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分子標的創薬に向けたリン酸化ネットワーク基盤の解明

研究課題

研究課題/領域番号 24241062
研究種目

基盤研究(A)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 ゲノム生物学
研究機関京都大学

研究代表者

石濱 泰  京都大学, 薬学研究科(研究院), 教授 (30439244)

研究分担者 杉山 直幸  京都大学, 大学院薬学研究科, 准教授 (50545704)
連携研究者 豊島 文子  京都大学, ウイルス研究所, 教授 (40397576)
若林 真樹  京都大学, 大学院薬学研究科, 助教 (70552024)
研究期間 (年度) 2012-04-01 – 2015-03-31
研究課題ステータス 完了 (2014年度)
配分額 *注記
47,320千円 (直接経費: 36,400千円、間接経費: 10,920千円)
2014年度: 9,100千円 (直接経費: 7,000千円、間接経費: 2,100千円)
2013年度: 18,070千円 (直接経費: 13,900千円、間接経費: 4,170千円)
2012年度: 20,150千円 (直接経費: 15,500千円、間接経費: 4,650千円)
キーワードシグナル伝達 / プロテオーム / リン酸化 / キナーゼ
研究成果の概要

本研究では、in vitroキナーゼ大規模アッセイに基づく精度の高いキナーゼ基質モチーフ取得とそれを用いた基質予測スコアリング法の開発に成功した。また、定量リン酸化プロテオミクスの高性能化も順調に進展し、細胞内キナーゼに対する摂動から得られるリン酸化変動からキナーゼ基質を同定・推定し、さらにはリン酸化プロテオーム変動をキナーゼ変動に変換することにも成功した。測定系のスループットもマルチプレックス定量タグの導入により1測定あたりに要する時間は1時間と実用的であり、今後さらに大規模なデータを取得することにより、細胞内リン酸化ネットワークの分子基盤解明の進展が期待される。

報告書

(4件)
  • 2014 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2013 実績報告書
  • 2012 実績報告書
  • 研究成果

    (45件)

すべて 2015 2014 2013 2012

すべて 雑誌論文 (21件) (うち査読あり 21件、 謝辞記載あり 3件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (24件) (うち招待講演 7件)

  • [雑誌論文] PCTK1 Regulates Integrin-Dependent Spindle Orientation via Protein Kinase A Regulatory Subunit KAP0 and Myosin X.2015

    • 著者名/発表者名
      Iwano S, Satou A, Matsumura S, Sugiyama N, Ishihama Y, Toyoshima F.
    • 雑誌名

      Mol Cell Biol

      巻: 35 号: 7 ページ: 1197-208

    • DOI

      10.1128/mcb.01017-14

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] LATS1 and LATS2 phosphorylate CDC26 to modulate assembly of the tetratricopeptide repeat subcomplex of APC/C.2015

    • 著者名/発表者名
      Masuda K, Chiyoda T, Sugiyama N, Segura-Cabrera A, Kabe Y, Ueki A, Banno K, Suematsu M, Aoki D, Ishihama Y, Saya H, Kuninaka S
    • 雑誌名

      PLoS One

      巻: 10 号: 2 ページ: 1-22

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0118662

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Large-scale determination of absolute phosphorylation stoichiometries in human cells by motif-targeting quantitative proteomics.2015

    • 著者名/発表者名
      Tsai CF, Wang YT, Yen HY, Tsou CC, Ku WC, Lin PY, Chen HY, Nesvizhskii AI, Ishihama Y, Chen YJ.
    • 雑誌名

      Nat Commun.

      巻: 6 号: 1 ページ: 6622-6622

    • DOI

      10.1038/ncomms7622

    • NAID

      120005625634

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Feasibility of label-free phosphoproteomics and application to base-line signaling of colorectal cancer cell lines.2015

    • 著者名/発表者名
      Piersma SR, Knol JC, de Reus I, Labots M, Sampadi BK, Pham TV, Ishihama Y, Verheul HM, Jimenez CR.
    • 雑誌名

      J Proteomics.

      巻: 15 ページ: 00103-7

    • DOI

      10.1016/j.jprot.2015.03.019

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Large-Scale Identification of Phosphorylation Sites for Profiling Protein Kinase Selectivity.2014

    • 著者名/発表者名
      Imamura H, Sugiyama N, Wakabayashi M, Ishihama Y.
    • 雑誌名

      J Proteome Res.

      巻: 13 号: 7 ページ: 3410-19

    • DOI

      10.1021/pr500319y

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Challenges Facing Complete Human Proteome Analysis2014

    • 著者名/発表者名
      Mio Iwasaki, Yasushi Ishihama
    • 雑誌名

      CHROMATOGRAPHY

      巻: 35 号: 2 ページ: 73-80

    • DOI

      10.15583/jpchrom.2014.013

    • NAID

      130005057720

    • ISSN
      1342-8284, 1348-3315
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Phosphorylation of mitochondrial polyubiquitin by PINK1 promotes Parkin mitochondrial tethering.2014

    • 著者名/発表者名
      Shiba-Fukushima K, Arano T, Matsumoto G, Inoshita T, Yoshida S, Ishihama Y, Ryu KY, Nukina N, Hattori N, Imai Y.
    • 雑誌名

      PLoS Genet.

      巻: 10 号: 12 ページ: 1004861-1004861

    • DOI

      10.1371/journal.pgen.1004861

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Pregnenolone functions in centriole cohesion during mitosis.2014

    • 著者名/発表者名
      Hamasaki M, Matsumura S, Satou A, Takahashi C, Oda Y, Higashiura C, Ishihama Y, Toyoshima F.
    • 雑誌名

      Chem Biol

      巻: 21 号: 12 ページ: 1707-21

    • DOI

      10.1016/j.chembiol.2014.11.005

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Hydrophilic Interaction Chromatography Using Meter-scale Monolithic Silica Capillary Column for Proteomics LC-MS.2014

    • 著者名/発表者名
      Horie K, Kamakura T, Ikegami T, Wakabayashi M, Kato T, Tanaka N, Ishihama Y.
    • 雑誌名

      Anal Chem

      巻: 86 号: 8 ページ: 3817-24

    • DOI

      10.1021/ac4038625

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] プロテオミクスを用いた細胞内リン酸化動態の計測2014

    • 著者名/発表者名
      Ishihama Y, Imami K
    • 雑誌名

      薬学雑誌

      巻: 134 号: 4 ページ: 521-527

    • DOI

      10.1248/yakushi.13-00251-4

    • NAID

      130003391200

    • ISSN
      0031-6903, 1347-5231
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Discovery of colorectal cancer biomarker candidates by membrane proteomic analysisand subsequent verification using selected reaction monitoring and tissue microarrayanalysis2014

    • 著者名/発表者名
      Kume H, Muraoka S, Kuga T, Adachi J, Narumi R, Watanabe S, Kuwano M, Kodera Y, Matsushita K, Fukuoka J, Masuda T, Ishihama Y, Matsubara H, Nomura F, Tomonaga T.
    • 雑誌名

      Mol Cell Proteomics.

      巻: M113 号: 6 ページ: 37093-37093

    • DOI

      10.1074/mcp.m113.037093

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] p38-Mediated phosphorylation of Eps15 endocytic adaptor protein.2014

    • 著者名/発表者名
      Zhou Y., Tanaka T., Sugiyama N., Yokoyama S., Kawasaki Y., Sakuma T., Ishihama Y., Saiki I., and Sakurai H.
    • 雑誌名

      FEBS Letters

      巻: 588 号: 1 ページ: 131-137

    • DOI

      10.1016/j.febslet.2013.11.020

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Inhibition of endocytic vesicle fusion by Plk1-mediated phosphorylation of vimentin during mitosis.2014

    • 著者名/発表者名
      Ikawa, K.
    • 雑誌名

      Cell Cycle

      巻: 13 号: 1 ページ: 126-137

    • DOI

      10.4161/cc.26866

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Phosphoproteome Analysis of Formalin-Fixed and Paraffin- Embedded Tissue Sections Mounted on Microscope Slides2013

    • 著者名/発表者名
      Masaki Wakabayashi, Hiroki Yoshihara, Takeshi Masuda, Mai Tsukahara, Naoyuki Sugiyama, and Yasushi Ishihama
    • 雑誌名

      Journal of Proteome research

      巻: 13 号: 2 ページ: 915-924

    • DOI

      10.1021/pr400960r

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Atg38 is required for autophagy-specific phosphatidylinositol 3-kinase complex integrity2013

    • 著者名/発表者名
      Araki Y, Ku W-C, Akioka M, May AI, Hayashi Y, Arisaka F, Ishihama Y, Ohsumi Y.
    • 雑誌名

      J. Cell Biol

      巻: 203(2) 号: 2 ページ: 299-313

    • DOI

      10.1083/jcb.201304123

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Rapid and deep profiling of human induced pluripotent stem cell proteome by one-shot nanoLC-MS/MS analysis with meter-scale monolithic silica columns2013

    • 著者名/発表者名
      山名涼太、岩崎未央、若林真樹、中川誠人、山中伸弥、石濱泰
    • 雑誌名

      Journal of Proteome Research

      巻: 12 号: 1 ページ: 214-221

    • DOI

      10.1021/pr300837u

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] LATS1/WARTS phosphorylates MYPT1 to counteract PLK1 and regulate mammalian mitotic progression2012

    • 著者名/発表者名
      Chiyoda, T.
    • 雑誌名

      J Cell Biol

      巻: 197 号: 5 ページ: 625-41

    • DOI

      10.1083/jcb.201110110

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Short-chain fatty acid receptor GPR41-mediated activation of sympathetic neurons involves synapsin 2b phosphorylation2012

    • 著者名/発表者名
      Daisuke Inoue
    • 雑誌名

      FEBS Letters

      巻: 586 号: 10 ページ: 1547-54

    • DOI

      10.1016/j.febslet.2012.04.021

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Mass spectrum sequential subtraction speeds up searching large peptide MS/MS spectra datasets against large nucleotide databases for proteogenomics.2012

    • 著者名/発表者名
      Helmy, M.; Sugiyama, N.; Tomita, M.; Ishihama, Y.
    • 雑誌名

      Genes Cells

      巻: 17 号: 8 ページ: 633-44

    • DOI

      10.1111/j.1365-2443.2012.01615.x

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Temporal Profiling of Lapatinib-suppressed Phosphorylation Signals in EGFR/HER2 Pathways2012

    • 著者名/発表者名
      Koshi Imami, Naoyuki Sugiyama, Haruna Imamura, Masaki Wakabayashi, Masaru Tomita, Masatoshi Taniguchi, Takayuki Ueno, Masakazu Toi, Yasushi Ishihama
    • 雑誌名

      Molecular and Cellular Proteomics

      巻: 11 号: 12 ページ: 1741-1757

    • DOI

      10.1074/mcp.m112.019919

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Phosphoproteomic analysis of Rhodopseudomonas palustris reveals the role of pyruvate phosphate dikinase phosphorylation in lipid production2012

    • 著者名/発表者名
      Hu, C. W.; Lin, M. H.; Huang, H. C.; Ku, W. C.; Yi, T. H.; Tsai, C. F.; Chen, Y. J.; Sugiyama, N.; Ishihama, Y.; Juan, H. F.; Wu, S. H
    • 雑誌名

      J. Proteome Res.

      巻: 11 号: 11 ページ: 5362-75

    • DOI

      10.1021/pr300582p

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 翻訳後修飾プロテオミクスと分子標的創薬2015

    • 著者名/発表者名
      石濱泰
    • 学会等名
      日本薬学会第135年会
    • 発表場所
      神戸学院大学(兵庫)
    • 年月日
      2015-03-25 – 2015-03-28
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 定量的リン酸化プロテオミクスを用いたプロテインキナーゼのリン酸化修飾と活性に関する研究2015

