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組合せ剛性工学の実現に向けた理論基盤構築

研究課題

研究課題/領域番号 23K28040
補助金の研究課題番号 23H03350 (2023)
研究種目

基盤研究(B)

配分区分基金 (2024)
補助金 (2023)
応募区分一般
審査区分 小区分60010:情報学基礎論関連
小区分60020:数理情報学関連
合同審査対象区分:小区分60010:情報学基礎論関連、小区分60020:数理情報学関連
研究機関兵庫県立大学

研究代表者

東川 雄哉  兵庫県立大学, 情報科学研究科, 教授 (20749486)

研究分担者 加藤 直樹  兵庫県立大学, 情報科学研究科, 教授 (40145826)
照山 順一  兵庫県立大学, 情報科学研究科, 准教授 (40709862)
堀山 貴史  北海道大学, 情報科学研究院, 教授 (60314530)
Sljoka Adnan  国立研究開発法人理化学研究所, 革新知能統合研究センター, 研究員 (60796233)
安田 修悟  兵庫県立大学, 情報科学研究科, 教授 (70456797)
小林 祐貴  大阪公立大学, 大学院工学研究科, 講師 (70756668)
研究期間 (年度) 2023-04-01 – 2027-03-31
研究課題ステータス 交付 (2024年度)
配分額 *注記
18,720千円 (直接経費: 14,400千円、間接経費: 4,320千円)
2026年度: 3,770千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 870千円)
2025年度: 4,810千円 (直接経費: 3,700千円、間接経費: 1,110千円)
2024年度: 4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2023年度: 5,720千円 (直接経費: 4,400千円、間接経費: 1,320千円)
キーワード組合せ剛性理論 / 計算幾何学 / アルゴリズム工学 / 分子構造の粗視化モデル / 建築デザインへの応用 / 計算幾何 / たんぱく質構造解析 / 分子動力学シミュレーション / 形態デザイン
研究開始時の研究の概要

組合せ剛性理論は,骨組構造やリンク機構などの離散的構造物における力学的性質を組合せ的側面から特徴づける理論であり,建築学・機械工学・生化学など様々な応用先が考えられる.一方,他分野への工学的応用に際しては,計算幾何学やアルゴリズム工学の視座から理論を統一的に整備・拡張することが重要な課題として挙げられる.本研究では,工学的応用の見地から新たなパラダイムとして組合せ剛性工学を提案し,その実現を目指す.本研究の目的は,組合せ剛性理論の枠組みにおいて,計算幾何学的アプローチとアルゴリズム工学的アプローチを融合させた理論の体系化を通して,組合せ剛性工学の実現に向けた理論基盤を構築することである.

研究実績の概要

本年度は以下の結果を得た.
(1)2次元極小剛グラフを一般化した(k,l)-tightグラフについて,最小重みグラフの持つ幾何的性質について明らかにした.特に,h-Gabrielグラフとの間に成立する包含関係を明らかにすることで,最小重み(k,l)-tightグラフを構成する効率的なアルゴリズムを開発した.さらに,極小剛平面グラフについても最小重みグラフの構成問題について検討し,凸包の内部点数が0,1,2,3点の限定された場合について,初の多項式時間アルゴリズムを提案した.以上の結果について,査読付き国際会議や国際学術誌への採録に向けて現在準備を進めている.
(2)たんぱく質のより正確な構造を得るために,得られている部分グラフの柔軟性を強化または減少させることが考えられる.たんぱく質の柔軟性について,従来,対応するグラフの中心性がその指標として用いられてきた.本研究では,提案した組合せ剛性理論に基づく指標が,中心性と比較してたんぱく質の柔軟性をはるかに正確に予測することを初めて示した.この結果について,国際学術誌への採録に向けて現在準備を進めている.
(3)単純な直鎖型ポリマーに対して,その分子構造の骨格を球状粒子と非線形バネによって表現した粗視化分子モデル(以下,KGモデル)を用いて,せん断流動下での直鎖ポリマーの熱伝導の非等方性について分子動力学シミュレーションによって調査し,その結果を物理系の国際学術誌Physical Review Eに投稿した.
(4)規則的に面を取り除いて平坦化可能な立体の作成について,斜方切頂立方八面体と正八角柱からなる空間充填立体が作成可能であることを明らかにした.研究成果について第35回折り紙の科学・数学・教育研究集会において発表し,成果に基づいて作成した模型をBridges 2023において展示発表した.

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

(1)~(4)のいずれの成果についても,当初の計画通り成果が得られており,本研究は順調に進展している.

