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実験進化過程のマルチオミクス解析によるストレス耐性細胞工場の創製

研究課題

研究課題/領域番号 24246134
研究種目

基盤研究(A)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 生物機能・バイオプロセス
研究機関大阪大学

研究代表者

清水 浩  大阪大学, 情報科学研究科, 教授 (00226250)

研究分担者 古澤 力  理化学研究所生命システム研究センター, チームリーダー (00372631)
平沢 敬  東京工業大学, 大学院生命理工学研究科, 准教授 (20407125)
松田 史生  大阪大学, 大学院情報科学研究科, 准教授 (50462734)
吉川 勝徳  大阪大学, 大学院情報科学研究科, 助教 (20599279)
戸谷 吉博  大阪大学, 大学院情報科学研究科, 助教 (70582162)
研究期間 (年度) 2012-04-01 – 2016-03-31
研究課題ステータス 完了 (2015年度)
配分額 *注記
45,630千円 (直接経費: 35,100千円、間接経費: 10,530千円)
2015年度: 10,660千円 (直接経費: 8,200千円、間接経費: 2,460千円)
2014年度: 13,260千円 (直接経費: 10,200千円、間接経費: 3,060千円)
2013年度: 13,130千円 (直接経費: 10,100千円、間接経費: 3,030千円)
2012年度: 8,580千円 (直接経費: 6,600千円、間接経費: 1,980千円)
キーワード進化工学 / マルチオミクス / ストレス耐性 / 物質生産 / ゲノムスケールモデル
研究成果の概要

微生物を細胞工場として高度化するためには、バイオプロセスにおいてストレスに耐性を賦与することが重要である。本研究では、大腸菌の長期植え継ぎ培養自動化システムを開発し、バイオ化成品生産のためのストレスに対して耐性を獲得した進化株を取得する方法を開発した。進化株と親株をマルチオミクス解析し、両株の細胞内状態の解明を行った。また、ゲノムスケールの代謝反応モデルを用いてin silico予測された目的物質生産のための代謝経路デザイン株をバイオプロセス環境に適応進化させることにより、生産最適化株を創製する。こうした研究を統合的に進めることにより、バイオ燃料・化成品生産のための大腸菌細胞工場を創製する。

報告書

(5件)
  • 2015 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2014 実績報告書
  • 2013 実績報告書
  • 2012 実績報告書
  • 研究成果

    (107件)

すべて 2016 2015 2014 2013 2012 その他

すべて 雑誌論文 (18件) (うち査読あり 17件、 オープンアクセス 9件、 謝辞記載あり 5件) 学会発表 (79件) (うち国際学会 2件、 招待講演 41件) 図書 (9件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Enhancement of 1,5-diaminopentane production in a recombinant strain of <i>Corynebacterium glutamicum</i> by Tween 40 addition2016

    • 著者名/発表者名
      Yuta Matsushima, Takashi Hirasawa, Hiroshi Shimizu
    • 雑誌名

      The Journal of General and Applied Microbiology

      巻: 62 号: 1 ページ: 42-45

    • DOI

      10.2323/jgam.62.42

    • NAID

      130005127286

    • ISSN
      0022-1260, 1349-8037
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Phenotypic changes associated with the fitness cost in antibiotic resistant Escherichia coli strains2016

    • 著者名/発表者名
      Shingo Suzuki, Takaaki Horinouchi, Chikara Furusawa
    • 雑誌名

      Molecular Biosystems

      巻: Vol.12  No.2 号: 2 ページ: 414-420

    • DOI

      10.1039/c5mb00590f

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Metabolomic analysis of acid stress response in Saccharomyces cerevisiae2015

    • 著者名/発表者名
      Riyanto Heru Nugroho, Katsunori Yoshikawa, Hiroshi Shimizu
    • 雑誌名

      J Biosci Bioeng

      巻: 120 号: 4 ページ: 396-404

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2015.02.011

    • NAID

      110010010221

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Phenotypic convergence in bacterial adaptive evolution to ethanol stress2015

    • 著者名/発表者名
      Takaaki Horinouchi, Shingo Suzuki, Takashi Hirasawa, Naoaki Ono, Tetsuya Yomo, Hiroshi Shizmiu, Chikara Furusawa
    • 雑誌名

      BMC Evo. Biol.

