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分泌経路におけるメゾスケール構造体プロファイリングの開拓

研究課題

研究課題/領域番号 23KK0105
研究種目

国際共同研究加速基金(海外連携研究)

配分区分基金
審査区分 中区分37:生体分子化学およびその関連分野
研究機関東北大学

研究代表者

奥村 正樹  東北大学, 学際科学フロンティア研究所, 准教授 (50635810)

研究分担者 横山 武司  東北大学, 生命科学研究科, 助教 (20719447)
村岡 貴博  東京農工大学, 工学(系)研究科(研究院), 教授 (70509132)
松崎 元紀  徳島大学, 先端酵素学研究所, 助教 (90817040)
研究期間 (年度) 2023-09-08 – 2026-03-31
研究課題ステータス 交付 (2023年度)
配分額 *注記
21,060千円 (直接経費: 16,200千円、間接経費: 4,860千円)
2025年度: 4,810千円 (直接経費: 3,700千円、間接経費: 1,110千円)
2024年度: 9,100千円 (直接経費: 7,000千円、間接経費: 2,100千円)
2023年度: 7,150千円 (直接経費: 5,500千円、間接経費: 1,650千円)
キーワードセクレトーム解析 / 分泌経路 / メゾスケール構造体 / 蛋白質品質管理
研究開始時の研究の概要

細胞内小器官の間の物質輸送において、メゾスケール構造体の輸送異常が沖縄型神経原性筋萎縮症や癌などの疾患に関わることから、これら治療・予防における作用点として注目されるが、その作用機序の理解の欠如が研究を遅延させている。本課題では、リボソームから小胞体内メゾスケール構造体研究、小胞体から輸送小胞内のメゾスケール構造体研究について、セクレトーム解析技術、トモグラフィー法による細胞内構造解析技術、小胞体内メゾスケール構造体の検出技術を有機的に連携させ、メゾスケール構造体プロファイリングを開拓し、新技術基盤を整備する。

研究実績の概要

本課題では国内外の研究らとコンソーシアムを構築し、分泌経路におけるメゾスケール構造体プロファイリングとして、セクレトーム解析、細胞内構造解析、高感度検出法の開拓を目指している。分泌経路におけるメゾスケール構造体の輸送メカニズムを明らかにすることを目指し、安定なメゾスケール構造体のセクレトーム解析のためのプローブツール分子の開発を行った。細胞内構造解析に関して、細胞内でリボソームがどのように小胞体に新生ペプチドを導入するか、メゾスケールのリボソームのネイティブな構造取得を目指している。東北大学に細胞内のメゾスケール構造体を観察するために必要な、クライオFIB-SEMが導入された。この装置を用いて、細胞を切削しリボソームを観察するための技術基盤の確立を進めた。本装置の稼働は2023年度からであり、現在リボソーム以外のメゾスケール構造体の測定の可能性の有無を検証も進めている。クライオFIB-SEM後の、クライオトモグラフィー解析は海外の連携研究者との意見交換を行っており、装置稼働にあわせて2024年度以降海外での技術講習を検討している。高感度検出法の開拓に関して、小胞体内への新生ペプチド挿入後に起きるストレスセンサー分子のメゾスケール構造体形成と解離が関与するタンパク質品質管理について、改良型電気泳動法による分析技術を確立し、データ蓄積を進めた。本年度は、高感度検出法の開拓に関し米国カリフォルニア大学サンフランシスコ校との共同研究を進めた。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

分泌経路におけるメゾスケール構造体プロファイリングにおける3つのアプローチに対し、各専門性を活かしながらも、定期的にメゾスケール構造体解析の進捗に関し意見交換するだけでなく、国外の研究者らとも連携を図っており、相乗的に研究が進んでいる。当該年度は、1名米国カリフォルニア大学サンフランシスコ校に滞在し、メゾスケール構造体の高感度検出法を改良した。以上の理由により、順調に進んでいると判断できる。

今後の研究の推進方策

本国際共同研究コンソーシアムにおいては、分泌経路におけるメゾスケール構造体プロファイリングとして、セクレトーム解析、細胞内構造解析、高感度検出法の開拓を目指している。セクレトーム解析において、今後開発したプローブツール分子を小胞体へ適用し、メゾスケール構造体の解析と機能制御へ展開する。制御メカニズムを明らかにし、細胞内での理解へと拡げる。細胞内構造解析に関し、今後FIB-SEM装置を利用して、細胞の切削を行い、小胞体表面に局在するリボソームの構造解析を行っていく。FIB-SEMだけでなく、精製ミクロソームを用いた構造解析、さらには薄い細胞を用いて細胞内のリボソームをよりダイレクトに観察することが出来るように、試料調製の最適化を行う。メゾスケール構造体の高感度検出法の開拓に関し、小胞体内メゾスケール構造体について理解が進んだため、そのメゾスケール構造体とコラーゲンの相互作用に着目した分析を進める。具体的には、これまで困難だったコラーゲンの生化学的分析に関して、電気泳動法のさらなる改良によって簡便化を図り、ストレスセンサー分子との相互作用解析に取り組む。

