複数分子を標的とした新薬設計手法の開発

• 研究課題/領域番号: 24240044
• 研究種目: 基盤研究(A)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 生体生命情報学
• 研究機関: 東京工業大学
• 研究代表者: 秋山 泰 東京工業大学, 情報理工学院, 教授 (30243091)
• 研究分担者: 瀬々 潤 国立研究開発法人産業技術総合研究所, その他部局等, 研究員 (40361539) ; 関嶋 政和 東京工業大学, 学術国際情報センター, 准教授 (80371053)
• 研究期間 (年度): 2012-04-01 – 2017-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2016年度)
• 配分額: 46,540千円 (直接経費: 35,800千円、間接経費: 10,740千円); 2016年度: 8,190千円 (直接経費: 6,300千円、間接経費: 1,890千円); 2015年度: 8,190千円 (直接経費: 6,300千円、間接経費: 1,890千円); 2014年度: 8,190千円 (直接経費: 6,300千円、間接経費: 1,890千円); 2013年度: 8,190千円 (直接経費: 6,300千円、間接経費: 1,890千円); 2012年度: 13,780千円 (直接経費: 10,600千円、間接経費: 3,180千円)
• キーワード: 生体生命情報学 / アルゴリズム / 薬学 / ハイパフォーマンス・コンピューティング / 分子シミュレーション

研究成果の概要

本研究では、無限次数多重検定法(LAMP)を開発し、ヒト乳がん細胞等における制御因子の同定に適用した。形状相補性に基づくドッキング手法MEGADOCKを発展させ、キナーゼ等の標的タンパク質の網羅的解析を実施し、結果をデータベース化した。また化合物プレ・スクリーニングを行うSpressoシステムを開発した。分子動力学計算により熱揺らぎに基づく結合ポケットの変形を評価することにより、バーチャルスクリーニングの性能が向上することも見出した。

研究成果

• [雑誌論文] Spresso: An ultrafast compound pre-screening method based on compound decomposition (2017)
  • 著者名/発表者名: Keisuke Yanagisawa, Shunta Komine, Shogo D. Suzuki, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama
  • 雑誌名: Bioinformatics 巻: 印刷中 号: 23 ページ: 3836-3843
  • DOI: 10.1093/bioinformatics/btx178
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Learning-to-rank based compound virtual screening by using pairwise kernel with multiple heterogeneous experimental data (2017)
  • 著者名/発表者名: Suzuki SD, Ohue M, Akiyama Y
  • 雑誌名: Proceedings of The 22nd International Symposium on Artificial Life and Robotics (AROB 2017) 巻: ー ページ: 114-119
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] LAMPLINK: detection of statistically significant SNP combinations from GWAS data (2016)
  • 著者名/発表者名: Aika Terada, Ryo Yamada, Koji Tsuda, Jun Sese
  • 雑誌名: Bioinformatics 巻: 32 号: 22 ページ: 3513-3515
  • DOI: 10.1093/bioinformatics/btw418
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Specificity of broad protein interaction surfaces for proteins with multiple binding partners (2016)
  • 著者名/発表者名: Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama
  • 雑誌名: Biophysics and Physicobiology 巻: 13 号: 0 ページ: 105-115
  • DOI: 10.2142/biophysico.13.0_105
  • NAID: 130005165366
  • ISSN: 2189-4779
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Rigid-Docking Approaches to Explore Protein-Protein Interaction Space (2016)
  • 著者名/発表者名: Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga Masahito Ohue, Yutaka Akiyama
  • 雑誌名: Advances in Biochemical Engineering/Biotechnology 巻: ー ページ: 1-23
  • DOI: 10.1007/10_2016_41
  • ISBN: 9783319564593, 9783319564609
  • 査読あり
• [雑誌論文] COSMOS: accurate detection of somatic structural variations through asymmetric comparison between tumor and normal samples. (2016)
  • 著者名/発表者名: Yamagata, Koichi; Yamanishi, Ayako; Kokubu, Chikara; Takeda, Junji; Sese, Jun
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 巻: 44 (8) 号: 8 ページ: e78-e78
  • DOI: 10.1093/nar/gkw026
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Development of a Support Vector Machine-Based System to Predict Whether a Compound Is a Substrate of a Given Drug Transporter Using Its Chemical Structure (2016)
  • 著者名/発表者名: Atsushi Ose, Kota Toshimoto*, Kazushi Ikeda, Kazuya Maeda, Shuya Yoshida, Fumiyoshi Yamashita, Mitsuru Hashida, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama and Yuichi Sugiyama
  • 雑誌名: Journal of Pharmaceuticl Sciences 巻: accepted
  • 査読あり
• [雑誌論文] スーパーコンピュータ「京」上でのエクソーム解析パイプラインの開発 (2016)
  • 著者名/発表者名: 青山健人、角田将典、松崎由理、石田貴士、秋山泰
  • 雑誌名: 情報処理学会論文誌コンピューティングシステム 巻: in press
  • NAID: 170000148059
  • 査読あり
• [雑誌論文] Statistically significant subgraphs for genome-wide association study (2015)
  • 著者名/発表者名: Jun Sese, Aika Terada, Yuki Saito, Koji Tsuda
  • 雑誌名: JMLR Workshop and Conference Proceedings 巻: 47 ページ: 29-36
  • 査読あり
• [雑誌論文] High-speed Westfall-Young permutation procedure for genome-wide association studies. (2015)
  • 著者名/発表者名: Terada A, Kim H, Sese J.