      巻: 15 号: 1 ページ: 180-180

    • DOI

      10.1186/s12862-015-0454-6

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] 13C-based metabolic flux analysis of Saccharomyces cerevisiae with a reduced Crabtree effect2015

    • 著者名/発表者名
      Shuichi Kajihata, Fumio Matsuda, Mika Yoshimi, Kenshi Hayakawa, Chikara Furusawa, Akihisa Kanda, Hiroshi Shimizu
    • 雑誌名

      J Biosci Bioeng

      巻: 120 号: 2 ページ: 140-144

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2014.12.014

    • NAID

      210000005080

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Global relationships in fluctuation and response in adaptive evolution2015

    • 著者名/発表者名
      Chikara Furusawa and Kunihiko Kaneko
    • 雑誌名

      Jour. Roy. Soc. Interfac

      巻: Vol.12 No.109 号: 109 ページ: 20150482-20150482

    • DOI

      10.1098/rsif.2015.0482

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Suppression of antibiotic resistance acquisition by combined use of antibiotics2015

    • 著者名/発表者名
      S. Suzuki, T. Horinouchi, C. Furusawa
    • 雑誌名

      Jour. Biosci. Bioeng

      巻: - 号: 4 ページ: 467-469

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2015.02.003

    • NAID

      110010010232

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Universal Relationship in Gene-Expression Changes for Cells in Steady-Growth State2015

    • 著者名/発表者名
      K. Kaneko, C. Furusawa, T. Yomo
    • 雑誌名

      Physical Review X

      巻: 5 号: 1

    • DOI

      10.1103/physrevx.5.011014

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Increased 3-hydroxypropionic acid production from glycerol, by modification of central metabolism in Escherichia coli2014

    • 著者名/発表者名
      Kento Tokuyama, Satoshi Ohno, Katsunori Yoshikawa, Takashi Hirasawa, Shotaro Tanaka, Chikara Furusawa and Hiroshi Shimizu
    • 雑誌名

      Microbial Cell Factories

      巻: 13 号: 1 ページ: 64-64

    • DOI

      10.1186/1475-2859-13-64

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Enhanced acetic acid and succinic acid production under microaerobic conditions by <i>Corynebacterium glutamicum</i> harboring <i>Escherichia coli</i> transhydrogenase gene <i>pntAB</i>2014

    • 著者名/発表者名
      Yuto Yamauchi, Takashi Hiraswa, Msato Nishii, Chikara Furuasawa, Hiroshi Shimizu
    • 雑誌名

      The Journal of General and Applied Microbiology

      巻: 60 号: 3 ページ: 112-118

    • DOI

      10.2323/jgam.60.112

    • NAID

      130004449385

    • ISSN
      0022-1260, 1349-8037
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Prediction of antibiotic resistance by gene expression profiles2014

    • 著者名/発表者名
      S. Suzuki, T. Horinouchi, C. Furusawa
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 5 号: 1 ページ: 5792-5792

    • DOI

      10.1038/ncomms6792

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] FastPros : screening of reaction knockout strategies for metabolic engineering2014

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Ohno, Chikara Furusawa and Hiroshi Shimizu
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 30(7) 号: 7 ページ: 981-7

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btt672

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Development of an automated culture system for laboratory evolution2014

    • 著者名/発表者名
      Takaaki Horinouchi, Teruaki Minamoto, Shingo Suzuki, Hiroshi Shimizu, Chikara Furusawa
    • 雑誌名

      Journal of Laborarory Automation

      巻: -

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Addendum, Potential of a Saccharomyces cerevisiae recombinant strain lacking ethanol and glycerol biosynthesis pathways in efficient anaerobic bioproduction2014

    • 著者名/発表者名
      Takashi Hirasawa, Yoshihiro Ida, Chikara Furusawa, Hiroshi Shimizu
    • 雑誌名

      Bioengineered

      巻: 5

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Metabolic engineering of Saccharomyces cerevisiae for improving succinic acid production based on metabolic profiling2014

    • 著者名/発表者名
      Yuma Ito, Takashi Hirasawa, Hiroshi Shimizu
    • 雑誌名

      Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry

      巻: -

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] In silico screening of triple reaction knockout Escherichia coli strains for overproduction of useful metabolites2013

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Ohno, Chikara Furusawa, Hiroshi Shimizu
    • 雑誌名

      J. Biosci. Bioeng

      巻: 115 ページ: 221-228

    • NAID

      110009592575

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Development of a Physical Model-Based Algorithm for the Detection of Single-Nucleotide Substitutions by Using Tiling Microarrays.2013

    • 著者名/発表者名
      Naoaki Ono, Shingo Suzuki, Chikara Furusawa, Hiroshi Shimizu, Tetsuya Yomo.
    • 雑誌名

