研究課題/領域番号 |
23KF0048
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研究種目 |
特別研究員奨励費
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配分区分 | 基金 |
応募区分 | 外国 |
審査区分 |
小区分56040:産婦人科学関連
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研究機関 | 京都大学 |
研究代表者 |
沖 真弥 京都大学, 医学研究科, 特定准教授 (90452713)
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研究分担者 |
ZOU ZHAONAN 京都大学, 医学研究科, 外国人特別研究員
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研究期間 (年度) |
2023-04-25 – 2025-03-31
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研究課題ステータス |
中途終了 (2023年度)
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配分額 *注記 |
2,400千円 (直接経費: 2,400千円)
2024年度: 1,200千円 (直接経費: 1,200千円)
2023年度: 1,200千円 (直接経費: 1,200千円)
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キーワード | 環境因子 / エピゲノム / 転写制御機構 |
研究開始時の研究の概要 |
古くからの疫学調査により、妊娠中の環境変化が先天異常を惹起することが知られていたが、異常の端緒となる細胞タイプについての理解は不十分である。その謎に迫るために本研究では、受入研究室の最先端のPIC技術により、いくつかの候補ROIに対し局所的かつ高深度なオミクスプロファイリングを行う。さらに、候補者が開発したChIP-Atlasを用いて、得られたROI特異的な環境因子応答性遺伝子とエンハンサーをまとめて制御する転写因子を推定する。これにより、環境要因によるエピゲノムランドスケープの変容と、それによる転写因子結合の変化を理解し、さらに遺伝子発現の変動や形態異常に至る一連のプロセスを解明する。
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研究実績の概要 |
環境因子や薬物の作用機序を探索するために、公共ChIP-seqビッグデータを駆使し、薬物摂動トランスクリプトームを入力とする転写因子結合プロファイリング法が開発された(DEG-ChIPEA)。これによる推定精度を改善するため、本研究ではエピゲノムデータ(ATAC-seq)と 30 万件以上の公開ChIP-seqデータを組み合わせた統合解析手法(DAR-ChIPEA)を構築した。AUROC score を利用した精度評価により、環境汚染物質曝露に応答しアクセシビリティが変動するエンハンサーをまとめて制御する転写因子の同定における提案手法の有効性を確認した(DEG-ChIPEA, 0.70; DAR-ChIPEA, 0.73; p < 0.001)。
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現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
環境汚染物質曝露に応答しアクセシビリティが変動するエンハンサーをまとめて制御する転写因子の同定手法を開発した。
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今後の研究の推進方策 |
当初の計画通り、化合物を添加した培地を用いた全胚培養実験を進めていく。
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