    • 著者名/発表者名
      敷田奈都紀、佐藤綾香、若林真樹、杉山直幸、石濱泰
    • 学会等名
      日本薬学会第135年会
    • 発表場所
      神戸サンボーホールエリア(兵庫)
    • 年月日
      2015-03-25 – 2015-03-28
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] モチーフターゲットリン酸化プロテオミクスによる分子標的薬の評価2015

    • 著者名/発表者名
      小形公亮、矢崎達也、林侑生、若林真樹、杉山直幸、石濱泰
    • 学会等名
      日本薬学会第135年会
    • 発表場所
      神戸サンボーホールエリア(兵庫)
    • 年月日
      2015-03-25 – 2015-03-28
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Challenges Facing .Complete Human Proteome Analysis2014

    • 著者名/発表者名
      Yasushi Ishihama
    • 学会等名
      14th Asia-Pacific International Symposium on Microscale Separations and Analysis 
    • 発表場所
      Kyoto University at Katsura (Kyoto, Japan)
    • 年月日
      2014-12-10 – 2014-12-12
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 定量的リン酸化プロテオミクスを用いた分子標的薬プロファイリング2014

    • 著者名/発表者名
      林侑生、若林真樹、杉山直幸、石濱泰
    • 学会等名
      第37回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(神奈川)
    • 年月日
      2014-11-25 – 2014-11-27
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 深化するHigh Resolution LC-MSとプロテオミクスへの応用2014

    • 著者名/発表者名
      石濱泰
    • 学会等名
      第86回日本生化学会大会
    • 発表場所
      京都国際会館(京都)
    • 年月日
      2014-10-15 – 2014-10-18
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Monitoring Kinome Activities Using the Highly Specific and Sensitive Substrate Peptides2014

    • 著者名/発表者名
      Naoyuki Sugiyama, Haruna Imamura, Pasrawin Taechawattananant, Dai Sakamoto, Masaki Wakabayashi, Yasushi Ishihama
    • 学会等名
      13th Human Proteome Organization World Congress
    • 発表場所
      Centro de Conventiones Norte, IFEMA (Madrid, Spain)
    • 年月日
      2014-10-05 – 2014-10-08
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Motif-targeting phosphopeptide enrichment for quantitative phosphoproteome analysis2014

    • 著者名/発表者名
      Shunsuke Takagi, Tatsuya Yazaki, Kosuke Ogata, Masaki Wakabayashi, Naoyuki Sugiyama, Yasushi Ishihama
    • 学会等名
      13th Human Proteome Organization World Congress
    • 発表場所
      Centro de Conventiones Norte, IFEMA (Madrid, Spain)
    • 年月日
      2014-10-05 – 2014-10-08
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 深化するプロテオミクスLC-MS2014

    • 著者名/発表者名
      石濱泰
    • 学会等名
      日本分析化学会第63年会
    • 発表場所
      広島大学東広島キャンパス(広島)
    • 年月日
      2014-09-17 – 2014-09-19
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 単一細胞プロテオーム解析への挑戦2014

    • 著者名/発表者名
      若林真樹、Jordan T Aerts、 Stanislav S Rubakhin、石濱泰、Jonathan V Sweedler
    • 学会等名
      BMAS2014 第27回バイオメディカル分析科学シンポジウム
    • 発表場所
      帝京大学板橋キャンパス(東京)
    • 年月日
      2014-08-20 – 2014-08-21
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] High Resolution LC coupled with High Resolution MS for In-Depth Proteomics2014

    • 著者名/発表者名
      Ishihama, Y.
    • 学会等名
      11th International Symposium on Mass Spectrometry in the Health & Life Sciences: Molecular & Cellular Proteomics 
    • 発表場所
      Hotel Nikko San Francisco(San Francisco, CA, USA)
    • 年月日
      2014-08-17 – 2014-08-21
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 定量的リン酸化プロテオミクスを用いた分子標的薬プロファイリング2014

    • 著者名/発表者名
      林侑生、若林真樹、杉山直幸、石濱泰
    • 学会等名
      日本プロテオーム学会2014年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場 (茨城)
    • 年月日
      2014-07-17 – 2014-07-18
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] ホルマリン固定パラフィン包埋検体等の組織試料に対する定量的リン酸化プロテオーム解析法の開発2014

