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クロマチンの動きから、DNA複製タイミングを理解する。

研究課題

研究課題/領域番号 23KJ0998
研究種目

特別研究員奨励費

配分区分基金
応募区分国内
審査区分 小区分43010:分子生物学関連
研究機関総合研究大学院大学

研究代表者

南 克彦  総合研究大学院大学, 生命科学研究科, 特別研究員(DC2)

研究期間 (年度) 2023-04-25 – 2025-03-31
研究課題ステータス 交付 (2023年度)
配分額 *注記
1,800千円 (直接経費: 1,800千円)
2024年度: 900千円 (直接経費: 900千円)
2023年度: 900千円 (直接経費: 900千円)
キーワードクロマチン / DNA複製 / 超解像蛍光顕微鏡
研究開始時の研究の概要

真核細胞の染色体複製には順序があり、細胞周期S期の前期にはユークロマチンが、後期にはヘテロクロマチンが複製される。細胞周期ごとに正確に再現する順序は、分子レベルでどのように決定されているのだろうか?
本研究では、ゲノム複製タイミングの背後に存在するクロマチンの物理的性質を解明し、それがどのように複製タイミング決定に作用しているか明らかにする。

研究実績の概要

真核細胞の染色体複製には順序があり、細胞周期S期の前期にはユークロマチンが、後期にはヘテロクロマチンが複製される。細胞周期ごとに正確に再現する順序は、分子レベルでどのように決定されているのだろうか?
研究代表者らは、細胞周期S期の特定タイミングで複製されたクロマチンを特異的に蛍光標識する手法(Repli-Histo標識)を確立した。Repli-Histo標識を、受入研究室の有する単一ヌクレオソームイメージングと組み合わせ、DNA複製タイミングが早いクロマチンほど局所的揺らぎが大きいことを見出している。本研究では、ゲノム複製タイミングの背後に存在するクロマチンの物理的性質を解明し、それがどのように複製タイミング決定に作用しているか明らかにする。

2023年度は、採用前の予備実験に引き続き、生きた細胞でクロマチン動態と複製タイミングの相関を解析した。計画当初の予想通り、複製タイミングが早いクロマチンほど局所的揺らぎが大きいことを見出した。さらに、この相関が普遍的に見られる現象であるか検証するため、複数種の哺乳類細胞でRepli-Histo標識を実施した。各細胞でヌクレオソームの動きを観察したところ、細胞種によらず同様の結果が再現することが明らかになった。
また、ヌクレオソームの動きを細胞周期の様々なポイントで観察したところ、複製タイミングとヌクレオソームの動きの相関は、DNA複製が生じる前後にかかわらず間期(G1期・G2期)を通じて維持されていることが明らかになった。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

1: 当初の計画以上に進展している

理由

Repli-Histo標識を複数の細胞種で確立したほか、これを用いて上述の通り計画当初の想定を上回る研究成果が得られた。以上の成果は国際学会での口頭発表2件を含む具体的な成果として発表した。

今後の研究の推進方策

クロマチンの揺らぎは、クロマチンのアクセシビリティと関連している。したがって、複製タイミングとクロマチン動態の相関は、アクセシビリティが複製タイミング決定の根幹であることを示唆する。2024年度では、これらの事象の因果関係を探索する。

報告書

(1件)
  • 2023 実施状況報告書
  • 研究成果

    (9件)

すべて 2024 2023 その他

すべて 雑誌論文 (2件) (うち国際共著 1件、 査読あり 2件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (6件) (うち国際学会 2件、 招待講演 2件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Chromatin organization and behavior in HRAS-transformed mouse fibroblasts2024

    • 著者名/発表者名
      A. Otsuka, K. Minami, K. Higashi, A. Kawaguchi, S. Tamura, S. Ide, M.J. Hendzel, K. Kurokawa, and K. Maeshima
    • 雑誌名

      Chromosoma

      巻: - 号: 2 ページ: 14-14

    • DOI

      10.1007/s00412-024-00817-x

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Behaviors of nucleosomes with mutant histone H4s in euchromatic domains of living human cells2024

    • 著者名/発表者名
      A. Semeigazin, S. Iida, K. Minami, S. Tamura, S. Ide, K. Higashi, A. Toyoda, K. Kurokawa, and K. Maeshima
    • 雑誌名

      Histochemistry and Cell Biology

      巻: - 号: 1-2 ページ: 23-40

    • DOI

      10.1007/s00418-024-02293-x

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Replication-dependent histone (Repli-Histo) labeling specifically visualizes physical properties of euchromatin/heterochromatin in living human cells2024

    • 著者名/発表者名
      南克彦, 井手聖, 田村佐知子, 前島一博
    • 学会等名
      第6回 ゲノム生物物理学セミナー
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Replication-dependent histone (Repli-Histo) labeling specifically visualizes physical properties of euchromatin/heterochromatin in living human cells2024

    • 著者名/発表者名
      南克彦, 井手聖, 田村佐知子, 前島一博
    • 学会等名
      ゲノムモダリティ若手の会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] Replication-dependent histone (Repli-Histo) labeling specifically visualizes physical properties of euchromatin/heterochromatin in living human cells2024

    • 著者名/発表者名
      南克彦, 井手聖, 田村佐知子, 前島一博
    • 学会等名
      理研シンポジウム 細胞核の構造と機能
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] Replication-dependent histone (Repli-Histo) labeling revealed that chromatin motion can determine DNA replication timing2023

    • 著者名/発表者名
      南克彦, 井手聖, 田村佐知子, 鐘巻将人, 前島一博
    • 学会等名
      第61回 日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Replication-dependent histone (Repli-Histo) labeling revealed that a genome-wide landscape of local nucleosome motion can determine DNA replication timing2023

    • 著者名/発表者名
      K. Minami, S. Ide, S. Tamura, M.T. Kanemaki, K. Maeshima
    • 学会等名
      Cold Spring Harbor Laboratory Meeting - Eukaryotic DNA Replication & Genome Maintenance
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Replication-dependent histone (Repli-Histo) labeling specifically visualizes physical properties of euchromatin/heterochromatin in living human cells2023

    • 著者名/発表者名
      K. Minami, S. Ide, S. Tamura, K. Maeshima
    • 学会等名
      Cell Bio 2023-An ASCB/EMBO Meeting
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [備考] 変異型HRAS形質転換細胞ではクロマチンが凝縮している

    • URL

      https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2024/02/research-highlights_ja/rh20240224.html

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書

URL: 

公開日: 2023-04-26   更新日: 2024-12-25  

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