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EPR・X線による深海および南極海微生物由来酵素の高活性・高安定性機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 23K26836
補助金の研究課題番号 23H02143 (2023)
研究種目

基盤研究(B)

配分区分基金 (2024)
補助金 (2023)
応募区分一般
審査区分 小区分38030:応用生物化学関連
研究機関佐賀大学

研究代表者

堀谷 正樹  佐賀大学, 農学部, 准教授 (80532134)

研究分担者 大久保 晋  神戸大学, 分子フォトサイエンス研究センター, 准教授 (80283901)
杉本 宏  国立研究開発法人理化学研究所, 放射光科学研究センター, 専任研究員 (90344043)
研究期間 (年度) 2023-04-01 – 2026-03-31
研究課題ステータス 交付 (2024年度)
配分額 *注記
18,850千円 (直接経費: 14,500千円、間接経費: 4,350千円)
2025年度: 4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
2024年度: 4,940千円 (直接経費: 3,800千円、間接経費: 1,140千円)
2023年度: 9,230千円 (直接経費: 7,100千円、間接経費: 2,130千円)
キーワード電子常磁性共鳴 / X線結晶構造解析 / 低温適応酵素 / 耐圧酵素 / 金属酵素 / 熱安定性 / 電子スピン共鳴 / 酵素反応
研究開始時の研究の概要

これまで耐熱性酵素は熱に対し高安定性であることから、産業用・研究用酵素などとして注目を浴び、基礎研究から応用研究まで盛んにおこなわれてきたが、低温適応酵素の低温でも失活せず、相同的酵素よりも高活性な特徴は幅広い分野への応用利用の可能性が高いにも関わらず、そこまでに至っていない。これは低温適応酵素が一般的に低安定であると考えられているためである。ところが、 研究代表者らはいくつかの高安定な低温適応酵素を発見しており、『低温適応酵素は低安定である』という通説に疑問が生じている。本研究では、 独創的なアプローチによって、分子レベルでの酵素の構造ゆらぎ-活性-安定性の三者相関を正確に理解する。

研究実績の概要

これまで耐熱性酵素は高安定性であることから、産業用酵素などとして注目を浴び、基礎研究から応用研究まで盛んにおこなわれてきた。ところが、低温適応酵素の低温でも失活せず、相同的酵素よりも高活性な特徴は幅広い分野への応用利用の可能性が高いにも関わらず、そこまでに至っていない。これは低温適応酵素が一般的に低安定であると考えられているためである。そこで本研究では高い安定性と低温適応機構を保持していると予想される深海細菌由来酵素の遺伝子組み換え体の発現、精製系の確立を行った。深海細菌として海洋性細菌であるShewanella属の中で最も深海に生息しているShewanella benthica K99に着目した。この細菌のもつ金属酵素の遺伝子配列を大腸菌に形質転換し、遺伝子組み換え体の発現を試み、アフィニティーカラムで精製を行った。その結果、高純度酵素を得ることに成功した。この試料について活性測定を行ったところ、予想に反して低活性であったことからゲルろ過クロマトグラフィーに供した。研究対象の酵素はダイマーで機能することが報告されていたが、ほとんどがモノマーで存在していた。ゲルろ過クロマトグラフィーでダイマーに分離された酵素のみの活性を測定したところ、相同的な酵素と同様の活性能をもつことが明らかになったので、以後の実験にはゲルろ過クロマトグラフィー後のダイマー試料をしようすることにした。ダイマー試料について活性の温度依存性を調べたところ、一般的な低温適応酵素に見られる挙動をしたことから、本研究対象も低温適応酵素であることが明らかになった。そこで、研究対象および相同的な中温酵素、深海ではない細菌由来低温適応酵素の三者の熱安定性を調べたところ、深海由来のものの熱安定性が高いことが明らかになった。つまり、研究対象は低温適応しているにも関わらず、高い安定性をも保持していることを解き明かした。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

計画通りに進行しており、研究対象としていた酵素が当初の予想通り、高熱安定な低温適応酵素であることを解き明かすことに成功した。

今後の研究の推進方策

研究対象に関して、X線結晶構造解析法による静的構造解析および電子常磁性共鳴法による動的構造解析より研究対象がなぜ低温適応と高安定性を獲得しているか明らかにする。

報告書

(1件)
  • 2023 実績報告書
  • 研究成果

    (18件)

すべて 2024 2023

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (17件) (うち国際学会 1件、 招待講演 3件)

  • [雑誌論文] Identification of Genes Responsible for the Synthesis of Glycitein Isoflavones in Soybean Seeds2024

    • 著者名/発表者名
      Horitani Masaki、Yamada Risa、Taroura Kanami、Maeda Akari、Anai Toyoaki、Watanabe Satoshi
    • 雑誌名

      Plants

      巻: 13 号: 2 ページ: 156-156

    • DOI

      10.3390/plants13020156

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] X線・電子常磁性共鳴法で観る複核Mn中心金属酵素の構造柔軟性と活性相関2023

