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東ユーラシア人類集団形成とビタミンDの役割に関する集団ゲノム学研究

研究課題

研究課題/領域番号 23KF0206
研究種目

特別研究員奨励費

配分区分基金
応募区分外国
審査区分 小区分45050:自然人類学関連
研究機関東京大学

研究代表者

太田 博樹  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (40401228)

研究分担者 ABOOD STEVEN  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 外国人特別研究員
研究期間 (年度) 2023-11-15 – 2026-03-31
研究課題ステータス 交付 (2023年度)
配分額 *注記
2,000千円 (直接経費: 2,000千円)
2025年度: 700千円 (直接経費: 700千円)
2024年度: 600千円 (直接経費: 600千円)
2023年度: 700千円 (直接経費: 700千円)
キーワードビタミンD / ホモ・サピエンス / 拡散 / 正の自然選択 / 東アジア大陸 / 縄文人 / 遺伝的多型 / 表現型
研究開始時の研究の概要

現生人類(ホモ・サピエンス)は約6万年前にアフリカ大陸からユーラシア大陸へ拡散し、約5万年前までに東南アジアへ到達した。その後、ユーラシア大陸の東端を北上し、約4万年前には北京近郊まで到達していた。日本列島からは約3.8万年前の石器が見つかっており、かなり急速に高緯度に適応する必要があった。このため、生体におけるビタミンDの合成にかかせない紫外線を浴びる量が変化し、これに適応する必要があったと考えられる。その適応方法として、遺伝的適応と摂食物による適応の大きく2つが考えられる。本研究では、現代人および古代人のゲノム解析および分子細胞実験を通じて、この適応の謎に挑戦する。

研究実績の概要

東アジア人とビタミンDとの関係、特に縄文人の環境適応について明らかにする。ヒトにおいて、ビタミンDは太陽光を浴びることにより合成される。しかし、日光を浴びる量は緯度(日照条件)に左右される。ホモ・サピエンスは約15万年前にアフリカで誕生し、約6万年前にアフリカ大陸からユーラシア大陸へ広がった。この際、それまでの生活環境よりも高緯度地域への適応が必要であった。私たちの古代ゲノム研究の成果は、縄文人はアフリカから出発したサピエンスが、少なくとも4万年以上前に東南アジアにまでたどいりついた非常に古い系統の子孫であることを明らかにした。縄文人の祖先は、その後、東ユーラシア大陸を北上し、日本列島へたどり着いたと考えられる。この行程で日照条件の変化は、彼らの生理に大きく影響したはずである。本研究では、縄文人のゲノム解析を進め、ビタミンDをめぐるサピエンスの適応戦略を明らかにすることを目的とする。

当該の外国人特別研究員であるSteven Aboodは、国際DNAデータベースおよび文献(原著論文)を検索し、東アジア人に正の自然選択がはたらいた遺伝子の遺伝的多型および関連する表現型のうち、代謝経路などにおいてビタミンDとなんらかの関連がある10~20座位を抽出し、リスト化した。これらの中にはアミノ酸置換を引き起こす可能性のある変異、遺伝子発現レベルを変化させる可能性のある変異が含まれる。2023年度は、この検索作業をおこない、さらにこれらビタミンDと関連する東アジア人の形質について、総説論文の原稿を執筆した。現在、この原稿の推敲中である。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

3: やや遅れている

理由

当初の計画では、上記のようにビタミンDと関連する遺伝子を含むゲノム領域の連鎖不平衡を分析し、東ユーラシア人におけるビタミンD合成と中心とした環境適応に関するデータを整理する予定であった。しかし、Dr Steven Aboodは分子生物学および細胞生物学の実験研究者としてのキャリアはあるものの、本研究室で標準的におこなっているコンピュータ・データ解析や集団遺伝学の経験や知識は浅く、そのトレーニングが必要であった。このため、現在までの進捗状況としては、計画よりやや遅れている。