      PLoS ONE

      巻: 8 号: 1 ページ: e54571-e54571

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0054571

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 代謝工学の創成と発展、-代謝解析とオミクス研究との融合2012

    • 著者名/発表者名
      清水 浩
    • 雑誌名

      生物工学会誌

      巻: 90 ページ: 619-620

    • NAID

      110009553229

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 代謝フラックスを基盤とする物質生産法の開発2016

    • 著者名/発表者名
      清水 浩、松田 史生、戸谷 吉博
    • 学会等名
      2016年農芸化学会
    • 発表場所
      札幌教育文化会館大ホール(北海道札幌市)
    • 年月日
      2016-03-27
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 生物システムの安定性と可塑性: 理論と実験からのアプローチ2015

    • 著者名/発表者名
      古澤力
    • 学会等名
      第34回 BMIRC研究会
    • 発表場所
      九州工業大学飯塚キャンパス(福岡県飯塚市)
    • 年月日
      2015-12-10
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 大腸菌進化実験と 細胞シミュレーションを用いた 適応進化ダイナミクスの解析2015

    • 著者名/発表者名
      古澤力
    • 学会等名
      第38回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神戸国際会議場(兵庫県神戸市)
    • 年月日
      2015-12-02
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 全自動実験室進化システムを用いた多系列・多種ストレス環境の実験室進化による大腸菌のストレス適応戦略の解析2015

    • 著者名/発表者名
      堀之内貴明、鈴木真吾、清水浩、古澤力
    • 学会等名
      第38回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神戸公債会議場(兵庫県神戸市)
    • 年月日
      2015-12-02
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Toward Understanding of Adaptive Evolution:Computational Analysis and Experimental Evolution2015

    • 著者名/発表者名
      古澤力
    • 学会等名
      平成27年度生命システム理論研究会
    • 発表場所
      東京医科歯科大学(東京都文京区)
    • 年月日
      2015-11-27
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Synechocystis sp. PCC 6803光化学系の定量プロテオーム分析系の構築2015

    • 著者名/発表者名
      植林希代加、松田史生、日浅夏希、小倉泰郎、平野一郎、清水浩
    • 学会等名
      ラン藻の分子生物学2015
    • 発表場所
      かずさアカデミアホール(千葉県木更津市)
    • 年月日
      2015-11-16
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] 生物システムの安定性と可塑性: 大腸菌進化実験によるアプローチ2015

    • 著者名/発表者名
      古澤力
    • 学会等名
      山田研究会「生物と非生物をつなぐ」
    • 発表場所
      ラフォーレ修善寺(静岡県伊豆市)
    • 年月日
      2015-11-16
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 大腸菌の進化実験を用いた進化ダイナミクスの解析とその応用2015

    • 著者名/発表者名
      古澤力
    • 学会等名
      第67回日本生物工学大会
    • 発表場所
      城山観光ホテル(鹿児島県鹿児島市)
    • 年月日
      2015-10-28
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 大腸菌代謝フラックス解析の実験デザインの最適化2015

    • 著者名/発表者名
      前田昂亮、岡橋伸幸、松田史生、清水浩
    • 学会等名
      第67回日本生物工学会大会(2015)
    • 発表場所
      城山観光ホテル(鹿児島県鹿児島市)
    • 年月日
      2015-10-26
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] 全自動実験室進化による様々な化合物ストレスに対する耐性大腸菌の創生と耐性化機構の解析2015

    • 著者名/発表者名
      堀之内貴明、鈴木真吾、清水浩、古澤力
    • 学会等名
      第67回日本生物工学大会
    • 発表場所
      城山観光ホテル(鹿児島県鹿児島市)
    • 年月日
      2015-10-26
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] ハイスループット実験室進化とオミックス解析による大腸菌の適応進化の解析2015

    • 著者名/発表者名
      堀之内貴明、鈴木真吾、古澤力
    • 学会等名
      生命情報科学若手の会第7回研究会
    • 発表場所
      慶應義塾大学鶴岡タウンキャンパス(山形県鶴岡市)
    • 年月日
      2015-10-01
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] 大自由度ダイナミクスから”生きている状態”の記述へ2015

    • 著者名/発表者名
      古澤力
    • 学会等名
      第53回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      金沢大学角間キャンパス(石川県金沢市)
    • 年月日
      2015-09-13
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Toward Understanding of Adaptive Evolution: Computational Analysis and Experimental Evolution2015