    • 著者名/発表者名
      小椋麻由、若林真樹、杉山直幸、石濱泰
    • 学会等名
      日本プロテオーム学会2014年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場 (茨城)
    • 年月日
      2014-07-17 – 2014-07-18
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 定量リン酸化プロテオミクスによる標的パスウェイのリン酸化動態解析2014

    • 著者名/発表者名
      矢崎達也、高木俊輔、若林真樹、杉山直幸、石濱泰
    • 学会等名
      第62回質量分析総合討論会
    • 発表場所
      ホテル阪急エキスポパーク (大阪)
    • 年月日
      2014-05-14 – 2014-05-16
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 定量的リン酸化プロテオミクスによる標的パスウェイのリン酸化動態解析2014

    • 著者名/発表者名
      矢崎達也, 高木俊輔, 若林真樹, 杉山直幸, 石濱泰
    • 学会等名
      日本薬学会第134年会
    • 発表場所
      熊本大学(熊本)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] 高深度プロテオミクスを用いたキノームリン酸化シグナリング2014

    • 著者名/発表者名
      石濱泰
    • 学会等名
      大阪大学蛋白質研究所セミナー:キナーゼシグナリング
    • 発表場所
      大阪大学蛋白質研究所(大阪)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Unveiling Phosphoproteome by pY-Enhanced Phosphopeptide Enrichment Coupled with High Resolution Capillary LC-MS2013

    • 著者名/発表者名
      N. Sugiyama, S. Yoshida, M. Iwasaki, M. Wakabayashi, and Y. Ishihama
    • 学会等名
      HUPO 12th Annual World Congress
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(神奈川)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Deep Profiling of Molecular-Targeted Drugs by One-Shot Quantitative Phosphoproteomics2013

    • 著者名/発表者名
      Y. Hayashi, S. Ichihara, M. Wakabayashi, N. Sugiyama, and Y. Ishihama
    • 学会等名
      HUPO 12th Annual World Congress
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(神奈川)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Prediction of Phosphorylated Residues Based on Machine Learning Technique and Large Scale Phosphoproteomics Experiment2013

    • 著者名/発表者名
      Tamaki, H. Imamura, M. Tomita, N. Sugiyama, and Y. Ishihama
    • 学会等名
      HUPO 12th Annual World Congress
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(神奈川)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] 定量的リン酸化プロテオミクスを用いた分子標的薬プロファイリング2013

    • 著者名/発表者名
      林侑生, 市原駿, 小椋麻由, 吉田繁治, 若林真樹, 杉山直幸, 石濱泰
    • 学会等名
      日本薬学会第133年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(神奈川)
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] リン酸化プロテオミクスを用いた細胞内リン酸化ネットワークの解明2013

    • 著者名/発表者名
      石濱泰
    • 学会等名
      日本薬学会第133年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(神奈川)
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Profiling of Human Kinome using in vitro Kinase Assay in combinatino with Quantitative Phosphoproteomics2012

    • 著者名/発表者名
      N. Sugiyama, M. Gouda, H. Imamura, M. Tomita, and Y. Ishihama
    • 学会等名
      19th International Mass Spectrometry Conference
    • 発表場所
      京都国際会館(京都)
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] In-depth pharmaco-phosphoproteomics using meter-long monolithic columns to evaluate molecular-targeting drug2012

    • 著者名/発表者名
      M. Wakabayashi, A. Sato, M. Iwasaki, N. Sugiyama, and Y. Ishihama
    • 学会等名
      19th International Mass Spectrometry Conference
    • 発表場所
      京都国際会館(京都)
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Kinase-substrate networks based on in vitro kinase profiling combined with quantitative phosphoproteomic approach2012

    • 著者名/発表者名
      N. Sugiyama, M. Gouda, H. Imamura, M. Tomita, and Y. Ishihama
    • 学会等名
      HUPO 11th Annual World Congress
    • 発表場所
      Boston, USA
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書

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公開日: 2013-05-15   更新日: 2019-07-29  

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