• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 前のページに戻る

人種横断的大規模マルチオミクス研究が拓くCOVID-19重症化や後遺症の病態解明

研究課題

研究課題/領域番号 23K27608
補助金の研究課題番号 23H02917 (2023)
研究種目

基盤研究(B)

配分区分基金 (2024)
補助金 (2023)
応募区分一般
審査区分 小区分53030:呼吸器内科学関連
研究機関東京大学

研究代表者

中西 智子  東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 特別研究員 (70975359)

研究分担者 福永 興壱  慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 教授 (60327517)
岡田 随象  東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 教授 (70727411)
長谷川 嵩矩  東京医科歯科大学, M&Dデータ科学センター, 准教授 (80753756)
研究期間 (年度) 2023-04-01 – 2026-03-31
研究課題ステータス 交付 (2024年度)
配分額 *注記
18,980千円 (直接経費: 14,600千円、間接経費: 4,380千円)
2025年度: 5,850千円 (直接経費: 4,500千円、間接経費: 1,350千円)
2024年度: 4,810千円 (直接経費: 3,700千円、間接経費: 1,110千円)
2023年度: 8,320千円 (直接経費: 6,400千円、間接経費: 1,920千円)
キーワードCOVID-19 / RNAシークエンス
研究開始時の研究の概要

ワクチンや治療薬の開発によりCOVID-19重症化リスクは改善された一方で、入院患者や死亡者は未だ存在し、さらに感染が軽快した後の後遺症 (Long COVID)に悩む患者も増加し、COVID-19重症化やLong COVIDを抑制する新たな治療薬の開発の社会的要請は依然として高い。本研究は、 多施設共同研究を通じて集積した日本とカナダのCOVID-19患者を対象として、マルチオミクス解析を通じて人種横断的にCOVID-19重症化や後遺 症の病態生理を解明することを目指す。さらには、人種によらず普遍的に病態の根幹に関わる分子を同定することで新たな治療薬の開発を目指すものである。

研究実績の概要

2023年度は日本コロナウイルスタスクフォースコホートにおいて、約4000検体の血液検体のRNAシークエンスを追加発注した。この約4000検体RNAシークエンスデータに対して、リファレンスゲノムに対するマッピングやleafcutterを用いたalternative splicingの定量化を行なった。また、全ゲノムシークエンス10000検体についてGATKパイプラインを用いてマッピングからvariant callingまで完了し、joint callを開始した。

さらに、過去に実施した1000検体のRNAシークエンスデータに加えて、既存の全ゲノムシークエンスデータや一細胞RNAシークエンスデータのと統合解析を実施した。具体的には全ゲノムシークエンスデータをリファレンスとすることでRNA編集が起きている座位(RNA editing site)を明らかとし、編集量の定量化も行なった。そして、遺伝子発現量、splicing定量値、RNA編集量を形質としたQTL解析(QTL=Quantitative Trait Loci:量的形質遺伝子座)を行ない、新規の関連座位を同定した。

最後に、一細胞RNAシークエンスデータを統合し、RNA発現、splicing、RNA編集が起きている責任細胞腫の同定を目指した。そしてsplicingを含めたトランクリプト全長の理解を深めるため、120検体についてロングリードシークエンスを追加した。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

昨年度は予算の拡充もあり、大規模にシークエンス解析を実施することができた。

今後の研究の推進方策

今年度は、昨年度末に受領したロングリードシークエンスデータを解析し、ショートリードで得られたスプライシングからトランスクリプト全長のマッピングを実行する。さらにロングリードデータによってトランスクリプト全長リファレンスを作成し、ショートリードシークエンスをマッピングすることで、全長トランスクリプトによる発現量の定量化を実施する。

報告書

(1件)
  • 2023 実績報告書
  • 研究成果

    (12件)

すべて 2024 2023 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (9件) (うち国際共著 8件、 オープンアクセス 8件、 査読あり 6件) 図書 (1件)

  • [国際共同研究] McGill University(カナダ)

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [国際共同研究] ヘルシンキ大学(フィンランド)

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [雑誌論文] Sustained IFN signaling is associated with delayed development of SARS-CoV-2-specific immunity2024