    • 著者名/発表者名
      古澤力
    • 学会等名
      QBiC Symposium: High-dimensional data for the design principles of life
    • 発表場所
      理化学研究所 大阪キャンパス(大阪府吹田市)
    • 年月日
      2015-08-24
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 適応進化ダイナミクスの解明:微生物実験と理論解析2015

    • 著者名/発表者名
      古澤力
    • 学会等名
      東大理学部物理学科 懇話会
    • 発表場所
      東京大学本郷キャンパス(東京都文京区)
    • 年月日
      2015-07-17
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ゲノム解析の先に見えるもの:大腸菌進化実験の表現型・遺伝子型解析2015

    • 著者名/発表者名
      古澤力
    • 学会等名
      第4回NGS現場の会
    • 発表場所
      つくば国際会議場(茨城県つくば市)
    • 年月日
      2015-07-01
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 進化ダイナミクスの構成的理解~大腸菌進化実験から何が見えるか?~2015

    • 著者名/発表者名
      古澤力
    • 学会等名
      第8回Evo-devo青年の会
    • 発表場所
      名古屋大学理学南館(愛知県名古屋市)
    • 年月日
      2015-06-27
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] <SUP>13</SUP>C代謝フラックス解析に用いる<SUP>13</SUP>C標識炭素源の最適化2015

    • 著者名/発表者名
      前田昂亮、岡橋伸幸、松田史生、清水浩
    • 学会等名
      日本質量分析学会 第63回質量分析総合討論会 2015
    • 発表場所
      つくば国際会議場エポカルつくば(茨城県つくば市)
    • 年月日
      2015-06-17
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] 光合成微生物<I>Synechocystis</I> sp. PCC 6803中心代謝酵素の定量プロテオミクス2015

    • 著者名/発表者名
      日浅夏希、松田史生、小倉泰郎、平野一郎、清水浩
    • 学会等名
      日本質量分析学会 第63回質量分析総合討論会 2015
    • 発表場所
      つくば国際会議場エポカルつくば(茨城県つくば市)
    • 年月日
      2015-06-17
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] 大腸菌進化過程の表現型・遺伝子型解析:抗生物質耐性菌の出現抑制へ向けて2015

    • 著者名/発表者名
      古澤力
    • 学会等名
      アジレントゲノミクスフォーラム
    • 発表場所
      浅草橋ヒューリックホール(東京都台東区)
    • 年月日
      2015-06-16
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Phenotypic Convergence in Experimental Evolution of Antibiotic Resistant Bacteria2015

    • 著者名/発表者名
      古澤力
    • 学会等名
      2nd Symposium on Complex Biodynamics&Networks
    • 発表場所
      鶴岡市先端研究産業支援センターレクチャーホール(山形県鶴岡市)
    • 年月日
      2015-05-11
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] ゲノム解析の先に何が見えるか?~大腸菌進化実験の表現型・遺伝子型解析~2015

    • 著者名/発表者名
      古澤力
    • 学会等名
      1030回生物科学セミナー(東京大学理学部生物学科)
    • 発表場所
      東京大学本郷キャンパス(東京都文京区)
    • 年月日
      2015-05-10
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 大腸菌を用いた定常期におけるメバロン酸生産2015

    • 著者名/発表者名
      増田亜美、戸谷吉博、徳山健斗、坂野聡美、吉川勝徳、清水浩
    • 学会等名
      日本農芸化学会大会2015
    • 発表場所
      岡山大学津島キャンパス,岡山
    • 年月日
      2015-03-26 – 2015-03-29
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 微生物による物質生産のための代謝デザインと細胞評価2015

    • 著者名/発表者名
      清水浩
    • 学会等名
      近畿バイオインダストリー振興会議第31回バイオマス研究会講演会
    • 発表場所
      大阪科学技術センター,大阪
    • 年月日
      2015-03-24
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Theoretical/experimental analysis of robustness and plasticity in biological systems2015

    • 著者名/発表者名
      古澤力
    • 学会等名
      第56回植物生理学会年会シンポジウム
    • 発表場所
      東京農業大学,東京
    • 年月日
      2015-03-16 – 2015-03-18
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 実験室進化を用いた大腸菌の適応進化ダイナミクスの解析2015

    • 著者名/発表者名
      古澤力
    • 学会等名
      E-Cell Workshop 2014 Spring
    • 発表場所
      慶応義塾大学藤沢キャンパス,神奈川
    • 年月日
      2015-03-10
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 物質生産のための代謝デザインと細胞評価2014

    • 著者名/発表者名
      清水浩
    • 学会等名
      新化学技術推進協会(JACI)
    • 発表場所
      新化学技術推進協会(JACI),東京
    • 年月日
      2014-12-09
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 進化実験から見えてきたもの:微生物の適応進化過程の理解とその応用2014

    • 著者名/発表者名
      古澤力
    • 学会等名
      合成生物学シンポジウム
    • 発表場所
      神戸大学コンベンションホール,兵庫
    • 年月日
      2014-11-25
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Creating stress tolerant bacterial cells by experimental evolution2014

    • 著者名/発表者名
      Chikara Furusawa
    • 学会等名
      5th Asian Symposium on Innovative Bio-production and Biorefinery
    • 発表場所
      台南,中国
    • 年月日
      2014-11-09 – 2014-11-11
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 抗生物質を添加した環境での大腸菌進化実験2014

    • 著者名/発表者名
      古澤力
    • 学会等名
      第87回生化学会大会シンポジウム
    • 発表場所
      京都国際会館,京都
    • 年月日
      2014-10-15 – 2014-10-18
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] フラックスバランス解析に基づく有用物質生産微生物の構築2014

    • 著者名/発表者名
      清水 浩、吉川 勝徳、古澤 力、平沢 敬、戸谷 吉博、松田 史生
    • 学会等名
      第46回化学工学会秋季大会
    • 発表場所
      九州大学 伊都キャンパス,福岡
    • 年月日
      2014-09-17 – 2014-09-19
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 人工進化実験による<i>Synechocystis</i> sp. PCC 6803 のイソブタノール耐性株の獲得と変異解析2014

    • 著者名/発表者名
      松迫卓也、仲嶋翼、吉川勝徳、清水浩
    • 学会等名
      第66回日本生物工学会大会(2014)
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター,北海道
    • 年月日
      2014-09-09 – 2014-09-11
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] グリセロール単一炭素源における正確な代謝フラックス推定のための<sup>13</sup>C標識条件の検討2014

    • 著者名/発表者名
      大橋秀伍、戸谷吉博、清水浩
    • 学会等名
      第66回日本生物工学会大会(2014)
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター,北海道
    • 年月日
      2014-09-09 – 2014-09-11
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 代謝デザインへ向けたシステムバイオロジー2014

    • 著者名/発表者名
      古澤力
    • 学会等名
      第105回醗酵学懇話会
    • 発表場所
      キリンビール神戸工場,兵庫
    • 年月日
      2014-08-19
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 微細藻細胞工場の創製のための代謝工学基盤技術開発2014

    • 著者名/発表者名
      清水浩
    • 学会等名
      "未来へのバイオ技術"勉強会 「藻類が拓くグリーンバイオ成長戦略のラストステージ」
    • 発表場所
      バイオインダストリー協会,東京
    • 年月日
      2014-08-18
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Integration of in silico Design and Experimental Evaluation for Creation of Microbial Cell Factories2014

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Shimizu
    • 学会等名
      Metabolic Engineering X
    • 発表場所
      Vancouver, Canada
    • 年月日
      2014-06-15 – 2014-06-19
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 人工進化実験によるSynechocystis sp. PCC 6803のイソブタノール耐性株の取得と変異解析2014

    • 著者名/発表者名
      松迫卓也、 仲嶋翼、 吉川勝徳、清水浩
    • 学会等名
      第5回日本光合成学会年会
    • 発表場所
      近畿大学農学部,奈良
    • 年月日
      2014-05-30 – 2014-05-31
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 微生物育種に向けた多重遺伝子破壊のin silicoスクリーニング2014

    • 著者名/発表者名
      大野 聡、古澤 力、清水 浩
    • 学会等名
      生物工学若手の会 夏のセミナー2014
    • 発表場所
      神戸セミナーハウス,兵庫
    • 年月日
      2014-05-30 – 2014-05-31
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 細胞内遊離代謝物質の13C標識情報に基づくフラックス解析法の構築2014

    • 著者名/発表者名
      岡橋 伸幸、梶畠 秀一、古澤 力、清水 浩
    • 学会等名
      生物工学若手の会 夏のセミナー2014
    • 発表場所
      神戸セミナーハウス,兵庫
    • 年月日
      2014-05-30 – 2014-05-31
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] in silico代謝予測に基づいた3-ヒドロキシプロピオン酸高生産大腸菌の構築2014

    • 著者名/発表者名
      徳山 健斗、大野 聡、吉川 勝徳、古澤 力、清水 浩
    • 学会等名
      生物工学若手の会 夏のセミナー2014
    • 発表場所
      神戸セミナーハウス,兵庫
    • 年月日
      2014-05-30 – 2014-05-31
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Integration of in silico and Experimental Approaches for Creation of Microbial Cell Factories2014

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Shimizu
    • 学会等名
      2014 KSBB Spring Meeting and International
    • 発表場所
      Gyeongju, Korea
    • 年月日
      2014-04-09 – 2014-04-11
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 代謝シミュレーションを用いた、微生物によるものづくりのための多重遺伝子破壊探索手法の開発2014

    • 著者名/発表者名
      大野聡, 清水浩、古澤力
    • 学会等名
      生命情報若手の会 第5回研究会
    • 発表場所
      東京大学 検見川セミナーハウス(千葉)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] 人工進化実験による<i>Synechocystis</i> sp. PCC 6803へのイソブタノール耐性の賦与2014

    • 著者名/発表者名
      松迫 卓也、仲嶋翼、吉川勝徳、清水浩
    • 学会等名
      日本農芸化学大会2014大会
    • 発表場所
      明治大学(東京)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] <I>Synechocystis</I> sp. PCC 6803の強光耐性株の解析2014

    • 著者名/発表者名
      吉川勝徳、小川健一、秋本誠志、清水浩
    • 学会等名
      第55回日本植物生理学会年会
    • 発表場所
      富山大学(富山)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] 大腸菌の進化実験による複合適応形質の進化過程の解析2014

    • 著者名/発表者名
      古澤力
    • 学会等名
      新学術領域「複合適応形質進化の遺伝子基盤解明」25年度第一回領域会議
    • 発表場所
      鳥取大学(鳥取)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Bacterial evolution of cross-resistance and hypersensitivity to other classes of antibiotics2014

    • 著者名/発表者名
      鈴木真吾, 堀之内貴明, 古澤力
    • 学会等名
      第87回日本細菌学会総会
    • 発表場所
      タワーホール船堀(東京)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] 全自動実験室進化システムの構築と大腸菌の多系列・多種ストレス環境下での実験室進化2014

    • 著者名/発表者名
      堀之内貴明,源晃明,鈴木真吾,清水浩,古澤力
    • 学会等名
      生命情報科学若手の会第5回研究会
    • 発表場所
      東京大学 検見川セミナーハウス(千葉)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] 大腸菌の実験室進化系を用いた 適応進化ダイナミクスの解析2014

    • 著者名/発表者名
      古澤力
    • 学会等名
      第2回 社会の数理セミナー
    • 発表場所
      東京工業大学 田町キャンパス(東京)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 実験室進化を用いた大腸菌の適応進化ダイナミクスの解析2014

    • 著者名/発表者名
      古澤力
    • 学会等名
      E-Cell Workshop 2014 Spring
    • 発表場所
      慶応義塾大学湘南藤沢キャンパス(神奈川)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 異なる系統の抗菌薬に対する交差耐性および超感受性の進化2014

    • 著者名/発表者名
      鈴木真吾, 堀之内貴明, 古澤力
    • 学会等名
      第8回日本ゲノム微生物学会年会
    • 発表場所
      東京農業大学世田谷キャンパス(東京)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] International collaborative research on systems metablic engineering for low carbon society2013

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Shimizu
    • 学会等名
      Biochemical and Molecular engineering XVIII
    • 発表場所
      Beijing Pharma and Biotech Center, Beijing(China)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] <i>in silico</i>スクリーニングにより代謝物質生産が予測された大腸菌多重遺伝子破壊株の特徴解析2013

    • 著者名/発表者名
      大野聡, 古澤力、清水浩
    • 学会等名
      生物工学会
    • 発表場所
      広島国際会議場(広島)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] 代謝シミュレーションに基づいた3HP高生産大腸菌の構築2013

    • 著者名/発表者名
      徳山 健斗、大野 聡、吉川 勝徳、古澤 力、清水 浩
    • 学会等名
      生物工学会
    • 発表場所
      広島国際会議場(広島)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Systems metabolic engineering - Rational design of microbial cell factories2013

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Shimizu
    • 学会等名
      Asian Congress on Biotechnology 2013
    • 発表場所
      Indian Institute of Technology Delhi(India)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] 「ありえる生命システム」の理解へ向けて:普遍性に基づいたアプローチ2013

    • 著者名/発表者名
      古澤力
    • 学会等名
      NINS宇宙と生命懇話会(第12回)
    • 発表場所
      自然科学研究機構事務局(東京)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 大腸菌人工進化実験の表現型/遺伝子型解析 ~複数の時間スケールが絡み合うダイナミクスの理解を目指して~2013

    • 著者名/発表者名
      古澤力
    • 学会等名
      複雑生命システム動態研究教育拠点第四回全体会議
    • 発表場所
      東京大学(東京)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ラボオートメーションを活用した大腸菌人工進化実験による適応進化ダイナミクスの解析2013

    • 著者名/発表者名
      古澤力
    • 学会等名
      新学術領域「ゲノム支援」H25拡大班会議
    • 発表場所
      神戸ポートピアホテル(兵庫)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Phenotypic convergence in experimental evolution of antibiotic resistant bacteria2013

    • 著者名/発表者名
      Chikara Furusawa
    • 学会等名
      The 14th International Conference on Systems Biology(ICSB2013)
    • 発表場所
      Copenhagen, Denmark
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] ラボオートメーションによる全自動多系列実験室進化システムの構築2013

    • 著者名/発表者名
      堀之内貴明, 源晃明, 鈴木真吾, 清水浩, 古澤力
    • 学会等名
      第65回日本生物工学会大会
    • 発表場所
      広島国際会議場(広島)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] 実験進化的手法による薬剤耐性大腸菌の創出とそのゲノミクス解析2013

    • 著者名/発表者名
      鈴木真吾, 堀之内貴明, 古澤力
    • 学会等名
      第65回日本生物工学会大会
    • 発表場所
      広島国際会議場(広島)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] 実験室進化を用いた大腸菌の抗生物質耐性獲得ダイナミクスの解析2013

    • 著者名/発表者名
      鈴木真吾, 堀之内貴明, 古澤力
    • 学会等名
      日本生物物理学会
    • 発表場所
      国立京都国際会館(京都)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] 全自動実験室進化システムによる大腸菌の多系列・多種ストレス環境の実験室進化2013

    • 著者名/発表者名
      堀之内貴明,源晃明,鈴木真吾,清水浩,古澤力
    • 学会等名
      第36回日本分子生物学会年会(MBSJ2013)
    • 発表場所
      神戸国際会議場(兵庫)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] 大腸菌の実験室進化系を用いた適応進化ダイナミクスの解析2013

    • 著者名/発表者名
      古澤力
    • 学会等名
      Interdisciplinary Symposium on Advanced Biology and Biotechnology 2013
    • 発表場所
      産総研つくば中央(茨城)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 生物システムの多階層性を (理論/実験)から理解する2013

    • 著者名/発表者名
      古澤力
    • 学会等名
      第2回NINS Colloquium『自然科学の将来像』
    • 発表場所
      ヤマハリゾートつま恋(静岡)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] システムの維持と「揺らぎ」2013

    • 著者名/発表者名
      古澤力
    • 学会等名
      第2回NINS Colloquium『自然科学の将来像』
    • 発表場所
      ヤマハリゾートつま恋(静岡)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 全自動実験進化システムによる多剤耐性菌の創出と進化プロセスの解析2013

    • 著者名/発表者名
      鈴木真吾, 堀之内貴明, 古澤力
    • 学会等名
      新学術領域「ゲノム支援」H25拡大班会議
    • 発表場所
      神戸ポートピアホテル(兵庫)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] 大腸菌によるグリセロールからの3-ヒドロキシプロピオン酸生産2013

    • 著者名/発表者名
      徳山 健斗
    • 学会等名
      日本農芸化学会2013年度大会
    • 発表場所
      東北大学 川内北キャンパス
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 生命システムの可塑性と安定性の理解へ向けて2013

    • 著者名/発表者名
      古澤 力
    • 学会等名
      第1回NINS&nbsp;Colloquium「自然科学の将来像」
    • 発表場所
      神奈川県 箱根町
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 生物システムの多階層性を (理論/実験)から理解する2013

    • 著者名/発表者名
      古澤 力
    • 学会等名
      生物物理若手の会関西支部セミナー
    • 発表場所
      大阪府 吹田市
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 大腸菌実験室進化によるエタノールストレス環境に対する適応過程のマルチオミックス解析2013

    • 著者名/発表者名
      堀之内 貴明
    • 学会等名
      生命情報科学若手の会第4回研究会
    • 発表場所
      愛知県 岡崎市
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 大腸菌人工進化実験の表現型/遺伝子型解析 ~複数の時間スケールが絡み合うダイナミクスの理解を目指して~2013

