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SARS CoV-2 DNAおよびRNAの検出のためのRPA試薬の凍結乾燥

研究課題

研究課題/領域番号 23KJ1201
研究種目

特別研究員奨励費

配分区分基金
応募区分国内
審査区分 小区分38030:応用生物化学関連
研究機関京都大学

研究代表者

Juma Kevin  京都大学, 農学研究科, 特別研究員(DC2)

研究期間 (年度) 2023-04-25 – 2024-03-31
研究課題ステータス 中途終了 (2023年度)
配分額 *注記
1,800千円 (直接経費: 1,800千円)
2024年度: 900千円 (直接経費: 900千円)
2023年度: 900千円 (直接経費: 900千円)
キーワードDNA amplification / Thermostable enzyme / Lyophilization / Pyruvate kinase
研究開始時の研究の概要

In this study, recombinant enzymes used in RPA for detection of SARS-CoV-2 DNA and RNA and other pathogens will be prepared. Glycerol will be removed from the RPA enzyme solutions and lyophilized. Optimization of lyophilized reagents including trehalose concentrations will be performed. Storage conditions and sensitivity of lyophilized reagents will be evaluated. Finally, a field survey will be carried out in Kenya.

研究実績の概要

My research focused on establishing an isothermal recombinase polymerase amplification (RPA), a method conducted at around 41°C, utilizing recombinase, single-stranded DNA binding protein, strand-displacing DNA polymerase, and an ATP regenerating enzyme. I engineered a pyruvate kinase (Tma-PK) from thermophilic bacterium Thermotoga maritima as the ATP regenerating enzyme in RPA. I successfully optimized lyophilization conditions for RPA. The lyophilized RPA reagents remained stable for over 28 days at room temperature. RPA reagents containing Tma-PK exhibited superior performance to those with human PK suggesting that thermostable enzymes are preferable to mesophilic ones in RPA. I disseminated these findings in two domestic conferences and published two peer-reviewed articles.

報告書

(1件)
  • 2023 実績報告書
  • 研究成果

    (5件)

すべて 2024 2023

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件) 学会発表 (2件) 学会・シンポジウム開催 (1件)

  • [雑誌論文] Achieving unprecedented stability in lyophilized recombinase polymerase amplification with thermostable pyruvate kinase from Thermotoga maritima2024

    • 著者名/発表者名
      Juma Kevin Maafu、Murakami Yuto、Morimoto Kenta、Takita Teisuke、Kojima Kenji、Suzuki Koichiro、Yanagihara Itaru、Ikuta Soichiro、Fujiwara Shinsuke、Yasukawa Kiyoshi
    • 雑誌名

      Journal of Bioscience and Bioengineering

      巻: S1389-1723 号: 1 ページ: 112-119

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2024.04.003

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Recombinase polymerase amplification using novel thermostable strand-displacing DNA polymerases from Aeribacillus pallidus and Geobacillus zalihae2023

    • 著者名/発表者名
      Juma Kevin Maafu、Inoue Eisuke、Asada Kengo、Fukuda Wakao、Morimoto Kenta、Yamagata Masaya、Takita Teisuke、Kojima Kenji、Suzuki Koichiro、Nakura Yukiko、Yanagihara Itaru、Fujiwara Shinsuke、Yasukawa Kiyoshi
    • 雑誌名

      Journal of Bioscience and Bioengineering

      巻: 135 号: 4 ページ: 282-290

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2023.01.009

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Recombinase polymerase amplification using novel thermostable strand-displacing DNA polymerases from Aeribacillus pallidus and Geobacillus zalihae2023

    • 著者名/発表者名
      Juma Kevin Maafu、Inoue Eisuke、Asada Kengo、Fukuda Wakao、Morimoto Kenta、Yamagata Masaya、Takita Teisuke、Kojima Kenji、Suzuki Koichiro、Nakura Yukiko、Yanagihara Itaru、Fujiwara Shinsuke、Yasukawa Kiyoshi
    • 学会等名
      The 96th Annual Meeting of the Japanese Biochemical Society, JBS2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Recombinase polymerase amplification using novel thermostable strand-displacing DNA polymerases from Aeribacillus pallidus and Geobacillus zalihae2023

    • 著者名/発表者名
      Juma Kevin Maafu、Inoue Eisuke、Asada Kengo、Fukuda Wakao、Morimoto Kenta、Yamagata Masaya、Takita Teisuke、Kojima Kenji、Suzuki Koichiro、Nakura Yukiko、Yanagihara Itaru、Fujiwara Shinsuke、Yasukawa Kiyoshi
    • 学会等名
      100th Anniversary International Conference of Faculty/Graduate School of Agriculture, Kyoto University
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会・シンポジウム開催] 100th Anniversary International Conference of Faculty/Graduate School of Agriculture, Kyoto University2023

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書

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公開日: 2023-04-26   更新日: 2024-12-25  

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