    • 著者名/発表者名
      Brunet-Ratnasingham Elsa、Morin Sacha、Randolph Haley E.、Labrecque Marjorie、Blair Justin、Lima-Barbosa Raphal、Pagliuzza Amlie、Marchitto Lorie、Hultstrom Michael、Niessl Julia、Cloutier Rose、Sreng Flores Alina M.、Brassard Nathalie、…、Nakanishi Tomoko、… 、Barreiro Luis、Wolf Guy、Kaufmann Daniel E.
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 15 号: 1

    • DOI

      10.1038/s41467-024-48556-y

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [雑誌論文] Genome-wide Association Study of Long COVID2023

    • 著者名/発表者名
      Lammi Vilma、Nakanishi Tomoko、Jones Samuel E.、et al.
    • 雑誌名

      medRxiv

      巻: -

    • DOI

      10.1101/2023.06.29.23292056

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Alternative splicing in lung influences COVID-19 severity and respiratory diseases2023

    • 著者名/発表者名
      Nakanishi Tomoko、Willett Julian、Farjoun Yossi、Allen Richard J.、Guillen-Guio Beatriz、Adra Darin、Zhou Sirui、Richards J. Brent
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 14 号: 1

    • DOI

      10.1038/s41467-023-41912-4

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] A second update on mapping the human genetic architecture of COVID-192023

    • 著者名/発表者名
      The COVID-19 Host Genetics Initiative
    • 雑誌名

      Nature

      巻: 621 号: 7977 ページ: E7-E26

    • DOI

      10.1038/s41586-023-06355-3

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Aquaporin 3 modulates the risk of death conferred by dehydration in COVID-192023

    • 著者名/発表者名
      Marks Amanda、Butler-Laporte Guillaume、Yoshiji Satoshi、Lu Tianyuan、Morrison Dave、Nakanishi Tomoko、Chen Yiheng、Forgetta Vincenzo、Farjoun Joseph、Frithiof Robert、Lipcsey Mikl?s、Zeberg Hugo、Richards J. Brent、Hultstrom Michael
    • 雑誌名

      ResearchSquare

      巻: -

    • DOI

      10.21203/rs.3.rs-3011474/v1

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] HLA allele-calling using multi-ancestry whole-exome sequencing from the UK Biobank identifies 129 novel associations in 11 autoimmune diseases2023

    • 著者名/発表者名
      Butler-Laporte Guillaume、Farjoun Joseph、Nakanishi Tomoko、et al.
    • 雑誌名

      Communications Biology

      巻: 6 号: 1

    • DOI

      10.1038/s42003-023-05496-5

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Colocalization of expression transcripts with COVID-19 outcomes is rare across cell states, cell types and organs2023

    • 著者名/発表者名
      Willett Julian Daniel Sunday、Lu Tianyuan、Nakanishi Tomoko、Yoshiji Satoshi、Butler-Laporte Guillaume、Zhou Sirui、Farjoun Yossi、Richards J. Brent
    • 雑誌名

      Human Genetics

      巻: 142 号: 10 ページ: 1461-1476

    • DOI

      10.1007/s00439-023-02590-w

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Dose-dependent Association of Alcohol Consumption With Obesity and Type 2 Diabetes: Mendelian Randomization Analyses2023

    • 著者名/発表者名
      Lu Tianyuan、Nakanishi Tomoko、Yoshiji Satoshi、Butler-Laporte Guillaume、Greenwood Celia M T、Richards J Brent
    • 雑誌名

      The Journal of Clinical Endocrinology & Metabolism

      巻: 108 号: 12 ページ: 3320-3329

    • DOI

      10.1210/clinem/dgad324

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Circulating proteins to predict COVID-19 severity2023

    • 著者名/発表者名
      Su Chen-Yang、Zhou Sirui、Gonzalez-Kozlova Edgar、Butler-Laporte Guillaume、Brunet-Ratnasingham Elsa、Nakanishi Tomoko、et al.
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 13 号: 1

    • DOI

      10.1038/s41598-023-31850-y

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [図書] 医学のあゆみ2024

    • 著者名/発表者名
      岡田随象、中西智子
    • 総ページ数
      5
    • 出版者
      医歯薬出版
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書

URL: 

公開日: 2023-04-18   更新日: 2024-12-25  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi