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多様な半構造化データからのデータ構造推定

研究課題

研究課題/領域番号 24300054
研究種目

基盤研究(B)

配分区分一部基金
応募区分一般
研究分野 知能情報学
研究機関京都大学

研究代表者

馬見塚 拓  京都大学, 化学研究所, 教授 (00346107)

連携研究者 瀧川 一学  北海道大学, 情報科学研究科, 准教授 (10374597)
ハンコック ティモシー  京都大学, 化学研究所, 助教 (80600709)
志賀 元紀  岐阜大学, 工学部, 助教 (20437263)
津田 宏治  東京大学, 新領域創成科学研究科, 教授 (90357517)
茅野 光範  帯広畜産大学, グローバルアグロメディシン研究センター, 講師 (20590095)
グェン カン ハオ  京都大学, 化学研究所, 助教 (90626889)
研究期間 (年度) 2012-04-01 – 2016-03-31
研究課題ステータス 完了 (2015年度)
配分額 *注記
17,940千円 (直接経費: 13,800千円、間接経費: 4,140千円)
2014年度: 6,110千円 (直接経費: 4,700千円、間接経費: 1,410千円)
2013年度: 6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円)
2012年度: 5,330千円 (直接経費: 4,100千円、間接経費: 1,230千円)
キーワード知識発見とデータマイニング / グラフマイニング / 機械学習 / 生体生命情報学 / 人工知能 / ゲノム / プロテオーム
研究成果の概要

本研究では、グラフやネットワークに代表される半構造化データの様々な問題設定に対する解決手法を構築することを目指してきた。特に、ノードとリンクで表されるグラフにおいて、ノードに付けられたラベルに関する「ラベル伝搬」、さらに、リンクを予測する「リンク予測」という二つの問題に着目した。さらに、手法構築のみならず実データへの適用及び有効性実証を行った。この応用においては、特に生命科学におけるグラフデータ等での検証を行った。

報告書

(5件)
  • 2015 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2014 実績報告書
  • 2013 実績報告書
  • 2012 実績報告書
  • 研究成果

    (38件)

すべて 2016 2015 2014 2013 2012 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (22件) (うち査読あり 22件、 謝辞記載あり 10件) 学会発表 (12件) (うち招待講演 6件) 図書 (1件) 備考 (1件)

  • [国際共同研究] Lille 1 University(France)

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [国際共同研究] Fudan University(中国)

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [雑誌論文] Mining approximate patterns with frequent locally optimal occurrences2016

    • 著者名/発表者名
      Nakamura A, Takigawa I, Tosaka H, Kudo M, Mamitsuka H
    • 雑誌名

      Discrete Applied Mathematics

      巻: 200 ページ: 123-152

    • DOI

      10.1016/j.dam.2015.07.002

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Current Status and Prospects of Computational Resources for Natural Product Dereplication: A Review.2016

    • 著者名/発表者名
      Mohamed, A., Nguyen, C. H. and Mamitsuka, H.
    • 雑誌名

      Briefings in Bioinformatics

      巻: 17 号: 2 ページ: 309-321

    • DOI

      10.1093/bib/bbv042

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Non-negative Matrix Factorization with Auxiliary Information on Overlapping Groups2015

    • 著者名/発表者名
      Motoki Shiga, Hiroshi Mamitsuka
    • 雑誌名

      IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering

      巻: 27 号: 6 ページ: 1615-1628

    • DOI

      10.1109/tkde.2014.2373361

    • NAID

      120005663300

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] MeSHLabeler: Improving the Accuracy of Large-scale MeSH indexing by Integrating Diverse Evidence.2015

    • 著者名/発表者名
      Liu, K., Peng, S., Wu, J., Zhai, C., Mamitsuka H. and Zhu S.
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 31 号: 12 ページ: i339-i347

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btv237

    • NAID

      120005980853

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] BMExpert: Mining MEDLINE for Finding Experts in Biomedical Domains Based on Language Model.2015

    • 著者名/発表者名
      Wang, B., Chen, X., Mamitsuka, H. and Zhu, S.
    • 雑誌名

      IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics

      巻: 12 号: 6 ページ: 1286-1294

    • DOI

      10.1109/tcbb.2015.2430338

    • NAID

      120006654074

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] MeSHSim: An R/Bioconductor Package for Measuring Semantic Similarity over MeSH Headings and MEDLINE Documents2015

    • 著者名/発表者名
      Zhou, J., Shui, Y., Peng, S., Li, X., Mamitsuka, H. and Zhu, S.
    • 雑誌名

      Journal of Bioinformatics and Computational Biology

      巻: 13 号: 06 ページ: 1542002-1542002

    • DOI

      10.1142/s0219720015420020

    • NAID

      120006654075

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Evaluation of Serum-based Cancer Biomarkers: A Brief Review from a Clinical and Computational Viewpoint2015

    • 著者名/発表者名
      Yotsukura, S. and Mamitsuka, H.
    • 雑誌名

      Critical Reviews in Oncology/Hematology

      巻: 93 号: 2 ページ: 103-115

    • DOI

      10.1016/j.critrevonc.2014.10.002

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書 2014 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] NetPathMiner:R/Bioconductor Package for Network Path Mining through Gene Expression2014

