イェロープロテインの構造と光反応： 一般性と多様性

• 研究課題/領域番号: 24247030
• 研究種目: 基盤研究(A)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 生物物理学
• 研究機関: 奈良先端科学技術大学院大学
• 研究代表者: 片岡 幹雄 奈良先端科学技術大学院大学, その他, 理事・副学長 (30150254)
• 研究分担者: 上久保 裕生 奈良先端科学技術大学院大学, 物質創成科学研究科, 准教授 (20311128) ; 山崎 洋一 奈良先端科学技術大学院大学, 物質創成科学研究科, 助教 (40332770)
• 研究期間 (年度): 2012-04-01 – 2016-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2016年度)
• 配分額: 45,110千円 (直接経費: 34,700千円、間接経費: 10,410千円); 2015年度: 11,570千円 (直接経費: 8,900千円、間接経費: 2,670千円); 2014年度: 13,390千円 (直接経費: 10,300千円、間接経費: 3,090千円); 2013年度: 13,260千円 (直接経費: 10,200千円、間接経費: 3,060千円); 2012年度: 6,890千円 (直接経費: 5,300千円、間接経費: 1,590千円)
• キーワード: イェロープロテイン / 低障壁水素結合 / 光反応 / 結晶構造解析 / アルギニン / FTIR / キメラ蛋白質 / 国際情報交換 / 国際情報交換（アメリカ、デンマーク） / ＦＴＩＲ / 時間分解蛋白質結晶構造解析 / 時間分割ラウエ法 / チロシンのpKa / NMR / キメラタンパク質

研究成果の概要

本研究では種々のイェロープロテイン（PYP）を用いて、蛋白質が共通の構造基盤や反応機構（一般性）から多様性を生み出す分子機構を解明することを目的とした。中性子結晶構造解析、時間分解結晶構造解析の結果から、PYPの活性中心となる発色団の低障壁水素結合形成が、光反応の共通基盤として存在していること、その際に通常プロトン化しているアルギニン残基が脱プロトン化しているという特異な性質を示すことを見出した。また、この活性中心の周辺のループ部位やヘリックス表面残基の種類、C末端部位の構造変化によって多様な性質が調整されている点を明らかにした。

研究成果

• [国際共同研究] Aarhus university(デンマーク)
• [国際共同研究] NIDDK,National Institutes of Health(米国)
• [雑誌論文] Unambiguous Determination of the Ionization State of a Photoactive Protein Active Site Arginine in Solution by NMR Spectroscopy (2016)
  • 著者名/発表者名: Y. Yoshimura, N. A.Oktaviani, K.Yonezawa, H.Kamikubo, F. A. A. Mulder
  • 雑誌名: Angewandte Chemie 巻: 56 号: 1 ページ: 239-242
  • DOI: 10.1002/anie.201609605
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] VIPP1 has a disordered C-terminal tail necessary for protecting photosynthetic membranes against stress in Arabidopsis (2016)
  • 著者名/発表者名: L. Zhang, H. Kondo, H. Kamikubo, M. Kataoka, W. Sakamoto
  • 雑誌名: Plant Physiology 巻: 171 号: 3 ページ: 1983-1995
  • DOI: 10.1104/pp.16.00532
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Vibrational analysis on the revised potential energy curve of the low-barrier hydrogen bond in photoactive yellow protein (2015)
  • 著者名/発表者名: Yusuke Kanematsu, Hironari Kamikubo, Mikio Kataoka, Masanori Tachikawa
  • 雑誌名: Computational and Structural Biotechnology Journal 巻: 14 ページ: 16-19
  • DOI: 10.1016/j.csbj.2015.10.003
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Domain-swapped dimer of Pseudomonas aeruginosa cytochrome c551: Structural insights into domain swapping of cytochrome c family proteins (2015)
  • 著者名/発表者名: Satoshi Nagao, Mariko Ueda, Hisao Osuka, Hirofumi Komori, Hironari Kamikubo, Mikio Kataoka, Yoshiki Higuchi, Shun Hirota
  • 雑誌名: PLoS One 巻: 10 号: 4 ページ: e0123653-e0123653
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0123653
  • NAID: 120005716860
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Decreased amyloidogenicity by mutational modulation of surface properties of the immunoglobulin light chain BRE variable domain (2014)
  • 著者名/発表者名: Yuta Kobayashi, Hirotaka Tsutsumi, Tetsuyuki Abe, Kyohei Ikeda, Yuki Tashiro, Satoru Unzai, Hironari Kamikubo, Mikio Kataoka, Hidekazu Hiroaki, Daizo Hamada
  • 雑誌名: Biochemistry 巻: 53(31) 号: 31 ページ: 5162-5173
  • DOI: 10.1021/bi5007892
  • 査読あり
• [雑誌論文] Formation of Domain-Swapped Oligomer of Cytochrome c from Its Molten Globule State Oligomer (2014)
  • 著者名/発表者名: Megha Deshpande, Partha Parui, Hironari Kamikubo, Masaru Yamanaka, Satoshi Nagao, Hirofumi Komori, Mikio Kataoka, Yoshiki Higuchi, Shun Hirota
