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ゲノム複製開始機構の普遍性と多様性、および、複製開始制御システムの動的な制御機構

研究課題

研究課題/領域番号 23K27131
補助金の研究課題番号 23H02438 (2023)
研究種目

基盤研究(B)

配分区分基金 (2024)
補助金 (2023)
応募区分一般
審査区分 小区分43030:機能生物化学関連
研究機関九州大学

研究代表者

片山 勉  九州大学, 薬学研究院, 教授 (70264059)

研究期間 (年度) 2023-04-01 – 2027-03-31
研究課題ステータス 交付 (2024年度)
配分額 *注記
18,590千円 (直接経費: 14,300千円、間接経費: 4,290千円)
2026年度: 3,640千円 (直接経費: 2,800千円、間接経費: 840千円)
2025年度: 4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円)
2024年度: 4,940千円 (直接経費: 3,800千円、間接経費: 1,140千円)
2023年度: 5,460千円 (直接経費: 4,200千円、間接経費: 1,260千円)
キーワードDNA複製 / 複製開始複合体 / 染色体 / 細胞周期 / 試験管内再構成
研究開始時の研究の概要

染色体DNAの複製開始反応は、細胞周期の制御や環境に応じた細胞増殖の制御とも連係している。そのためこの反応そのものの分子メカニズム、および、その制御システムの解明は、細胞の増殖や恒常性維持の分子機構の理解にも重要となる。さらにそれらの進化の理解のためにも重要となる。代表者は世界最先端で大腸菌染色体の複製開始反応の分子メカニズムとその制御システムを明らかにしてきた。本研究ではそのような成果を基にして複製開始メカニズムの進化的普遍性と多様性を解析し共通原理の解明を進める。また複製開始制御システムが細胞周期と連係する分子機構の解明を進める

研究実績の概要

1. 複製開始複合体の機構の普遍性と多様性---大腸菌の複製開始複合体は、複製起点oriC, 複製開始タンパク質DnaA、DNA屈曲タンパク質から形成される。本年度は、進化的に最も保存性の高いDNA屈曲タンパク質HUによる複製開始メカニズムを解明し、大腸菌などが特有に持つIHFタンパク質と比較し機能的な普遍性と多様性を明らかにした。加えてDnaAとoriCの構造における機能構造相関も解明した。
2. 複製ヘリカーゼ装着の分子機構と制御機構---複製ヘリカーぜの装着機構では、まず、1段階めでDnaBが開始複合体に安定に結合する。このメカニズムは過去に解明した。次の2段階めとなる動的な相互作用によってDnaBがoriC開裂領域に装着されるが、このメカニズムは不明である。本年度は、この段階に重要となるDnaBの機能構造の解析を進めた。
3. DARSシステムの分子機構と制御機構---DARS2はDnaAを適時的に活性化するDNA因子である。DARS2-IHF-Fis複合体が適時的に形成されDnaAを活性化する。DARS2-Fis結合の制御機構については過去に解明した。本年度はDARS2-IHF結合の動的制御に重要な因子を生化学的および分子遺伝学的な手法によって探索し、複数の重要因子を明らかにした。
4. DDAHシステムの分子機構と制御機構---datAはDnaA を適時的に不活性化するDNA因子である。 datA-IHF複合体が適時的に形成されDnaAを不活性化する。適時的なIHF結合・解離の制御には複数の未知因子が必要である。本年度は、これらの同定・解析を進め、1つの因子がdatA部位のRNAポリメラーゼによる転写反応であることが明らかとなった。
以上の成果は独自性が高く、複製開始機構の普遍性・多様性の理解、および、開始制御機構の理解のため重要な意義がある。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