  • 雑誌名: In Proc. of ACM BCB 2015. 巻: 1 ページ: 17-26
  • DOI: 10.1145/2808719.2808721
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Drug Clearance Pathway Prediction Based on Semi-supervised Learning (2015)
  • 著者名/発表者名: Keisuke Yanagisawa, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama
  • 雑誌名: IPSJ Transactions on Bioinformatics 巻: 8 ページ: 21-27
  • NAID: 130005094265
• [雑誌論文] Faster sequence homology searches by clustering subsequences (2015)
  • 著者名/発表者名: Shuji Suzuki, Masanori Kakuta, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama
  • 雑誌名: Bioinformatics 巻: 31 号: 8 ページ: 1183-1190
  • DOI: 10.1093/bioinformatics/btu780
  • 説明: 【掲載確定】印刷中
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Identification of potential inhibitors based on compound proposal contest: Tyrosine-protein kinase Yes as a target (2015)
  • 著者名/発表者名: Chiba S, Akiyama Y, Sekijima M.
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 5 号: 1 ページ: 1-13
  • DOI: 10.1038/srep17209
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] 2.Pharmacophore Modeling for Anti-Chagas Drug Design Using the Fragment Molecular Orbital Method (2015)
  • 著者名/発表者名: Yoshino R, Yasuo N, Inaoka DK, Hagiwara Y, Ohno K, Orita M, Inoue M, Shiba T, Harada S, Honma T, Balogun EO, da Rocha JR, Montanari CA, Kita K, Sekijima M
  • 雑誌名: PLoS One 巻: 10 号: 5 ページ: 1-15
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0125829
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Protein-Protein Docking on Hardware Accelerators: Comparison of GPU and MIC Architectures (2015)
  • 著者名/発表者名: Takehiro Shimoda, Shuji Suzuki, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama
  • 雑誌名: BMC Systems Bilogy 巻: 9 号: S1 ページ: 1-10
  • DOI: 10.1186/1752-0509-9-s1-s6
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Structure based approach for understanding organism specific recognition of protein-RNA complexes (2015)
  • 著者名/発表者名: R. Nagarajan, S. Pankaj Chothani, C. Ramakrishnan, M. Sekijima, and M. M. Gromiha
  • 雑誌名: Biology Direct 巻: 10(8) 号: 1 ページ: 1-13
  • DOI: 10.1186/s13062-015-0039-8
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Application for evaluating and visualizing the sequence conservation of ligand-binding sites (2015)
  • 著者名/発表者名: N. Yasuo and M. Sekijima
  • 雑誌名: IPSJ Transaction on Bioinformatics 巻: 未定
  • NAID: 130005087634
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Drug clearance pathway prediction based on semi-supervised learning (2015)
  • 著者名/発表者名: K. Yanagisawa, T. Ishida, and Y. Akiyama
  • 雑誌名: IPSJ Transaction on Bioinformatics 巻: 未定
  • NAID: 130005094265
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Parallelization of Extracting Connected Subgraphs with Common Itemsets (2014)
  • 著者名/発表者名: Shingo Okuno, Tasuku Hiraishi, Hiroshi Nakashima, Masahiro Yasugi, Jun Sese.
  • 雑誌名: Information and Media Technologies 巻: 9 号: 3 ページ: 233-250
  • DOI: 10.11185/imt.9.233
  • NAID: 130004687718
  • ISSN: 1881-0896
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] MEGADOCK 4.0: an ultra-high-performance protein-protein docking software for heterogeneous supercomputers (2014)
  • 著者名/発表者名: Masahito Ohue, Takehiro Shimoda, Shuji Suzuki, Yuri Matsuzaki, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama
  • 雑誌名: Bioinformatics 巻: 30 号: 22 ページ: 3281-3283
  • DOI: 10.1093/bioinformatics/btu532
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] MEGADOCK: An all-to-all protein-protein interaction prediction system using tertiary structure data (2014)
  • 著者名/発表者名: Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama:
  • 雑誌名: Protein and Peptide Letters 巻: 21 号: 8 ページ: 766-778
  • DOI: 10.2174/09298665113209990050
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Protein-protein interaction network prediction by using rigid-body docking tools: application to bacterial chemotaxis (2014)
  • 著者名/発表者名: Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Nobuyuki Uchikoga, Yutaka Akiyama
  • 雑誌名: Protein and Peptide Letters 巻: 21 号: 8 ページ: 790-798
  • DOI: 10.2174/09298665113209990066
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] In silico prediction of major drug clearance pathways by support vector machines with feature-selected descriptors (2014)
  • 著者名/発表者名: Toshimoto K, Wakayama N, Kusama M, Maeda K, Sugiyama Y, Akiyama Y.
  • 雑誌名: Drug Metabolism and Disposition 巻: 42(11) 号: 11 ページ: 1811-1819
  • DOI: 10.1124/dmd.114.057893
  • 査読あり
• [雑誌論文] Extreme Big Data (EBD): Next Generation Big Data Infrastructure Technologies Towards Yottabyte/Year (2014)
  • 著者名/発表者名: Matsuoka S, Sato H, Tatebe O, Koibuchi M, Fujiwara I, Suzuki S, Kakuta M, Ishida T, Akiyama Y, Suzumura T, Ueno K, Kanezashi H, Miyoshi T.
  • 雑誌名: Supercomputing Frontiers and Innovations, 巻: 1(2) 号: 2 ページ: 89-107
  • DOI: 10.14529/jsfi140206
  • 査読あり
• [雑誌論文] Improvement of a confomational search on protein-ligand docking based on optimal arrangement of multiple small search grids (2014)
  • 著者名/発表者名: Tomohiro Ban, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama
  • 雑誌名: Proc. The 2014 International Conference on Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications (PDPTA'14) 巻: P2014(PDP4199) ページ: 1-6
  • 査読あり
• [雑誌論文] An empirical model for gas phase acidity and basicity estimation (2014)
  • 著者名/発表者名: You H , Kim GE , Na CH , Lee S , Lee CJ , Cho KH , Akiyama Y , Ishida T , No KT.
  • 雑誌名: SAR and QSAR in Environmental Research 巻: Volume 25, Issue 2 号: 2 ページ: 91-115
  • DOI: 10.1080/1062936x.2013.864997
  • 査読あり
• [雑誌論文] Highly Precise Protein-Protein Interaction Prediction Based on Consens us Between Template-Based and de Novo Docking Methods (2013)
  • 著者名/発表者名: Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Takehiro Shimoda, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama
  • 雑誌名: BMC Proceedings 巻: 7 号: S7
  • DOI: 10.1186/1753-6561-7-s7-s6
  • 査読あり
• [雑誌論文] MEGADOCK 3.0 : A high-performance protein-protein interaction prediction software using hybrid parallel computing for petascale supercomputing emvironmnts (2013)
  • 著者名/発表者名: Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Masahito Ohue, Takehiro Shimoda, Tbshiyuki Sato, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama
  • 雑誌名: Source Code for Biology and Medicine 巻: 8 号: 1 ページ: 18-18
  • DOI: 10.1186/1751-0473-8-18
  • 査読あり
• [雑誌論文] Accelerating quantum chemistry calculations with graphical processing units - toward in high-density (HD) silico drug discovery (2013)
  • 著者名/発表者名: Hagiwara Y , Ohno K , Orita M , Koga R , Endo T , Akiyama Y , Sekijima M.
  • 雑誌名: Curr Comput Aided Drug Des. 2013 巻: Vol. 9, No. 3, ページ: 396-401
  • 査読あり
• [雑誌論文] Re-docking scheme for generating near-native protein complexes by assembling residue interaction fingerprints (2013)
  • 著者名/発表者名: Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Takatsugu Hirokawa, Yutaka Akiyama
  • 雑誌名: PLOS ONE 巻: 8 号: 7 ページ: e69365-e69365
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0069365
  • 査読あり
• [雑誌論文] Statistical significance of combinatorial regulations (2013)
  • 著者名/発表者名: Aika Terada, Mariko Okada-Hat akeyama, Koji Tsuda, and Jun Sese
  • 雑誌名: Proc. Natl. Acad. Sci. USA 巻: 110(32) 号: 32 ページ: 12996-13001
  • DOI: 10.1073/pnas.1302233110
  • 査読あり
• [雑誌論文] Fast Westfall-Young permutation procedure for combinatorial regulation discovery (2013)
  • 著者名/発表者名: Aika Terada , Koji Tsuda , Jun Sese
  • 雑誌名: IEEE Bioinformatics and Biomedicine (BIBM 2013) 巻: - ページ: 153-158
  • DOI: 10.1109/bibm.2013.6732479
  • 査読あり
• [雑誌論文] Bonferroni correction hides significant motif combinations (2013)
  • 著者名/発表者名: Aika Terada , Jun Sese
  • 雑誌名: 13th IEEE Bioinformatics and Bioengineering (BIBE 2013) 巻: - ページ: 1-4
  • DOI: 10.1109/bibe.2013.6701701
  • 査読あり
• [雑誌論文] MEGADOCK: An all-to-all protein-protein interaction prediction system using tertiary structure data (2013)
  • 著者名/発表者名: Ohue M, Matsuzaki Y, Uchikoga N, Ishida T, Akiyama Y
  • 雑誌名: Protein and Peptide Letters 巻: Vol. 20
  • 査読あり
• [雑誌論文] Protein-protein interaction network prediction by using rigid-body docking tools: application to bacterial chemotaxis (2013)
  • 著者名/発表者名: Matsuzaki Y, Ohue M, Uchikoga N, Akiyama Y
  • 雑誌名: Protein and Peptide Letters 巻: Vol. 20
  • 査読あり
• [雑誌論文] Molecular mechanisms underlying oseltamivir resistance mediated by an I117V substitution in the NA of H5N1 avian influenza viruses (2013)
  • 著者名/発表者名: Takano R, Kiso M, Igarashi M, Le QM, Sekijima M, Ito K, Takada A, Kawaoka Y
  • 雑誌名: J Infect Dis 巻: 207 号: 1 ページ: 89-97
  • DOI: 10.1093/infdis/jis633
  • 査読あり
• [雑誌論文] Database of the clinical phenotypes, genotypes, and mutant arylsulfatase B structures in mucopolysaccharidosis type VI (2012)
  • 著者名/発表者名: Saito S, et al
  • 雑誌名: J.Hum.Genet. 巻: 57 号: 4 ページ: 280-282
  • DOI: 10.1038/jhg.2012.6
  • 査読あり
• [学会発表] 標的タンパク質の立体構造を用いたリガンド候補化合物の上限サイズの推定による化合物フィルタリング (2017)
  • 著者名/発表者名: 柳澤 渓甫, 大上 雅史, 石田 貴士, 秋山 泰
  • 学会等名: 情報処理学会バイオ情報学研究会 2017-BIO-49(6)
  • 発表場所: 北陸先端科学技術大学院大学
• [学会発表] ドッキング構造の機械学習を用いた高精度なバー チャルスクリーニング手法の開発 (2017)
  • 著者名/発表者名: 安尾 信明, 関嶋 政和
  • 学会等名: 日本薬学会 第137年会
  • 発表場所: 仙台国際センター
• [学会発表] 機械学習を用いた化合物合成経路の予測 (2017)
  • 著者名/発表者名: 渡辺 敬介, 安尾 信明, 新井 直樹, 関嶋 政和
  • 学会等名: 日本薬学会 第137年会
  • 発表場所: 仙台国際センター
• [学会発表] タンパク質-化合物相互作用ネットワークのリンクマイニング (2016)
  • 著者名/発表者名: 山崎卓朗, 大上雅史, 秋山泰
  • 学会等名: 情報処理学会研究報告
  • 発表場所: 石川県能美市, JAIST
  • 年月日: 2016-03-19
• [学会発表] タンパク質間相互作用予測結果データベース及び表示系の構築 (2016)
  • 著者名/発表者名: 長澤一輝, 松崎由理, 大上雅史, 秋山泰
  • 学会等名: 情報処理学会研究報告
  • 発表場所: 石川県能美市, JAIST
  • 年月日: 2016-03-18
• [学会発表] GPUを用いたメタゲノム配列相同性解析ツールのMPI並列化と応用 (2016)
  • 著者名/発表者名: 藤井智也, 角田将典, 大上雅史, 石田貴士, 石原和幸, 秋山泰
  • 学会等名: 情報処理学会研究報告
  • 発表場所: 石川県能美市, JAIST
  • 年月日: 2016-03-18
• [学会発表] SHAKE法に着目した分子動力学ソフトウェアmyPresto/OmegageneのCPU・GPU混在環境における高速化 (2016)
  • 著者名/発表者名: 後藤 公太, 笠原 浩太, 大上 雅史, 中村 春木, 秋山 泰
  • 学会等名: 情報処理学会バイオ情報学研究会 2016-BIO-46(17)
  • 発表場所: 沖縄科学技術大学院大学
• [学会発表] フラグメント分割に基づく超高速化合物プレスクリーニング手法ESPRESSO (2016)
  • 著者名/発表者名: 柳澤 渓甫, 小峰 駿汰, 鈴木 翔吾, 大上 雅史, 石田 貴士, 秋山 泰
  • 学会等名: 情報処理学会バイオ情報学研究会 2016-BIO-46(18)
  • 発表場所: 沖縄科学技術大学院大学
• [学会発表] 活性値情報のグループ化とランク学習による化合物スクリーニング (2016)
  • 著者名/発表者名: 鈴木 翔吾, 大上 雅史, 秋山 泰
  • 学会等名: 情報処理学会バイオ情報学研究会 2016-BIO-46(26)
  • 発表場所: 沖縄科学技術大学院大学
• [学会発表] "GHOST-MP: an ultra-fast and high-sensitive homology search software for metagenome analysis" (2015)
  • 著者名/発表者名: Yutaka Akiyama
  • 学会等名: 3rd IIT Madras - Tokyo Tech Joint Symposium on Algorithms and Applications of Bioinformatics
  • 発表場所: IIT Madras, Chennai
  • 年月日: 2015-11-05
• [学会発表] Analysis of protein docking decoys in terms of physicochemical properties of protein surfaces using rigid-body docking process (2015)
  • 著者名/発表者名: Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama
  • 学会等名: 3rd IIT Madras - Tokyo Tech Joint Symposium on Algorithms and Applications of Bioinformatics
  • 発表場所: IIT Madras, Chennai
  • 年月日: 2015-11-05
• [学会発表] MEGADOCK: A high-performance protein-protein interaction prediction software for petascale supercomputing environments (2015)
  • 著者名/発表者名: Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama
  • 学会等名: 3rd IIT Madras - Tokyo Tech Joint Symposium on Algorithms and Applications of Bioinformatics
  • 発表場所: IIT Madras, Chennai
  • 年月日: 2015-11-05
• [学会発表] Statistical assessment for genome-wide association study with PPI and pathways (2015)
  • 著者名/発表者名: 瀬々 潤
  • 学会等名: 生物物理学会
  • 発表場所: 石川県金沢市
  • 年月日: 2015-09-13
• [学会発表] オープンイノベーションコンテストによるIT創薬 (2015)
  • 著者名/発表者名: 千葉峻太朗，池田和由，石田貴士，大野一樹，関嶋政和
  • 学会等名: 情報処理学会研究報告
  • 発表場所: 神奈川県横浜市, 慶応義塾大学
  • 年月日: 2015-09-05
• [学会発表] 既知の活性／非活性化合物のドッキング解析によるバーチャルスクリーニングに適したタンパク質立体構造モデルの選択 (2015)
  • 著者名/発表者名: 和久井直樹, 大上雅史, 千葉峻太朗, 石田貴士, 岩?博史, 秋山泰
  • 学会等名: 情報処理学会研究報告
  • 発表場所: 沖縄県国頭郡, OIST