    • 著者名/発表者名
      Mohamed, A., Hancock, T., Nguyen, C. H. and Mamitsuka, H.
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 30 号: 21 ページ: 3139-3141

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btu501

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Detecting Differentially Coexpressed Genes from Labeled Expression Data:A Brief Review2014

    • 著者名/発表者名
      Kayano, M., Shiga, M. and Mamitsuka, H.
    • 雑誌名

      IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics

      巻: 11 号: 1 ページ: 154-167

    • DOI

      10.1109/tcbb.2013.2297921

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Selecting Graph Cut Solutions via Global Graph Similarity2014

    • 著者名/発表者名
      Nguyen, C. H., Wicker, N. and Mamitsuka, H.
    • 雑誌名

      IEEE Transactions on Neural Networks and Learning Systems

      巻: 25 号: 7 ページ: 1407-1412

    • DOI

      10.1109/tnnls.2013.2292975

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Similarity-based machine learning methods for predicting drug.target interactions : a brief review2013

    • 著者名/発表者名
      Ding H, Takigawa I, Mamitsuka H, Zhu S
    • 雑誌名

      Briefings in Bioinformatics

      巻: (印刷中・先行オンライン出版済) 号: 5 ページ: 737-747

    • DOI

      10.1093/bib/bbt056

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Multiple Graph Label Propagation by Sparse Integration2013

    • 著者名/発表者名
      Karasuyama, M. and Mamitsuka, H.
    • 雑誌名

      IEEE Transactions on Neural Networks and Learning Systems

      巻: 24 号: 12 ページ: 1999-2012

    • DOI

      10.1109/tnnls.2013.2271327

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A New Dissimilarity Measure for Comparing Labeled Graphs2013

    • 著者名/発表者名
      Wicker, N., Nguyen, C. H. and Mamitsuka, H.
    • 雑誌名

      Linear Algebra and its Applications

      巻: 438 号: 5 ページ: 2331-2338

    • DOI

      10.1016/j.laa.2012.10.021

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Efficient Semi-supervised MEDLINE Document Clustering with MeSH Semantic and Global Content Constraints2013

    • 著者名/発表者名
      Gu, J., Feng, W., Zeng, J., Mamitsuka, H. and Zhu, S.
    • 雑誌名

      IEEE Transactions on Cybernetics

      巻: 43 号: 4 ページ: 1265-1276

    • DOI

      10.1109/tsmcb.2012.2227998

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Fast Algorithms for Finding a Minimum Repetition Representation of Strings and Trees2013

    • 著者名/発表者名
      Nakamura, A., Saito, T., Takigawa, I., Kudo, M. and Mamitsuka, H.
    • 雑誌名

      Discrete Applied Mathematics

      巻: 161 号: 10-11 ページ: 1556-1575

    • DOI

      10.1016/j.dam.2012.12.013

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Graph mining: procedure, application to drug discovery and recent advances2013

    • 著者名/発表者名
      Ichigaku Takigawa, Hiroshi Mamitsuka
    • 雑誌名

      Drug Discovery Today

      巻: 18: 1-2 号: 1-2 ページ: 50-57

    • DOI

      10.1016/j.drudis.2012.07.016

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] SIBIC : A Web Server for Generating Gene Set Seiworks Based on Blelusters Obtained by Maximal Frequent Itemsel Mining2013

    • 著者名/発表者名
      Keiichio Takahashi. Ichigaku Takigawa and Hiroshi Mamitsuka
    • 雑誌名

      PLOS ONE

      巻: 8(12) 号: 12 ページ: e82890-e82890

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0082890

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] An In Silico Model for Interpreting Polypharmacological Relationships in Drug-Target Networks2013

    • 著者名/発表者名
      Ichigaku Takigawa, Koji Tsuda, Hiroshi Mamitsuka
    • 雑誌名

      Methods in Molecular Biology (In Silico Models for Drug Discovery)

      巻: 993 ページ: 67-80

    • DOI

      10.1007/978-1-62703-342-8_5

    • ISBN
      9781627033411, 9781627033428
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Identifying Pathways of Coordinated Gene Expression2013

    • 著者名/発表者名
      Timothy Hancock, Ichigaku Takigawa, Hiroshi Mamitsuka
    • 雑誌名

      Methods in Molecular Biology (Data Mining for Systems Biology)

      巻: 939 ページ: 69-85

    • DOI

      10.1007/978-1-62703-107-3_7

    • ISBN
      9781627031066, 9781627031073
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Latent Feature Kernels for Link Prediction on Sparse Graphs2012

    • 著者名/発表者名
      Nguhen, C. H. and Mamitsuka, H.
    • 雑誌名

      LEEE Transactions on Neural Networks and Learning Systems

      巻: 23 号: 11 ページ: 1793-1804

    • DOI

      10.1109/tnnls.2012.2215337

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Boosted Network Classifiers for Local Feature Selection2012