  • 雑誌名: Biochemistry 巻: 53(28) 号: 28 ページ: 4696-4703
  • DOI: 10.1021/bi500497s
  • 査読あり
• [雑誌論文] Local Dynamics Coupled to Hydration Water Determines DNA-sequence Dependent Deformability (2014)
  • 著者名/発表者名: H. Nakagawa, Y. Yonetani, K. Nakajima, S. Ohira-Kawamura, T.Kikuchi, Y. Inamura, M. Kataoka, H. Kono
  • 雑誌名: Physical Reiew E 巻: 90 号: 2 ページ: 022723-022723
  • DOI: 10.1103/physreve.90.022723
  • 査読あり
• [雑誌論文] Excited-State Proton Transfer in Fluorescent Photoactive Yellow Protein Containing 7-Hydroxycoumarin (2014)
  • 著者名/発表者名: Dian Novitasari
  • 雑誌名: Advanced Materials Research 巻: 896 ページ: 85-88
  • 査読あり
• [雑誌論文] Preferential domain orientation of HMGB2 determined by the weak intramolecular interactions mediated by the interdomain linker (2013)
  • 著者名/発表者名: J. Uewaki, H. Kamikubo, J. Kurita, N. Hiroguchi, H. Moriuchi, M. Yoshida, M. Kataoka, N. U.-Tate, S. Tate
  • 雑誌名: Chem.Phys 巻: 419 ページ: 212
  • DOI: 10.1016/j.chemphys.2013.02.004
  • 査読あり
• [雑誌論文] Fingerprint signatures of lanthanide circularly polarized luminescence from proteins covalently labeled by a β -diketonate europium(III) chelate (2013)
  • 著者名/発表者名: Junpei Yuasa
  • 雑誌名: Chem. Commn. 巻: 49 号: 41 ページ: 4604-4606
  • DOI: 10.1039/c3cc40331a
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structural Basis of α-Catenin Recognition by EspB from Enterohaemorrhagic E. coli Based on Hybrid Strategy Using Low-Resolution Structural and Protein Dissection (2013)
  • 著者名/発表者名: Mitsuhide Hamaguchi
  • 雑誌名: PLoS One 巻: 8 号: 8 ページ: 71618-71618
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0071618
  • 査読あり
• [雑誌論文] Molecular dissection of IZUMO1, a sperm protein essential for sperm-egg fusion (2013)
  • 著者名/発表者名: Inoue N, Hamada D, Kamikubo H, Hirata K, Kataoka M, Yamamoto M, Ikawa M, Okabe M, Hagihara Y
  • 雑誌名: Development 巻: 140(15) 号: 15 ページ: 3221-3229
  • DOI: 10.1242/dev.094854
  • NAID: 120006957398
  • 査読あり
• [雑誌論文] Theoretical analysis of the geometrical isotope effect on the hydrogen bonds in photoactive yellow protein with multi-component density functional theory (2012)
  • 著者名/発表者名: Y. Kita, H. Kamikubo, M. Kataoka, M. Tachikawa
  • 雑誌名: Chem. Phys 巻: 419 ページ: 50-53
  • DOI: 10.1016/j.chemphys.2012.11.022
  • 査読あり
• [雑誌論文] 中性子生物物理学の展開 (2012)
  • 著者名/発表者名: 片岡幹雄
  • 雑誌名: 波紋 巻: 22 ページ: 132-138
  • NAID: 130007516782
• [雑誌論文] Watching a signaling protein function in real time via 100-ps time-resolved Laue crystallography (2012)
  • 著者名/発表者名: Friedrich Schotte
  • 雑誌名: Proc. Natl. Acad. Sci. USA 巻: 109 ページ: 19256-19261
  • 査読あり
• [雑誌論文] 働いているタンパク質の構造を実時間で見た！－次世代構造生物科学への期待 (2012)
  • 著者名/発表者名: 上久保裕生
  • 雑誌名: 化学 巻: 68 ページ: 74-75
• [雑誌論文] 1H, 13C, and 15N resonance assignment of photoactive yellow protein (2012)
  • 著者名/発表者名: Trijntje J. Pool
  • 雑誌名: Biomol. NMR Assign. 巻: 7 ページ: 97-100
  • 査読あり
• [学会発表] Analysis of amyloid formation and inhibition mechanisms of human calcitonin (2016)
  • 著者名/発表者名: Chiaki Ota, Hiroko Tanaka, Yoichi Yamazaki, Mikio Kataoka, Hironari Kamikubo
  • 学会等名: The Biophycial Society 60th Annual Meeting
  • 発表場所: Los Angeles, (California, USA)
  • 年月日: 2016-02-27
  • 国際学会
• [学会発表] Development of auto-sampling system designed for titration-saxs to investigate protein complexes under an equilibrium condition (2016)
  • 著者名/発表者名: Hironari Kamikubo, Keito Yoshida, Nobutaka Shimizu, Yoichi Yamazaki, Mikio Kataoka