1: 当初の計画以上に進展している

理由

DNA屈曲因子HUによる複製開始メカニズムが解明され、国際的に評価の高いジャーナルで論文発表に至った。DnaAとoriCの構造(開裂部位、DnaA結合部位の配置と配向)における多様性が合理的に理解できるようになり、論文発表を行なった。DnaBヘリカーゼ装着の分子機構についても計画していた実験によるデータが十分得られ、具体的な機構モデルが想定できるようになり、その検証も進んできた。datA-IHF複合体の解離に必要となるdatA領域の転写機構が明らかとなり、論文発表に至った。

今後の研究の推進方策

研究計画に従って順調に進展しているため、本年度の新たな成果にもとづいて、今後さらに推進してゆく。

報告書

(1件)
  • 2023 実績報告書
  • 研究成果

    (20件)

すべて 2024 2023 その他

すべて 雑誌論文 (5件) (うち査読あり 4件、 オープンアクセス 5件) 学会発表 (12件) (うち国際学会 3件、 招待講演 1件) 備考 (3件)

  • [雑誌論文] Read-through transcription of tRNA underlies the cell cycle-dependent dissociation of IHF from the DnaA-inactivating sequence datA2024

    • 著者名/発表者名
      Kasho Kazutoshi、Sakai Ryuji、Ito Kosuke、Nakagaki Wataru、Satomura Rion、Jinnouchi Takafumi、Ozaki Shogo、Katayama Tsutomu
    • 雑誌名

      Frontiers in Microbiology

      巻: 15 ページ: 1360108-1360108

    • DOI

      10.3389/fmicb.2024.1360108

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] IHF and Fis as Escherichia coli Cell Cycle Regulators: Activation of the Replication Origin oriC and the Regulatory Cycle of the DnaA Initiator2023

    • 著者名/発表者名
      Kasho Kazutoshi、Ozaki Shogo、Katayama Tsutomu
    • 雑誌名

      International Journal of Molecular Sciences

      巻: 24 号: 14 ページ: 11572-11572

    • DOI

      10.3390/ijms241411572

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Single-stranded DNA recruitment mechanism in replication origin unwinding by DnaA initiator protein and HU, an evolutionary ubiquitous nucleoid protein2023

    • 著者名/発表者名
      Yoshida Ryusei、Ozaki Shogo、Kawakami Hironori、Katayama Tsutomu
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 51 号: 12 ページ: 6286-6306

    • DOI

      10.1093/nar/gkad389

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Thermotoga maritima oriC involves a DNA unwinding element with distinct modules and a DnaA-oligomerizing region with a novel directional binding mode2023

    • 著者名/発表者名
      Lu Chuyuan、Yoshida Ryusei、Katayama Tsutomu、Ozaki Shogo
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry

      巻: 299 号: 7 ページ: 104888-104888

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2023.104888

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] 核様体タンパク質から複製開始メカニズムの共通原理を展望する2023

    • 著者名/発表者名
      片山 勉、吉田竜星、川上広宣、加生和寿、尾崎省吾
    • 雑誌名

      日本ゲノム微生物学会 ニュースレター

      巻: 28 ページ: 2-5

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • オープンアクセス
  • [学会発表] 大腸菌複製開始起点へのDnaBヘリカーゼ装着阻害をレスキューする機構におけるPriCの役割の解析2024

    • 著者名/発表者名
      呉 沁霏、興梠和真、吉田竜星、鶴田 匠、尾崎省吾、片山 勉
    • 学会等名
      第18回日本ゲノム微生物学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 大腸菌oriC-IHF-DnaA-DnaB-DnaC複合体の動態と新たな制御メカニズム2023

    • 著者名/発表者名
      片山 勉、鶴田 匠、呉 沁霏、興梠和真、吉田竜星、加生和寿、尾崎省吾
    • 学会等名
      第27回 DNA複製・組換え・修復ワークショップ
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 大腸菌染色体の複製開始を制御するDNA因子datA、DARS2への核様体因子IHFの適時的結合を支えるメカニズムの解析2023