  • 年月日: 2015-06-25
• [学会発表] 低分子化合物二次元構造比較システムの改良 (2015)
  • 著者名/発表者名: 杉原舜, 石田貴士, 秋山泰
  • 学会等名: 情報処理学会研究報告
  • 発表場所: 沖縄県国頭郡, OIST
  • 年月日: 2015-06-25
• [学会発表] フラグメント伸長型タンパク質-化合物ドッキングのビームサーチによる高速化 (2015)
  • 著者名/発表者名: 小峰駿汰, 石田貴士, 秋山泰
  • 学会等名: 情報処理学会研究報告
  • 発表場所: 沖縄県国頭郡, OIST
  • 年月日: 2015-06-25
• [学会発表] SVMとDeep Learningに基づくヒトc-Yesキナーゼ阻害化合物の予測 (2015)
  • 著者名/発表者名: 鈴木翔吾, 柳澤渓甫, 大上雅史, 石田貴士, 秋山泰
  • 学会等名: 情報処理学会研究報告
  • 発表場所: 沖縄県国頭郡, OIST
  • 年月日: 2015-06-24
• [学会発表] Performance Analysis of MapReduce Implementations for High Performance Homology Search (2015)
  • 著者名/発表者名: Zhang Chaojie, Koichi Shirahata, Shuji Suzuki, Yutaka Akiyama, Satoshi Matsuoka
  • 学会等名: HPCS2015
  • 発表場所: 東京都文京区, 東京大学
  • 年月日: 2015-05-19
• [学会発表] タンパク質ドッキングと配列情報特徴解析の融合によるタンパク質間相互作用予測の高精度化 (2015)
  • 著者名/発表者名: 小幡康文, 石田貴士, 秋山泰
  • 学会等名: 情報処理学会 第41回バイオ情報学研究会
  • 発表場所: 北海道大学
  • 年月日: 2015-03-20
• [学会発表] Drug clearance pathway prediction based on semi-supervised learning (2015)
  • 著者名/発表者名: Keisuke Yanagisawa，Takashi Ishida，Yuichi Sugiyama，Yutaka Akiyama
  • 学会等名: 情報処理学会 第41回バイオ情報学研究会
  • 発表場所: 北海道大学
  • 年月日: 2015-03-20
• [学会発表] 方向性を持たせたグラフ構造変換による仮想化合物ライブラリの構築の研究 (2015)
  • 著者名/発表者名: 吉川舜亮, 安尾信明, 吉野龍ノ介, 関嶋政和
  • 学会等名: 情報処理学会 第41回バイオ情報学研究会
  • 発表場所: 北海道大学
  • 年月日: 2015-03-20
• [学会発表] タンパク質立体構造中のリガンド結合候補部位における配列保存性評価手法の開発 (2015)
  • 著者名/発表者名: 安尾信明, 関嶋政和
  • 学会等名: 情報処理学会第77回全国大会
  • 発表場所: 京都大学
  • 年月日: 2015-03-17 – 2015-03-19
• [学会発表] 残基との相互作用エネルギーに基づくドッキングシミュレーション結果の絞り込み (2015)
  • 著者名/発表者名: 宮津知美, 安尾信明, 関嶋政和
  • 学会等名: 情報処理学会第77回全国大会
  • 発表場所: 京都大学
  • 年月日: 2015-03-17 – 2015-03-19
• [学会発表] 多段階グラフ拡張による仮想化合物ライブラリ構築の研究 (2015)
  • 著者名/発表者名: 吉川舜亮, 安尾信明, 吉野龍ノ介, 関嶋政和
  • 学会等名: 情報処理学会第77回全国大会
  • 発表場所: 京都大学
  • 年月日: 2015-03-17 – 2015-03-19
• [学会発表] Discovery of dengue virus protease inhibitors and their inhibitionmechanism through docking simulation (2014)
  • 著者名/発表者名: 千葉峻太朗, 萩原陽介, 大野一樹, 本坊和也, 折田正弥, 関嶋政和
  • 学会等名: 第55回日本熱帯医学会大会・第29回日本国際保健医療学会学術大会
  • 発表場所: 国立国際医療研究センター
  • 年月日: 2014-11-01 – 2014-11-03
• [学会発表] Statistically significant subgraphs for genome-wide association study (2014)
  • 著者名/発表者名: Jun Sese, Aika Terada, Yuki Saito and Koji Tsuda
  • 学会等名: ECML/PKDD 2014
  • 発表場所: Nancy, France
  • 年月日: 2014-09-15 – 2014-09-19
• [学会発表] 大規模GPUクラスタによるタンパク質ドッキング計算システム (2014)
  • 著者名/発表者名: 大上雅史,下田雄大,松崎由理,石田貴士,秋山泰
  • 学会等名: 情報処理学会 第38回バイオ情報学研究会
  • 発表場所: 沖縄科学技術大学院大学
  • 年月日: 2014-06-25 – 2014-06-27
• [学会発表] 配列相同性に基づくタンパク質のリガンド結合候補部位の評価 (2014)
  • 著者名/発表者名: 安尾信明，関嶋政和
  • 学会等名: 情報処理学会 第38回バイオ情報学研究会
  • 発表場所: 沖縄科学技術大学院大学
  • 年月日: 2014-06-25 – 2014-06-27