  • 学会等名: The Biophycial Society 60th Annual Meeting
  • 発表場所: Los Angeles, (California, USA)
  • 年月日: 2016-02-27
  • 国際学会
• [学会発表] Mechanism of amyloid formation of human calcitonin (2015)
  • 著者名/発表者名: Mikio Kataoka, Hironari Kamikubo
  • 学会等名: The International Chemical Congress of Pacific Basin Societies 2015
  • 発表場所: Honolulu, (Hawaii, USA)
  • 年月日: 2015-12-15
  • 国際学会
• [学会発表] Femtosecond time-resolved impulsive stimulated Raman study of the primary process of photoactive yellow protein (2015)
  • 著者名/発表者名: Hikaru Kuramochi, Satoshi Takeuchi, Kento Yonezawa, Hironari Kamikubo, Mikio Kataoka, Tahei Tahara
  • 学会等名: The International Chemical Congress of Pacific Basin Societies 2015
  • 発表場所: Honolulu, (Hawaii, USA）
  • 年月日: 2015-12-15
  • 国際学会
• [学会発表] Picosecond photobiology: Watching a signaling protein function in real time via 150-picosecond time-resolved X-ray diffraction and solution scattering (2015)
  • 著者名/発表者名: Philip Anfinrud, Friedrich Schotte, Hyun Sun Cho, John Kyndt, Hironari Kamikubo, Mikio Kataoka
  • 学会等名: The International Chemical Congress of Pacific Basin Societies 2015
  • 発表場所: Honolulu, (Hawaii, USA)
  • 年月日: 2015-12-15
  • 国際学会
• [学会発表] Structural investigation of direct interaction between Shootin1 and cortactin by the titration SAXS measurements (2015)
  • 著者名/発表者名: Jyunko. Makino, Keito. Yoshida, Y. Kubo, K. Baba, Y. Yamazaki, N. Inagaki, Mikio. Kataoka, Hitonari. Kamikubo
  • 学会等名: The 4th International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
  • 発表場所: 西新プラザ（福岡県福岡市）
  • 年月日: 2015-11-21
  • 国際学会
• [学会発表] Analysis of amyloid formation and inhibition mechanisms of human calcitonin (2015)
  • 著者名/発表者名: Chiaki. Ota, Hiroko. Tanaka, T. Aizawa, Yoichi. Yamazaki, Mikio. Kataoka, Hironari. Kamikubo
  • 学会等名: The 4th International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
  • 発表場所: 西新プラザ（福岡県福岡市）
  • 年月日: 2015-11-21
  • 国際学会
• [学会発表] Analysis of interaction sites on β-scaffold region of Rhodobacter capsulatus Photoactive Yellow Protein (2015)
  • 著者名/発表者名: Yoichi Yamazaki, Atsuhiro Kawamura, Mikio Kataoka, Hironari Kamikubo
  • 学会等名: 第53回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 金沢大学（石川県金沢市）
  • 年月日: 2015-09-13
• [学会発表] Protonation State of Arginine 52 in Photoactive Yellow Protein (2015)
  • 著者名/発表者名: Kento Yonezawa, Hironari Kamikubo, Yusuke Kanematsu, Yoichi Yamazaki, Masanori Tachikawa, Mikio Kataoka
  • 学会等名: 第53回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 金沢大学（石川県金沢市）
  • 年月日: 2015-09-13
• [学会発表] Effects of chromophores of PYP - Phytochrome Related Protein on the structure (2015)
  • 著者名/発表者名: Keito Yoshida, Kento Yonezawa, Yoichi Yamazaki, Mikio Kataoka, Hironari Kamikubo
  • 学会等名: 第53回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 金沢大学（石川県金沢市）
  • 年月日: 2015-09-13
• [学会発表] Intramolecular interaction as a determination factor for structure elements of proteins (2015)
  • 著者名/発表者名: Yuji Konno, Takeshi Inagaki, Hironari Kamikubo, Mikio Kataoka
  • 学会等名: 第53回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 金沢大学（石川県金沢市）
  • 年月日: 2015-09-13
• [学会発表] Interaction/Structure analysis of GGA-Ubiquitin complex by using titration SAXS Measurement (2015)
  • 著者名/発表者名: Miho Shinohara, Hironari Kamikubo, Keito Yoshida, Yoichi Yamazaki, Kazuhisa Nakayama, Soichi Wakatsuki, Mikio Kataoka