    • 著者名/発表者名
      加生 和寿、伊藤孝輔、里村龍音、吉田瑞希、中薗 奨、片山 勉
    • 学会等名
      第27回 DNA複製・組換え・修復ワークショップ
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 細菌種に高度に保存されたHUタンパク質はDnaA複合体の形成に依存して複製起点に結合しDUE開裂を進める2023

    • 著者名/発表者名
      吉田竜星、尾﨑省吾、川上広宣、片山 勉
    • 学会等名
      第27回 DNA複製・組換え・修復ワークショップ
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 大腸菌の複製開始タイミング制御に必須の核様体因子 IHF を細胞周期に応じて制御する新規因子の探索2023

    • 著者名/発表者名
      加生和寿、伊藤孝輔、里村龍音、吉田瑞希、中薗 奨、片山 勉
    • 学会等名
      令和5年度 日本生化学会九州支部例会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 細菌染色体の複製開始の分子機構:多様性に潜む普遍性2023

    • 著者名/発表者名
      片山 勉、吉田竜星、盧 楚元、鶴田 匠、若杉泰敬、加生和寿、尾崎省吾
    • 学会等名
      日本遺伝学会第95回大会 ワークショップ「ドグマを超えた微生物分子ダイナミクス研究の挑戦」(世話人:仁木 宏典、片山 勉)
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 大腸菌染色体の複製開始促進因子DARS2とその活性化因子IHFとの適時的相互作用を制御する因子の網羅的探索2023

    • 著者名/発表者名
      吉田瑞希、加生和寿、片山 勉
    • 学会等名
      日本遺伝学会第95回大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] A common insight into mechanisms of duplex unwinding at the origin DNA during eubacterial chromosome replication2023

    • 著者名/発表者名
      尾崎 省吾, 盧 楚元, 吉田 竜星, 若杉 泰敬, 片山 勉
    • 学会等名
      第96回 日本生化学会大会 シンポジウム「Novel Perspectives on Dynamic Mechanisms in Initiation Complexes and Initiation Regulation for Chromosome DNA Replication」(Organizer: Tsutomu Katayama)
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 大腸菌の複製開始タイミングを統括的に制御するDNA屈曲因子IHFの結合・解離を細胞周期に応じて制御する新規因子の探索2023

    • 著者名/発表者名
      加生和寿、伊藤孝輔、里村龍音、吉田瑞希、中薗 奨、片山 勉
    • 学会等名
      第96回 日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] A common mechanism and architecture of the dynamic nucleoprotein complex formed at the origin DNA2023

    • 著者名/発表者名
      尾崎省吾, 盧 楚元, 吉田竜星, 若杉 泰敬, 佐藤 翔平, 片山 勉
    • 学会等名
      第46回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 細菌の染色体DNA複製起点において複製ヘリカーゼを両方向に装着する分子機構の解析2023

    • 著者名/発表者名
      吉田竜星, 尾崎 省吾, 加生和寿, 片山 勉
    • 学会等名
      第46回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Precise regulation of replication initiation by timely binding and dissociation of the nucleoid protein IHF in Escherichia coli2023

    • 著者名/発表者名
      加生和寿, 伊藤孝輔, 里村龍音, 吉田瑞希, 中薗 奨, 中垣 渉, 片山 勉
    • 学会等名
      第46回日本分子生物学会年会 シンポジウム「Decoding the Universality of Cell Growth Principles in Microorganisms」(オーガナイザー:河野暢明、尾崎省吾)
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [備考] 九州大学大学院薬学研究院_分子生物薬学分野

    • URL

      http://bunsei.phar.kyushu-u.ac.jp

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [備考] 九州大学大学院薬学研究院_研究成果

    • URL

      https://www.phar.kyushu-u.ac.jp/research/view.php?S_Publ_Year=2023&word=&page=&B_Code=682

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [備考] 九州大学研究者情報_片山 勉

    • URL

      http://hyoka.ofc.kyushu-u.ac.jp/search/details/K001101/index.html

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書

URL: 

公開日: 2023-04-18   更新日: 2024-12-25  

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