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希少微生物を起源とする新規天然物の探索研究

研究課題

研究課題/領域番号 23KF0001
研究種目

特別研究員奨励費

配分区分基金
応募区分外国
審査区分 小区分47050:環境および天然医薬資源学関連
研究機関北海道大学

研究代表者

脇本 敏幸  北海道大学, 薬学研究院, 教授 (70363900)

研究分担者 LIU MIAOMIAO  北海道大学, 薬学研究院, 外国人特別研究員
研究期間 (年度) 2023-04-25 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
1,000千円 (直接経費: 1,000千円)
2023年度: 1,000千円 (直接経費: 1,000千円)
キーワード休眠遺伝子 / 生合成
研究開始時の研究の概要

通常の実験室培養条件によって得られてきた微生物種は、地球上のバイオマスのごく一部であるため、新たな培養方法を利用して微生物を収集することで、これまで代謝物探索が行われていない希少微生物株の取得が期待できる。さらに北海道大学大学院薬学研究院天然物化学研究室では、特定の細菌が産生する細胞外膜小胞を、異種細菌の培養条件に添加することで、休眠遺伝子に由来する天然物の生産を活性化できることを明らかにしている。そこで、本研究では希少微生物株を細胞外膜小胞を添加した培養条件でスクリーニングを行うことで、休眠状態にある天然物生合成遺伝子の活性化を試みる。

研究実績の概要

微生物から見出された生物活性天然物は抗生物質をはじめ、抗がん剤や免疫抑制剤などとして臨床上重要な医薬品として用いられている。とりわけ近年では薬剤耐性菌出現への対処として、新しい作用機序を有する新規抗生物質の開発が急務となっている。さらに、最近のゲノム配列解読技術の発展に伴い、微生物のゲノムにコードされる天然物生合成遺伝子が次々に明らかにされてきた。その過程で、微生物ゲノムに含まれる生合成遺伝子の数は、単離された天然物の数よりも数倍多いことが分かってきた。したがって、これら休眠遺伝子を活性化できれば未開拓な天然物が獲得できる。
実際に、これまでに国内外の研究者が様々な休眠遺伝子活性化方法を検討してきた。例えば、低濃度の抗生物質や異種細菌を特定の細菌培養液に添加することで、新規天然物の生産を誘導する例が報告されている。これらの知見は、同じ細菌種であっても、異なる培養条件では異なる天然物を生産できる可能性を示している。OSMAC (One Strain - Many Compounds)として知られている微生物の潜在的な天然物生産能を実験的に示した概念である。培養条件を工夫する方策はさまざまな手法が考えられるが、細菌が生息する本来の自然環境を模倣することで、休眠遺伝子を活性化できる可能性がある。そこで我々は細菌が放出する細胞外膜小胞(MVs)に着目した。多くの細菌が生産するMVsは海水など様々な環境中から検出されている。MVsはタンパク質、DNA断片や小分子化合物を内包する小胞で、細菌間相互作用の媒体として機能することが示唆されている。本研究では、OSMAC による新規天然物の取得を目指し、特にMVsを細菌培養液に添加して細菌間相互作用を模倣することで休眠遺伝子の活性化を試みた。その結果複数の新規天然物の検出に成功した。

報告書

(1件)
  • 2023 実績報告書
  • 研究成果

    (14件)

すべて 2024 2023 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (11件) (うち国際共著 3件、 査読あり 11件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (1件) (うち招待講演 1件) 備考 (1件)

  • [国際共同研究] Griffith University(オーストラリア)

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [雑誌論文] Five New Analogs of Streptogramin Antibiotic Viridogrisein Isolated from <i>Streptomyces niveoruber</i>2024

    • 著者名/発表者名
      Yoshimura Aya、Honda Takumi、Wakimoto Toshiyuki
    • 雑誌名

      CHEMICAL & PHARMACEUTICAL BULLETIN

      巻: 72 号: 1 ページ: 80-85

    • DOI

      10.1248/cpb.c23-00776

    • ISSN
      0009-2363, 1347-5223
    • 年月日
      2024-01-18
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Chemoenzymatic tandem cyclization for the facile synthesis of bicyclic peptides2024

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi Masakazu、Onozawa Naho、Matsuda Kenichi、Wakimoto Toshiyuki
    • 雑誌名