  • 学会等名: 第53回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 金沢大学（石川県金沢市）
  • 年月日: 2015-09-13
• [学会発表] Structural investigation of direct interaction between Shootin1 and cortactin by the titration SAXS measurements (2015)
  • 著者名/発表者名: Junko Makino, Hironari Kamikubo, Yoichi Yamazaki, Mikio Kataoka, Keito Yoshida, Naoyuki Inagaki, Yusuke Kubo, Kentarou Baba
  • 学会等名: 第53回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 金沢大学（石川県金沢市）
  • 年月日: 2015-09-13
• [学会発表] The role of N-terminal region of PYP binding protein at the formation of complex with Rc-PYP (2015)
  • 著者名/発表者名: Tomoyuki Yasumuro, Yoichi Yamazaki, Mikio Kataoka, Hironari Kamikubo
  • 学会等名: 第53回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 金沢大学（石川県金沢市）
  • 年月日: 2015-09-13
• [学会発表] イェロープロテインの 時間分解X線結晶構造解析 (2015)
  • 著者名/発表者名: 片岡幹雄
  • 学会等名: 表面力セミナー
  • 発表場所: 東北大学片平キャンパス(宮城県仙台市)
  • 年月日: 2015-02-28 – 2015-03-01
• [学会発表] 蛋白質の変性構造を掘る (2015)
  • 著者名/発表者名: 片岡幹雄
  • 学会等名: 第４回生物系科学における学術研究の動向を探る
  • 発表場所: 丸駒温泉旅館(北海道千歳市)
  • 年月日: 2015-01-11
• [学会発表] Exploring regulatory association and dissociation processes of biological molecules constituting a functional module (2015)
  • 著者名/発表者名: H. Kamikubo
  • 学会等名: The 3rd International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
  • 発表場所: 合歓の郷(三重県志摩市)
  • 年月日: 2015-01-10 – 2015-01-11
• [学会発表] Protonation State of Arginine 52 in Photoactive Yellow Ptotein (2015)
  • 著者名/発表者名: K. Yonezawa
  • 学会等名: The 3rd International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
  • 発表場所: 合歓の郷(三重県志摩市)
  • 年月日: 2015-01-10 – 2015-01-11
• [学会発表] Relationship of the photoreactions of two sensor domains in PYP-Phytochrome Related Protein (2015)
  • 著者名/発表者名: Y. Keito
  • 学会等名: The 3rd International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
  • 発表場所: 合歓の郷(三重県志摩市)
  • 年月日: 2015-01-10 – 2015-01-11
• [学会発表] Analysis of amyloid formation and inhibition mechanisms of human calcitonin (2015)
  • 著者名/発表者名: H. Tanaka
  • 学会等名: The 3rd International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
  • 発表場所: 合歓の郷(三重県志摩市)
  • 年月日: 2015-01-10 – 2015-01-11
• [学会発表] The elucidation of the relationship between b4-5 loop region and the chromophore environment in PYPs (2015)
  • 著者名/発表者名: A. Kawamura
  • 学会等名: The 3rd International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
  • 発表場所: 合歓の郷(三重県志摩市)
  • 年月日: 2015-01-10 – 2015-01-11
• [学会発表] Characterization of the denatured structure of staphylococcal nuclease by tryptophan triplet state lifetime measurements (2015)
  • 著者名/発表者名: S. Aoyagi
  • 学会等名: The 3rd International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
  • 発表場所: 合歓の郷(三重県志摩市)
  • 年月日: 2015-01-10 – 2015-01-11
• [学会発表] Structure and photoreaction of photoactive yellow protein (2014)
  • 著者名/発表者名: Mikio Kataoka
  • 学会等名: OUS Physics and Chemistry joint colloquim
  • 発表場所: オクラホマ大学(Oklahoma, USA)
  • 年月日: 2014-11-04 – 2014-11-06
  • 招待講演
• [学会発表] Structure and photoreaction of photoactive yellow protein (2014)
  • 著者名/発表者名: Mikio Kataoka
  • 学会等名: 16th International Conference on Retinal Proteins
  • 発表場所: 長浜ロイヤルホテル(滋賀県長浜市)
  • 年月日: 2014-10-05 – 2014-10-10
  • 招待講演
• [学会発表] Analysis for different property of light induced structural changes between two PYPs (2014)
  • 著者名/発表者名: Y. Yamazaki
  • 学会等名: 16th International Conference on Retinal Proteins
  • 発表場所: 長浜ロイヤルホテル(滋賀県長浜市)
  • 年月日: 2014-10-05 – 2014-10-10