    • 著者名/発表者名
      古澤 力
    • 学会等名
      細胞システムの動態と論理V
    • 発表場所
      埼玉県 和光市
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Systems Metabolic Engineering -Rational Design of Microbial Cell Factories2012

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Shimizu
    • 学会等名
      第64回日本生物工学会大会
    • 発表場所
      神戸国際会議場,兵庫
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 進化実験から得られたエタノール耐性大腸菌のマルチオミックス解析2012

    • 著者名/発表者名
      堀之内貴明
    • 学会等名
      第64回日本生物工学会大会
    • 発表場所
      神戸国際会議場,兵庫
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Genome-wide multi-omics analysis of ethanol stress tolerant strain of Escherichia2012

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Shimizu
    • 学会等名
      Metabolic Engineering IX
    • 発表場所
      Le Bellevue Congress and Exhibition centre in Biarritz, France
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Systems metabolic engineering for creation of superior microbial cell factories2012

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Shimizu
    • 学会等名
      Systems Biotechnology of Microalgae for Bioproduction, International Symposium and Exhibition
    • 発表場所
      EXCO, Daegu, Korea
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Application of Genome Scale Models to Design of Microbial Cell Factories2012

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Shimizu
    • 学会等名
      2nd Conference on Constraint-based Reconstruction and Analysis (COBRA 2012)
    • 発表場所
      Hotel Marienlyst, Helsing&oslash;r, Denmark
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 大腸菌の実験室進化系を用いた適応進化過程の解析2012

    • 著者名/発表者名
      古澤 力
    • 学会等名
      広島大学数理分子生命理学専攻第4回公開シンポジウム
    • 発表場所
      広島県 広島市
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 変動する環境下での人工進化実験による進化過程の解析2012

    • 著者名/発表者名
      古澤 力
    • 学会等名
      「複合適応形質進化の遺伝子基盤解明」平成24年度公開シンポジウム
    • 発表場所
      東京都 文京区
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] in silico 代謝フラックス予測システムの構築とその実験的検証2012

    • 著者名/発表者名
      古澤 力
    • 学会等名
      2012年度発酵と代謝研究奨励金発表会
    • 発表場所
      神奈川県 横浜市
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 大腸菌の実験室進化系を用いた適応進化ダイナミクスの解析2012

    • 著者名/発表者名
      古澤 力
    • 学会等名
      産総研公開セミナー
    • 発表場所
      茨城県 筑波市
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [図書] 1.「進化学に残された謎:複数の形質が絡み合う進化プロセスはどのようにして可能か?」『進化の謎をゲノムで解く』2015

    • 著者名/発表者名
      古澤力
    • 総ページ数
      198
    • 出版者
      学研メディカル秀潤社
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [図書] Chapter 17 Glutamic Acid2014

    • 著者名/発表者名
      Takashi Hirasawa and Hiroshi Shimizu
    • 総ページ数
      22
    • 出版者
      Weiley
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [図書] 微生物の実験室進化2014

    • 著者名/発表者名
      古澤力
    • 総ページ数
      2
    • 出版者
      生体の科学
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [図書] 適応進化はどのように起こるのか?-進化実験によるアプローチ-2014

    • 著者名/発表者名
      堀之内貴明, 古澤力
    • 総ページ数
      4
    • 出版者
      細胞工学
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [図書] 合成生物工学の隆起 ―有用物質の新たな生産法構築をめざして― 第3章 オミクス解析の視点2012

    • 著者名/発表者名
      清水 浩
    • 総ページ数
      10
    • 出版者
      シーエムシー出版
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [図書] Advanced Biochemical Engineering/Biotechnology2012

    • 著者名/発表者名
      Chikara Furusawa
    • 総ページ数
      23
    • 出版者
      Springer
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [図書] Chapter3,Design of Superior Cell Factories Based on Systems Wide Omics Analysis,Systems Metabolic Engineering2012

    • 著者名/発表者名
      Katsunori Yoshikawa
    • 総ページ数
      25
    • 出版者
      Springer
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [図書] バイオにもコンピュータが役立つってホント?ひらく、ひらく「バイオの世界」、14歳からの生物工学入門2012

    • 著者名/発表者名
      清水 浩
    • 総ページ数
      2
    • 出版者
      化学同人
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [図書] バイオ素材から樹脂原料2012

    • 著者名/発表者名
      清水 浩
    • 総ページ数
      14
    • 出版者
      日経新聞
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [備考] 清水浩研究室

    • URL

      http://www-shimizu.ist.osaka-u.ac.jp/hp/index.html

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書

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公開日: 2013-05-15   更新日: 2019-07-29  

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