• [学会発表] パスウェイ情報を用いた顧みられない熱帯病 創薬支援のための統合データベースiNTRODBの改良 (2014)
  • 著者名/発表者名: 蓮実 梢, 石田貴士, 秋山泰
  • 学会等名: 情報処理学会 第38回バイオ情報学研究会
  • 発表場所: 沖縄科学技術大学院大学
  • 年月日: 2014-06-25 – 2014-06-27
• [学会発表] 半教師付き学習を用いた薬物クリアランス経路予測 (2014)
  • 著者名/発表者名: 柳澤渓甫, 石田貴士, 秋山泰
  • 学会等名: 情報処理学会 第38回バイオ情報学研究会
  • 発表場所: 沖縄科学技術大学院大学
  • 年月日: 2014-06-25 – 2014-06-27
• [学会発表] 蛋白質-化合物ドッキングにおけるグリッドの分散配置による配座探索の改良 (2014)
  • 著者名/発表者名: 伴兼弘 , 石田貴士 , 秋山泰
  • 学会等名: 情報処理学会第37回バイオ情報学研究会
  • 発表場所: 福岡県, 九州工業大学
• [学会発表] Prediction of protein-protein interactions based on tertiary structures and transcription information (2014)
  • 著者名/発表者名: Yuri Matsuzaki , Nobuyuki Uchikoga , Masahito Ohue , Takashi Ishida , Yutaka Akiyama
  • 学会等名: Biophysical Society 58th Annual Meeting
  • 発表場所: Moscone Center, San Francisco
• [学会発表] Re-docking scheme to explore docking search space by using interaction profiles (2014)
  • 著者名/発表者名: Nobuyuki Uchikoga , Yuri Matsuzaki , Masahito Ohue , Takatsugu Hirokawa , Yutaka Akiyama
  • 学会等名: Biophysical Society 58th Annual Meeting
  • 発表場所: Moscone Center, San Francisco
• [学会発表] SCMS2.0によるタンパク質ポテンシャルエネルギー最小化の諸条件における評価 (2014)
  • 著者名/発表者名: 篠崎 隆宏 , 関嶋 政和
  • 学会等名: 情報処理学会第37回バイオ情報学研究会
  • 発表場所: 福岡県, 九州工業大学
• [学会発表] ハッシュテーブル及びde Bruijn Graphの分割による、ゲノム解析の消費メモリ量の低減 (2014)
  • 著者名/発表者名: 杉浦典和 , 石田貴士 , 秋山泰 , 関嶋政和
  • 学会等名: 情報処理学会第76回全国大会
  • 発表場所: 東京都, 東京電機大学
• [学会発表] NTDs創薬ターゲットタンパク質選択のためのデータベースiNTRODBの開発 (2013)
  • 著者名/発表者名: 石田貴士 , 蓮実梢 , 伴兼弘 , 秋山泰
  • 学会等名: 第54回日本熱帯医学会大会
  • 発表場所: 長崎県, 長崎ブリックホール
• [学会発表] MEGADOCK-GPU: Acceleration of Protein-Protein Docking Calculation on GPUs (2013)
  • 著者名/発表者名: Takehiro Shimoda , Takashi Ishida , Shuji Suzuki , Masahito Ohue , Yutaka Akiyama
  • 学会等名: 2nd International Workshop on Parallel and Cloud-based Bioinformatics and Biomedicine (ParBio2013), ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine 2013 (ACM-BCB 2013)
  • 発表場所: Bethesda, Maryland, USA
• [学会発表] 結合自由エネルギー予測を用いたクリアランス経路予測の改善に関する研究 (2013)
  • 著者名/発表者名: 齊藤有紀 , 石田貴士 , 関嶋政和 , 秋山泰
  • 学会等名: 情報処理学会第34回バイオ情報学研究会
  • 発表場所: 沖縄県, 沖縄科学技術大学院大学
• [学会発表] Highly Precise Protein-Protein Interaction Prediction Based on Consensus Between Template-Based and de Novo Docking Methods (2013)
  • 著者名/発表者名: Masahito Ohue , Yuri Matsuzaki , Takehiro Shimoda , Takashi Ishida , Yutaka Akiyama
  • 学会等名: Great Lakes Bioinformatics Conference 2013
  • 発表場所: Pittsburg, Pennsylvania, USA
• [学会発表] Protein-protein interaction prediction based on rigid-body docking with ultra-high-performance computing technique: applications to affinity prediction on CAPRI round 21 and interactome analyses (2013)