報告書

(1件)
  • 2023 実施状況報告書
  • 研究成果

    (27件)

すべて 2024 2023 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (8件) (うち国際共著 4件、 査読あり 7件、 オープンアクセス 8件) 学会発表 (15件) (うち国際学会 1件、 招待講演 9件) 図書 (1件) 備考 (1件)

  • [国際共同研究] カリフォルニア大学サンフランシスコ校/ケース・ウェスタン・リザーブ大学(米国)

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [国際共同研究] Korea Basic Science Institute(韓国)

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Direct visualization of ribosomes in the cell-free system revealed the functional evolution of aminoglycoside2024

    • 著者名/発表者名
      Tomono Junta、Asano Kosuke、Chiashi Takuma、Suzuki Masato、Igarashi Masayuki、Takahashi Yoshiaki、Tanaka Yoshikazu、Yokoyama Takeshi
    • 雑誌名

      The Journal of Biochemistry

      巻: in press 号: 6 ページ: 587-598

    • DOI

      10.1093/jb/mvae002

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Boric acid intercepts 80S ribosome migration from AUG-stop by stabilizing eRF12024

    • 著者名/発表者名
      Tanaka Mayuki、Yokoyama Takeshi、Saito Hironori、Nishimoto Madoka、Tsuda Kengo、Sotta Naoyuki、Shigematsu Hideki、Shirouzu Mikako、Iwasaki Shintaro、Ito Takuhiro、Fujiwara Toru
    • 雑誌名

      Nature Chemical Biology

      巻: in press 号: 5 ページ: 0-0

    • DOI

      10.1038/s41589-023-01513-0

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structural insights into the decoding capability of isoleucine tRNAs with lysidine and agmatidine2024

    • 著者名/発表者名
      Naho Akiyama, Kensuke Ishiguro, Takeshi Yokoyama, Kenjyo Miyauchi, Asuteka Nagao, Mikako Shirouzu, Tsutomu Suzuki
    • 雑誌名

      Nature Structural & Molecular Biology

      巻: - 号: 5 ページ: 817-825

    • DOI

      10.1038/s41594-024-01238-1

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Enzymatic and synthetic regulation of polypeptide folding2024

    • 著者名/発表者名
      Muraoka Takahiro、Okumura Masaki、Saio Tomohide
    • 雑誌名

      Chemical Science

      巻: 15 号: 7 ページ: 2282-2299

    • DOI

      10.1039/d3sc05781j

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Client recognition differences between PDI and ERp46 to guide oxidative folding2024

    • 著者名/発表者名
      Saio Tomohide、Ishii Kotone、Matsusaki Motonori、Kumeta Hiroyuki、Kanemura Shingo、Okumura Masaki
    • 雑誌名

      bioRxiv

      巻: 2024.03.04 ページ: 583432-583432

    • DOI

      10.1101/2024.03.04.583432

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Glycosylated queuosines in tRNAs optimize translational rate and post-embryonic growth2023

    • 著者名/発表者名
      Zhao Xuewei、Ma Ding、Ishiguro Kensuke、Saito Hironori、Akichika Shinichiro、Matsuzawa Ikuya、Mito Mari、Irie Toru、Ishibashi Kota、Wakabayashi Kimi、Sakaguchi Yuriko、Yokoyama Takeshi、Mishima Yuichiro、Shirouzu Mikako、Iwasaki Shintaro、Suzuki Takeo、Suzuki Tsutomu
    • 雑誌名

      Cell

      巻: 186 号: 25 ページ: 5517-5535.e24

    • DOI

      10.1016/j.cell.2023.10.026

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Diselenide-bond replacement of the external disulfide bond of insulin increases its oligomerization leading to sustained activity2023

    • 著者名/発表者名
      Arai Kenta、Okumura Masaki、Lee Young-Ho、Katayama Hidekazu、Mizutani Kenji、Lin Yuxi、Park Sam-Yong、Sawada Kaichiro、Toyoda Masao、Hojo Hironobu、Inaba Kenji、Iwaoka Michio
    • 雑誌名

      Communications Chemistry

      巻: 6 号: 1 ページ: 258-258

    • DOI

      10.1038/s42004-023-01056-4

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Dose-response relationship for the resistance of human insulin to degradation by insulin-degrading enzyme2023