• [学会発表] Structural change in Arginine 52 of photoactive yellow protein during the photoreaction (2014)
  • 著者名/発表者名: K. Yonezawa
  • 学会等名: 16th International Conference on Retinal Proteins
  • 発表場所: 長浜ロイヤルホテル(滋賀県長浜市)
  • 年月日: 2014-10-05 – 2014-10-10
• [学会発表] Light-induced structural change of PYP-phytochrome related protein (2014)
  • 著者名/発表者名: K. Yoshida
  • 学会等名: 16th International Conference on Retinal Proteins
  • 発表場所: 長浜ロイヤルホテル(滋賀県長浜市)
  • 年月日: 2014-10-05 – 2014-10-10
• [学会発表] The elucidation of the relationship between β4-5 loop region and the chromophore environment in PYPs (2014)
  • 著者名/発表者名: A. Kawamura
  • 学会等名: 16th International Conference on Retinal Proteins
  • 発表場所: 長浜ロイヤルホテル(滋賀県長浜市)
  • 年月日: 2014-10-05 – 2014-10-10
• [学会発表] Photoactive Yellow Proteinにおけるアルギニン52のプロトン化状態 (2014)
  • 著者名/発表者名: 米澤健人
  • 学会等名: 第1回「動的秩序と機能」若手研究会
  • 発表場所: ラフォーレ蔵王(宮城県刈田郡蔵王町)
  • 年月日: 2014-09-28 – 2014-09-30
• [学会発表] トリプトファン三重項寿命を用いたStaphylococcal nucleaseの変性構造の評価 (2014)
  • 著者名/発表者名: 青柳貞利
  • 学会等名: 第1回「動的秩序と機能」若手研究会
  • 発表場所: ラフォーレ蔵王(宮城県刈田郡蔵王町)
  • 年月日: 2014-09-28 – 2014-09-30
• [学会発表] マイクロ流路を用いたX線溶液散乱測定サンプルチェンジャーの開発 (2014)
  • 著者名/発表者名: 岡部龍二
  • 学会等名: 第1回「動的秩序と機能」若手研究会
  • 発表場所: ラフォーレ蔵王(宮城県刈田郡蔵王町)
  • 年月日: 2014-09-28 – 2014-09-30
• [学会発表] Analysis for different property of light induced structural changes between two PYPs (2014)
  • 著者名/発表者名: Yoichi Yamazaki
  • 学会等名: 第52回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 札幌コンベションセンター(北海道札幌市)
  • 年月日: 2014-09-25 – 2014-09-27
• [学会発表] Protonation State of Arginine 52 in Photoactive Yellow Protein (2014)
  • 著者名/発表者名: Kento Yonezawa
  • 学会等名: 第52回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 札幌コンベションセンター(北海道札幌市)
  • 年月日: 2014-09-25 – 2014-09-27
• [学会発表] Relationship of the photoreactions between two sensor domains in PYP-Phytochrome Related Protein (2014)
  • 著者名/発表者名: Keito Yoshida
  • 学会等名: 第52回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 札幌コンベションセンター(北海道札幌市)
  • 年月日: 2014-09-25 – 2014-09-27
• [学会発表] Development of a microfluidics-based auto-sample changer for solution X-ray scattering (2014)
  • 著者名/発表者名: Ryuji Okabe
  • 学会等名: 第52回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 札幌コンベションセンター(北海道札幌市)
  • 年月日: 2014-09-25 – 2014-09-27
• [学会発表] Analysis of amyloid formation and inhibition mechanisms of human calcitonin (2014)
  • 著者名/発表者名: Hiroko Tanaka
  • 学会等名: 第52回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 札幌コンベションセンター(北海道札幌市)
  • 年月日: 2014-09-25 – 2014-09-27
• [学会発表] Characterization of the denatured structure of staphylococcal nuclease by tryptophan triplet state lifetime measurements (2014)
  • 著者名/発表者名: Sadatoshi Aoyagi
  • 学会等名: 第52回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 札幌コンベションセンター(北海道札幌市)
  • 年月日: 2014-09-25 – 2014-09-27
• [学会発表] The elucidation of the relationship between β4-5 loop region and the chromophore environment in PYPs (2014)
  • 著者名/発表者名: Atuhiro Kawamura
  • 学会等名: 第52回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 札幌コンベションセンター(北海道札幌市)
  • 年月日: 2014-09-25 – 2014-09-27
• [学会発表] Acid induced proton transfer in Photoactive Yellow Protein (2014)
  • 著者名/発表者名: Mai Arakawa
  • 学会等名: 第52回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 札幌コンベションセンター(北海道札幌市)
  • 年月日: 2014-09-25 – 2014-09-27
• [学会発表] The potential uses of structure and function elements (2014)
  • 著者名/発表者名: Hironari Kamikubo