今後の研究の推進方策

(1)昨年度の研究を進める中で,最小重み(k,l)-tightグラフの重みについて,最小全域木や最小ハミルトン閉路など基本的なグラフの重みに対する比がどれほど大きいか,という新しい視点を得たので,その解明に向けて研究を進める.また,最小重み極小剛平面グラフの構成問題についても,インスタンスに制限のない一般的な解決に向けて研究を進める.
(2)たんぱく質のより正確な構造を得るため,部分グラフにおける柔軟性を強化または減少させるアルゴリズムの開発を行う.
(3)これまでの予備的研究において,化学構造式からKGモデルを構築する方法について,これまでの慣用的な方法が,組合せ剛性理論によって,理論的に妥当な方法であることがわかってきた.今年度は,より複雑な形状をもつ液晶ポリマーに対してもKGモデルを適用することが妥当であるかどうかについて検証を行うとともに,液晶ポリマーに限らず水素結合なども有する複雑な分子構造を持つ高分子材料に対して,組合せ剛性理論を用いて粗視化分子モデルを構築する研究に取組む.
(4)平坦化可能な立体について,他の空間充填立体についても検討し,立体同士の接続関係の条件を明らかにする.さらに,得られた手法について,デジタルファブリケーション機材を活用して模型を作成することで,形態デザインへの有用性を示す.

報告書

(1件)
  • 2023 実績報告書
  • 研究成果

    (18件)

すべて 2024 2023 その他

すべて 国際共同研究 (6件) 雑誌論文 (3件) (うち国際共著 3件、 査読あり 3件) 学会発表 (9件) (うち国際学会 4件、 招待講演 1件)

  • [国際共同研究] University of South Carolina/University of Michigan/University of California San Diego(米国)

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [国際共同研究] Saarland University/Technical University of Berlin(ドイツ)

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [国際共同研究] University of Toronto/University of Montreal(カナダ)

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [国際共同研究] Charles University(チェコ)

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [国際共同研究] University of Ljubljana(スロベニア)

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [国際共同研究]

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [雑誌論文] A Note on the 2-Colored Rectilinear Crossing Number of Random Point Sets in the Unit Square2024

    • 著者名/発表者名
      Sergio Cabello, Eva Czabarka, Ruy Fabila Monroy, Yuya Higashikawa, Raimund Seidel, Laszlo Szekely, Josef Tkadlec, Alexandra Wesolek
    • 雑誌名

      Acta Mathematica Hungarica (採録決定済)

      巻: -

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Remote loop evolution reveals a complex biological function for chitinase enzymes beyond the active site2024

    • 著者名/発表者名
      Dan Kozome, Adnan Sljoka, Paola Laurino
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 15 号: 1

    • DOI

      10.1038/s41467-024-47588-8

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Mapping the conformational landscape of the stimulatory heterotrimeric G protein2023

    • 著者名/発表者名
      Shuya Kate Huang, Louis-Philippe Picard, Rima S M Rahmatullah, Aditya Pandey, Ned Van Eps, Roger K Sunahara, Oliver P Ernst, Adnan Sljoka, R Scott Prosser
    • 雑誌名

      Nature Structural & Molecular Biology

      巻: 30 号: 4 ページ: 502-511

    • DOI

      10.1038/s41594-023-00957-1

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [学会発表] Molecular dynamics study on the stress-thermal relation of polymer melts under shear flows2024

    • 著者名/発表者名
      Kotaro Oda and Shugo Yasuda
    • 学会等名
      APS March Meeting 2024
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Properties of Euclidean Minimum Weight (k,l)-Tight Graphs2023

    • 著者名/発表者名
      Hitomi Hayashi, Yuya Higashikawa, Naoki Katoh
    • 学会等名
      The 23rd Japan-Korea Joint Workshop on Algorithms and Computation
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Lower Bounds for the Thickness and the Total Number of Edge Crossings of Euclidean Minimum Weight Laman Graphs and (2,2)-Tight Graphs2023

    • 著者名/発表者名
      Yuki Kawakami, Shun Takahashi, Kazuhisa Seto, Takashi Horiyama, Yuki Kobayashi, Yuya Higashikawa, Naoki Katoh
    • 学会等名
      The 35th Canadian Conference on Computational Geometry
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 最小重み幾何的(k,l)-tightグラフの性質2023

    • 著者名/発表者名
      加藤直樹,林瞳,東川雄哉
    • 学会等名
      夏のLAシンポジウム
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 平面上の最小重み無交差 Laman グラフと関連する幾何的グラフについて2023

    • 著者名/発表者名
      河上悠輝,脊戸和寿,堀山貴史,小林祐貴,東川雄哉,加藤直樹
    • 学会等名
      夏のLAシンポジウム
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] The foldable structure that consists of octagonal prisms and truncated cuboctahedra2023

    • 著者名/発表者名
      Tomohiro Arimune, Yuki Kobayashi
    • 学会等名
      2023 Bridges Conference Art Exhibition
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 斜方切頂立方八面体と正八角柱からなる平坦折り畳み可能な立体2023

    • 著者名/発表者名
      有宗知寛,小林祐貴
    • 学会等名
      第35回折り紙の科学・数学・教育研究集会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 部材配置のばらつきを考慮した立方体グリッドへの斜材追加手法2023

    • 著者名/発表者名
      小林祐貴
    • 学会等名
      第46回情報・システム・利用・技術シンポジウム
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 45度系格子パターンにおける局所平坦折り可能な展開図の数え上げと ZDD による列挙2023

    • 著者名/発表者名
      堀山貴史
    • 学会等名
      折り紙の科学を基盤とするアート・数理および工学への応用IV
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演

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公開日: 2023-04-18   更新日: 2024-12-25  

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