    • 著者名/発表者名
      Okumura Masaki、Kuramochi Tsubura、Lin Yuxi、Furukawa Ran、Mizutani Kenji、Yokoyama Takeshi、Kim Mingeun、Lim Mi Hee、Yi Hyon-Seung、Arai Kenta、Yamaguchi Hiroshi、Hojo Hironobu、Iwaoka Michio、Tanaka Yoshikazu、Park Sam-Yong、Inaba Kenji、Kanemura Shingo、Lee Young-Ho
    • 雑誌名

      bioRxiv

      巻: 2023.04.08. ページ: 536135-536135

    • DOI

      10.1101/2023.04.08.536135

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] 小胞体ストレスセンサーIRE1による活性酸素種の直接的感知と分子シャペロンによるその制御2024

    • 著者名/発表者名
      松崎元紀、金村進吾、齋尾智英、稲葉謙次、奥村正樹
    • 学会等名
      日本農芸化学会2024度大会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 損傷脳機能回復を促す自己集合ペプチド分子技術2024

    • 著者名/発表者名
      村岡貴博
    • 学会等名
      日本薬学会第144年会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] レドックス制御によるタンパク質フォールディング促進2024

    • 著者名/発表者名
      村岡貴博
    • 学会等名
      日本薬学会第144年会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] メチオニン含有ペプチドでのゲルゾル転移と物質放出速度制御2024

    • 著者名/発表者名
      原 良佳、矢口 敦也、平松 弘嗣、村岡 貴博
    • 学会等名
      日本化学会第104春季年会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] フォールディングとアンフォールディングの自在操作の実現2024

    • 著者名/発表者名
      奥村正樹
    • 学会等名
      日本化学会第104春季年会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 小胞体局在因子による液滴の内部構造と機能の相関研究2024

    • 著者名/発表者名
      奥村正樹
    • 学会等名
      大阪大学蛋白質研究所セミナー/第8回LLPS研究会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 小胞体ストレスセンサーIRE1の多量体形成ポテンシャルとストレス感知2023

    • 著者名/発表者名
      松崎元紀、横山武司、次田篤史、金村進吾、田尻道子、明石知子、野井健太郎、齋尾智英、稲葉謙次、奥村正樹
    • 学会等名
      第23回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 小胞体ストレスセンサーIRE1 によるストレス感知と越膜シグナル変換の分子機構2023

    • 著者名/発表者名
      松崎元紀、横山武司、次田篤史、金村進吾、田尻道子、明石知子、野井健太郎、齋尾智英、稲葉謙次、奥村正樹
    • 学会等名
      第96回日本生化学会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 多量体分析で解き明かす小胞体ストレスセンサーが細胞応答を量的に調節する仕組み2023

    • 著者名/発表者名
      松崎元紀、奥村正樹
    • 学会等名
      第46回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 疎水性空間を有する酸化的タンパク質フォールデイング促進剤の開発2023

    • 著者名/発表者名
      喜多村真衣、村岡貴博
    • 学会等名
      第45回バイオマテリアル学会大会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] Elucidating the enzymatic reductive unfolding mechanism of spike/envelope proteins to guide anti-virus activities2023

    • 著者名/発表者名
      Shingo Kanemura, Rina Hashimoto, Motonori Matsusaki, Takuya Mabuchi, Mai Watabe, Tomohide Saio, Kazuo Takayama, Young-Ho Lee, Masaki Okumura
    • 学会等名
      第23回日本蛋白質科学会年会 ★若手賞受賞講演
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 小胞体内相分離の理解2023

    • 著者名/発表者名
      奥村正樹
    • 学会等名
      第23回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] PDI familyによる小胞体内プロインスリンのフォールディング触媒機構の理解2023

    • 著者名/発表者名
      倉持円来, 関凪沙, 荒井堅太, 山口宏, 稲葉謙次, 金村進吾, 奥村正樹
    • 学会等名
      第46回日本分子生物学会年会 ★サイエンスピッチ賞受賞
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] Discovery of a transient reaction field in the endoplasmic reticulum2023

    • 著者名/発表者名
      Masaki Okumura
    • 学会等名
      International Cross-disciplinary Symposium
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] フォールディングの酵素学的速度制御2023

    • 著者名/発表者名
      奥村正樹
    • 学会等名
      第46回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [図書] 月刊細胞 特集「LC(Low-Complexity)ドメインの生物学」2024

    • 著者名/発表者名
      渡部マイ, 金村進吾, 李映昊, 奥村正樹
    • 総ページ数
      78
    • 出版者
      北隆館
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [備考] 東北大学奥村研究室

    • URL

      https://web.tohoku.ac.jp/okumura/

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書

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公開日: 2023-09-12   更新日: 2024-12-25  

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