    • 著者名/発表者名
      嘉数 百合,坂本 貫太朗, 杉本 宏,堀谷 正樹
    • 学会等名
      第23回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 高速混合凍結-EPR法で観る金属酵素活性中心構造変化と酵素活性の相関~低温適応複核Mn2+酵素~2023

    • 著者名/発表者名
      堀谷 正樹
    • 学会等名
      第26回ESRフォーラム研究会2023京都
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 南極産好冷細菌由来グルコキナーゼの低温適応・高熱安定性機構の解明2023

    • 著者名/発表者名
      矢垰 紅音, 浅香 里緒, 渡邉 啓一, 堀谷 正樹
    • 学会等名
      極限環境生物学会第24回年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 酵素は熱安定性を下げずに低温適応できるか?~X線結晶構造解析・EPR法で観る南極産好冷細菌由来金属酵素~2023

    • 著者名/発表者名
      堀谷 正樹,嘉数 百合, 杉本 宏
    • 学会等名
      極限環境生物学会第24回年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] ESRで何が見える?~立体構造解析への羨望とその先へ~2023

    • 著者名/発表者名
      堀谷 正樹
    • 学会等名
      第35回生物無機化学夏季セミナー
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] スピンラベル-ESR法を利用した酵素の構造柔軟性の実測2023

    • 著者名/発表者名
      矢垰 紅音,浅香 里緒, 渡邉 啓一,堀谷 正樹
    • 学会等名
      第35回生物無機化学夏季セミナー
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 深海産細菌由来無機ピロホスファターゼの生化学的解析への挑戦2023

    • 著者名/発表者名
      菅原 連,溝口 ゆりか,堀谷 正樹
    • 学会等名
      第35回生物無機化学夏季セミナー
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 深海細菌由来金属酵素無機ピロホスファターゼの高圧・低温適応機構の解明に向けて2023

    • 著者名/発表者名
      溝口 ゆりか,菅原 連,堀谷 正樹
    • 学会等名
      第35回生物無機化学夏季セミナー
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 先端電子スピン共鳴法を用いた酵素ダイナミクスの実測2023

    • 著者名/発表者名
      矢垰 紅音,堀谷 正樹
    • 学会等名
      令和5年度生命金属科学夏の合宿
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] The combination of EPR spectroscopy and X-ray crystallography revealed that the active site rearrangement of the di-metal center by substrate binding is temperature dependent2023

    • 著者名/発表者名
      Masaki Horitani
    • 学会等名
      2023 International Joint Meeting of the 23rd International Conference on Cytochrome P450 and the 38th Annual Meeting of the Japanese Society for the Study of Xenobiotics (2023 ICCP450/JSSX)
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 急速凍結-電子常磁性共鳴(EPR)法を用いた金属酵素活性中心における構造変化の温度依存性2023

    • 著者名/発表者名
      嘉数 百合,堀谷 正樹
    • 学会等名
      第62回電子スピンサイエンス学会年会(SEST2023)
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Elucidation of Characteristic Cold-Adaptation Mechanism of Pyruvate Kinase from Psychrophilic Bacteria by X-ray Crystallography2023

    • 著者名/発表者名
      Ekanayake Hansani, Hiroshi Sugimoto,Masaki Horitani
    • 学会等名
      日本農芸化学会西日本支部第6回学生フォーラム(JSBBA WEST 6th Studendt Forum)
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Measurements of structural flexibility and dynamics using spin labeling-ESR2023

    • 著者名/発表者名
      Akane Yato,Masaki Horitani
    • 学会等名
      2nd Japan-India Science & Technology Seminar
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Elucidation of Characteristic Cold-Adaptation Mechanism of Pyruvate Kinase from Psychrophilic Bacteria by X-ray Crystallography2023

    • 著者名/発表者名
      Hansani Ekanakyake, Hiroshi Sugimoto,Masaki Horitani
    • 学会等名
      2nd Japan-India Science & Technology Seminar
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Temperature dependence of structural changes in active center of Inorganic Pyrophosphatase using electron paramagnetic resonance (EPR) with rapid freeze quench method2023

    • 著者名/発表者名
      Yuri Kasu,Masaki Horitani
    • 学会等名
      2nd Japan-India Science & Technology Seminar
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Elucidation of the mechanism of high activity and high thermostability of glucokinase from Antarctic bacteria using by X-ray crystallography2023

    • 著者名/発表者名
      Marina Takado,Kazuki Fujii,Masaki Horitani
    • 学会等名
      2nd Japan-India Science & Technology Seminar
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Biochemical and Spectroscopic Studies Reveal that Inorganic Pyrophosphatase from Piezophilic Bacterium has Cold-Adaptation and High-Thermal Stability2023

    • 著者名/発表者名
      Ren Sugawara,Yurika Mizoguchi,Masaki Horitani
    • 学会等名
      2nd Japan-India Science & Technology Seminar
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書

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公開日: 2023-04-18   更新日: 2024-12-25  

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