  • 学会等名: The 14th KIAS Conference on Protein Structure and Function
  • 発表場所: Korean Institete for Advanced Study(Seoul, Korea)
  • 年月日: 2014-09-17 – 2014-09-20
  • 招待講演
• [学会発表] Protein Dynamics and Structure Studied by Neutron Scattering (2014)
  • 著者名/発表者名: Mikio Kataoka
  • 学会等名: The 2nd International Symposium on Science
  • 発表場所: J-PARC(茨城県つくば市)
  • 年月日: 2014-07-12 – 2014-07-15
  • 招待講演
• [学会発表] Rhodobacter capsulatus PYP結晶構造に見られる活性中間体様構造の解析/Crystal structural analysis for active-state like structure of Rhodobacter capsulatus PYP (2014)
  • 著者名/発表者名: 山崎洋一
  • 学会等名: 第14 回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: ワークピア横浜(神奈川県横浜市)
  • 年月日: 2014-06-25 – 2014-06-28
• [学会発表] FRET analysis of denatured staphylococcal nuclease (2014)
  • 著者名/発表者名: Mikio Kataoka
  • 学会等名: 8th IUPAP International Conference on Biological Physics
  • 発表場所: Institute of Physics, Chinese Academy of Sceince(Beijing, China)
  • 年月日: 2014-06-18 – 2014-06-22
  • 招待講演
• [学会発表] Structure and photoreaction of photoactive yellow protein (2014)
  • 著者名/発表者名: Mikio Kataoka
  • 学会等名: 第1回ピコバイオリジー研究所国際シンポジウム
  • 発表場所: 理化学研究所播磨事業所、兵庫県佐用郡佐用町
  • 招待講演
• [学会発表] 核酸分解酵素staphylococcal nucleaseの分子動力学に対する時系列解析：活性低下における水、リガンド、ループの関係性 (2014)
  • 著者名/発表者名: 冨士香奈
  • 学会等名: 第69回日本物理学会年次大会
  • 発表場所: 東海大学湘南キャンパス、神奈川県、平塚市
• [学会発表] Is tertiary structure required for a specific function? (2013)
  • 著者名/発表者名: Mikio Kataoka
  • 学会等名: The 8th Asian Biophysics Association Symposium
  • 発表場所: Ramada Plaza Jeju Hotel, Jeju, Korea
  • 招待講演
• [学会発表] The role of the flexible loop in Staphylococcal nuclease on its catalytic activity (2013)
  • 著者名/発表者名: Rumi Shiba
  • 学会等名: The 8th Asian Biophysics Association Symposium
  • 発表場所: Ramada Plaza Jeju Hotel, Jeju, Korea
• [学会発表] Photoactive Yellow Protein中の低障壁水素結合と近傍アルギニンの解離性 (2013)
  • 著者名/発表者名: 上久保裕生
  • 学会等名: 第13回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: とりぎん文化会館、鳥取県鳥取市
  • 招待講演
• [学会発表] 黄色ブドウ球菌由来核酸分解酵素におけるループの揺らぎと機能の関係 (2013)
  • 著者名/発表者名: 芝るみ
  • 学会等名: 第13回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: とりぎん文化会館、鳥取県鳥取市
• [学会発表] The mechanism of induced folding of Staphylococcal nuclease (2013)
  • 著者名/発表者名: Mikio Kataoka
  • 学会等名: Telluride Science Research Center Workshop on Protein Dynamics 2013
  • 発表場所: Telliraide Intermediate School, Telluride, USA
  • 招待講演
• [学会発表] Excited-state proton transfer in fluorescent Photoactive Yellow Protein containing 7-hydroxycoumarin (2013)
  • 著者名/発表者名: Dain Novitasari
  • 学会等名: International Conference on Advanced Materials Science and Technology 2013
  • 発表場所: University Gadjah Mada, Yogyakarta, Indonesia
• [学会発表] トリプトファン三重項寿命を用いたStaphylococcal nucleaseの主鎖の運動性評価 (2013)
  • 著者名/発表者名: 松本昇紘
  • 学会等名: 日本物理学会 2013年秋季大会
  • 発表場所: 徳島大学、常三島キャンパス、徳島県徳島市
• [学会発表] Time-resolved Laue crystallography of photoactive yellow protein with 150psec time resolution (2013)
  • 著者名/発表者名: Mikio Kataoka
  • 学会等名: 第51回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 国立京都国際会館、京都府京都市
• [学会発表] Translation diffusion dynamics of protein hydration water and its dynamical coupling with protein dynamics (2013)
  • 著者名/発表者名: Hiroshi Nakagawa
  • 学会等名: 第51回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 国立京都国際会館、京都府京都市
• [学会発表] Domain-Swapped Oligomerization and Molten Globule State of Cytochrome c (2013)
  • 著者名/発表者名: Megha Deshpande
