過渡等速電気泳動による尿セルフリーDNAの高効率抽出と断片omics解析

• 研究課題/領域番号: 23K28457
• 補助金の研究課題番号: 23H03769 (2023)
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 基金 (2024); 補助金 (2023)
• 応募区分: 一般
• 審査区分: 小区分90130:医用システム関連; 小区分90140:医療技術評価学関連; 合同審査対象区分:小区分90130:医用システム関連、小区分90140:医療技術評価学関連
• 研究機関: 芝浦工業大学
• 研究代表者: 二井 信行 芝浦工業大学, 工学部, 教授 (10508378)
• 研究期間 (年度): 2023-04-01 – 2026-03-31
• 研究課題ステータス: 交付 (2024年度)
• 配分額: 18,980千円 (直接経費: 14,600千円、間接経費: 4,380千円); 2025年度: 3,380千円 (直接経費: 2,600千円、間接経費: 780千円); 2024年度: 4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円); 2023年度: 11,050千円 (直接経費: 8,500千円、間接経費: 2,550千円)
• キーワード: urine cell-free DNA / liquid biopsy / isotachophoresis / fragmentomics / リキッドバイオプシー / 等速電気泳動 / DNA断片化状態 / セルフリーDNA / オープンゲル電気泳動

研究開始時の研究の概要

ucfDNAの断片omics解析を目標として，過渡等速電気泳動(tITP)による短鎖で高収率のDNA抽出法，ならびに， 次世代シーケンシング(NGS)にてDNAの断片化状態を損なうことなく解読する方法を開発する．具体的には，申請者がこれまでに構築した過渡等速電気泳動(tITP)による体液からのcfDNA濃縮→分離→抽出技術をベースに，ucfDNAの高収率・短鎖選択的抽出（あるいは精製）技術を確立する．さらに，断片化の情報を残しうる複数のNGSライブラリ調製法を経て得られたucfDNAのシーケンシング結果を統合することで，感染症，とくに結核に特徴的なucfDNAの断片化状態を明らかにする．