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位相的データ解析による反応経路地図の特徴量抽出と反応性比較・分類・予測への応用

研究課題

研究課題/領域番号 23K26608
補助金の研究課題番号 23H01915 (2023)
研究種目

基盤研究(B)

配分区分基金 (2024)
補助金 (2023)
応募区分一般
審査区分 小区分32010:基礎物理化学関連
研究機関北海道大学

研究代表者

小林 正人  北海道大学, 理学研究院, 准教授 (40514469)

研究分担者 中村 壮伸  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 材料・化学領域, 主任研究員 (10642324)
寺本 央  関西大学, システム理工学部, 准教授 (90463728)
研究期間 (年度) 2023-04-01 – 2026-03-31
研究課題ステータス 交付 (2024年度)
配分額 *注記
18,980千円 (直接経費: 14,600千円、間接経費: 4,380千円)
2025年度: 4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2024年度: 4,940千円 (直接経費: 3,800千円、間接経費: 1,140千円)
2023年度: 9,620千円 (直接経費: 7,400千円、間接経費: 2,220千円)
キーワード計算化学 / パーシステント・ホモロジー / ポテンシャルエネルギー曲面 / グラフ解析 / 同種核置換反転異性体
研究開始時の研究の概要

本研究では、反応経路地図(RRM)という重み付きグラフに対してパーシステント・ホモロジー(PH)を適用し、RRM自身を特徴づける記述子を獲得することを目的とする。このような記述子は、組成の異なる反応系のRRM同士を横断的に比較する、といったこれまで考えられてこなかったRRMの高次元的接続を可能とする。このアイデアの有用性を検証するターゲットとして、組成の異なる金属ナノクラスターや典型的有機反応のRRMの比較分類を行う。さらにPHに基づきRRM間の類似度を定量的に表現することにより、反応系の機能(触媒活性など)や性質(反応様式など)といった実際の反応の特徴予測にまでつなげる。

研究実績の概要

「反応経路地図(RRM)を表現する重み付きグラフに対するパーシステント・ホモロジー(PH)解析法の確立」の項目については、基盤となるadjusted weight rank clique filtrationを開発して貨幣金属ナノクラスターと有機化学反応に適用し、その有用性を報告した。また、GRRMプログラムの出力を用いてPH解析を行うプログラムを整備して公開した。一方、GRRMプログラムの出力は対称性と同種核置換反転に関して縮約されているため、元のポテンシャルエネルギー曲面(PES)全体を表すものにはなっていない。そこで、3N-6次元のPESの空間に対応するRRMをGRRMの出力から復元する手法を並行して開発し、公開した。この復元されたPESに対するPH解析についても、予備的な検討を行った。
「グローバル反応経路地図の作成とデータベース化」の項目に関しては、遷移金属元素の少数原子クラスターの計算とデータベース化を進めている。
「PH解析に基づく記述子を用いた系の分類と機能・性質解明」の項目に関しては、Wasserstein距離およびボトルネック距離を用いた金属ナノクラスターのRRMの類似度比較を開始したが、RRMの比較に最適のものであるとは言いがたい結果となった。今後は、RRMの特徴を活かした新たな「距離」の定義方法について検討を進める。
PESや反応経路地図の解析、という観点では、様々な観測時間スケールでPESの速度論的な可視化を実現する手法を新たに共同で開発した。PESのエネルギー値の関係をそのまま表示する従来のdisconnectivity graphとは異なり、時間スケールに基づいた階層性を表現するものになっている。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

初年度の研究計画に記載した項目はほぼ完了しており、当初予定になかった研究の新たな側面も見えてきている。比較・分類を実現する「距離」に関しては、当初計画したものが最適ではないようなので今後さらに検討する必要があるが、いずれにしてもよりRRMに適したものがあると考えて計画されており、現在までの進捗は順調である。

今後の研究の推進方策

当初予定通り、Pade近似により2次の鞍点の情報を近似的に取り込んだPH解析法の開発を進め、金属ナノクラスター触媒の比較・分類へと適用していく。これまで解離チャネルをあらわに扱ってこなかったが、触媒反応では特に反応物が吸着し、生成物が脱離する過程が重要であり、これを取り扱う必要があることが分かってきた。そこで、最近開発された連結パーシステンス・ダイアグラムの方法を利用し、解離チャネルを扱う方法を新たに構築することを本研究課題に含めることとしている。