      Communications Chemistry

      巻: 7 号: 1 ページ: 67-67

    • DOI

      10.1038/s42004-024-01147-w

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] New variochelins from soil-isolated Variovorax sp. H0022024

    • 著者名/発表者名
      Haedar Jabal Rahmat、Yoshimura Aya、Wakimoto Toshiyuki
    • 雑誌名

      Beilstein Journal of Organic Chemistry

      巻: 20 ページ: 692-700

    • DOI

      10.3762/bjoc.20.63

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Bacterial Hydrazine Biosynthetic Pathways Featuring Cupin/Methionyl tRNA Synthetase‐like Enzymes2024

    • 著者名/発表者名
      Matsuda Kenichi、Wakimoto Toshiyuki
    • 雑誌名

      ChemBioChem

      巻: - 号: 9

    • DOI

      10.1002/cbic.202300874

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Phylogeny‐guided Characterization of Bacterial Hydrazine Biosynthesis Mediated by Cupin/methionyl tRNA Synthetase‐like Enzymes2024

    • 著者名/発表者名
      Matsuda Kenichi、Nakahara Yuto、Choirunnisa Atina Rizkiya、Arima Kuga、Wakimoto Toshiyuki
    • 雑誌名

      ChemBioChem

      巻: 25 号: 7

    • DOI

      10.1002/cbic.202300838

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Actinobacterial chalkophores: the biosynthesis of hazimycins2024

    • 著者名/発表者名
      Matsuda Kenichi、Maruyama Hiroto、Imachi Kumiko、Ikeda Haruo、Wakimoto Toshiyuki
    • 雑誌名

      The Journal of Antibiotics

      巻: - 号: 4 ページ: 228-237

    • DOI

      10.1038/s41429-024-00706-6

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 細胞外膜小胞を介した異種細菌間相互作用による二次代謝産物の生産誘導2024

    • 著者名/発表者名
      吉村彩、脇本敏幸
    • 雑誌名

      バイオサイエンスとインダストリー

      巻: 82

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Animal-associated marine Acidobacteria with a rich natural-product repertoire2023

    • 著者名/発表者名
      Leopold-Messer Stefan、Chepkirui Clara、Mabesoone Mathijs F.J.、Meyer Joshua、Paoli Lucas、Sunagawa Shinichi、Uria Agustinus R.、Wakimoto Toshiyuki、Piel Joern
    • 雑誌名

      Chem (Cell Press journal)

      巻: 9 号: 12 ページ: 3696-3713

    • DOI

      10.1016/j.chempr.2023.11.003

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Membrane‐Vesicle‐Mediated Interbacterial Communication Activates Silent Secondary Metabolite Production2023

    • 著者名/発表者名
      Yoshimura Aya、Saeki Rio、Nakada Ryusuke、Tomimoto Shota、Jomori Takahiro、Suganuma Keisuke、Wakimoto Toshiyuki
    • 雑誌名

      Angewandte Chemie International Edition

      巻: 62 号: 42 ページ: 1-9

    • DOI

      10.1002/anie.202307304

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Carrier Protein Mediated Formation of the Dihydropyridazinone Ring in Actinopyridazinone Biosynthesis2023

    • 著者名/発表者名
      Arima Kuga、Akiyama Satoko、Shin‐ya Kazuo、Matsuda Kenichi、Wakimoto Toshiyuki
    • 雑誌名

      Angewandte Chemie International Edition

      巻: 62 号: 29

    • DOI

      10.1002/anie.202305155

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] ペニシリン結合タンパク質型チオエステラーゼを用いた環状ペプチドの効率的な化学-酵素合成2023

    • 著者名/発表者名
      松田研一、脇本敏幸
    • 雑誌名

      Peptide Newsletter Japan

      巻: 129 ページ: 4-7

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 新規ペプチド修飾酵素の機能拡張による大環状複雑骨格の創成2024

    • 著者名/発表者名
      脇本敏幸
    • 学会等名
      「予知生合成科学」第3回公開シンポジウム
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [備考] 北海道大学大学院薬学研究院天然物化学研究室

    • URL

      https://www.pharm.hokudai.ac.jp/tennen/

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書

URL: 

公開日: 2023-04-26   更新日: 2024-12-25  

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