  • 著者名/発表者名: Masahito Ohue , Yuri Matsuzaki , Nobuyuki Uchikoga , Kohei Yamamoto , Takayuki Fujiwara , Takehiro Shimoda , Toshiyuki Sato , Takashi Ishida , Yutaka Akiyama
  • 学会等名: CAPRI 2013 5th Evaluation Meeting
  • 発表場所: Utrecht, Netherland
• [学会発表] Sparse k-mer graphアルゴリズムの評価とVelvetへの実装 (2013)
  • 著者名/発表者名: 吉川舜亮 , 石田貴士 , 関嶋政和 , 秋山 泰
  • 学会等名: 情報処理学会第34回バイオ情報学研究会
  • 発表場所: 沖縄県, 沖縄科学技術大学院大学
• [学会発表] De Bruijn Graphの分割によるVelvetの消費メモリの低減 (2013)
  • 著者名/発表者名: 杉浦 典和 , 石田 貴士 , 秋山 泰 , 関嶋 政和
  • 学会等名: 情報処理学会第36回バイオ情報学研究会
  • 発表場所: 東京都, 東京工業大学
• [学会発表] FMO法を用いた抗dengue virus薬の創薬標的蛋白質と既知化合物間の相互作用解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 吉野龍ノ介 , 安尾信明 , 千葉峻太朗 , 萩原 陽介 , 大野一樹 , 折田正弥 , 関嶋政和
  • 学会等名: 第54回日本熱帯医学会大会
  • 発表場所: 長崎県, 長崎ブリックホール
• [学会発表] 分子動力学シミュレーションで探る阻害剤結合によって誘起されるdengue virusプロテアーゼの特徴的な構造 (2013)
  • 著者名/発表者名: 千葉峻太朗 , 萩原 陽介 , 大野一樹 , 折田正弥 , 関嶋政和
  • 学会等名: 第54回日本熱帯医学会大会
  • 発表場所: 長崎県, 長崎ブリックホール
• [学会発表] Improvement of the Protein-Protein Docking Prediction by Introducing a Simple Hydrophobic Interaction Model: an Application to Interaction Pathway Analysis
  • 著者名/発表者名: Ohue M, Matsuzaki Y, Ishida T, Akiyama Y
  • 学会等名: The 7th IAPR International Conference on Pattern Recognition in Bioinformatics (PRIB 2012)
  • 発表場所: 東京工業大学（東京）
• [学会発表] MEGADOCKを用いたタンパク質間相互作用予測のヒトアポトーシスパスウェイ解析への応用
  • 著者名/発表者名: 大上雅史，松崎由理，石田貴士，秋山 泰
  • 学会等名: 情報処理学会研究報告 2012-BIO-32(13)
  • 発表場所: 京都大学桂キャンパス（京都）
• [学会発表] 構造情報に基づくタンパク質間相互作用ネットワーク予測精度の改善
  • 著者名/発表者名: 山本航平，大上雅史，石田貴士，秋山 泰
  • 学会等名: 情報処理学会研究報告 2012-BIO-32(14)
  • 発表場所: 京都大学（京都）
• [学会発表] タンパク質間ドッキング予測における機械学習を用いた目的関数の動的調整
  • 著者名/発表者名: 大上雅史，石田貴士，秋山 泰
  • 学会等名: 情報処理学会研究報告 2012-BIO-29(19)
  • 発表場所: 沖縄科学技術大学院大学（沖縄）
• [学会発表] タンパク質間ドッキング予測における実空間での効率的な評価スコア計算方法の研究
  • 著者名/発表者名: 下田雄大，石田貴士，秋山 泰
  • 学会等名: 情報処理学会研究報告 2012-BIO-29(20)
  • 発表場所: 沖縄科学技術大学院大学（沖縄）
• [学会発表] 簡易疎水性相互作用モデルによるタンパク質間ドッキング予測の高精度化
  • 著者名/発表者名: 藤原隆之, 松崎由理，石田貴士，秋山 泰
  • 学会等名: 情報処理学会研究報告 2012-BIO-29(21)
  • 発表場所: 沖縄科学技術大学院大学（沖縄）
• [学会発表] CPU-アクセラレータ間の負荷分散による分子動力学法の効率化
  • 著者名/発表者名: 宇田川拓郎, 関嶋政和
  • 学会等名: 情報処理学会研究報告 2012-HPC-136
  • 発表場所: 沖縄産業支援センター（沖縄）
• [学会発表] GPUを用いたエネルギー計算の並列化によるドッキングシミュレーションの高速化
  • 著者名/発表者名: 佐々木崇浩, 宇田川拓郎, 関嶋政和
  • 学会等名: 情報処理学会第75回全国大会
  • 発表場所: 東北大学（宮城）
• [備考] LAMP: limitless-arity multiple-testing procedure
  • URL: http://lamp.seselab.org/
• [備考] MEGADOCK 4.0: protein-protein docking software
  • URL: http://www.bi.cs.titech.ac.jp/megadock/
• [備考] VISCO: visualiz.tool of seq. consv. of bind.sites
  • URL: http://www.bio.gsic.titech.ac.jp/visco.html