報告書

(1件)
  • 2023 実績報告書
  • 研究成果

    (12件)

すべて 2024 2023 その他

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 4件) 学会発表 (7件) (うち国際学会 2件、 招待講演 1件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] ポテンシャルエネルギー曲面の新記述子:反応経路地図のパーシステント・ホモロジー2024

    • 著者名/発表者名
      村山武来, 小林正人, 青木雅允, 石橋卓, 齋藤琢弥, 中村壮伸, 寺本央, 武次徹也
    • 雑誌名

      Journal of Computer Chemistry, Japan

      巻: -

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] An Encompassed Representation of Timescale Hierarchies in First-order Reaction Network2024

    • 著者名/発表者名
      Yutaka Nagahata, Masato Kobayashi, Mikito Toda, Satoshi Maeda, Tetsuya Taketsugu, Tamiki Komatsuzaki
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      巻: -

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Characterizing Reaction Route Map of Realistic Molecular Reactions Based on Weight Rank Clique Filtration of Persistent Homology2023

    • 著者名/発表者名
      Murayama Burai、Kobayashi Masato、Aoki Masamitsu、Ishibashi Suguru、Saito Takuya、Nakamura Takenobu、Teramoto Hiroshi、Taketsugu Tetsuya
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Theory and Computation

      巻: 19 号: 15 ページ: 5007-5023

    • DOI

      10.1021/acs.jctc.2c01204

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Reproducing the Reaction Route Map on the Shape Space from Its Quotient by the Complete Nuclear Permutation-Inversion Group2023

    • 著者名/発表者名
      Teramoto Hiroshi、Saito Takuya、Aoki Masamitsu、Murayama Burai、Kobayashi Masato、Nakamura Takenobu、Taketsugu Tetsuya
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Theory and Computation

      巻: 19 号: 17 ページ: 5886-5896

    • DOI

      10.1021/acs.jctc.3c00500

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] パーシステント・ホモロジーを用いた反応経路地図からの記述子の創出2023

    • 著者名/発表者名
      村山武来・小林正人・青木雅允・石橋卓・齋藤琢弥・寺本央・中村壮伸・武次徹也
    • 学会等名
      第25回理論化学討論会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Reproducing Reaction Route Map on the Shape Space from Its Quotient by Complete Nuclear Permutation-Inversion Group2023

    • 著者名/発表者名
      H. Teramoto, T. Saito, M. Aoki, B. Murayama, M. Kobayashi, T. Nakamura, and T. Taketsugu
    • 学会等名
      5th Conference of Theory and Applications of Computational Chemistry (TACC2023)
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Characterizing Reaction Route Map of Realistic Molecular Reactions based on Weight Rank Clique Filtration of Persistent Homology2023

    • 著者名/発表者名
      B. Murayama, M. Kobayashi, M. Aoki, S. Ishibashi, T. Saito, T. Nakamura, H. Teramoto, and T. Taketsugu
    • 学会等名
      5th Conference of Theory and Applications of Computational Chemistry (TACC2023)
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 反応経路地図とパーシステントホモロジーの融合によるエネルギー地形の記述子の開拓2023

    • 著者名/発表者名
      村山武来・小林正人・青木雅允・石橋卓・齋藤琢弥・寺本央・中村壮伸・武次徹也
    • 学会等名
      シンポジウム「化学反応経路探索のニューフロンティア2023」
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 反応経路地図とパーシステント・ホモロジーを利用したポテンシャルエネルギー曲面についての記述子の創出2023

    • 著者名/発表者名
      村山武来・小林正人・青木雅允・石橋卓・齋藤琢弥・中村壮伸・寺本央・武次徹也
    • 学会等名
      分子科学討論会2023大阪
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] ハイスループット計算化学を活用した表面・触媒の解析と予測2023

    • 著者名/発表者名
      小林正人
    • 学会等名
      2023年度触媒学会「水素の製造と利用に関するシンポジウム」
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] PESの新たな記述子の創出:反応経路地図とパーシステント・ホモロジーを利用したアプローチ2023

    • 著者名/発表者名
      村山武来・小林正人・青木雅允・石橋卓・齋藤琢弥・中村壮伸・寺本央・武次徹也
    • 学会等名
      日本コンピュータ化学会2023秋季年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [備考] 個人ウェブサイト

    • URL

      https://sites.google.com/site/chemistmasatokobayashi/

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書

URL: 

公開日: 2023-04-18   更新日: 2024-12-25  

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