今後の研究の推進方策

集団ゲノム解析にもとづき、ビタミンD合成に関して縄文人をふくむ東アジア人がいかなる適応を果たしてきたのか(あるいは適応が不十分だったのか)を分析する。縄文人は、東ユーラシア大陸の非常に古い系統の直接の子孫と考えられ、しかも、東南アジアから数万年の間に日本列島へ移住し、1万年以上大陸の集団とは孤立して生きてきた人々である。もし、ビタミンD合成について、遺伝的適応を果たせていなかったとすれば、食物からの摂取が重要であったはずであり、縄文人の摂食行動も含めた適応戦略について分析する。

報告書

(1件)
  • 2023 実施状況報告書
  • 研究成果

    (10件)

すべて 2024 2023

すべて 雑誌論文 (3件) (うち国際共著 1件、 査読あり 3件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (5件) (うち国際学会 1件、 招待講演 5件) 図書 (2件)

  • [雑誌論文] Metagenomic analyses of 7000 to 5500 years old coprolites excavated from the Torihama shell-mound site in the Japanese archipelago2024

    • 著者名/発表者名
      Nishimura, L., Tanino, A., Ajimoto, M., Katsumura, T., Ogawa, M., Koganebuchi, K., Waku, D., Kumagai, M., Sugimoto, R., Nakaoka, H., Oota, H., & Inoue, I.
    • 雑誌名

      PloS one

      巻: 19(1) 号: 1 ページ: e0295924-e0295924

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0295924

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Endocrine, inflammatory and immune responses and individual differences in acute hypobaric hypoxia in lowlanders2023

    • 著者名/発表者名
      Nishimura Takayuki、Motoi Midori、Toyoshima Hideo、Kishida Fumi、Shin Sora、Katsumura Takafumi、Nakayama Kazuhiro、Oota Hiroki、Higuchi Shigekazu、Watanuki Shigeki、Maeda Takafumi
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 13 号: 1 ページ: 12659-12659

    • DOI

      10.1038/s41598-023-39894-w

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Infectious diseases may have arrested the southward advance of microblades in Upper Palaeolithic East Asia2023

    • 著者名/発表者名
      Aoki Kenichi、Takahata Naoyuki、Oota Hiroki、Wakano Joe Yuichiro、Feldman Marcus W.
    • 雑誌名

      Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences

      巻: 290 号: 2005 ページ: 20231262-20231262

    • DOI

      10.1098/rspb.2023.1262

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] eopling History of East Eurasians and Kinship in the Neolithic Japanese Archipelago Based on Paleogenomics2023

    • 著者名/発表者名
      Hiroki Oota
    • 学会等名
      Genes, genomes and identities: Japan in national and transnational perspectives
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 古代ゲノムから見た日本列島の現生人類2023

    • 著者名/発表者名
      太田博樹
    • 学会等名
      日本学術会議公開シンポジウム 「最終氷期以降の日本列島の気候・環境変動と人類の応答」
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 古代ゲノム学の歴史と今後の展開2023

    • 著者名/発表者名
      太田博樹
    • 学会等名
      第4回 木村資生記念 進化学セミナー
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ヒト進化と脳の謎 なぜネアンデルタール人のゲノムを調べるの?2023

    • 著者名/発表者名
      太田博樹
    • 学会等名
      早稲田大学人間科学学術院 生命科学系シンポジウム「脳の不思議と人間の進化」
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ゲノム研究から明らかになった人類進化2023

    • 著者名/発表者名
      太田博樹
    • 学会等名
      第39回国際生物学賞記念講演会「─ バイオインフォマティクスとゲノム研究から見えてきた生き物の不思議 ─」
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [図書] ゲノムでたどる古代の日本列島2023

    • 著者名/発表者名
      斎藤成也、山田康弘、太田博樹、他
    • 総ページ数
      287
    • 出版者
      東京書籍
    • ISBN
      4487816610
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [図書] 古代ゲノムからみたサピエンス史2023

    • 著者名/発表者名
      太田博樹
    • 総ページ数
      255
    • 出版者
      吉川弘文館
    • ISBN
      4642059652
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書

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公開日: 2023-11-17   更新日: 2024-12-25  

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