  • 学会等名: 第51回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 国立京都国際会館、京都府京都市
• [学会発表] Analysis of interaction sites on the Photoactive Yellow Protein of Rhodobacter capsulatus (2013)
  • 著者名/発表者名: Yoichi Yamazaki
  • 学会等名: 第51回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 国立京都国際会館、京都府京都市
• [学会発表] The role of the flexible loop in Staphylococcal nuclease on its catalytic activity (2013)
  • 著者名/発表者名: Rumi Shiba
  • 学会等名: 第51回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 国立京都国際会館、京都府京都市
• [学会発表] Exited State Proton Transfer of Fluorescent Photoactive Yellow Protein Reconstituted with Hydroxycoumarin (2013)
  • 著者名/発表者名: Dain Novitasari
  • 学会等名: 第51回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 国立京都国際会館、京都府京都市
• [学会発表] Protonation State of Arginine 52 in Photoactive Yellow Protein (2013)
  • 著者名/発表者名: Kento Yonezawa
  • 学会等名: 第51回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 国立京都国際会館、京都府京都市
• [学会発表] X-ray Solution Scattering Studies of PYP-Phytochrome Related Protein (2013)
  • 著者名/発表者名: Keito Yoshida
  • 学会等名: 第51回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 国立京都国際会館、京都府京都市
• [学会発表] Analysis of unfolded structure of Staphylococcal nuclease mutants by using FRET (2013)
  • 著者名/発表者名: Emi Ohta
  • 学会等名: 第51回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 国立京都国際会館、京都府京都市
• [学会発表] Main-chain dynamics of staphylococcal nuclease in microsecond timescale (2013)
  • 著者名/発表者名: Takahiro Matsumoto
  • 学会等名: 第51回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 国立京都国際会館、京都府京都市
• [学会発表] Local flexibility of denatured structure and its relationship to non-local interaction in staphylococcal nuclease (2013)
  • 著者名/発表者名: Toshiyuki Minemura
  • 学会等名: 第51回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 国立京都国際会館、京都府京都市
• [学会発表] Extraction of Function Elements from Green Fluorescent Protein (2013)
  • 著者名/発表者名: Toshio Morimoto
  • 学会等名: 第51回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 国立京都国際会館、京都府京都市
• [学会発表] Roles of functional elements transplanted into the artificial enzyme (2013)
  • 著者名/発表者名: Mai Arakawa
  • 学会等名: 第51回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 国立京都国際会館、京都府京都市
• [学会発表] X-ray crystal structure analysis of the Photoactive Yellow Protein of Rhodobacter capsulatus (2013)
  • 著者名/発表者名: Hiroshi Matsumoto
  • 学会等名: 第51回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 国立京都国際会館、京都府京都市
• [学会発表] Analysis of Equilibrium of intermediate states of PYP by use of chimera proteins (2013)
  • 著者名/発表者名: Yoshiaki Matsumoto
  • 学会等名: 第51回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 国立京都国際会館、京都府京都市
• [学会発表] Protonation state of R52 at the PYPM intermediate state (2013)
  • 著者名/発表者名: Masayoshi Noji
  • 学会等名: 第51回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 国立京都国際会館、京都府京都市
• [学会発表] Structure and photoreaction of photoactive yellow protein (2013)
  • 著者名/発表者名: 片岡幹雄
  • 学会等名: The 4th Japan-France Joint Symposium
  • 発表場所: 兵庫県佐用郡佐用町
  • 招待講演
• [学会発表] イェロープロテインの光反応中の構造変化を見る (2013)
  • 著者名/発表者名: 片岡幹雄
  • 学会等名: 日本物理学会第68回年次大会
  • 発表場所: 広島大学、広島県東広島市
• [学会発表] The role of hydrogen bonding network around the chromophore for the interaction of Rc-PYP (2012)
  • 著者名/発表者名: Yoichi Yamazaki
  • 学会等名: 第50回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 名古屋大学、愛知県名古屋市
• [学会発表] Effect of N-terminal region to the structure formation of PYP (2012)
  • 著者名/発表者名: Mitsuhiro Sakonji
