件下における機械的特性を評価したところ,刺激依存的にバネ定数が変化することが示された。
さらに,上記のDNAナノアクチュエータを改変し,細胞種特異的に動作する機構を検討した。具体的には,細胞特異的に発現しているmicroRNA(miRNA)を入力信号とすることで,DNAナノデバイスに細胞識別機能を実装した。二種類の異なるmiRNAに対する認識配列を設計することで,miRNAの入力パターンに応じて特定の形状へと収縮・変形するアクチュエータを構築した。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

当初予定していたpH応答性のDNAデバイスに加え,miRNAの発現パターンに応じて形状が変化するDNA分子デバイスを構築することができた。

今後の研究の推進方策

本年度に開発したmiRNA応答性にDNAアクチュエータに対して鎖置換反応に基づくロジックゲートを組み込むことで,さらなるインテリジェント化を図る。それらを用いて,細胞骨格系の運動や生細胞の形態および運動能の制御を挑戦する。

報告書

(2件)
  • 2023 実績報告書
  • 2022 実績報告書
  • 研究成果

    (15件)

すべて 2023 2022 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (6件) (うち国際共著 4件、 査読あり 6件、 オープンアクセス 5件) 学会発表 (7件) (うち国際学会 5件、 招待講演 2件)

  • [国際共同研究] Aalto University(フィンランド)

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [国際共同研究] Kent State University(米国)

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [雑誌論文] Multi-Reconfigurable DNA Origami Nanolattice Driven by the Combination of Orthogonal Signals2023

    • 著者名/発表者名
      Kotaro Watanabe, Ibuki Kawamata, Satoshi Murata, Yuki Suzuki
    • 雑誌名

      JACS Au

      巻: To appear 号: 5 ページ: 1-8

    • DOI

      10.1021/jacsau.3c00091

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Chemo-mechanical forces modulate the topology dynamics of mesoscale DNA assemblies2023

    • 著者名/発表者名
      Karna Deepak、Mano Eriko、Ji Jiahao、Kawamata Ibuki、Suzuki Yuki、Mao Hanbin
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 14 号: 1 ページ: 6459-6459

    • DOI

      10.1038/s41467-023-41604-z

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Real-time monitoring of the amyloid β1-42 monomer-to-oligomer channel transition using a lipid bilayer system2023

    • 著者名/発表者名
      Numaguchi Yuri、Tsukakoshi Kaori、Takeuchi Nanami、Suzuki Yuki、Ikebukuro Kazunori、Kawano Ryuji
    • 雑誌名

      PNAS Nexus

      巻: 3 号: 1

    • DOI

      10.1093/pnasnexus/pgad437

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Lipid bilayer-assisted dynamic self-assembly of hexagonal DNA origami blocks into monolayer crystalline structures with designed geometries2022

    • 著者名/発表者名
      Suzuki Yuki、Kawamata Ibuki、Watanabe Kotaro、Mano Eriko
    • 雑誌名

      iScience

      巻: 25 号: 5 ページ: 104292-104292

    • DOI

      10.1016/j.isci.2022.104292

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Box-shaped ribozyme octamer formed by face-to-face dimerization of a pair of square-shaped ribozyme tetramers2022

    • 著者名/発表者名
      Islam Md Dobirul、Hidaka Kumi、Suzuki Yuki、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki、Matsumura Shigeyoshi、Ikawa Yoshiya
    • 雑誌名

      Journal of Bioscience and Bioengineering

      巻: 134 号: 3 ページ: 195-202

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2022.06.008

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Algorithmic Design of 3D Wireframe RNA Polyhedra2022

    • 著者名/発表者名
      Elonen Antti、Natarajan Ashwin Karthick、Kawamata Ibuki、Oesinghaus Lukas、Mohammed Abdulmelik、Seitsonen Jani、Suzuki Yuki、Simmel Friedrich C.、Kuzyk Anton、Orponen Pekka
    • 雑誌名

      ACS Nano

      巻: 16 号: 10 ページ: 16608-16616

    • DOI

      10.1021/acsnano.2c06035

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] Multi-responsive and reconfigurable DNA origami nanostructures2023

    • 著者名/発表者名
      Yuki Suuzki
    • 学会等名
      DNA 29
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Hierarchical self-assembly of DNA origami nanoactuators toward large deformation of cellular-sized liposomes2023

    • 著者名/発表者名
      Reo Toho, Shin Watanabe, Ibuki Kawamata, Yuki Suzuki
    • 学会等名
      DNA29
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Hierarchical self-assembly of multi-stimuli-responsive DNA origami nanoactuator2023

    • 著者名/発表者名
      Shin Watanabe, Reo Toho, Ibuki Kawamata, Yuki Suzuki
    • 学会等名
      The 50th International Symposium on Nucleic Acid Chemistry (ISNAC2023)
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Multi-reconfigurable DNA nanodevice actuated by the combination of orthogonal signals2023

    • 著者名/発表者名
      Yuki Suzuki, Kotaro Watanabe, Yuri Kobayashi, Ibuki Kawamata, Satoshi Murata
    • 学会等名
      The 50th International Symposium on Nucleic Acid Chemistry (ISNAC2023)
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] DNAで創って動かすナノ構造2023

    • 著者名/発表者名
      鈴木 勇輝
    • 学会等名
      2022年度東海高分子学生研究会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Self-assembly of DNA origami blocks into two-dimensional crystalline structures with designed geometries2022

    • 著者名/発表者名
      Yuki Suzuki、 Ibuki Kawamata
    • 学会等名
      第60回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Creation of nano- and microscale structures from DNA2022

    • 著者名/発表者名
      Yuki Suzuki
    • 学会等名
      Workshop on Biosystems Design-From nanotechnology to microfluidics in biotechnology
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演

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公開日: 2022-04-19   更新日: 2024-12-25  

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