魚介類ＲＮＡ干渉機構の解明と増養殖・感染防御への応用

• 研究課題/領域番号: 24248034
• 研究種目: 基盤研究(A)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 水産学一般
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 浅川 修一 東京大学, 農学生命科学研究科, 教授 (30231872)
• 研究期間 (年度): 2012-04-01 – 2015-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2014年度)
• 配分額: 45,760千円 (直接経費: 35,200千円、間接経費: 10,560千円); 2014年度: 8,970千円 (直接経費: 6,900千円、間接経費: 2,070千円); 2013年度: 8,840千円 (直接経費: 6,800千円、間接経費: 2,040千円); 2012年度: 27,950千円 (直接経費: 21,500千円、間接経費: 6,450千円)
• キーワード: RNA干渉 / miRNA / piRNA / torafugu / medaka / pearl oyster / Heterobothrium okamotoi / トランスクリプトーム / 小分子RNA / ヘテロボツリウムオカモトイ / トラフグ / メダカ / miR-499 / アコヤガイ / クドア / 感染防御 / RNA薬 / 寄生虫 / クルマエビ / シーケンシング

研究成果の概要

本研究では魚介類においてRNA干渉に関わる小分子RNAを網羅的に解析し、それらの知見を水産分野に役立てることを目的に基礎研究を行った。次世代シーケンサーによるトランスクリプトームにより、トラフグ、メダカ、アコヤガイの各組織における小分子RNA発現プロフィールを明らかにした。トラフグにおいては1420 種類の miRNAを見出すとともに、それぞれのmiRNAに多数のisomiRが存在することを見出した。魚介類の病原体防御にRNAiを活用することを考え、病原体側の遺伝子構造の解析を推進した。

研究成果

• [雑誌論文] Characterization of the torafugu (Takifugu rubripes) immunoglobulin heavy chain gene locus. (2015)
  • 著者名/発表者名: Fu X, Zhang H, Tan E, Watabe S, Asakawa S.
  • 雑誌名: Immunogenetics. 巻: 67(3) 号: 3 ページ: 179-93
  • DOI: 10.1007/s00251-014-0824-z
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Dramatic improvement in genome assembly achieved using doubled-haploid genomes. (2014)
  • 著者名/発表者名: Zhang H, Tan E, Suzuki Y, Hirose Y, Kinoshita S, Okano H, Kudoh J, Shimizu A, Saito K, Watabe S, Asakawa S.
  • 雑誌名: Sci Rep. 巻: 4 号: 1 ページ: 6780-6780
  • DOI: 10.1038/srep06780
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] haracterization and antimicrobial susceptibility of motile aeromonads isolated from freshwater ornamental fish showing signs of septicaemia (2014)
  • 著者名/発表者名: Jagoda S S S de S, Wijewardana T G, Arulkanthan A, Igarashi Y, Tan E, Kinoshita S, Watabe S, Asakawa S.
  • 雑誌名: DISEASES OF AQUATIC ORGANISMS 巻: 印刷中 号: 2 ページ: 127-37
  • DOI: 10.3354/dao02733
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Draft Genome Sequence of Aeromonas hydrophila Strain Ae34, Isolated from a Septicemic and Moribund Koi Carp (Cyprinus carpio koi), a Freshwater Aquarium Fish. (2014)
  • 著者名/発表者名: Jagoda SS, Tan E, Arulkanthan A, Kinoshita S, Watabe S, Asakawa S.
  • 雑誌名: Genome Announc. 巻: 2(3). 号: 3
  • DOI: 10.1128/genomea.00572-14
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Evolution of the myosin heavy chain gene MYH14 and its intronic microRNA miR-499: muscle-specific miR-499 expression persists in the absence of the ancestral host gene. (2013)
  • 著者名/発表者名: Bhuiyan SS, Kinoshita S, Wongwarangkana C, Asaduzzaman M, Asakawa S. and Watabe S.
  • 雑誌名: BMC evolutionary biology 巻: 13 ページ: 122-122
  • 査読あり
• [雑誌論文] Assessment of homozygosity levels in the mito-gynogenetic torafugu (Takifugu rubripes) by genome-wide SNP analyses. (2013)
  • 著者名/発表者名: Zhang Hong
  • 雑誌名: Aquaculture 巻: 380-383 ページ: 114-119
  • DOI: 10.1016/j.aquaculture.2012.12.003
  • 査読あり
• [学会発表] トラフグ寄生虫Heterobothrium okamotoiの トランスクリプトーム解析 (2015)
  • 著者名/発表者名: 向野颯馬・陳盈光・水野直樹・ 浅川修一
  • 学会等名: 平成27年度日本水産学会春季大会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2015-03-27 – 2015-03-31
• [学会発表] Genetic characterisation of multidrug resistant Citrobacter spp. isolated from septicaemic fresh water ornamental fish, 9th symposium on diseases in Asian aquaculture (DAA9) (2014)
  • 著者名/発表者名: S.S.S.De S. Jagoda
  • 学会等名: 9th symposium on diseases in Asian aquaculture (DAA9)
  • 発表場所: Ho Chi Minh, Vietnam
  • 年月日: 2014-11-24 – 2014-11-28
• [学会発表] アエロモナス属Aeromonas veronii における gyrB 遺伝子及びrpoD 遺伝子の種内多様性の 解析 (2014)
  • 著者名/発表者名: Jagoda, S.S.S.De S・木下滋晴・ 浅川修一・渡部終五
  • 学会等名: 平成26年度日本水産学会秋季大会
  • 発表場所: 福岡
  • 年月日: 2014-09-19 – 2014-09-22
• [学会発表] Draft genome sequence of Aeromonas hydrophila strain Ae34, isolated from a koi carp showing signs of haemorrhagic septicaemia, (2013)
  • 著者名/発表者名: agoda, S.S.S.De S., Engkong, T., Kinoshita, S., Watabe, S., Asakawa, S.
  • 学会等名: The 36th Annual meeting of the Molecular Biology Society of Japan
  • 発表場所: Kobe, Japan
• [学会発表] Genome and transcriptome analysis of aquatic organisms by next generation sequencing (2013)
  • 著者名/発表者名: S. Asakawa
  • 学会等名: FABA2013
  • 発表場所: Erzurum, Turkey
  • 招待講演
• [学会発表] Towards high quality assembly of torafugu (Takifugu rubripes) genome using homozygous gynogenetic individuals (2013)
  • 著者名/発表者名: Zhang Hong
  • 学会等名: 平成２５年度日本水産学会春季大会
  • 発表場所: 品川 東京海洋大学
• [学会発表] Comprehensive analysis of small RNAs in Takifugu rubripes (2013)
  • 著者名/発表者名: Chaninya Wongwarangkana
  • 学会等名: 平成２５年度日本水産学会春季大会
  • 発表場所: 品川 東京海洋大学
• [学会発表] A 5’-flanking region can drive indigenous slow/cardiac-specific expression of myosin heavy chain gene, MYH14, in zebrafish. (2013)
  • 著者名/発表者名: Bhuiyan Sharmin Siddiqu
  • 学会等名: 平成２５年度日本水産学会春季大会
  • 発表場所: 品川 東京海洋大学
• [学会発表] Comprehensive analysis of small RNA in Takifugu rubripes and Oryzias latipes (2012)
  • 著者名/発表者名: Chaninya Wongwarangkana
  • 学会等名: 第35回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 福岡 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡
• [学会発表] Comprehensive analysis of small RNA in Takifugu rubripes and Oryzias latipes (2012)
  • 著者名/発表者名: Chaninya Wongwarangkana
  • 学会等名: Seventeenth Annual Meeting of the RNA Society
  • 発表場所: Ann Arbor, Michigan, USA
• [学会発表] The Intronic miRNA, miR-499 of Zebrafish Myosin Heavy Chain Gene, MYH14, Regulating the Formation of Slow Muscle in Zebrafish (2012)
  • 著者名/発表者名: Bhuiyan Sharmin Siddiqu
  • 学会等名: The Nordic Countries Meeting on Zebrafish As a Model Organism For Development and Disease
  • 発表場所: Nobel Forum, Karolinska Institutet, Stockholm, Sweden
• [学会発表] The Slow/cardiac Specific Intronic miRNA, miR-499 of Zebrafish and Torafugu of Myosin Heavy Chain Gene, MYH14, Regulating the Formation of Slow Muscle in Zebrafish (2012)
  • 著者名/発表者名: Bhuiyan Sharmin Siddiqu
  • 学会等名: 18th Zebrafish and Medaka Meeting (ZMJM)
  • 発表場所: 京都 京都大学医学部芝蘭会館