    • 著者名/発表者名
      Hancock. T. and Mami tsuka, H.
    • 雑誌名

      IEEE Transactions on Neural Networks and Learning Systels

      巻: 23 号: 11 ページ: 1767-1778

    • DOI

      10.1109/tnnls.2012.2214057

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A Variational Bayesian Framework for Clustering with Multiple Graphs2012

    • 著者名/発表者名
      Shiga, M. and Mam i tsuka, H.
    • 雑誌名

      IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering

      巻: 24 号: 4 ページ: 577-590

    • DOI

      10.1109/tkde.2010.272

    • NAID

      120004007455

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Collaborative matrix factorization for predicting drug-target interactions2015

    • 著者名/発表者名
      Mamitsuka, H.
    • 学会等名
      CIM Workshop on Machine Learning
    • 発表場所
      Uppsala, Sweden
    • 年月日
      2015-10-08
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Instance-wise Weighted Nonnegative Matrix Factorization for Aggregating Partitions with Locally Reliable Clusters.2015

    • 著者名/発表者名
      Zheng, X., Zhu, S., Gao, J. and Mamitsuka, H.
    • 学会等名
      24th International Joint Conference on Artificial Intelligence (IJCAI 2015)
    • 発表場所
      Buenos Aires, Argentina
    • 年月日
      2015-07-25
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] MeSHLabeler: Improving the Accuracy of Large-scale MeSH indexing by Integrating Diverse Evidence2015

    • 著者名/発表者名
      Liu, K., Peng, S., Wu, J., Zhai, C., Mamitsuka H. and Zhu S.
    • 学会等名
      23rd International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB/ECCB 2015)
    • 発表場所
      Dublin, Ireland
    • 年月日
      2015-07-10
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Learning kernel-based feature representation for gene essentiality prediction2014

    • 著者名/発表者名
      Karasuyama, M. and Mamitsuka, H.
    • 学会等名
      DREAM Challenges and Cytoscape Workshops
    • 発表場所
      San Diego, CA, USA
    • 年月日
      2014-11-09 – 2014-11-14
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Collaborative Matrix Factorization for Predicting Drug-Target Interactions2014

    • 著者名/発表者名
      Mamitsuka, H.
    • 学会等名
      Trends in Machine Learning
    • 発表場所
      Kyoto University, Japan
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Manifold-based Similarity Adaptation for Label Propagation2013

    • 著者名/発表者名
      Karasuyama, M. and Mamitsuka, H.
    • 学会等名
      Twenty-Seventh Annual Conference on Neural Information Processing Systems (NIPS 2013)
    • 発表場所
      Lake Tahoe, NV, USA
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Collaborative Matrix Factorization with Multiple Similarities for Predicting Drug-Target Interactions2013

    • 著者名/発表者名
      Zheng, X., Ding, H., Mamitsuka, H. and Zhu, S.
    • 学会等名
      Nineteenth ACM SIGKDD International Conference On Knowledge Discovery and Data Mining (KDD 2013)
    • 発表場所
      Chicago, IL, USA
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Variational Bayes Co-clustering with Auxiliary Information2013

    • 著者名/発表者名
      Shiga, M. and Mamitsuka, H.
    • 学会等名
      4th MultiClust Workshop on Multiple Clusterings, Multi-view Data, and Multi-source Knowledge-driven Clustering (MultiClust 2013)
    • 発表場所
      Chicago, IL, USA
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Machine Learning for Bioinformatics2013

    • 著者名/発表者名
      Mamitsuka, H.
    • 学会等名
      FASEB Science and Research Conference, The Biology of Calpains in Health and Disease
    • 発表場所
      Saxtons River, VT, USA
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Mining Significant Substructure Pairs from Drug-Target Network2013

    • 著者名/発表者名
      馬見塚 拓
    • 学会等名
      日本バイオインフォマティクス学会第17回創薬インフォマティクス研究会
    • 発表場所
      産業技術総合研究所臨海副都心センター別館
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Mining Metabolic Pathways through Gene Expression2013

    • 著者名/発表者名
      Mamitsuka, H.
    • 学会等名
      Kyoto University--Koc University Symposium ``New Frontiers in Health Sciences & Technologies''
    • 発表場所
      Kyoto University, Japan
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Efficiently Detecting Switching Mechanisms in Gene Expression2013

    • 著者名/発表者名
      Mamitsuka, H.
    • 学会等名
      23rd International Conference on Genome Informatics (GIW 2013)
    • 発表場所
      Matrix, Biopolis, Singpore
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [図書] Data Mining for Systems Biology: Methods and Protocols2013

    • 著者名/発表者名
      Mamitsuka, H., DeLisi, C., and Kanehisa, M.
    • 総ページ数
      279
    • 出版者
      Springer
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [備考] DREAMチャレンジ 遺伝子エッセンシャリティー予測で第1位を達成

    • URL

      http://www.kuicr.kyoto-u.ac.jp/announce/2014/news_141114.html

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書

URL: 

公開日: 2012-04-24   更新日: 2022-01-31  

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