  • 学会等名: 第50回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 名古屋大学、愛知県名古屋市
• [学会発表] Analysis of interaction sites on the Photoactive Yellow Protein of Rhodobacter capsulatus with chimeric proteins (2012)
  • 著者名/発表者名: Mayu Shimada
  • 学会等名: 第50回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 名古屋大学、愛知県名古屋市
• [学会発表] Roles of hydrogen bonds around chromophore in Photoactive Yellow Protein studied by OH-deficient cinnamic acid (2012)
  • 著者名/発表者名: Masatoshi Narumi
  • 学会等名: 第50回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 名古屋大学、愛知県名古屋市
• [学会発表] Photoreaction of PYP domain regulates the structural change during the photoreaction of phytochrome domain of Ppr (2012)
  • 著者名/発表者名: Keito Yoshida
  • 学会等名: 第50回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 名古屋大学、愛知県名古屋市
• [学会発表] Protonation state of arginine 52 near the low barrier hydrogen bond in photoactive yellow protein (2012)
  • 著者名/発表者名: Kento Yonezawa
  • 学会等名: 第50回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 名古屋大学、愛知県名古屋市
• [学会発表] Fluorescence properties of chromophore fluorescence properties of chromophore modified photoactive yellow protein (2012)
  • 著者名/発表者名: Dian Novitasari
  • 学会等名: The 6th International Symposium on Molecular Science of Fluctuations toward Biological Functions
  • 発表場所: 京都テルサ、京都府京都市
• [学会発表] Extraction of the structure elements from PYP (2012)
  • 著者名/発表者名: Mitsuhiro Sakonji
  • 学会等名: The 6th International Symposium on Molecular Science of Fluctuations toward Biological Functions
  • 発表場所: 京都テルサ、京都府京都市
• [学会発表] Analysis of interaction sites on the Photoactive Yellow Protein of Rhodobacter capsulatus with chimeric proteins (2012)
  • 著者名/発表者名: Mayu Shimada
  • 学会等名: The 6th International Symposium on Molecular Science of Fluctuations toward Biological Functions
  • 発表場所: 京都テルサ、京都府京都市
• [学会発表] Roles of hydrogen bonds around chromophore in Photoactive Yellow Protein studied by OH-deficient cinnamic acid (2012)
  • 著者名/発表者名: Masatoshi Narumi
  • 学会等名: The 6th International Symposium on Molecular Science of Fluctuations toward Biological Functions
  • 発表場所: 京都テルサ、京都府京都市
• [学会発表] Structural analysis of PYP-Phytochrome Related Protein during its photoreaction by using small angle X-ray scattering (2012)
  • 著者名/発表者名: Keito Yoshida
  • 学会等名: The 6th International Symposium on Molecular Science of Fluctuations toward Biological Functions
  • 発表場所: 京都テルサ、京都府京都市
• [学会発表] Protonation State of Arginine 52 near the Low Barrier Hydrogen Bond in Photoactive Yellow Protein (2012)
  • 著者名/発表者名: Kento Yonezawa
  • 学会等名: The 6th International Symposium on Molecular Science of Fluctuations toward Biological Functions
  • 発表場所: 京都テルサ、京都府京都市
• [学会発表] 結晶構造解析と溶液散乱測定から見た光センサー蛋白質の局所構造と全体構造 (2012)
  • 著者名/発表者名: 上久保裕生
  • 学会等名: 第38回量子物理化学セミナー
  • 発表場所: 横浜市立大学、神奈川県横浜市
• [図書] 光と生命の事典 (2016)
  • 著者名/発表者名: 片岡幹雄
  • 総ページ数: 436
  • 出版者: 朝倉書店
• [図書] Molecular Science of Fluctuations Toward Biological Functions (2016)
  • 著者名/発表者名: F. Schotte, H.-S. Cho, H. Kamikubo, M. Kataoka
  • 総ページ数: 270
  • 出版者: Springer
• [図書] Molecular Science of Fluctuations Toward Biological Functions (2016)
  • 著者名/発表者名: M. Kataoka
  • 総ページ数: 270
  • 出版者: Springer
• [図書] 揺らぎ・ダイナミクスと生体機能(寺嶋正秀編）「物理化学的視点から見た生体分子」 (2013)
  • 著者名/発表者名: 片岡幹雄
  • 総ページ数: 347
  • 出版者: 化学同人
• [図書] ひかりエネルギー革命－グリーンフォトニクス－ (2012)
  • 著者名/発表者名: 片岡幹雄
  • 総ページ数: 121
  • 出版者: 化学同人